BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207J09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 17,016,796 - 17,149,933
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382457, LOC546472, LOC100039576, LOC627511
Downstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207J09.bB6Ng01-207J09.g
ACCGA026692GA026693
length8251,060
definitionB6Ng01-207J09.b B6Ng01-207J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,149,111 - 17,149,933)(17,016,796 - 17,017,853)
sequence
gaattcttatgaagcctcacataggatcaatttagaaaagtatcaatgtg
ttgtatggggcatggatttttccagttctagagtgactgagttcagttag
gcatactctaagataagccaatcagtggggaaaaatggcagtgggtttgg
tgagaaggggaacctggtccttttgatctctcagcgttctctattttgca
gaaaaattatccaacttctaaaacactgtgtgtcaggcctgctgtgtatt
ggatttacctggagtggaggctctacaaactgatgccctgatctcggaga
gaatttgatttaattggtgatcagtatgaactaagtgctagcttcccact
taactctaaagtgcagccaaaacactcaaaactacacaaaacctgtagat
atatactattcagagttttggtcatactccttgaaaatgagatcagtatg
gaagccacatggtgtacagggtgtgtgtatgtttgtatgtgcgtgcacat
gtgtgtgcatgcacgcaaaggtagctgtctgttaaagaatcttgggtaaa
gaaatggattaatgataggtaggaaagcttgtgtttttcaagtatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta
tggattagtgagtgtttgtgcatatatgtgttttagtacatgtatgcatg
ggaacacatggtatacatatatgcatgtggacacatttacagtctacgta
catataattggaagacagaggaaagcacgaagtaccatctccaggaattg
gttgcacacctcccttcttggctct

gaattctcactggttttagacattcacatgggtcttagagaccatcttgt
gcagaaaatggagactagttcactccctgaaacttctactcttactcatt
tgagcaatgcaatgacaaattgcaaattttcaaaaattttgattctgtgg
gaaaacacttaaggacatggagtcatacacactgtgtaaaatatttcttc
aaatttacacttaaaacttcctaagattttgatggtgttgaataactaga
ctttcaagcatatgactcttgacaaaacaatagtaaactgtgggggttta
ttgataaattgattggcctaatcaaaaatattaacctaagtgttggagag
atgactttagcagttcagagtaactgttgatctagcagaggacccaggat
cggttctcagcacccacatggttgttcacaatcatgtataactccagttc
caaagcacccaatgccttcttcagacctctgtgggcaccggtggctcaca
tatagtacacatacatacattcatacctatatacaggcaaaacattcaca
catacaaaataaatgaatctaaagcaaaagctaacttgaaattttaaaat
gaaattattcagataagtggttaaatcaagaaataaagagaaaacaaaac
cactcacaagtaaagaatctctaaaagcctctacttttgatggcctacta
cacagaggaagcttgacagaacagactaactcaagtttttatgagaacaa
gactttaaatagagttacaaaagccttgtttaccgaggggaaaatctcct
agaaattggctggtgtccagcacatagattaagacttgagctgttgacac
aaaatttccatcagctacacagaatcaaccatatagtgaagttctgggaa
ggcaaagaaagattacaagaaatggcagaagcttttggtgttggggtggt
ctagttgtctttcgtttaataatctcatttaaatttatttccccagttta
tgtgaaacactcatctaccctccaatggtgctggttttgaatcaaataca
tggctctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_17149111_17149933
seq2: B6Ng01-207J09.b_46_870 (reverse)

seq1  AGAGCCCAGAAAGGAGGTGTGCAGCC-ATTCCT-GAGATGGTACTTCGTG  48
      |||||| |||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGAAGGGAGGTGTGCAACCAATTCCTGGAGATGGTACTTCGTG  50

seq1  CTTTCCTCTGTCTTCCACTTATATGTACGTAGACTTGTAAATGTGTCCAC  98
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTGTCTTCCAATTATATGTACGTAGAC-TGTAAATGTGTCCAC  99

seq1  ATGCATATATGTATACCATGTGTT-CCATGCATACATGTACTAAAACACA  147
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATATGTATACCATGTGTTCCCATGCATACATGTACTAAAACACA  149

seq1  TATATGCACAAACACTCACTAATCCATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCACAAACACTCACTAATCCATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  199

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACTTGAAAAACACAAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACTTGAAAAACACAAGC  249

seq1  TTTCCTACCTATCATTAATCCATTTCTTTACCCAAGATTCTTTAACAGAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACCTATCATTAATCCATTTCTTTACCCAAGATTCTTTAACAGAC  299

seq1  AGCTACCTTTGCGTGCATGCACACACATGTGCACGCACATACAAACATAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCTTTGCGTGCATGCACACACATGTGCACGCACATACAAACATAC  349

seq1  ACACACCCTGTACACCATGTGGCTTCCATACTGATCTCATTTTCAAGGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCCTGTACACCATGTGGCTTCCATACTGATCTCATTTTCAAGGAG  399

seq1  TATGACCAAAACTCTGAATAGTATATATCTACAGGTTTTGTGTAGTTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCAAAACTCTGAATAGTATATATCTACAGGTTTTGTGTAGTTTTG  449

seq1  AGTGTTTTGGCTGCACTTTAGAGTTAAGTGGGAAGCTAGCACTTAGTTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTGGCTGCACTTTAGAGTTAAGTGGGAAGCTAGCACTTAGTTCA  499

seq1  TACTGATCACCAATTAAATCAAATTCTCTCCGAGATCAGGGCATCAGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATCACCAATTAAATCAAATTCTCTCCGAGATCAGGGCATCAGTTT  549

seq1  GTAGAGCCTCCACTCCAGGTAAATCCAATACACAGCAGGCCTGACACACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGCCTCCACTCCAGGTAAATCCAATACACAGCAGGCCTGACACACA  599

seq1  GTGTTTTAGAAGTTGGATAATTTTTCTGCAAAATAGAGAACGCTGAGAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTAGAAGTTGGATAATTTTTCTGCAAAATAGAGAACGCTGAGAGA  649

seq1  TCAAAAGGACCAGGTTCCCCTTCTCACCAAACCCACTGCCATTTTTCCCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGACCAGGTTCCCCTTCTCACCAAACCCACTGCCATTTTTCCCC  699

seq1  ACTGATTGGCTTATCTTAGAGTATGCCTAACTGAACTCAGTCACTCTAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTGGCTTATCTTAGAGTATGCCTAACTGAACTCAGTCACTCTAGA  749

seq1  ACTGGAAAAATCCATGCCCCATACAACACATTGATACTTTTCTAAATTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAAATCCATGCCCCATACAACACATTGATACTTTTCTAAATTGA  799

seq1  TCCTATGTGAGGCTTCATAAGAATTC  823
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGTGAGGCTTCATAAGAATTC  825


seq1: chr10_17016796_17017853
seq2: B6Ng01-207J09.g_65_1124

seq1  GAATTCTCACTGGTTTTAGACATTCACATGGGTCTTAGAGACCATCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTGGTTTTAGACATTCACATGGGTCTTAGAGACCATCTTGT  50

seq1  GCAGAAAATGGAGACTAGTTCACTCCCTGAAACTTCTACTCTTACTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAATGGAGACTAGTTCACTCCCTGAAACTTCTACTCTTACTCATT  100

seq1  TGAGCAATGCAATGACAAATTGCAAATTTTCAAAAATTTTGATTCTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAATGCAATGACAAATTGCAAATTTTCAAAAATTTTGATTCTGTGG  150

seq1  GAAAACACTTAAGGACATGGAGTCATACACACTGTGTAAAATATTTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACACTTAAGGACATGGAGTCATACACACTGTGTAAAATATTTCTTC  200

seq1  AAATTTACACTTAAAACTTCCTAAGATTTTGATGGTGTTGAATAACTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTACACTTAAAACTTCCTAAGATTTTGATGGTGTTGAATAACTAGA  250

seq1  CTTTCAAGCATATGACTCTTGACAAAACAATAGTAAACTGTGGGGGTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAGCATATGACTCTTGACAAAACAATAGTAAACTGTGGGGGTTTA  300

seq1  TTGATAAATTGATTGGCCTAATCAAAAATATTAACCTAAGTGTTGGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATTGATTGGCCTAATCAAAAATATTAACCTAAGTGTTGGAGAG  350

seq1  ATGACTTTAGCAGTTCAGAGTAACTGTTGATCTAGCAGAGGACCCAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTAGCAGTTCAGAGTAACTGTTGATCTAGCAGAGGACCCAGGAT  400

seq1  CGGTTCTCAGCACCCACATGGTTGTTCACAATCATGTATAACTCCAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCTCAGCACCCACATGGTTGTTCACAATCATGTATAACTCCAGTTC  450

seq1  CAAAGCACCCAATGCCTTCTTCAGACCTCTGTGGGCACCGGTGGCTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACCCAATGCCTTCTTCAGACCTCTGTGGGCACCGGTGGCTCACA  500

seq1  TATAGTACACATACATACATTCATACCTATATACAGGCAAAACATTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACACATACATACATTCATACCTATATACAGGCAAAACATTCACA  550

seq1  CATACAAAATAAATGAATCTAAAGCAAAAGCTAACTTGAAATTTTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAAATAAATGAATCTAAAGCAAAAGCTAACTTGAAATTTTAAAAT  600

seq1  GAAATTATTCAGATAAGTGGTTAAATCAAGAAATAAAGAGAAAACAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATTCAGATAAGTGGTTAAATCAAGAAATAAAGAGAAAACAAAAC  650

seq1  CACTCACAAGTAAAGAATCTCTAAAAGCCTCTACTTTTGATGGCCTACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACAAGTAAAGAATCTCTAAAAGCCTCTACTTTTGATGGCCTACTA  700

seq1  CACAGAGGAAGCTTGACAGAACAGACTAACTCAAGTTTTTATGAGAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGAAGCTTGACAGAACAGACTAACTCAAGTTTTTATGAGAACAA  750

seq1  GACTTTAAATAGAGTTACAAAAGCCTTGTTTACCGAGGGGAAAATCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAAATAGAGTTACAAAAGCCTTGTTTACCGAGGGGAAAATCTCCT  800

seq1  AG-AATTGGCTGGTGTCCAGCACAATAGATTAAGACTTGAGCTG-TGACA  848
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAATTGGCTGGTGTCCAGCAC-ATAGATTAAGACTTGAGCTGTTGACA  849

seq1  CAAAA-TTCCATCAGCTACACAGAATCAACCATATAAGTGAAGTTCT-GG  896
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  CAAAATTTCCATCAGCTACACAGAATCAACCATAT-AGTGAAGTTCTGGG  898

seq1  AAGGCAAAGAAAGAATACAAGAAATGGCAGGAGCTTTTGGTGTTGGG--T  944
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||   
seq2  AAGGCAAAGAAAGATTACAAGAAATGGCAGAAGCTTTTGGTGTTGGGGTG  948

seq1  GTCTAGTTGTCTTCGTTTTAATAATCTCATTTTAAATTTATTTCCCAAGT  994
      |||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GTCTAGTTGTCTTTCGTTTAATAATCTCA-TTTAAATTTATTTCCCCAGT  997

seq1  TTATTTGAAAAACATCATCTACCCT-CAATGGTGCTGGTTTGGATTCAAA  1043
      |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| || || ||
seq2  TTATGTGAAACAC-TCATCTACCCTCCAATGGTGCTGGTTTTGAATC-AA  1045

seq1  ATACATGGCTCTCCT  1058
      |||||||||||||||
seq2  ATACATGGCTCTCCT  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |