BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199L05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 102,299,930 - 102,418,103
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMgat4c, LOC667652, Nts, Pamci, LOC382413
Downstream geneCart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199L05.bB6Ng01-199L05.g
ACCGA020967GA020968
length1,1211,077
definitionB6Ng01-199L05.b B6Ng01-199L05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,416,988 - 102,418,103)(102,299,930 - 102,300,992)
sequence
gaattccaagaccccaggatacatgtgtgttaaaggcaactagatgctaa
atggtgaattccaagaccccaggatacatgctgagaggctgtatcaaaaa
taacaatatattataacaaatgtaaaccttggggatataactcaatgcta
gagcactgcctaccatgtgcaaggtcctgggttcaatacccagtactgac
aaaatatcaagttaactgagttagtcttcccgtttcttgtgttagtgaat
tatttgttagataatccaattcaggattattatagaaaagaacggtgaaa
tatttctcaatttaattctttatttccacattagcaactgctattttatt
ggaaaaatttagaggaatcttttcagtcttgaatttttttttctactgag
agagttttaatcaatattgtccatacagggaactcaatgcaaaatgtata
atgctatttacagctctcacagatagctttaggctatttattttccacaa
ttactcattttgttattattaatagaaattatattagaatgttctccatt
cactatttaatatacatcttattgctaacatttatgcggatcagtaacat
tttgtttacttcattcaaatcatgtattctttcattattagtaaaagtaa
aataaagcctccctctaaacattgtaaaagcaatgagtgaacacgtggaa
taaattcaaagacctcctagtggtgcaaaagtagtaagagccagggagat
tgatgaaactaaggaaatagtgacttccaggaacagcagggttgccacag
gtatgaaatcacagatacttttgccagtatgcacaggttcaagtcagatt
cccaatcctgagagaggggacttgtcatgagctcccacccctaactgaga
ttatctctaatttgacaacccacttgaaaaggaggagtttcagtgggcat
tagaaactcacacttaaagggtagcctccacgggtcagacatagatgggc
caagacaaaaggactcaatggcattttggtttttcctttttaataaactg
atatttttattaatttacattcaaatgtaccctcattcctgatttcccct
ccgaatcccttattctatcct
gaattcttacagtaagacaaatatgttgggagcacggggtagccagacat
ctaagactcttattaaagaggcagtgttttaagcctctgaggtgcacata
cctcagaggcttaaattcacacctttctatgcagacatgcttgccttttc
taatggtttgtgcattacagaagagtgagtcttttactaaatgctgcagt
ttcttaaatgttatccaagcaggtgaaaacatagatgctctctgttgata
ctctagaaatgtactccttaaagacacagccccccctaattttattgttc
tacattgtatcataaagtatttattataaatgtggctttccaggccttgt
catctgtgatgtgaaggtatatgctaggtggaactcaagggcttgcattt
tcaaaaccattcctattctgatgcaggagtgtagaataatgatgtctact
gagcctagggacaaaatcaacagatgactgctcactctgaggagaaattc
gcacaggtaagagctggtggtattggtggtgcccagctgctctgcagaat
ctgaaatctgaaagaacagctactcatccttgctgtcctggacattttct
ggttttaatccataactacatttttctttgttttagtccctatttcctca
aaagagtcatcagttgttgaagatactagaagagaagttggcaaggagcc
agaggccctctgatgtgacacagactgggggcatcagctgtttgggtcat
gtgatagatatgtcaacaagaagagattgggtgcatcaactgtagaagct
acatttcctgacagcagggagtcagggacacagctcagagcacttgatac
atgccattgtcacaagacaattagatgccctacactgtttagaagacatc
tacttcttgctttttagatttacggctatcttctcctcccaaagttaaat
taaatgatgtcagggattatgaaaaccaaggagggattttgactaaacgt
tatgcatcaggaaaccatggtggtcttctgagctattatgagcgtttcca
tgcctaatttctaattcattttgcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_102416988_102418103
seq2: B6Ng01-199L05.b_38_1158 (reverse)

seq1  AGGATAGAATAAGGGGTTTCTGGAGGGGAAATCAGGAAATGAGGGTAACA  50
      ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  AGGATAGAATAAGGGATT--CGGAGGGGAAATCAGG-AATGAGGGT-ACA  46

seq1  TTTGAAATGTAAATAAATAAAATATTCAGTTTATTAAAAAAGGAAAA-CA  99
      |||| ||||||||| |||||||   ||||||||||||||| | |||| ||
seq2  TTTG-AATGTAAATTAATAAAAATATCAGTTTATTAAAAAGGAAAAACCA  95

seq1  AAATACCATTGAGTTCCTTTTGTCTTGG-CCATCTATGTCTGA-CCGTGG  147
      |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  AAATGCCATTGAG-TCCTTTTGTCTTGGCCCATCTATGTCTGACCCGTGG  144

seq1  AGCTTACCC-TTAAGTGTG-GTTTCT-ATGCCCACTGAAACTCTTCCTTT  194
      ||  ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGCTACCCTTTAAGTGTGAGTTTCTAATGCCCACTGAAACTCCTCCTTT  194

seq1  TCAAGT-GGTTGTC-AATTAGAGAT-ATCTCAGTTAGGGGTGGGAGCTCA  241
      |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGGGTTGTCAAATTAGAGATAATCTCAGTTAGGGGTGGGAGCTCA  244

seq1  TGACAAGTCCCCTCTCTCAGGATT-GGAATCTGACTTGAACCTGTGCATA  290
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGTCCCCTCTCTCAGGATTGGGAATCTGACTTGAACCTGTGCATA  294

seq1  CTGGC-AAAGTATCTGTGATTTCATACCTGTGGCAACCCTGCTGTTCCTG  339
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAAAGTATCTGTGATTTCATACCTGTGGCAACCCTGCTGTTCCTG  344

seq1  GAAGTCACTATTTCCTTAGTTTCATCAATCTCCCTGGCTCTTACTACTTT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACTATTTCCTTAGTTTCATCAATCTCCCTGGCTCTTACTACTTT  394

seq1  TGCACCACTAGGAGGTCTTTGAATTTATTCCACGTGTTCACTCATTGCTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCACTAGGAGGTCTTTGAATTTATTCCACGTGTTCACTCATTGCTT  444

seq1  TTACAATGTTTAGAGGGAGGCTTTATTTTACTTTTACTAATAATGAAAGA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATGTTTAGAGGGAGGCTTTATTTTACTTTTACTAATAATGAAAGA  494

seq1  ATACATGATTTGAATGAAGTAAACAAAATGTTACTGATCCGCATAAATGT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGATTTGAATGAAGTAAACAAAATGTTACTGATCCGCATAAATGT  544

seq1  TAGCAATAAGATGTATATTAAATAGTGAATGGAGAACATTCTAATATAAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATAAGATGTATATTAAATAGTGAATGGAGAACATTCTAATATAAT  594

seq1  TTCTATTAATAATAACAAAATGAGTAATTGTGGAAAATAAATAGCCTAAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTAATAATAACAAAATGAGTAATTGTGGAAAATAAATAGCCTAAA  644

seq1  GCTATCTGTGAGAGCTGTAAATAGCATTATACATTTTGCATTGAGTTCCC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCTGTGAGAGCTGTAAATAGCATTATACATTTTGCATTGAGTTCCC  694

seq1  TGTATGGACAATATTGATTAAAACTCTCTCAGTAGAAAAAAAAATTCAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGACAATATTGATTAAAACTCTCTCAGTAGAAAAAAAAATTCAAG  744

seq1  ACTGAAAAGATTCCTCTAAATTTTTCCAATAAAATAGCAGTTGCTAATGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGATTCCTCTAAATTTTTCCAATAAAATAGCAGTTGCTAATGT  794

seq1  GGAAATAAAGAATTAAATTGAGAAATATTTCACCGTTCTTTTCTATAATA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAAAGAATTAAATTGAGAAATATTTCACCGTTCTTTTCTATAATA  844

seq1  ATCCTGAATTGGATTATCTAACAAATAATTCACTAACACAAGAAACGGGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAATTGGATTATCTAACAAATAATTCACTAACACAAGAAACGGGA  894

seq1  AGACTAACTCAGTTAACTTGATATTTTGTCAGTACTGGGTATTGAACCCA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAACTCAGTTAACTTGATATTTTGTCAGTACTGGGTATTGAACCCA  944

seq1  GGACCTTGCACATGGTAGGCAGTGCTCTAGCATTGAGTTATATCCCCAAG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGCACATGGTAGGCAGTGCTCTAGCATTGAGTTATATCCCCAAG  994

seq1  GTTTACATTTGTTATAATATATTGTTATTTTTGATACAGCCTCTCAGCAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATTTGTTATAATATATTGTTATTTTTGATACAGCCTCTCAGCAT  1044

seq1  GTATCCTGGGGTCTTGGAATTCACCATTTAGCATCTAGTTGCCTTTAACA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCTGGGGTCTTGGAATTCACCATTTAGCATCTAGTTGCCTTTAACA  1094

seq1  CACATGTATCCTGGGGTCTTGGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTATCCTGGGGTCTTGGAATTC  1121

seq1: chr10_102299930_102300992
seq2: B6Ng01-199L05.g_63_1139

seq1  GAATTCTTACAGTAAGACAAATATGTTGGGAGCACGGGGTAGCCAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAGTAAGACAAATATGTTGGGAGCACGGGGTAGCCAGACAT  50

seq1  CTAAGACTCTTATTAAAGAGGCAGTGTTTTAAGCCTCTGAGGTGCACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACTCTTATTAAAGAGGCAGTGTTTTAAGCCTCTGAGGTGCACATA  100

seq1  CCTCAGAGGCTTAAATTCACACCTTTCTATGCAGACATGCTTGCCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGGCTTAAATTCACACCTTTCTATGCAGACATGCTTGCCTTTTC  150

seq1  TAATGGTTTGTGCATTACAGAAGAGTGAGTCTTTTACTAAATGCTGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTTTGTGCATTACAGAAGAGTGAGTCTTTTACTAAATGCTGCAGT  200

seq1  TTCTTAAATGTTATCCAAGCAGGTGAAAACATAGATGCTCTCTGTTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAATGTTATCCAAGCAGGTGAAAACATAGATGCTCTCTGTTGATA  250

seq1  CTCTAGAAATGTACTCCTTAAAGACACAGCCCCCCCTAATTTTATTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAAATGTACTCCTTAAAGACACAGCCCCCCCTAATTTTATTGTTC  300

seq1  TACATTGTATCATAAAGTATTTATTATAAATGTGGCTTTCCAGGCCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGTATCATAAAGTATTTATTATAAATGTGGCTTTCCAGGCCTTGT  350

seq1  CATCTGTGATGTGAAGGTATATGCTAGGTGGAACTCAAGGGCTTGCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGATGTGAAGGTATATGCTAGGTGGAACTCAAGGGCTTGCATTT  400

seq1  TCAAAACCATTCCTATTCTGATGCAGGAGTGTAGAATAATGATGTCTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCATTCCTATTCTGATGCAGGAGTGTAGAATAATGATGTCTACT  450

seq1  GAGCCTAGGGACAAAATCAACAGATGACTGCTCACTCTGAGGAGAAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTAGGGACAAAATCAACAGATGACTGCTCACTCTGAGGAGAAATTC  500

seq1  GCACAGGTAAGAGCTGGTGGTATTGGTGGTGCCCAGCTGCTCTGCAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGTAAGAGCTGGTGGTATTGGTGGTGCCCAGCTGCTCTGCAGAAT  550

seq1  CTGAAATCTGAAAGAACAGCTACTCATCCTTGCTGTCCTGGACATTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCTGAAAGAACAGCTACTCATCCTTGCTGTCCTGGACATTTTCT  600

seq1  GGTTTTAATCCATAACTACATTTTTCTTTGTTTTAGTCCCTATTTCCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTAATCCATAACTACATTTTTCTTTGTTTTAGTCCCTATTTCCTCA  650

seq1  AAAGAGTCATCAGTTGTTGAAGATACTAGAAGAGAAGTTGGCAAGGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCATCAGTTGTTGAAGATACTAGAAGAGAAGTTGGCAAGGAGCC  700

seq1  AGAGGCCCTCTGATGTGACACAGACTGGGGGCATCAGCTGTTTGGGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCTCTGATGTGACACAGACTGGGGGCATCAGCTGTTTGGGTCAT  750

seq1  GTGATAGATATGTCAACAAGAAGAGATTGGGTGCATCAACTGTAGAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGATATGTCAACAAGAAGAGATTGGGTGCATCAACTGTAGAAGCT  800

seq1  ACATTTCCTGACAGCAGGGAGTCAGGGACACAGCTCAGAGCACTTGATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCTGACAGCAGGGAGTCAGGGACACAGCTCAGAGCACTTGATAC  850

seq1  ATGCCATTGTCACAAGACAA-TAGATGCCCTACACTG-TTAGAAGACAAC  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  ATGCCATTGTCACAAGACAATTAGATGCCCTACACTGTTTAGAAGACATC  900

seq1  TACT--CTGCTTTTAAGATTTAACGCTATCTTCT-CTCCCAAAGTTAAAT  945
      ||||   ||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACTTCTTGCTTTTTAGATTTACGGCTATCTTCTCCTCCCAAAGTTAAAT  950

seq1  TAAATGATGTCAGGGATTATGAAAACCAAG--AGGAATTTGAC-AAAAGT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||| ||
seq2  TAAATGATGTCAGGGATTATGAAAACCAAGGAGGGATTTTGACTAAACGT  1000

seq1  TATG-ATCAGGAAAACCATGGTGGTCTT-TG-GGTATTATGAGTCGTTCC  1039
      |||| |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||   ||||
seq2  TATGCATCAGG-AAACCATGGTGGTCTTCTGAGCTATTATGAGCGTTTCC  1049

seq1  ATG-CTAA-TTCT-ATTCA-TTTGCATC  1063
      ||| |||| |||| ||||| ||||||||
seq2  ATGCCTAATTTCTAATTCATTTTGCATC  1077