BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208J11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 15,922,138 - 16,027,841
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC637043, LOC100039492, LOC671439
Downstream geneLOC382457, LOC546472, LOC100039576, LOC627511
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208J11.bB6Ng01-208J11.g
ACCGA027430GA027431
length1,1391,161
definitionB6Ng01-208J11.b B6Ng01-208J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,026,737 - 16,027,841)(15,922,138 - 15,923,317)
sequence
gaattcaggactggaattcaaacaggtcagtaagtaggagatgatgcaga
ggccatggagggatgttccttactggcttgcttctcctggcttgctcagc
ttgctttcttatagaaccaagactaccagccctgagatggtcccacccac
aaggggcctttcccctttgatcactaattgagaaaatgtcttacagttgg
atctcatggaggcatttcctcaactgaagctcctttctctgtaataactc
cagctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtacattccctctccagat
tctctccttccctgcttctatgaagatgctctcccacccacccatacact
cctgcctacctgctcttacattcccctacattggggaatcacaggaccaa
cggcctcttctcactttgatgctcaacaagaacatcctctgttacatatg
tggctggagccacagttcactccatgtgtattacttggttggtggtttag
tcccttggagctctggggtgtctggctggttgataaacgtagttatttta
aacacagtggagatattgaactagtttagtgacttcttaaatgaattttg
tttaaatacataaaagttcatataatacattttaagtgatttagtttagt
gtgtaataaatatatttgtattataggacactaaggaagttataaaaatg
tttttagttttgcgtggatatctttaatccataggaactaagttaatcta
tatgtcagttagcagtaaatatatgatcatgtatagtagttaaactgtta
taagaactacttcagtgttttttgttaatatctaatgtctctgagaatta
tgtgtgctgaagcactgtaaaggacgttgaatggcatgaggaggcattta
aggaatctcatgtgctggctcaatcggctttgtcaagagagaggaaattg
agcctacaaactaactgaagctatgtgacattcctcagatagaggctatg
tgagcacttttttataccatagacaaggccagagaaggagagctctatta
gggagaaatctttcaattatacctcactgctcagaaggcttcctcatcag
tagtagacttgaccttaattagcattcatcacaaacata

gaattccttcataagatgtgatgtgtgagatttaataggattatgtatgt
atcttgagcaacctctagatagtgtcaaggaagcaaactgaaatccatgc
ccagtctatactcagaacacacgaatgaaataggaaaatgtccttgatcc
cattgaaagagacttggtgtaataaaacagccgcctaatatctctctgtt
actcttggagaaaggagtaataattggaattcagcaacaacatgtgctat
ttgaatataagggtcttagcgctaggaatatcaagatccacccttaatat
tagatgggatatctatcttagaaaaatggtattgtctatctctgacacaa
catacattcacttttttagtctctataaggaggttcttcattgtctgaag
taattgcttactgagatccacagtgtatgtctctatgtccaattgaatat
tgattttttctctatagttattgttttttctcagatcattcataagaaac
ataaatactttcaaattctgtgcttattctaaaatatgtatcatacccct
accccagacttccaattttccaatcttgtttcttccaagtccctgatctt
tcagacaaactattaacagctgtctgtgaatcagagaacatatccctggc
caagcaacatggctgatgaaaatggaaaacaaaatgtactcaaaattcta
caaatggtgaatattttctcttcttactgtattgtagaggcacggtatca
tcaaactcatatatgaagtatggttctgtcacgacatgctgtctttgaat
agcaccatcatatcaggatgctgcatcactcagaaaaaagaaagagttaa
attgcgaggccagtgagatggcatagcaggtaaaaagccctgccaccatg
cctgaccacctgaatctgttcactgagacccacacattgaaagagagctc
cattcttgcaagttatcctttccatgcatacatctctgtacacataccca
atgcacctggactcagaaatgactaaattataattcaaaaataaagaaac
aggtgaccattctcagtcactatataaatttaggatggatagtcagtata
agaaagactcagtatagcagggatcatccagatgatggactgctctggaa
ccgacttatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_16026737_16027841
seq2: B6Ng01-208J11.b_84_1184 (reverse)

seq1  TATGTTTTGTGGATGAAATGCTAATTAAGGTCAAAGTCTACTACTGATGA  50
      |||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATG-TTTGT-GATG-AATGCTAATTAAGGTC-AAGTCTACTACTGATGA  46

seq1  GAAAGCCTTCTGGGCAGTGGTGTATAA-TGGAAGATTTCCTTCCTTAATA  99
      | |||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||  ||| |||||
seq2  GGAAGCCTTCTGAGCAGTGAGGTATAATTGAAAGATTTC--TCCCTAATA  94

seq1  GAGCTTCTCCTTCTCTGGCTTTGTCTATGGTAT-AAAAAGTGCTCACATA  148
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGC-TCTCCTTCTCTGGCCTTGTCTATGGTATAAAAAAGTGCTCACATA  143

seq1  GCCTCTATCTGAGGAATGTCACATAGCTTCAGTTAGTTTGTAGGCTCAAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTATCTGAGGAATGTCACATAGCTTCAGTTAGTTTGTAGGCTCAAT  193

seq1  TTCCTCTCTCTTGACAAAGCCGATTGAGCCAGCACATGAGATTCCTTAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTCTTGACAAAGCCGATTGAGCCAGCACATGAGATTCCTTAAA  243

seq1  TGCCTCCTCATGCCATTCAACGTCC-TTACAGTGCTTCAGCACACATAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTCATGCCATTCAACGTCCTTTACAGTGCTTCAGCACACATAAT  293

seq1  TCTCAGAGACATTAGATATTAACAAAAAACACTGAAGTAGTTCTTATAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAGACATTAGATATTAACAAAAAACACTGAAGTAGTTCTTATAAC  343

seq1  AGTTTAACTACTATACATGATCATATATTTACTGCTAACTGACATATAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAACTACTATACATGATCATATATTTACTGCTAACTGACATATAGA  393

seq1  TTAACTTAGTTCCTATGGATTAAAGATATCCACGCAAAACTAAAAACATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTAGTTCCTATGGATTAAAGATATCCACGCAAAACTAAAAACATT  443

seq1  TTTATAACTTCCTTAGTGTCCTATAATACAAATATATTTATTACACACTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAACTTCCTTAGTGTCCTATAATACAAATATATTTATTACACACTA  493

seq1  AACTAAATCACTTAAAATGTATTATATGAACTTTTATGTATTTAAACAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAATCACTTAAAATGTATTATATGAACTTTTATGTATTTAAACAAA  543

seq1  ATTCATTTAAGAAGTCACTAAACTAGTTCAATATCTCCACTGTGTTTAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTAAGAAGTCACTAAACTAGTTCAATATCTCCACTGTGTTTAAA  593

seq1  ATAACTACGTTTATCAACCAGCCAGACACCCCAGAGCTCCAAGGGACTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTACGTTTATCAACCAGCCAGACACCCCAGAGCTCCAAGGGACTAA  643

seq1  ACCACCAACCAAGTAATACACATGGAGTGAACTGTGGCTCCAGCCACATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAACCAAGTAATACACATGGAGTGAACTGTGGCTCCAGCCACATA  693

seq1  TGTAACAGAGGATGTTCTTGTTGAGCATCAAAGTGAGAAGAGGCCGTTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAGAGGATGTTCTTGTTGAGCATCAAAGTGAGAAGAGGCCGTTGG  743

seq1  TCCTGTGATTCCCCAATGTAGGGGAATGTAAGAGCAGGTAGGCAGGAGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGATTCCCCAATGTAGGGGAATGTAAGAGCAGGTAGGCAGGAGTG  793

seq1  TATGGGTGGGTGGGAGAGCATCTTCATAGAAGCAGGGAAGGAGAGAATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGGGTGGGAGAGCATCTTCATAGAAGCAGGGAAGGAGAGAATCT  843

seq1  GGAGAGGGAATGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGAATGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGT  893

seq1  TATTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAA  943

seq1  CTGTAAGACATTTTCTCAATTAGTGATCAAAGGGGAAAGGCCCCTTGTGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGACATTTTCTCAATTAGTGATCAAAGGGGAAAGGCCCCTTGTGG  993

seq1  GTGGGACCATCTCAGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACCATCTCAGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTG  1043

seq1  AGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGGAACATCCCTCCATGGCCTCTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAGGAACATCCCTCCATGGCCTCTG  1093

seq1  CATCATCT  1105
      ||||||||
seq2  CATCATCT  1101


seq1: chr10_15922138_15923317
seq2: B6Ng01-208J11.g_62_1222

seq1  GAATTCCTTCATAAGATGTGATGTGTGAGATTTAATAGGATTATGTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATAAGATGTGATGTGTGAGATTTAATAGGATTATGTATGT  50

seq1  ATCTTGAGCAACCTCTAGATAGTGTCAAGGAAGCAAACTGAAATCCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAGCAACCTCTAGATAGTGTCAAGGAAGCAAACTGAAATCCATGC  100

seq1  CCAGTCTATACTCAGAACACACGAATGAAATAGGAAAATGTCCTTGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTATACTCAGAACACACGAATGAAATAGGAAAATGTCCTTGATCC  150

seq1  CATTGAAAGAGACTTGGTGTAATAAAACAGCCGCCTAATATCTCTCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAGAGACTTGGTGTAATAAAACAGCCGCCTAATATCTCTCTGTT  200

seq1  ACTCTTGGAGAAAGGAGTAATAATTGGAATTCAGCAACAACATGTGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGGAGAAAGGAGTAATAATTGGAATTCAGCAACAACATGTGCTAT  250

seq1  TTGAATATAAGGGTCTTAGCGCTAGGAATATCAAGATCCACCCTTAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATAAGGGTCTTAGCGCTAGGAATATCAAGATCCACCCTTAATAT  300

seq1  TAGATGGGATATCTATCTTAGAAAAATGGTATTGTCTATCTCTGACACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGGATATCTATCTTAGAAAAATGGTATTGTCTATCTCTGACACAA  350

seq1  CATACATTCACTTTTTTAGTCTCTATAAGGAGGTTCTTCATTGTCTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATTCACTTTTTTAGTCTCTATAAGGAGGTTCTTCATTGTCTGAAG  400

seq1  TAATTGCTTACTGAGATCCACAGTGTATGTCTCTATGTCCAATTGAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCTTACTGAGATCCACAGTGTATGTCTCTATGTCCAATTGAATAT  450

seq1  TGATTTTTTCTCTATAGTTATTGTTTTTTCTCAGATCATTCATAAGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTCTCTATAGTTATTGTTTTTTCTCAGATCATTCATAAGAAAC  500

seq1  ATAAATACTTTCAAATTCTGTGCTTATTCTAAAATATGTATCATACCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACTTTCAAATTCTGTGCTTATTCTAAAATATGTATCATACCCCT  550

seq1  ACCCCAGACTTCCAATTTTCCAATCTTGTTTCTTCCAAGTCCCTGATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGACTTCCAATTTTCCAATCTTGTTTCTTCCAAGTCCCTGATCTT  600

seq1  TCAGACAAACTATTAACAGCTGTCTGTGAATCAGAGAACATATCCCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAAACTATTAACAGCTGTCTGTGAATCAGAGAACATATCCCTGGC  650

seq1  CAAGCAACATGGCTGATGAAAATGGAAAACAAAATGTACTCAAAATTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAACATGGCTGATGAAAATGGAAAACAAAATGTACTCAAAATTCTA  700

seq1  CAAATGGTGAATATTTTCTCTTCTTACTGTATTGTAGAGGCACGGTATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTGAATATTTTCTCTTCTTACTGTATTGTAGAGGCACGGTATCA  750

seq1  TCAAACTCATATATGAAGTATGGTTCTGTCACGACATGCTGTCTTTGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCATATATGAAGTATGGTTCTGTCACGACATGCTGTCTTTGAAT  800

seq1  AGCACCATCATATCAGGATGCTGCATCACTCAGAAAAAAGAAAGAGTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATCATATCAGGATGCTGCATCACTCAGAAAAAAGAAAGAGTTAA  850

seq1  ATTGCGAGGCCAGTGAGATGGCATAGCAGGTAAAAAGCCCTGCCACCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCGAGGCCAGTGAGATGGCATAGCAGGTAAAAAGCCCTGCCACCATG  900

seq1  CCTGACCACCTGAATCTGTTCACTGAGACCCACACATTGAAAGAGAGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCACCTGAATCTGTTCACTGAGACCCACACATTGAAAGAGAGCTC  950

seq1  CATTCTTGCAAGTTATCC-TTCCATGCATACATCTCTGTACACAATACCC  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTCTTGCAAGTTATCCTTTCCATGCATACATCTCTGTACAC-ATACCC  999

seq1  -ATGCACCTGGACTCAGAAATGACTAAA-TATAATTCAAAATTAAAGAAA  1047
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AATGCACCTGGACTCAGAAATGACTAAATTATAATTCAAAAATAAAGAAA  1049

seq1  ACCAGGTTGACCAATTTCTCAGTCAACTAATTATAAAATTTAGGAATGGA  1097
        |||| ||||||  ||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||
seq2  --CAGG-TGACCA--TTCTCAGTC-ACTA--TAT-AAATTTAGG-ATGGA  1089

seq1  TAGTCAGTAATTAAGGGAAAAGACTCAGTATAGCAGGGATCAATCACAGA  1147
      |||||||||  ||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||| 
seq2  TAGTCAGTA--TAAG---AAAGACTCAGTATAGCAGGGATC-ATC-CAG-  1131

seq1  TATGATTGACATGCTCTGAACAGGGACTTATAG  1180
       ||||| ||| ||||||| | |  |||||||||
seq2  -ATGATGGAC-TGCTCTGGA-ACCGACTTATAG  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |