BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218G20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 63,654,461 - 63,812,497
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna3
Upstream geneMypn, 1700120B22Rik, Herc4, Sirt1, Dnajc12, LOC665182, EG631906, Lrrtm3
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218G20.bB6Ng01-218G20.g
ACCGA034558GA034559
length1,1911,143
definitionB6Ng01-218G20.b B6Ng01-218G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,811,298 - 63,812,497)(63,654,461 - 63,655,595)
sequence
gaattcattatctaagctcctgggtaccagacgataactagaacaaagaa
aagctaagcaagccagggatgcacatctacaaacacagacacgatgctaa
tctgtgtatcaaattacagaaaccacgggcaagtccaacataatcagcta
gtgtttacaaaagcctgccatgtctgcatcatcctcaagaagaacttatc
ttttacaatttagacatgtgttacttttaaaatgcatacgtgcacacata
catgcacacacatgaatgcacatgcacaaacatgcatgtgcacacacaca
cacacatgaatgcacatgcacaaacatgcatgcgcacacacacacacatg
aatgcacatgcacaaacatgcatgcatgcgcgcgcgtgcgcgcacacaca
cacacacacacacacacacacacacacaaaacttaatttattttattcct
tccagcttgtgaagtaggcttgaaacacacagtggcaggaagttaggcga
gggagtctattccagcacaggctccatgttaacactgcagatgtggtgtc
aggaagcagaggatacacgtttgggtgatgcagcatgttccacagcctct
tcctgggtatctgtgaggtggaatgttgtgcaccctatgctacctcttga
aattaatagccaggtgttatgccagtggctgcaccttaatcattaattat
aattgtgacagtaggcaagacaaaaactactaagacacatgagcttgggt
gataaaggagaagcatcaatcatgcatgacaggaaagccaaaggtaaccc
ctctctgcctggaatgctttcatgtgactactcagagtctccttaacact
ggactccgagcaatggagatttctcctgttagttcccccatactccgtcc
ccaccacacttgcctctgtctgactccctcttcctgtgagaaaccaccag
gaaatgatcaagaaattagatgcaatagaagtacacttcctcagaaatgt
gcagttgtagcatcagcttttgcttaattagagacattccataaataaag
gaaacctcagctacttgttcactaagtcaaagcgagctccatcagcactg
ttgttctatacctccagtaataggcatacttgccagccaccaggttggca
cacattcaatcaatatcatggtttgaatgggctgccatata
gaattcaaacaggacaggaacctggaggcaggaaatgatgcatagaggtt
tgattttgtaaatccataaatatattttgtaaagccgtaaacaaagaagt
tttggtttataagccccggacacatggatattttaatcagccacacctct
ctatagcttatataaaataaattgcttggggagctttggtaagattgata
aattctgccacaattaaaacaatgtcataggattagtttttagaatttcc
tagcacttctttgtggtgcttccttctcattccttccctagaaatcatcc
taaatatcaaggacaatcacttaattgttctaaataattcgtatcagata
aattatatccaacataatgtgaggattgtatattgatccctgcaatcttt
tatattcacgttgaactgaagagactggcagtggcatttcacccaagagg
ttttctgcagatgatggcattgttttcggggggggggtgtaattcttaag
agagtctggtgaactcagaatgaaagcaggatgaactgggggaacatttt
ggtcttggagcaagatggaagctgagctgagcgagtaatcagggctccac
ccaaatataacgtagatgttacctttcagacaagtagagacagagtagcg
agaaactggaggacacaggaaacttctgggacgtggaaggaatagaagtc
aaggcagaaaaaaacaactggggtgcgccaacccctccccaacagacaaa
ttgtccaggaagcgaaacaaaactttctctcccccaacgtgatagtttta
ttggttgtttgggaatgtcatctcctgcaccttccatcagacttaacttc
cgagttcttcgcgtccctccctctacacttctgaacctgccttcctgtcc
ccaaaatgaaaactactacgacatctatcatcacaccatcaccaccacaa
cacaaccggttgtgctgctcactaacttactggcacataaatcaaactcc
ttgtggccagcttccttagaaaacctgagtccttccccatctgcgttcct
tgccagagctagtcaacttgtggtaaagctccacttcgctatttttaaaa
agagtttccctttgaatggcctccctttttaggaaggggggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_63811298_63812497
seq2: B6Ng01-218G20.b_42_1232 (reverse)

seq1  TATAT-GCAGCCCATTTAAAACATTGTATTTGAATTAGAATGTGTGCCAA  49
      ||||| |||||||||| ||| |||  || ||||  | |||||||||||||
seq2  TATATGGCAGCCCATTCAAACCATGATA-TTGA--TTGAATGTGTGCCAA  47

seq1  -CTGGT-GCT-GCCAGTATGGCTATTAACTGGAGTTATAG-ACAACAGTG  95
       ||||| ||| || |||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||
seq2  CCTGGTGGCTGGCAAGTATGCCTATT-ACTGGAGGTATAGAACAACAGTG  96

seq1  CCTGATGGAGCTCGCTTTGACTTTAGTTGAACAAGTAAGCTGAGGTTTTC  145
       |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||  
seq2  -CTGATGGAGCTCGCTTTGAC-TTAG-TGAACAAGT-AGCTGAGGTTT--  140

seq1  CCTTTATTTATGGAAATTGTCTCTAATTTAAGCAAAAGCTTGATGCTACA  195
      |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTTTATTTATGGAA--TGTCTCTAA-TTAAGCAAAAGC-TGATGCTACA  186

seq1  ACCTGCACATTTCTGA-GAAGTGTACTTCTATTGCATCTAATTTCTTTGA  244
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  A-CTGCACATTTCTGAGGAAGTGTACTTCTATTGCATCTAATTTC-TTGA  234

seq1  TCA-TTCCTGGTTGTTTCTCACAGGAAGAGGGAGTCAGACAGAGGCAAGT  293
      ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCCTGGTGGTTTCTCACAGGAAGAGGGAGTCAGACAGAGGCAAGT  284

seq1  GTGGTGGGGACGGAGTATGGGGGAACTAACAGGAGAAATCTCCATTGCTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGGACGGAGTATGGGGGAACTAACAGGAGAAATCTCCATTGCTC  334

seq1  GGAGTCCAGTGTTAAGGAGACTCTGAGTAGTCACATGAAAGCATTCCAGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCAGTGTTAAGGAGACTCTGAGTAGTCACATGAAAGCATTCCAGG  384

seq1  CAGAGAGGGGTTACCTTTGGCTTTCCTGTCATGCATGATTGATGCTTCTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGGGTTACCTTTGGCTTTCCTGTCATGCATGATTGATGCTTCTC  434

seq1  CTTTATCACCCAAGCTCATGTGTCCTAGTAGTTTTTGTCTTGCCTACTGT  493
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCACCCAAGCTCATGTGTCTTAGTAGTTTTTGTCTTGCCTACTGT  484

seq1  CACAATTATAATTAATGATTAAGGTGCAGCCACTGGCATAACACCTGGCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTATAATTAATGATTAAGGTGCAGCCACTGGCATAACACCTGGCT  534

seq1  ATTAATTTCAAGAGGTAGCATAGGGTGCACAACATTCCACCTCACAGATA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTCAAGAGGTAGCATAGGGTGCACAACATTCCACCTCACAGATA  584

seq1  CCCAGGAAGAGGCTGTGGAACATGCTGCATCACCCAAACGTGTATCCTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAAGAGGCTGTGGAACATGCTGCATCACCCAAACGTGTATCCTCT  634

seq1  GCTTCCTGACACCACATCTGCAGTGTTAACATGGAGCCTGTGCTGGAATA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGACACCACATCTGCAGTGTTAACATGGAGCCTGTGCTGGAATA  684

seq1  GACTCCCTCGCCTAACTTCCTGCCACTGTGTGTTTCAAGCCTACTTCACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTCGCCTAACTTCCTGCCACTGTGTGTTTCAAGCCTACTTCACA  734

seq1  AGCTGGAAGGAATAAAATAAATTAAGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAAGGAATAAAATAAATTAAGTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  784

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGCGCGCACGCGCGCGCATGCATGCATGTTTGTGCAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGCGCGCACGCGCGCGCATGCATGCATGTTTGTGCAT  834

seq1  GTGCATTCATGTGTGTGTGTGTGCGCATGCATGTTTGTGCATGTGCATTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTCATGTGTGTGTGTGTGCGCATGCATGTTTGTGCATGTGCATTC  884

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGCACATGCATGTTTGTGCATGTGCATTCATGTGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGCACATGCATGTTTGTGCATGTGCATTCATGTGT  934

seq1  GTGCATGTATGTGTGCACGTATGCATTTTAAAAGTAACACATGTCTAAAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTATGTGTGCACGTATGCATTTTAAAAGTAACACATGTCTAAAT  984

seq1  TGTAAAAGATAAGTTCTTCTTGAGGATGATGCAGACATGGCAGGCTTTTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAGATAAGTTCTTCTTGAGGATGATGCAGACATGGCAGGCTTTTG  1034

seq1  TAAACACTAGCTGATTATGTTGGACTTGCCCGTGGTTTCTGTAATTTGAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACTAGCTGATTATGTTGGACTTGCCCGTGGTTTCTGTAATTTGAT  1084

seq1  ACACAGATTAGCATCGTGTCTGTGTTTGTAGATGTGCATCCCTGGCTTGC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGATTAGCATCGTGTCTGTGTTTGTAGATGTGCATCCCTGGCTTGC  1134

seq1  TTAGCTTTTCTTTGTTCTAGTTATCGTCTGGTACCCAGGAGCTTAGATAA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTTTCTTTGTTCTAGTTATCGTCTGGTACCCAGGAGCTTAGATAA  1184

seq1  TGAATTC  1200
      |||||||
seq2  TGAATTC  1191

seq1: chr10_63654461_63655595
seq2: B6Ng01-218G20.g_63_1205

seq1  GAATTCAAACAGGACAGGAACCTGGAGGCAGGAAATGATGCATAGAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAGGACAGGAACCTGGAGGCAGGAAATGATGCATAGAGGTT  50

seq1  TGATTTTGTAAATCCATAAATATATTTTGTAAAGCCGTAAACAAAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGTAAATCCATAAATATATTTTGTAAAGCCGTAAACAAAGAAGT  100

seq1  TTTGGTTTATAAGCCCCGGACACATGGATATTTTAATCAGCCACACCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTATAAGCCCCGGACACATGGATATTTTAATCAGCCACACCTCT  150

seq1  CTATAGCTTATATAAAATAAATTGCTTGGGGAGCTTTGGTAAGATTGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTTATATAAAATAAATTGCTTGGGGAGCTTTGGTAAGATTGATA  200

seq1  AATTCTGCCACAATTAAAACAATGTCATAGGATTAGTTTTTAGAATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGCCACAATTAAAACAATGTCATAGGATTAGTTTTTAGAATTTCC  250

seq1  TAGCACTTCTTTGTGGTGCTTCCTTCTCATTCCTTCCCTAGAAATCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTCTTTGTGGTGCTTCCTTCTCATTCCTTCCCTAGAAATCATCC  300

seq1  TAAATATCAAGGACAATCACTTAATTGTTCTAAATAATTCGTATCAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCAAGGACAATCACTTAATTGTTCTAAATAATTCGTATCAGATA  350

seq1  AATTATATCCAACATAATGTGAGGATTGTATATTGATCCCTGCAATCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATCCAACATAATGTGAGGATTGTATATTGATCCCTGCAATCTTT  400

seq1  TATATTCACGTTGAACTGAAGAGACTGGCAGTGGCATTTCACCCAAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCACGTTGAACTGAAGAGACTGGCAGTGGCATTTCACCCAAGAGG  450

seq1  TTTTCTGCAGATGATGGCATTGTTTTCGGGGGGGGGGTGTAATTCTTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGCAGATGATGGCATTGTTTTCGGGGGGGGGGTGTAATTCTTAAG  500

seq1  AGAGTCTGGTGAACTCAGAATGAAAGCAGGATGAACTGGGGGAACATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGGTGAACTCAGAATGAAAGCAGGATGAACTGGGGGAACATTTT  550

seq1  GGTCTTGGAGCAAGATGGAAGCTGAGCTGAGCGAGTAATCAGGGCTCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGAGCAAGATGGAAGCTGAGCTGAGCGAGTAATCAGGGCTCCAC  600

seq1  CCAAATATAACGTAGATGTTACCTTTCAGACAAGTAGAGACAGAGTAGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATAACGTAGATGTTACCTTTCAGACAAGTAGAGACAGAGTAGCG  650

seq1  AGAAACTGGAGGACACAGGAAACTTCTGGGACGTGGAAGGAATAGAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGGAGGACACAGGAAACTTCTGGGACGTGGAAGGAATAGAAGTC  700

seq1  AAGGCAGAAAAAAACAACTGGGGTGCGCCAACCCCTCCCCAACAGACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAAAAAAACAACTGGGGTGCGCCAACCCCTCCCCAACAGACAAA  750

seq1  TTGTCCAGGAAGCGAAACAAAACTTTCTCTCCCCCAACGTGATAGTTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGGAAGCGAAACAAAACTTTCTCTCCCCCAACGTGATAGTTTTA  800

seq1  TTGGTTGTTTGGGAATGTCATCTCCTGCACC-TCCATCAGACTT-ACTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TTGGTTGTTTGGGAATGTCATCTCCTGCACCTTCCATCAGACTTAACTTC  850

seq1  CGAGTTCTTCGCGTCCTCCCCTCTACACTTCTGAA-CTGCCTTCCTGTCC  897
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CGAGTTCTTCGCGTCCCTCCCTCTACACTTCTGAACCTGCCTTCCTGTCC  900

seq1  CC-AAATGAAAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA  946
      || |||||||||| || || ||| | |  |  ||| || | || || |||
seq2  CCAAAATGAAAACTACTACGACATCTATCATCACACCATC-ACCACCACA  949

seq1  ACAACAACCGGTTTGTGCTGCTCACTAACTTACTGGCACAT-AATCAAAC  995
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AC-ACAACCGG-TTGTGCTGCTCACTAACTTACTGGCACATAAATCAAAC  997

seq1  TCCTGGTGGCCAGC-TCCTTAGAAAAACCTGAGTCCTTCCCCATCTGCG-  1043
      |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCTTGTGGCCAGCTTCCTTAG-AAAACCTGAGTCCTTCCCCATCTGCGT  1046

seq1  TCCCTGCCAGAAGCAGTCAAC-TGTGG-AAAGCCCCACTTCAGCATTTTT  1091
      ||| |||||||   ||||||| ||||| ||||| ||||||| ||  ||||
seq2  TCCTTGCCAGAGCTAGTCAACTTGTGGTAAAGCTCCACTTC-GCTATTTT  1095

seq1  AAAAAAGAGTT--CCCTTGGATGG-CTTCCTTTTTAGG-AGTGGGGTC  1135
       ||||||||||  || ||| |||| || |||||||||| || ||||||
seq2  TAAAAAGAGTTTCCCTTTGAATGGCCTCCCTTTTTAGGAAGGGGGGTC  1143