BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213J13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 93,459,909 - 93,665,319
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVezt, Fgd6, Nr2c1, Ndufa12
Upstream gene4930485B16Rik, EG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338, LOC100041907, Usp44, Metap2
Downstream geneEG215472, LOC100041955, Tmcc3, EG667315, 4921537D05Rik, Plxnc1, Cradd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213J13.bB6Ng01-213J13.g
ACCGA031072GA031073
length1,1341,192
definitionB6Ng01-213J13.b B6Ng01-213J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,664,200 - 93,665,319)(93,459,909 - 93,461,098)
sequence
gaattccaggccagtggaaggaaaaaaggtgaatgggacctgagacacaa
tacccaaggttgtcctctggcctacacacccacacagtccacatactaca
aacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccat
actacacatatacactcaacattgtgtacacgtacactacacagatcaca
tattacacacatataccaatattgtacacacatactacacatagcacata
ctacatacacatcacatattaaacacaaacatgtacccaacgtagtacac
acacatactatacatagcatatactacatacacacatacctccaatatag
tatacaaatacacacacatacaccccaaaagctcatagacccattgacag
gacagctgaattccagagcagactgagtggcacagaaaacacatatcaca
gaaaagcagaagaatggataactaaacatgaactgcaatccaacaggtca
gttatacacaagtcatttgcaatttcaattcaaggagacctgatgtctcc
atggacagcaggcaggcatgtggcacatggacatacacacaggcaaaacc
cataaaataaagtaattaatattatataaataaaataaatagataatttt
tatgttgaaagttcatgttcacacttggcaactccacttctaggaaattt
gtttttagactatgtatttattttttaaaaatttctttttaaaaattgta
tgtgttttgcctgagtacgtatgtacgtatgtgcaccccatgtgtgcctg
gtacccgtggaggccagaagaaggcatcagattcccctggaactggagtt
ccagagagctgtgagtctgtcaggtgggtgctatgaactgaacccaaagc
tctgcaagagcagccagagctcttaatcacagagttgtctctctggccct
cattcaagcccttaaaacatgcattaagtcgcagtatttaaaataacaag
taaaattacaggtccagtgagatggtccgcaagtaaaggggctctgttgg
ctaaactgtgaagggcctgaatcaatcctgcatcctatactaatggaagg
agagaactgacttcccacatagtgttgtttctct
gaattcagctgattaaagcaaagtgctagcttcttcatgaagccatattg
tggcaatgtgacatgcaatagggagttgtgggatagctttaagcacctag
cacattagatgttgctgcctaggtattaacatttcagctggtgaacttag
gtaaaggatgttggaaagaagtgtgttctacaactgttttagaaagtatg
atatctaatatgtaaattatagattaaaaaccaccattttatagatttaa
aagtaaaaacagtatctcagagatattttttgggtttgtttggcttaaag
acatttgcacaaagacctatcatacacagagaccattctctgcctgactt
gaaggcatgatggtgcacgcctacaatccaagcacttaggaggctgaatc
tatgcaggctacagagtaaaaccttgtctcaaaaagatcaaagtcaaaac
agctataataaaacatagttggtaactggatagtcatccaatttaataat
catcgctaacttgaaaaaacattcttgccatagatcatgaaacaggcagg
ccttgcttgcacttctgcacttcattactggaaacaaaagtatgcataaa
atttttatttttgttggttatgaatctagtgggttaaaaatatgtcctct
aagcagtgaacactttggtgaaatgtgtacacataggacaagaacatggc
gtcctgtatctaaggacatgtataaatagcatcagctatactgggagtta
gtggcagactcaaagtcacacaatcatgcttgcgtgtcgcatgtgccctt
gttcctccatcgctctccatctcatttccactgaagctaaagcccattat
cctgactatggcatctgggccacccccgcctcagggtctgcttctctcat
ccagcacactgcgagggcagatgcacaccagcacacctaaggttctagac
ttctgtgtgggttgctagggaatctgaactcaggcactaatgcttgttgt
ggcgaagcggtgtttactcacgaactataccttcccagtcttcagtctgg
agaatgctctaaatcatggttagccttacggtctttcaaatcatactttt
aagaacaatttacatctggttaagcagaattaaaatagccatcagtacct
gatatcattaacggtcgtggtggattgcgtggaaatggccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_93664200_93665319
seq2: B6Ng01-213J13.b_45_1178 (reverse)

seq1  AGAG-AACAAC---ATGTGGG-AGTCAGTTCTCTCCTTCCA-TAGTATAG  44
      |||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAGAAACAACACTATGTGGGAAGTCAGTTCTCTCCTTCCATTAGTATAG  50

seq1  GATGCAGGGATTGAACTCAGGCCC-TCACA-CTTAGCC-ACA-AGCCCCT  90
      |||||| |||||| | |||||||| |||||  |||||| ||| |||||||
seq2  GATGCA-GGATTG-ATTCAGGCCCTTCACAGTTTAGCCAACAGAGCCCCT  98

seq1  TTACCTGCGG-CCATCTCACTGGCCCCTGTAATTTTACTTG-TATTTT-A  137
      |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |
seq2  TTACTTGCGGACCATCTCACTGG-ACCTGTAATTTTACTTGTTATTTTAA  147

seq1  ATACTGCGACTT-ATGCATGTTTTAAAGGCTTGAATGAGGGCCAGAGAGA  186
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCGACTTAATGCATGTTTTAAGGGCTTGAATGAGGGCCAGAGAGA  197

seq1  CAACTCTGTGATTAAGAGCTCTGGCTGCTCTTGCAGAGCCTTGGGTTCAG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAACTCTGTGATTAAGAGCTCTGGCTGCTCTTGCAGAGCTTTGGGTTCAG  247

seq1  TTCATAGCACCCACCTGGCAG-CTCACAGCTCTCTGGAACTCCAGTTCCA  285
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGCACCCACCTGACAGACTCACAGCTCTCTGGAACTCCAGTTCCA  297

seq1  GGGGAATCTGATGCCTTCTTCTGGCCTCCACGGGTACCAGGCACACATGG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATCTGATGCCTTCTTCTGGCCTCCACGGGTACCAGGCACACATGG  347

seq1  GGTGCACATACGTACATACGTACTCAGGCAAAACACATACAATTTTTAAA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACATACGTACATACGTACTCAGGCAAAACACATACAATTTTTAAA  397

seq1  AAG-AATTTTTAAAAAATAAATACATAGTCTAAAAACAAA-TTCCTAGAA  433
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAAATTTTTAAAAAATAAATACATAGTCTAAAAACAAATTTCCTAGAA  447

seq1  GTGGAGTTGCCAAGTGTGAACATGAACTTTCAACATAAAAATTATCTATT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTGCCAAGTGTGAACATGAACTTTCAACATAAAAATTATCTATT  497

seq1  TATTTTATTTATATAATATTAATTACTTTATTTTATGGGTTTTGCCTGTG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTTATATAATATTAATTACTTTATTTTATGGGTTTTGCCTGTG  547

seq1  TGTATGTCCATGTGCCACATGCCTGCCTGCTGTCCATGGAGACATCAGGT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTCCATGTGCCACATGCCTGCCTGCTGTCCATGGAGACATCAGGT  597

seq1  CTCCTTGAATTGAAATTGCAAATGACTTGTGTATAACTGACCTGTTGGAT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGAATTGAAATTGCAAATGACTTGTGTATAACTGACCTGTTGGAT  647

seq1  TGCAGTTCATGTTTAGTTATCCATTCTTCTGCTTTTCTGTGATATGTGTT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTCATGTTTAGTTATCCATTCTTCTGCTTTTCTGTGATATGTGTT  697

seq1  TTCTGTGCCACTCAGTCTGCTCTGGAATTCAGCTGTCCTGTCAATGGGTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGCCACTCAGTCTGCTCTGGAATTCAGCTGTCCTGTCAATGGGTC  747

seq1  TATGAGCTTTTGGGGTGTATGTGTGTGTATTTGTATACTATATTGGAGGT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCTTTTGGGGTGTATGTGTGTGTATTTGTATACTATATTGGAGGT  797

seq1  ATGTGTGTATGTAGTATATGCTATGTATAGTATGTGTGTGTACTACGTTG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTATGTAGTATATGCTATGTATAGTATGTGTGTGTACTACGTTG  847

seq1  GGTACATGTTTGTGTTTAATATGTGATGTGTATGTAGTATGTGCTATGTG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACATGTTTGTGTTTAATATGTGATGTGTATGTAGTATGTGCTATGTG  897

seq1  TAGTATGTGTGTACAATATTGGTATATGTGTGTAATATGTGATCTGTGTA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGTGTGTACAATATTGGTATATGTGTGTAATATGTGATCTGTGTA  947

seq1  GTGTACGTGTACACAATGTTGAGTGTATATGTGTAGTATGGTGTGTGTGT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACGTGTACACAATGTTGAGTGTATATGTGTAGTATGGTGTGTGTGT  997

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTAGTATGTGGA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTAGTATGTGGA  1047

seq1  CTGTGTGGGTGTGTAGGCCAGAGGACAACCTTGGGTATTGTGTCTCAGGT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGGTGTGTAGGCCAGAGGACAACCTTGGGTATTGTGTCTCAGGT  1097

seq1  CCCATTCACCTTTTTTCCTTCCACTGGCCTGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCACCTTTTTTCCTTCCACTGGCCTGGAATTC  1134

seq1: chr10_93459909_93461098
seq2: B6Ng01-213J13.g_69_1260

seq1  GAATTCAGCTGATTAAAGCAAAGTGCTAGCTTCTTCATGAAGCCATATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGATTAAAGCAAAGTGCTAGCTTCTTCATGAAGCCATATTG  50

seq1  TGGCAATGTGACATGCAATAGGGAGTTGTGGGATAGCTTTAAGCACCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATGTGACATGCAATAGGGAGTTGTGGGATAGCTTTAAGCACCTAG  100

seq1  CACATTAGATGTTGCTGCCTAGGTATTAACATTTCAGCTGGTGAACTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAGATGTTGCTGCCTAGGTATTAACATTTCAGCTGGTGAACTTAG  150

seq1  GTAAAGGATGTTGGAAAGAAGTGTGTTCTACAACTGTTTTAGAAAGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGATGTTGGAAAGAAGTGTGTTCTACAACTGTTTTAGAAAGTATG  200

seq1  ATATCTAATATGTAAATTATAGATTAAAAACCACCATTTTATAGATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAATATGTAAATTATAGATTAAAAACCACCATTTTATAGATTTAA  250

seq1  AAGTAAAAACAGTATCTCAGAGATATTTTTTGGGTTTGTTTGGCTTAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAACAGTATCTCAGAGATATTTTTTGGGTTTGTTTGGCTTAAAG  300

seq1  ACATTTGCACAAAGACCTATCATACACAGAGACCATTCTCTGCCTGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGCACAAAGACCTATCATACACAGAGACCATTCTCTGCCTGACTT  350

seq1  GAAGGCATGATGGTGCACGCCTACAATCCAAGCACTTAGGAGGCTGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATGATGGTGCACGCCTACAATCCAAGCACTTAGGAGGCTGAATC  400

seq1  TATGCAGGCTACAGAGTAAAACCTTGTCTCAAAAAGATCAAAGTCAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGGCTACAGAGTAAAACCTTGTCTCAAAAAGATCAAAGTCAAAAC  450

seq1  AGCTATAATAAAACATAGTTGGTAACTGGATAGTCATCCAATTTAATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAATAAAACATAGTTGGTAACTGGATAGTCATCCAATTTAATAAT  500

seq1  CATCGCTAACTTGAAAAAACATTCTTGCCATAGATCATGAAACAGGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGCTAACTTGAAAAAACATTCTTGCCATAGATCATGAAACAGGCAGG  550

seq1  CCTTGCTTGCACTTCTGCACTTCATTACTGGAAACAAAAGTATGCATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTGCACTTCTGCACTTCATTACTGGAAACAAAAGTATGCATAAA  600

seq1  ATTTTTATTTTTGTTGGTTATGAATCTAGTGGGTTAAAAATATGTCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTTTTGTTGGTTATGAATCTAGTGGGTTAAAAATATGTCCTCT  650

seq1  AAGCAGTGAACACTTTGGTGAAATGTGTACACATAGGACAAGAACATGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTGAACACTTTGGTGAAATGTGTACACATAGGACAAGAACATGGC  700

seq1  GTCCTGTATCTAAGGACATGTATAAATAGCATCAGCTATACTGGGAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTATCTAAGGACATGTATAAATAGCATCAGCTATACTGGGAGTTA  750

seq1  GTGGCAGACTCAAAGTCACACAATCATGCTTGCGTGTCGCATGTGCCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGACTCAAAGTCACACAATCATGCTTGCGTGTCGCATGTGCCCTT  800

seq1  GTTCCTCCATCGCTCTCCATCTCATTTCCACTGAAGCTAAAGCCCATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCCATCGCTCTCCATCTCATTTCCACTGAAGCTAAAGCCCATTAT  850

seq1  CCTGACTATGGCATCT-GGCCACCCCCGCCTCAGGGTCTGCTTCTCTCAT  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTATGGCATCTGGGCCACCCCCGCCTCAGGGTCTGCTTCTCTCAT  900

seq1  CCAGCACACTGCGAGGGCAGATGCACACCAGCACACCT-AGGTTCTAGAC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCAGCACACTGCGAGGGCAGATGCACACCAGCACACCTAAGGTTCTAGAC  950

seq1  TTCTGTGTGGG-TGCTA-GGAATCTGAACTCAGGCACTAATGCTTG-TGT  995
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTGTGTGGGTTGCTAGGGAATCTGAACTCAGGCACTAATGCTTGTTGT  1000

seq1  GGCG-AGC-GTG-TTACTCACGGAACTA---CCTCCCAGTC-TCAGTCTG  1038
      |||| ||| ||| |||||||| ||||||   | |||||||| ||||||||
seq2  GGCGAAGCGGTGTTTACTCAC-GAACTATACCTTCCCAGTCTTCAGTCTG  1049

seq1  GAGAATGCTTCTTAATCAATGTTAGCCCTAACGTCTTTCAAAATCCATTA  1088
      |||||||| ||| |||||  ||||||| ||  ||||||| |||||   ||
seq2  GAGAATGC-TCTAAATCATGGTTAGCCTTACGGTCTTTC-AAATC--ATA  1095

seq1  CTTTTAAAGACAATTTACAATCCTGGTAAAAGCAGAAATTAAAATAG-CA  1137
      |||||||  ||||||||||   |||||  |||||| ||||||||||| ||
seq2  CTTTTAAGAACAATTTACA--TCTGGT-TAAGCAG-AATTAAAATAGCCA  1141

seq1  TCATTTACTTTTATATCATTAACAGCTGTGGTGGTTTGCGTGAGAATGGC  1187
      ||| |  |  | ||||||||||| |  ||||||| |||||||  ||||||
seq2  TCAGTACC--TGATATCATTAACGGTCGTGGTGGATTGCGTGGAAATGGC  1189

seq1  CCA  1190
      |||
seq2  CCA  1192