BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210A04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 125,332,346 - 125,455,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrig3
Upstream geneSlc16a7, LOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994
Downstream geneLOC100043547, LOC668336, Xrcc6bp1, LOC622567, Ctdsp2, Avil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210A04.bB6Ng01-210A04.g
ACCGA028467GA028468
length1,0371,137
definitionB6Ng01-210A04.b B6Ng01-210A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,332,346 - 125,333,390)(125,454,120 - 125,455,262)
sequence
gaattccaaccatcccttccaaagactttgttctttaataaaactgtgcc
cccctaaaaagttttttgttttttttccccctaggagctagctcagtgag
taaaatatttgctgtgcaagcacgaagaactgagtttggaccctaggaac
ccacaaaatgctagggttcctggtacagaaaccctatgttataaggaaca
gaggctggtggatcccatgagatgtctagccaaccaaaatagcaagctca
gattcagagagagacactgtctcaaaacaataacgtgaagagcaatagag
gagggtaccaatgtcaacctctgacctccaaatgcacatgtgcatgcaca
ggcatgcacacacacacatactcaaacatagttacacacactcacacact
cacttacacatactcacacacattcaaacacacactcacaaacactcata
ttcgtgtcacccatacaaactcaaaaaaaaccaaaaaacaaaaaacaaac
aaacaaaaaaaaacccacagttgtccaatctactttctgaggactaggaa
ttagagggcaaattaggcaaaatggcctccttcccagttcccatcctgcc
agttcagcaccatagtcttgctatgctgaggacagactaacagtattccc
cacattctagctcctattcccgcccagctcttacagtgttctctgtgaag
aaggaaaggcaagtaagggcgattttcatatgtacgacatccttagtcac
atgatttgaaaactgatcacacacttttttaaaattattattataaatga
gagttccatccgatgtcagatgttaagaaacgcttaaagccagcaatgac
tgaaaacctccagggcctttttgtacacttagggccattcagtcaggaga
acaaagggaaaggaatctgtctcacctcaccagggaagcatggaagcaga
gggcatcctgctccttttgagaggtagattcaaaggcttagagttggtag
gaggagtggggtaggaagaggtgcaacgataccactg

gaattctgggaaatactgagactaaaaggagatgcgaggagagatgcaga
ggaaacacgaaggaagaatggggctgggactgaatgggactgggtaacta
accatgtggaagggatagaatagtctgaatgggttacataaattatgagc
tagtcagacaatgagccaaatatagcttgtgacctaggtatctattagta
aatagtctcagagttgtcattccaggagcagggtctaaaaagacaacaga
tttatagttttgtttgtttgtttgttttgtttttcgagacaggatttatc
tgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccaggctggcctt
gaactcagaaatctgcctgcctctgcctcccaagggctgggattaaagga
gtgcactacaactgctaagcctggatttatgtttttaagccttgtatgtt
accatgggtcttccctactctaaggccgattccaagatcttaaacaggtc
aggattagacctaataagtgtctctagtgccaacagtgcgatgaagaaag
atactacagttctgtgaacacctattaagataatgtttatatgaggtgag
atttcctatcagaaaacaaacaaacaaacaaaaagcctatgctgaaagtt
aagtattttgcctagaaataaaccaaattttaggtcagaatgtagttcag
tgatagcacatcggtttaaggtcctgggttcgattacaaaaataaagtaa
aatgagcagaacaagcaatttaacttgtattggcatttgcctgttccttt
atgttgttttataaggatttgatgcctatgtattggatgttcatctgata
ggaagcatacatgaacacagtgtatacttgtcttagttagggttttactg
ctgtgaacagacaccatgaccaaggcaaaccttataaggacaatatttca
ttggggctggcttacaggttcagaggttcagtccagtatcatcaagcagg
aacatggcagcatctaggcaggcatggtgcagagagctgaagtctgcatc
ttcatctgaaaggctgctagcagatactggctttcaggcctgctagaatg
aggtcttaagccacacacccacagtgaccacccactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_125332346_125333390
seq2: B6Ng01-210A04.b_45_1081

seq1  GAATTCCAACCATCCCTTCCAAAGACTTTGTTCTTTAATAAAACTGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCATCCCTTCCAAAGACTTTGTTCTTTAATAAAACTGTGCC  50

seq1  CCCCTAAAAAGTTTTTTGTTTTTTTTCCCCCTAGGAGCTAGCTCAGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAAAAAGTTTTTTGTTTTTTTTCCCCCTAGGAGCTAGCTCAGTGAG  100

seq1  TAAAATATTTGCTGTGCAAGCACGAAGAACTGAGTTTGGACCCTAGGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTGCTGTGCAAGCACGAAGAACTGAGTTTGGACCCTAGGAAC  150

seq1  CCACAAAATGCTAGGGTTCCTGGTACAGAAACCCTATGTTATAAGGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAATGCTAGGGTTCCTGGTACAGAAACCCTATGTTATAAGGAACA  200

seq1  GAGGCTGGTGGATCCCATGAGATGTCTAGCCAACCAAAATAGCAAGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGTGGATCCCATGAGATGTCTAGCCAACCAAAATAGCAAGCTCA  250

seq1  GATTCAGAGAGAGACACTGTCTCAAAACAATAACGTGAAGAGCAATAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGAGAGAGACACTGTCTCAAAACAATAACGTGAAGAGCAATAGAG  300

seq1  GAGGGTACCAATGTCAACCTCTGACCTCCAAATGCACATGTGCATGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTACCAATGTCAACCTCTGACCTCCAAATGCACATGTGCATGCACA  350

seq1  GGCATGCACACACACACATACTCAAACATAGTTACACACACTCACACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCACACACACACATACTCAAACATAGTTACACACACTCACACACT  400

seq1  CACTTACACATACTCACACACATTCAAACACACACTCACAAACACTCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACACATACTCACACACATTCAAACACACACTCACAAACACTCATA  450

seq1  TTCGTGTCACCCATACAAACTCAAAAAAAACCAAAAAACAAAAAACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGTCACCCATACAAACTCAAAAAAAACCAAAAAACAAAAAACAAAC  500

seq1  AAACAAAAAAAAACCCACAGTTGTCCAATCTACTTTCTGAGGACTAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAAAACCCACAGTTGTCCAATCTACTTTCTGAGGACTAGGAA  550

seq1  TTAGAGGGCAAATTAGGCAAAATGGCCTCCTTCCCAGTTCCCATCCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGGCAAATTAGGCAAAATGGCCTCCTTCCCAGTTCCCATCCTGCC  600

seq1  AGTTCAGCACCATAGTCTTGCTATGCTGAGGACAGACTAACAGTATTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCACCATAGTCTTGCTATGCTGAGGACAGACTAACAGTATTCCC  650

seq1  CACATTCTAGCTCCTATTCCCGCCCAGCTCTTACAGTGTTCTCTGTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTAGCTCCTATTCCCGCCCAGCTCTTACAGTGTTCTCTGTGAAG  700

seq1  AAGGAAAGGCAAGTAAGGGCGATTTTCATATGTACGACATCCTTAGTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGCAAGTAAGGGCGATTTTCATATGTACGACATCCTTAGTCAC  750

seq1  ATGATTTGAAAACTGATCACACACTTTTTTAAAATTATTATTATAAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTGAAAACTGATCACACACTTTTTTAAAATTATTATTATAAATGA  800

seq1  GAGTTCCATCCGATGTCAGATGTTAAGAAACGCTTAAAGCCAGCAATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCATCCGATGTCAGATGTTAAGAAACGCTTAAAGCCAGCAATGAC  850

seq1  TGAAAACCTCCAGGGCCTTTTTGTACACTTAGGGCCATTCAGTCAGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACCTCCAGGGCCTTTTTGTACACTTAGGGCCATTCAGTCAGGAGA  900

seq1  ACAAAGGG-AAGGAATCTGTCTCACCTCACCAGGGAAGCATGGAAGCAGA  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGAAAGGAATCTGTCTCACCTCACCAGGGAAGCATGGAAGCAGA  950

seq1  GGGCATCCTGCCTCCTTTTGAGAGGGTAGAATTTCAAAGGCTTAGAAGTT  999
      |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||
seq2  GGGCATCCTG-CTCCTTTTGAGA-GGTAGA--TTCAAAGGCTTAG-AGTT  995

seq1  GGTAGGAAGGAGTGGGGTAGGGAAGAGGTGCCAACCGATACCACTG  1045
      |||||| |||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||
seq2  GGTAGG-AGGAGTGGGGTA-GGAAGAGGTGC--AACGATACCACTG  1037


seq1: chr10_125454120_125455262
seq2: B6Ng01-210A04.g_65_1201 (reverse)

seq1  GAGTGGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCCTCATCCTAGCA-  49
      ||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| |||||| |||||| 
seq2  GAGTGGGTG-GTCACTGTGGGTGTGTGGCTTAAGA-CCTCATTCTAGCAG  48

seq1  GCCTGGAAGCCAGTATTCTGCTAGCAGCC-TTCAGATGAAGATGCAGAAC  98
      ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GCCTGAAAGCCAGTA-TCTGCTAGCAGCCTTTCAGATGAAGATGCAG-AC  96

seq1  TCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTAGATGCTGCCATGTTCCTGCC  148
      | |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  T-TCAGCTC--TCTGCACCATGCCTGCCTAGATGCTGCCATGTTCCTG-C  142

seq1  TTGATGATACTGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATGAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGATACTGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATGAAA  192

seq1  TATTGTCCTTATAAGGTTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCCTTATAAGGTTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTA  242

seq1  AAACCCTAACTAAGACAAGTATACACTGTGTTCATGTATGCTTCCTATCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTAACTAAGACAAGTATACACTGTGTTCATGTATGCTTCCTATCA  292

seq1  GATGAACATCCAATACATAGGCATCAAATCCTTATAAAACAACATAAAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACATCCAATACATAGGCATCAAATCCTTATAAAACAACATAAAGG  342

seq1  AACAGGCAAATGCCAATACAAGTTAAATTGCTTGTTCTGCTCATTTTACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAAATGCCAATACAAGTTAAATTGCTTGTTCTGCTCATTTTACT  392

seq1  TTATTTTTGTAATCGAACCCAGGACCTTAAACCGATGTGCTATCACTGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGTAATCGAACCCAGGACCTTAAACCGATGTGCTATCACTGAA  442

seq1  CTACATTCTGACCTAAAATTTGGTTTATTTCTAGGCAAAATACTTAACTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTCTGACCTAAAATTTGGTTTATTTCTAGGCAAAATACTTAACTT  492

seq1  TCAGCATAGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCTGATAGGAAATCTCAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATAGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCTGATAGGAAATCTCAC  542

seq1  CTCATATAAACATTATCTTAATAGGTGTTCACAGAACTGTAGTATCTTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATAAACATTATCTTAATAGGTGTTCACAGAACTGTAGTATCTTTC  592

seq1  TTCATCGCACTGTTGGCACTAGAGACACTTATTAGGTCTAATCCTGACCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCGCACTGTTGGCACTAGAGACACTTATTAGGTCTAATCCTGACCT  642

seq1  GTTTAAGATCTTGGAATCGGCCTTAGAGTAGGGAAGACCCATGGTAACAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGATCTTGGAATCGGCCTTAGAGTAGGGAAGACCCATGGTAACAT  692

seq1  ACAAGGCTTAAAAACATAAATCCAGGCTTAGCAGTTGTAGTGCACTCCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCTTAAAAACATAAATCCAGGCTTAGCAGTTGTAGTGCACTCCTT  742

seq1  TAATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGC  792

seq1  CAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAA  842

seq1  ATCCTGTCTCGAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAACTATAAATCTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTCTCGAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAACTATAAATCTGT  892

seq1  TGTCTTTTTAGACCCTGCTCCTGGAATGACAACTCTGAGACTATTTACTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTTAGACCCTGCTCCTGGAATGACAACTCTGAGACTATTTACTA  942

seq1  ATAGATACCTAGGTCACAAGCTATATTTGGCTCATTGTCTGACTAGCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACCTAGGTCACAAGCTATATTTGGCTCATTGTCTGACTAGCTCA  992

seq1  TAATTTATGTAACCCATTCAGACTATTCTATCCCTTCCACATGGTTAGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATGTAACCCATTCAGACTATTCTATCCCTTCCACATGGTTAGTT  1042

seq1  ACCCAGTCCCATTCAGTCCCAGCCCCATTCTTCCTTCGTGTTTCCTCTGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCCCATTCAGTCCCAGCCCCATTCTTCCTTCGTGTTTCCTCTGC  1092

seq1  ATCTCTCCTCGCATCTCCTTTTAGTCTCAGTATTTCCCAGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCTCGCATCTCCTTTTAGTCTCAGTATTTCCCAGAATTC  1137


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |