BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203C15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 46,015,238 - 46,204,682
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePopdc3, Bves, Lin28b, Dbil5-ps, LOC100042364, Hace1, LOC664781
Downstream geneLOC100041632, LOC668252, LOC100042387
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203C15.bB6Ng01-203C15.g
ACCGA023455GA023456
length1,2031,096
definitionB6Ng01-203C15.b B6Ng01-203C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,015,238 - 46,016,445)(46,203,575 - 46,204,682)
sequence
gaattccatgtcacattttttttttttcatttaactctgtctttgacaaa
agttataaatgtgaatttagagaaacaactgaagatacctactacagtag
atcaggaagcttttagggatgtccttaactttaattaaaagtttccagta
gatttttttcttatgaatacagaatataatgaaattacttaacacttttg
tcttcttttgataagcatgctcacagttctgtgacagagagaaaggaagt
aggtacagcaggaatgacatttgctagcatttacaaggacaaataatatt
ccaggtgactccctccaacagaaaccatgttatatggatgtcaaatgcat
attttgacctcatagcatatatatgcttcccgataggttctaatgtcttc
ttcaccaatctttttagcatatgtaaagataatgattccttcatcccatt
ccttaaaaagagaaacagaattggcaaacatacatccttcttccctgtgg
aaatgtgttagaactttctttttcccttggaaagctgggttcatcagaag
taagtcttgtaatatattatcgtcctgaactaaggaagaatactcctcaa
catttctgactgtactctacaacaaagcttctcaaattttagagtgtttc
cagatcctgtgtgattctcactgtgacatgattggatttgacatagttgg
aattggctactgaagggaccacattttgaatagtgaatgttcctcaaagt
gtccacagaaatagcacatattgcagagagagagagagagagagagagac
agacagacagacagacagacagacagacagacactgacatttgctgcttc
taatctgatgcctttctgctcatggaagaattttatgtagttcacaaaat
gcagagaactattaagcagtatgctgtcaggtcatgatgtcatatttttg
ggaccctttactctaaaagatgtaaatgttttattataagtaattacata
taaaggagttctttggttttacagtgcatgtttttgcttattaagtaagt
gtgtggtggtggatcatggtagacatgggaatgtttggctttccttcttg
acatgtagactggcctttgcatcattgaaatatagtcttaactgacaaca
cttaaggttatgtgaattcgcctaattgtgatccatatgtgttgtggtag
cat
gaattcaattgatgaattctcatcactggagtagcctgtatctacggaat
atttttcaattgtttattaatagaggaggacgcagccaatgtggacatta
ccattcctaagaaggagggcctagagaatatgaaaaaggaaggtgaactc
gaacatgggaggaagcaagtaaacagcacacttctgtaatttctgcttag
agattctgttaagttcctaacttggcttctctcagtgatgggtgataatt
tgtaagttgccataaaccctttactccccaagttgcaactggtcatagtg
ttcaccaccacaacaggaagaaaactagaacatttatagacaaaggatct
caagtaaaagtttaaaggagcctgggaaacttccccatgtgtaaggaggg
tcaccaggcttggcccacaacgatgacattttggtggtcagcattcacat
gaatacctgttgtaacacagtgataggacttagtggcaaacagccaccca
ttaataccttctgtaagatagtctcagcacacaaaaaggtttaactttgg
gtcagaagggctcctccaagactcactctcagggcttttgtcaatccagg
ttgtcagcattgggcatctctgccagcatttattaaacattttgaacatt
tatacaaccatgaaatgactacaagtaactccctttgtttcttattgtat
acaaacgtaaaaagaataaatccatcatctgaaaaaaaaaagagtttaaa
ggatggtcatctcagaaaacaatgtatataaaataattttccctgagaca
cttttaaagtaaatgcattcagcagtccaagtctcttttcagtgattgtg
ccacaaaacaaaactatactgagatttttaccagtgtcagccttacaggc
aaaatatcagccaggattgggtagaaaaaaaaccaatgtaaatacttagt
tttaactaagaaactccaactaacaactctgagagctgcaaggcactatg
tctaaaaagtaaaaatgcttcaagttagcaagtaaatgtagcatgtgggc
gttgggaaagtgtttcaaattcaccatcactaagtatttaagcacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_46015238_46016445
seq2: B6Ng01-203C15.b_44_1246

seq1  GAATTCCATGTCACATTTTTTTTTTTTCATTTAACTCTGTCTTTGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTCACATTTTTTTTTTTTCATTTAACTCTGTCTTTGACAAA  50

seq1  AGTTATAAATGTGAATTTAGAGAAACAACTGAAGATACCTACTACAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAATGTGAATTTAGAGAAACAACTGAAGATACCTACTACAGTAG  100

seq1  ATCAGGAAGCTTTTAGGGATGTCCTTAACTTTAATTAAAAGTTTCCAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAAGCTTTTAGGGATGTCCTTAACTTTAATTAAAAGTTTCCAGTA  150

seq1  GATTTTTTTCTTATGAATACAGAATATAATGAAATTACTTAACACTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTCTTATGAATACAGAATATAATGAAATTACTTAACACTTTTG  200

seq1  TCTTCTTTTGATAAGCATGCTCACAGTTCTGTGACAGAGAGAAAGGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTGATAAGCATGCTCACAGTTCTGTGACAGAGAGAAAGGAAGT  250

seq1  AGGTACAGCAGGAATGACATTTGCTAGCATTTACAAGGACAAATAATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAGCAGGAATGACATTTGCTAGCATTTACAAGGACAAATAATATT  300

seq1  CCAGGTGACTCCCTCCAACAGAAACCATGTTATATGGATGTCAAATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGACTCCCTCCAACAGAAACCATGTTATATGGATGTCAAATGCAT  350

seq1  ATTTTGACCTCATAGCATATATATGCTTCCCGATAGGTTCTAATGTCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGACCTCATAGCATATATATGCTTCCCGATAGGTTCTAATGTCTTC  400

seq1  TTCACCAATCTTTTTAGCATATGTAAAGATAATGATTCCTTCATCCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAATCTTTTTAGCATATGTAAAGATAATGATTCCTTCATCCCATT  450

seq1  CCTTAAAAAGAGAAACAGAATTGGCAAACATACATCCTTCTTCCCTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAAGAGAAACAGAATTGGCAAACATACATCCTTCTTCCCTGTGG  500

seq1  AAATGTGTTAGAACTTTCTTTTTCCCTTGGAAAGCTGGGTTCATCAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTTAGAACTTTCTTTTTCCCTTGGAAAGCTGGGTTCATCAGAAG  550

seq1  TAAGTCTTGTAATATATTATCGTCCTGAACTAAGGAAGAATACTCCTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTTGTAATATATTATCGTCCTGAACTAAGGAAGAATACTCCTCAA  600

seq1  CATTTCTGACTGTACTCTACAACAAAGCTTCTCAAATTTTAGAGTGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGACTGTACTCTACAACAAAGCTTCTCAAATTTTAGAGTGTTTC  650

seq1  CAGATCCTGTGTGATTCTCACTGTGACATGATTGGATTTGACATAGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTGTGTGATTCTCACTGTGACATGATTGGATTTGACATAGTTGG  700

seq1  AATTGGCTACTGAAGGGACCACATTTTGAATAGTGAATGTTCCTCAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGCTACTGAAGGGACCACATTTTGAATAGTGAATGTTCCTCAAAGT  750

seq1  GTCCACAG-AATAGCACATATTGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAC  799
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGAAATAGCACATATTGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAC  800

seq1  AGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACACTGACATTTGCTGCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACACTGACATTTGCTGCTTC  850

seq1  TAATCTGATGCCTTTCTGCTCATGGAAGAATTTTATGTAGTTCACAAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGATGCCTTTCTGCTCATGGAAGAATTTTATGTAGTTCACAAAAT  900

seq1  GCAGAGAACTATTAAGCAGTATGCTGTCAGGTCATGATGTCATATTTTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACTATTAAGCAGTATGCTGTCAGGTCATGATGTCATATTTTTG  950

seq1  GGACCCTTTACTCTAAAAGATGTAAATG-TTTATTATAAGTAATTACATA  998
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTTTACTCTAAAAGATGTAAATGTTTTATTATAAGTAATTACATA  1000

seq1  TAAAGGAGTTCCTTTGGTTTTACAGTGCATG-TTTTGCTTATTAAGGTAA  1047
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |
seq2  TAAAGGAGTT-CTTTGGTTTTACAGTGCATGTTTTTGCTTATTAAG--TA  1047

seq1  AGTGTGTGTGTGTTTCTATTGGTAGACATGGGAAATTGTTGGCTTTCCTT  1097
      ||||||||   ||   |  ||||||||||||| |||  ||||||||||||
seq2  AGTGTGTGGTGGTGGATCATGGTAGACATGGG-AATGTTTGGCTTTCCTT  1096

seq1  CTTTGACATGTAGACTGG-CTTTGCTATCATGAAAATATAAGTCTTAATG  1146
      | |||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| ||||||||  
seq2  C-TTGACATGTAGACTGGCCTTTGC-ATCATTGAAATAT-AGTCTTAACT  1143

seq1  AACA--ACTTAAAGTGTTATGTGAATTTGGTCTTAATTGTGATCAAAATG  1194
       |||  ||||||   |||||||||||| |  | ||||||||||| | |||
seq2  GACAACACTTAA--GGTTATGTGAATTCG--CCTAATTGTGATCCATATG  1189

seq1  TTGTTTGGTAGCAT  1208
      |  | |||||||||
seq2  TGTTGTGGTAGCAT  1203

seq1: chr10_46203575_46204682
seq2: B6Ng01-203C15.g_65_1160 (reverse)

seq1  CGTGCTTAAAATACTTAAGTGAATGGGTGATTTTGAAACACTTTCCCAAA  50
      ||||||| |||||||| |||||   ||||| |||||||||||||||| ||
seq2  CGTGCTT-AAATACTT-AGTGA--TGGTGAATTTGAAACACTTTCCC-AA  45

seq1  CGCCCACATGCTTACAATTTACTTGCTAACTTGAAAGCATTTTTACTTTT  100
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CGCCCACATGC-TAC-ATTTACTTGCTAACTTG-AAGCATTTTTAC-TTT  91

seq1  TTAGACATAGTGCCTTGGCAGCTCTCAGAGTTTGTTAGTTGGAGTTTCTT  150
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAGACATAGTGCCTT-GCAGCTCTCAGAG-TTGTTAGTTGGAGTTTCTT  139

seq1  AGTTAAAACTAAAGTATTTACATTGGTTTTTTTTCTACCCAATCCTGGCT  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAACT-AAGTATTTACATTGGTTTTTTTTCTACCCAATCCTGGCT  188

seq1  GATATTTTGCCTGTAAGGCTGACACTGGTAAAAATCTCAGTATAGTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTGCCTGTAAGGCTGACACTGGTAAAAATCTCAGTATAGTTTTG  238

seq1  TTTTGTGGCACAATCACTGAAAAGAGACTTGGACTGCTGAATGCATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGCACAATCACTGAAAAGAGACTTGGACTGCTGAATGCATTTAC  288

seq1  TTTAAAAGTGTCTCAGGGAAAATTATTTTATATACATTGTTTTCTGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTGTCTCAGGGAAAATTATTTTATATACATTGTTTTCTGAGAT  338

seq1  GACCATCCTTTAAACTCTTTTTTTTTTCAGATGATGGATTTATTCTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCCTTTAAACTCTTTTTTTTTTCAGATGATGGATTTATTCTTTTT  388

seq1  ACGTTTGTATACAATAAGAAACAAAGGGAGTTACTTGTAGTCATTTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTGTATACAATAAGAAACAAAGGGAGTTACTTGTAGTCATTTCATG  438

seq1  GTTGTATAAATGTTCAAAATGTTTAATAAATGCTGGCAGAGATGCCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATAAATGTTCAAAATGTTTAATAAATGCTGGCAGAGATGCCCAAT  488

seq1  GCTGACAACCTGGATTGACAAAAGCCCTGAGAGTGAGTCTTGGAGGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACAACCTGGATTGACAAAAGCCCTGAGAGTGAGTCTTGGAGGAGCC  538

seq1  CTTCTGACCCAAAGTTAAACCTTTTTGTGTGCTGAGACTATCTTACAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCCAAAGTTAAACCTTTTTGTGTGCTGAGACTATCTTACAGAA  588

seq1  GGTATTAATGGGTGGCTGTTTGCCACTAAGTCCTATCACTGTGTTACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAATGGGTGGCTGTTTGCCACTAAGTCCTATCACTGTGTTACAAC  638

seq1  AGGTATTCATGTGAATGCTGACCACCAAAATGTCATCGTTGTGGGCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTCATGTGAATGCTGACCACCAAAATGTCATCGTTGTGGGCCAAG  688

seq1  CCTGGTGACCCTCCTTACACATGGGGAAGTTTCCCAGGCTCCTTTAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGACCCTCCTTACACATGGGGAAGTTTCCCAGGCTCCTTTAAACT  738

seq1  TTTACTTGAGATCCTTTGTCTATAAATGTTCTAGTTTTCTTCCTGTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGAGATCCTTTGTCTATAAATGTTCTAGTTTTCTTCCTGTTGTG  788

seq1  GTGGTGAACACTATGACCAGTTGCAACTTGGGGAGTAAAGGGTTTATGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAACACTATGACCAGTTGCAACTTGGGGAGTAAAGGGTTTATGGC  838

seq1  AACTTACAAATTATCACCCATCACTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACAAATTATCACCCATCACTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTTAA  888

seq1  CAGAATCTCTAAGCAGAAATTACAGAAGTGTGCTGTTTACTTGCTTCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCTCTAAGCAGAAATTACAGAAGTGTGCTGTTTACTTGCTTCCTC  938

seq1  CCATGTTCGAGTTCACCTTCCTTTTTCATATTCTCTAGGCCCTCCTTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCGAGTTCACCTTCCTTTTTCATATTCTCTAGGCCCTCCTTCTT  988

seq1  AGGAATGGTAATGTCCACATTGGCTGCGTCCTCCTCTATTAATAAACAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGTAATGTCCACATTGGCTGCGTCCTCCTCTATTAATAAACAAT  1038

seq1  TGAAAAATATTCCGTAGATACAGGCTACTCCAGTGATGAGAATTCATCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATATTCCGTAGATACAGGCTACTCCAGTGATGAGAATTCATCAA  1088

seq1  TTGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1096