BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214B22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 104,662,519 - 104,819,629
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmtc2
Upstream geneLOC100042383
Downstream geneEG627573, BC067068, Ccdc59, EG667758, EG639162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214B22.bB6Ng01-214B22.g
ACCGA031457GA031458
length1,061732
definitionB6Ng01-214B22.b B6Ng01-214B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,818,575 - 104,819,629)(104,662,519 - 104,663,248)
sequence
gaattctgttactttatagacttacactttgagaataaagagaggattta
cataagatgcttacgatatgtccaaatgaaagacctgcacttttatttgt
aagaaagcgcaaagtcttgttatgcgctcactgcgaaggccaaaagctca
gaaaacccaagattcaattcacagaccacatgaagctcaagaagaaggaa
gacaaaagagcaggcgcttcagtcctccttagaaaggggaacaaaattct
catgggagcaaatatggagacaaagtggataacagagactgccccacctt
gggatacatcccatatacagtcaacaaaccccaacactattgtggatact
aagaaatatgcttgctgaaaggagcctgatatagctgtctcttgagagtc
cctgccagagccttacaaatacagaggtggatgcttgcagccaaccattg
gaccaaatgtggggtccccagtggaggagttagagaaaggaatgaaggag
ctgaaggggtttgcatcctcataggaagaacaacaatatcaaccagccag
accccctgatctcccagggactaagtcaccaaccaaggagcacacatgac
tccagctgcatatgtagcagagaatggccttgtcaggagaggtccttggt
cctctgaaggctccatagattccccagtgtaggggaattgagggcagtga
ggcagaaatgggtaggtggaggaacaccctcatagaagcaggcagaaggg
ggttgagataggggttttccgggattaggggaaactggggaaggggataa
cacttgaaataaagaaaatatcaatatatatctatattatctatattttc
tatatatggaaagagcaaagtcacttgcccattagataccgaattactct
gtgtttagcagaagacaaaatgcactttataatatcatcacaaaaacaaa
ccaaacatgggaaattatgctcttaagaaaactgatcaagtagaataggc
atattaagtagtattttgtattgtataaaaccttctttgcatactgtgtc
ttttgtatttt

gaattccagaaacggaacatcaaacaggaaaccaagccatgtgaataaag
ctagatctcctgaggataaattcattttcagttacgtgggtttggtggca
cggtcccctaattccagcacgtgagaggcagaggcaagacgatcacactt
taaggccatgcagagacccttggggggggggggaacacttaaaagtggca
ctgactccacattcaatttcccacaaaagttcctgatggtgaaagacaga
gaaatgccaaagactcagcggaaacatacagtggctaaggagaaagaacc
tcaagtttctttattcagcaagagttaaataatcatctcatttttgagat
cctcttaaaaaatcacttgaatttcccttgaagtacaccgtgaagttcct
catctcagggtgttcttggctgtcggtttggctatgttgtggtttaattg
ccagctatgtaaacgatcaccacgctggtgctgagcatcccaggctgtgg
ttggcttctacttcctaggccaggtttcattaagggacaagaggatttgc
atgatatatttaaaacattacaaactgcactccactgcataagatgtcta
cactacgaaacataggaaatagaacacattggagagtgatctcctactgt
ggtggtttaaatatgcttggccaagggagtggcactaattggagttgtta
tctttgttggagtaggtgtgactttgttggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_104818575_104819629
seq2: B6Ng01-214B22.b_46_1106 (reverse)

seq1  AAAATACAAAAGACAACATATGCAAAAGAAGGTTTTATAC-ATAC-AAAT  48
      |||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||| |||| ||||
seq2  AAAATACAAAAGACACAGTATGC-AAAGAAGGTTTTATACAATACAAAAT  49

seq1  ACTACTTAATATGCCTA-TCTACTTGATCAGTTTTCTTAAGAGCATAATT  97
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTAATATGCCTATTCTACTTGATCAGTTTTCTTAAGAGCATAATT  99

seq1  T-CCATGTTTGGTTTGTTTTTGTGATGATATTAT-AAGTGCATTTTGTCT  145
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCATGTTTGGTTTGTTTTTGTGATGATATTATAAAGTGCATTTTGTCT  149

seq1  TCTGCTAAACACAGAGTAATTCGGTATCTAATGGGCAAGTGACTTTGCTC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAAACACAGAGTAATTCGGTATCTAATGGGCAAGTGACTTTGCTC  199

seq1  TTTCCATATATAG-AAATATAGAT-ATATAGATATATATTGATATTTTCT  243
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATATATAGAAAATATAGATAATATAGATATATATTGATATTTTCT  249

seq1  TTATTTCAAGTGTTATCCCCTTCCCCAGTTTCCCCTAATCCCGGAAAACC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCAAGTGTTATCCCCTTCCCCAGTTTCCCCTAATCCCGGAAAACC  299

seq1  CCTATCTCAACCCCCTTCTGCCTGCTTCTATGAGGGTGTTCCTCCACCTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCAACCCCCTTCTGCCTGCTTCTATGAGGGTGTTCCTCCACCTA  349

seq1  CCCATTTCTGCCTCACTGCCCTCAATTCCCCTACACTGGGGAATCTATGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTGCCTCACTGCCCTCAATTCCCCTACACTGGGGAATCTATGG  399

seq1  AGCCTTCAGAGGACCAAGGACCTCTCCTGACAAGGCCATTCTCTGCTACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCAGAGGACCAAGGACCTCTCCTGACAAGGCCATTCTCTGCTACA  449

seq1  TATGCAGCTGGAGTCATGTGTGCTCCTTGGTTGGTGACTTAGTCCCTGGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGCTGGAGTCATGTGTGCTCCTTGGTTGGTGACTTAGTCCCTGGG  499

seq1  AGATCAGGGGGTCTGGCTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGAGGATGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGGGGTCTGGCTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGAGGATGC  549

seq1  AAACCCCTTCAGCTCCTTCATTCCTTTCTCTAACTCCTCCACTGGGGACC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCTTCAGCTCCTTCATTCCTTTCTCTAACTCCTCCACTGGGGACC  599

seq1  CCACATTTGGTCCAATGGTTGGCTGCAAGCATCCACCTCTGTATTTGTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTTGGTCCAATGGTTGGCTGCAAGCATCCACCTCTGTATTTGTAA  649

seq1  GGCTCTGGCAGGGACTCTCAAGAGACAGCTATATCAGGCTCCTTTCAGCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGCAGGGACTCTCAAGAGACAGCTATATCAGGCTCCTTTCAGCA  699

seq1  AGCATATTTCTTAGTATCCACAATAGTGTTGGGGTTTGTTGACTGTATAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATTTCTTAGTATCCACAATAGTGTTGGGGTTTGTTGACTGTATAT  749

seq1  GGGATGTATCCCAAGGTGGGGCAGTCTCTGTTATCCACTTTGTCTCCATA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTATCCCAAGGTGGGGCAGTCTCTGTTATCCACTTTGTCTCCATA  799

seq1  TTTGCTCCCATGAGAATTTTGTTCCCCTTTCTAAGGAGGACTGAAGCGCC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCCCATGAGAATTTTGTTCCCCTTTCTAAGGAGGACTGAAGCGCC  849

seq1  TGCTCTTTTGTCTTCCTTCTTCTTGAGCTTCATGTGGTCTGTGAATTGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTTGTCTTCCTTCTTCTTGAGCTTCATGTGGTCTGTGAATTGAA  899

seq1  TCTTGGGTTTTCTGAGCTTTTGGCCTTCGCAGTGAGCGCATAACAAGACT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTTTTCTGAGCTTTTGGCCTTCGCAGTGAGCGCATAACAAGACT  949

seq1  TTGCGCTTTCTTACAAATAAAAGTGCAGGTCTTTCATTTGGACATATCGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGCTTTCTTACAAATAAAAGTGCAGGTCTTTCATTTGGACATATCGT  999

seq1  AAGCATCTTATGTAAATCCTCTCTTTATTCTCAAAGTGTAAGTCTATAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTTATGTAAATCCTCTCTTTATTCTCAAAGTGTAAGTCTATAAA  1049

seq1  GTAACAGAATTC  1055
      ||||||||||||
seq2  GTAACAGAATTC  1061


seq1: chr10_104662519_104663248
seq2: B6Ng01-214B22.g_66_797

seq1  GAATTCCAGAAACGGAACATCAAACAGGAAACCAAGCCATGTGAATAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAACGGAACATCAAACAGGAAACCAAGCCATGTGAATAAAG  50

seq1  CTAGATCTCCTGAGGATAAATTCATTTTCAGTTACGTGGGTTTGGTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCTCCTGAGGATAAATTCATTTTCAGTTACGTGGGTTTGGTGGCA  100

seq1  CGGTCCCCTAATTCCAGCACGTGAGAGGCAGAGGCAAGACGATCACACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCCCTAATTCCAGCACGTGAGAGGCAGAGGCAAGACGATCACACTT  150

seq1  TAAGGCCATGCAGAGACCCTTGGGGGGGGGGGGAACACTTAAAAGTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCCATGCAGAGACCCTTGGGGGGGGGGGGAACACTTAAAAGTGGCA  200

seq1  CTGACTCCACATTCAATTTCCCACAAAAGTTCCTGATGGTGAAAGACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCCACATTCAATTTCCCACAAAAGTTCCTGATGGTGAAAGACAGA  250

seq1  GAAATGCCAAAGACTCAGCGGAAACATACAGTGGCTAAGGAGAAAGAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCCAAAGACTCAGCGGAAACATACAGTGGCTAAGGAGAAAGAACC  300

seq1  TCAAGTTTCTTTATTCAGCAAGAGTTAAATAATCATCTCATTTTTGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTCTTTATTCAGCAAGAGTTAAATAATCATCTCATTTTTGAGAT  350

seq1  CCTCTTAAAAAATCACTTGAATTTCCCTTGAAGTACACCGTGAAGTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAAAAAATCACTTGAATTTCCCTTGAAGTACACCGTGAAGTTCCT  400

seq1  CATCTCAGGGTGTTCTTGGCTGTCGGTTTGGCTATGTTGTGGTTTAATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAGGGTGTTCTTGGCTGTCGGTTTGGCTATGTTGTGGTTTAATTG  450

seq1  CCAGCTATGTAAACGATCACCACGCTGGTGCTGAGCATCCCAGGCTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTATGTAAACGATCACCACGCTGGTGCTGAGCATCCCAGGCTGTGG  500

seq1  TTGGCTTCTACTTCCTAGGCCAGGTTTCATTAAGGGACAAGAGGATTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTCTACTTCCTAGGCCAGGTTTCATTAAGGGACAAGAGGATTTGC  550

seq1  ATGATATATTTAAAACATTAC-AACTGCACTCCACTGCATAAGATGTCTA  599
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATATTTAAAACATTACAAACTGCACTCCACTGCATAAGATGTCTA  600

seq1  CACTACGAAACATAGGAAATAGAACACATTGGAGAGTGATCTCCTACTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACGAAACATAGGAAATAGAACACATTGGAGAGTGATCTCCTACTGT  650

seq1  GGTGGTTTAAATATGCTTGGCCAAGGGAGTGGCACTAATTGGAGTTG-TA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTGGTTTAAATATGCTTGGCCAAGGGAGTGGCACTAATTGGAGTTGTTA  700

seq1  GCTTTGTTGGAGTAGGTGTGACTTTGTTGGAG  730
       |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTTGGAGTAGGTGTGACTTTGTTGGAG  732


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |