BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211F22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 67,347,825 - 67,543,540
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp365, Plekhk1
Upstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2, Egr2, Gm237, LOC100040081, LOC100039618
Downstream geneArid5b, LOC100040136, 1700040L02Rik, EG665342, Tmem26
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211F22.bB6Ng01-211F22.g
ACCGA029455GA029456
length9671,152
definitionB6Ng01-211F22.b B6Ng01-211F22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,542,577 - 67,543,540)(67,347,825 - 67,348,970)
sequence
gaattcagtgcaatgggggctagagggagctggtcacaacacatccataa
tcagaaacagagagcagagaatggatgaagagctgctaggtcctcacttg
ctctctccattaaatacagctcaggacccgagaatggtccactcacagtg
aagatggctatgcccatgccaatcaacgcaatcaagacaattccgcacag
gagttcgcagaggatagccttagggtagacaatccctcacaggtatgtga
tgagacctgcttcctcggcatccagcagacaatattaaccaccacactaa
cttctccacctttcggttttctcatttttaatgtcagattgtgtgggagg
ggcaggaggtaggaggggaaagatttacacgtgtttgtgtggcataggga
gggtctgtggagactctccctacatcaggcaagggcttagccactggcaa
tatcatcatgactgaaatagatgacatttgacttcctgaagagagagtcg
gacaataggtgagaaaagtagtggataattttagaaaacgagagaggttg
tggctaagaagccaccagtaggccaaagagtagagtccaaagggagaaag
ctaactgaaagaaaggggcgagctgtcctgcagaggataggcttcattct
cagcagaagagaggaaccagctgcttcccttcccagcagggctcccaacc
aagcccttatctgggacctaagcctcaacaatgctgcaaacatagctcct
aaaattgcttggctcccaaccaaccccctagacccacaatgccaccatga
tggacacaactctgggtctccttggcccatggaaagcatcagggtagcag
atgatgtcaagtctaggaaagaagggtcaagggaggctggcatccggaca
agccaatccaggaggaatgttggggcagcctgtgcctccatttcactgac
tttctgaatattttcca

gaattcttgatccaccttctaagtactgagattacagactttctttgtag
ctgaagtgttgggtgttgttatgtcatttctttatgtatggatagagcac
ttggatcatctcagctcctctgtgacttattactctttctcccccgtttc
tttgtacatctcttggcacctctctcttgctcccatgccttcctatttcc
ccttagcttctgcaaatgagacaaagcatgtgaatgcctgacagagtgaa
atggatgcaactaatgatccccatggtgaggtcgtgagtcctctagagga
atccaattcttaacattgcccattgttagtgtttgaaatctgcccaagcc
tcctgttcaggattgagcatgcatgtcatccttggaattcaagacactga
gactaacattttcaactgctgggggataatcatgaatatcatgctagtgc
ttagacctgtaacatggaaaacccactagcctaacactagttaagtattg
ggagcagaggcaggccatctcaccaataacttggaaacaactggaattca
ctgagttcccatagttccatgcttcgtagaaaaccagcggttgagtgctt
cctctctctgaagcctgctcttagtacagcggcaaggatgtgcagcagcc
acaggctggggtgggtacgctaggacatctgtttatggtttccgctaaga
gttgacaagataaaactaaagtgttgggaaaattacacatagtcatcgag
gaagacagggaagatgtggagagggcttttaatgagcctccctgggtgtg
aacatatgttaaaaagaatatttagatagaggtattagaaagtatgaaaa
taaatgagcccagttttcctgaaaggctgattggtgtacaaagggcatgc
tcattatgtacaaaagggaacagttttattttgtgaagcattagttttgt
ttgctgttagtggagcaataatgttgacttcaaaaaaaaaaacaaaaaaa
acaaaccacttgaacctagaagacagacaaagtgttaagttcagaaatat
agctttattatcatagtattcatatctaaaactttctcctttcttccaat
cttggaacgaaatacactcttaagtcataacattgaactgacctgcagca
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_67542577_67543540
seq2: B6Ng01-211F22.b_47_1013 (reverse)

seq1  TGGAAAATA-TCAG-AAGTCAGTGAAATGGA-GCACAGGCTGCCCCAACA  47
      ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATATTCAGAAAGTCAGTGAAATGGAGGCACAGGCTGCCCCAACA  50

seq1  TTCCTCCTGGATTGGCTTGTCCGGATGCCAGCCTCCCTTGACCCTTCTTT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTGGATTGGCTTGTCCGGATGCCAGCCTCCCTTGACCCTTCTTT  100

seq1  CCTAGACTTGACATCATCTGCTACCCTGATGCTTTCCATGGGCCAAGGAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACTTGACATCATCTGCTACCCTGATGCTTTCCATGGGCCAAGGAG  150

seq1  ACCCAGAGTTGTGTCCATCATGGTGGCATTGTGGGTCTAGGGGGTTGGTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGTTGTGTCCATCATGGTGGCATTGTGGGTCTAGGGGGTTGGTT  200

seq1  GGGAGCCAAGCAATTTTAGGAGCTATGTTTGCAGCATTGTTGAGGCTTAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAAGCAATTTTAGGAGCTATGTTTGCAGCATTGTTGAGGCTTAG  250

seq1  GTCCCAGATAAGGGCTTGGTTGGGAGCCCTGCTGGGAAGGGAAGCAGCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGATAAGGGCTTGGTTGGGAGCCCTGCTGGGAAGGGAAGCAGCTG  300

seq1  GTTCCTCTCTTCTGCTGAGAATGAAGCCTATCCTCTGCAGGACAGCTCGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTCTTCTGCTGAGAATGAAGCCTATCCTCTGCAGGACAGCTCGC  350

seq1  CCCTTTCTTTCAGTTAGCTTTCTCCCTTTGGACTCTACTCTTTGGCCTAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTCAGTTAGCTTTCTCCCTTTGGACTCTACTCTTTGGCCTAC  400

seq1  TGGTGGCTTCTTAGCCACAACCTCTCTCGTTTTCTAAAATTATCCACTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTTCTTAGCCACAACCTCTCTCGTTTTCTAAAATTATCCACTAC  450

seq1  TTTTCTCACCTATTGTCCGACTCTCTCTTCAGGAAGTCAAATGTCATCTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCACCTATTGTCCGACTCTCTCTTCAGGAAGTCAAATGTCATCTA  500

seq1  TTTCAGTCATGATGATATTGCCAGTGGCTAAGCCCTTGCCTGATGTAGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTCATGATGATATTGCCAGTGGCTAAGCCCTTGCCTGATGTAGGG  550

seq1  AGAGTCTCCACAGACCCTCCCTATGCCACACAAACACGTGTAAATCTTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTCCACAGACCCTCCCTATGCCACACAAACACGTGTAAATCTTTC  600

seq1  CCCTCCTACCTCCTGCCCCTCCCACACAATCTGACATTAAAAATGAGAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTACCTCCTGCCCCTCCCACACAATCTGACATTAAAAATGAGAAA  650

seq1  ACCGAAAGGTGGAGAAGTTAGTGTGGTGGTTAATATTGTCTGCTGGATGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAAAGGTGGAGAAGTTAGTGTGGTGGTTAATATTGTCTGCTGGATGC  700

seq1  CGAGGAAGCAGGTCTCATCACATACCTGTGAGGGATTGTCTACCCTAAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAAGCAGGTCTCATCACATACCTGTGAGGGATTGTCTACCCTAAGG  750

seq1  CTATCCTCTGCGAACTCCTGTGCGGAATTGTCTTGATTGCGTTGATTGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTCTGCGAACTCCTGTGCGGAATTGTCTTGATTGCGTTGATTGGC  800

seq1  ATGGGCATAGCCATCTTCACTGTGAGTGGACCATTCTCGGGTCCTGAGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATAGCCATCTTCACTGTGAGTGGACCATTCTCGGGTCCTGAGCT  850

seq1  GTATTTAATGGAGAGAGCAAGTGAGGACCTAGCAGCTCTTCATCCATTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAATGGAGAGAGCAAGTGAGGACCTAGCAGCTCTTCATCCATTCT  900

seq1  CTGCTCTCTGTTTCTGATTATGGATGTGTTGTGACCAGCTCCCTCTAGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCTGTTTCTGATTATGGATGTGTTGTGACCAGCTCCCTCTAGCC  950

seq1  CCCATTGCACTGAATTC  964
      |||||||||||||||||
seq2  CCCATTGCACTGAATTC  967


seq1: chr10_67347825_67348970
seq2: B6Ng01-211F22.g_65_1216

seq1  GAATTCTTGATCCACCTTCTAAGTACTGAGATTACAGACTTTCTTTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATCCACCTTCTAAGTACTGAGATTACAGACTTTCTTTGTAG  50

seq1  CTGAAGTGTTGGGTGTTGTTATGTCATTTCTTTATGTATGGATAGAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTGTTGGGTGTTGTTATGTCATTTCTTTATGTATGGATAGAGCAC  100

seq1  TTGGATCATCTCAGCTCCTCTGTGACTTATTACTCTTTCTCCCCCGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCATCTCAGCTCCTCTGTGACTTATTACTCTTTCTCCCCCGTTTC  150

seq1  TTTGTACATCTCTTGGCACCTCTCTCTTGCTCCCATGCCTTCCTATTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACATCTCTTGGCACCTCTCTCTTGCTCCCATGCCTTCCTATTTCC  200

seq1  CCTTAGCTTCTGCAAATGAGACAAAGCATGTGAATGCCTGACAGAGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCTTCTGCAAATGAGACAAAGCATGTGAATGCCTGACAGAGTGAA  250

seq1  ATGGATGCAACTAATGATCCCCATGGTGAGGTCGTGAGTCCTCTAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGCAACTAATGATCCCCATGGTGAGGTCGTGAGTCCTCTAGAGGA  300

seq1  ATCCAATTCTTAACATTGCCCATTGTTAGTGTTTGAAATCTGCCCAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATTCTTAACATTGCCCATTGTTAGTGTTTGAAATCTGCCCAAGCC  350

seq1  TCCTGTTCAGGATTGAGCATGCATGTCATCCTTGGAATTCAAGACACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTCAGGATTGAGCATGCATGTCATCCTTGGAATTCAAGACACTGA  400

seq1  GACTAACATTTTCAACTGCTGGGGGATAATCATGAATATCATGCTAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACATTTTCAACTGCTGGGGGATAATCATGAATATCATGCTAGTGC  450

seq1  TTAGACCTGTAACATGGAAAACCCACTAGCCTAACACTAGTTAAGTATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACCTGTAACATGGAAAACCCACTAGCCTAACACTAGTTAAGTATTG  500

seq1  GGAGCAGAGGCAGGCCATCTCACCAATAACTTGGAAACAACTGGAATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGAGGCAGGCCATCTCACCAATAACTTGGAAACAACTGGAATTCA  550

seq1  CTGAGTTCCCATAGTTCCATGCTTCGTAGAAAACCAGCGGTTGAGTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCCCATAGTTCCATGCTTCGTAGAAAACCAGCGGTTGAGTGCTT  600

seq1  CCTCTCTCTGAAGCCTGCTCTTAGTACAGCGGCAAGGATGTGCAGCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCTGAAGCCTGCTCTTAGTACAGCGGCAAGGATGTGCAGCAGCC  650

seq1  ACAGGCTGGGGTGGGTACGCTAGGACATCTGTTTATGGTTTCCGCTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTGGGGTGGGTACGCTAGGACATCTGTTTATGGTTTCCGCTAAGA  700

seq1  GTTGACAAGATAAAACTAAAGTGTTGGGAAAATTACACATAGTCATCGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAAGATAAAACTAAAGTGTTGGGAAAATTACACATAGTCATCGAG  750

seq1  GAAGACAGGGAAGATGTGGAGAGGGCTTTTAATGAGCCTCCCTGGGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGGGAAGATGTGGAGAGGGCTTTTAATGAGCCTCCCTGGGTGTG  800

seq1  AACATATGTTAAAAAGAATATTTAGATAGAGGTATTAGAAAGTATGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATGTTAAAAAGAATATTTAGATAGAGGTATTAGAAAGTATGAAAA  850

seq1  TAAATGAG-CCAGTTTTCCTG-AAGGCTGATTGGTGTAC-AAGGGCATGC  897
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAATGAGCCCAGTTTTCCTGAAAGGCTGATTGGTGTACAAAGGGCATGC  900

seq1  TCATTATGTACAAAA-GGAACAGTTT--ATTTGTGAAGCA-TAGTTTTGT  943
      ||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||
seq2  TCATTATGTACAAAAGGGAACAGTTTTATTTTGTGAAGCATTAGTTTTGT  950

seq1  TTGCTGTTAGTGGAGCAATAAATGTGACTT-TCAAAAAAAAACAAAAAAA  992
      |||||||||||||||||||||   ||||||   |||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTAGTGGAGCAATAATGTTGACTTCAAAAAAAAAAACAAAAAAA  1000

seq1  ACAAAACACTTG-ACCTAGAAGGAACAGACCAAAGTGTTA--GTCAGAAA  1039
      ||||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||   |||||||
seq2  ACAAACCACTTGAACCTAGAAG--ACAGA-CAAAGTGTTAAGTTCAGAAA  1047

seq1  TATAGCTTTATTATCATAGTATTTCATAATCTAAAAACTTCTCTTTTTTT  1089
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| ||| ||
seq2  TATAGCTTTATTATCATAGTA-TTCAT-ATCTAAAACTTTCTCCTTTCTT  1095

seq1  CCATCCTGGGAACAGAAAT--ACTCTAACATCTATACATTTGACTGGCCC  1137
      |||  || ||||| |||||  ||||| |  ||   |||||  ||| | ||
seq2  CCAATCTTGGAAC-GAAATACACTCTTAAGTCATAACATTGAACT-GACC  1143

seq1  TGCAGCATA  1146
      |||||||||
seq2  TGCAGCATA  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |