BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220A01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 122,776,943 - 122,902,389
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI851790
Upstream geneAvpr1a, Ppm1h, D630033A02Rik, Mon2, Usp15, LOC100042958
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220A01.bB6Ng01-220A01.g
ACCGA035673GA035674
length1,0671,148
definitionB6Ng01-220A01.b B6Ng01-220A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,776,943 - 122,777,993)(122,901,227 - 122,902,389)
sequence
gaattctccaaggttccgccgtctctctgcatggcctcgcttcctgtgtt
catccttacttgtacacactgccagactgttcactcatgtgcactgtagt
ctagtattttcaaccgctattcctttgcacagacgctcctctcctctgcc
tcctcccctctccctccccttccatcctcccatctcccctttctcccctc
ttctctaccttctcccctttctctaccttctcacctctcctctcccttct
ttcttctcccctctcctcccctttcttccctctcttctcccttcctctct
tcccctcccctcctctcccttccccctttctcccctcctcttccctctcc
tcccctttccttctccacttctctacaatgcactaggcacatgcaatcag
tttattacacagcagagaggtttgaggctttggaaagctcagtttgggaa
gaggattgttacctagcccgttctaacttttccctgtaaagacatactat
actgtctgtattattcctgtgagaaaacacatcttccctctctcttgaag
agagacaccatttctatcttacaaggctgcttgacaggcaaacattcagg
aacacctaatctgaaaagaaatatcaagtaatgtgttggaaagtagaaaa
gtgggaaagattcattggtaattgtttttcaatacttcttgcatttagta
catcatattaaaattactcatgtaaaggtctggttggtgggtctgcttag
aacagacacataatcttatttatctttttgttttatgtattatcgtgttt
tattccagagaagagaacaaacacatatgtatgatgaatacataaataaa
cacctttaaaatatagtgtgtgtgtggggctataccaaacatggttctag
agcccaggctagcctgattatcatcatgtattcctccacaagtattgaac
ttgttatcctaaggcacgggcttatcagtttctggctcaccataactgtg
tgttttaaagtgggttagtcttcctaacagccagcctagcctgggttttg
tataaatctcagactgt

gaattcacatcattacatattcaacatcttattgtgctgtacagtgatgg
cttagcttagaaatagcatcagcacatggaggagagaattcaacaaaagg
gggaaagctaggatgatgatacatgataactaactctaccaagcctgcag
acatgcaaatggcatgttataatccattccaaccatctccctagaaggat
aagcttatcttccaaactttggcagccttctctatgctgaagattcactt
ccaattaatggccaagagctaacctgctctattaggacattgtgtcaata
aacctgaggtttttttactcagctgcataaacaataactaattgcaaata
ttgagcttccttaatcttttatacaagagctttcatggaagactgacaaa
caccctagctatacaaggaatttgataagagagagaatagttttattcat
ttccgttttaaactctaacttgatgaaatgacaaattcaatgaaagcatt
cctcctccttcaaaagtgacttcacgatacagataatttatcccttatca
ctagcacagagatcacaatcatctgacttttctgtaaacagagtactcgg
tatacacacatgagaatcctgagatgattgctcaaatgttagtatctaca
catgctagatgcagtaactgaagacaaaaggtttaactgtcttgcataac
taaatgagctaaggtgaagttacaagagtatggctctctaaatatcaaag
atcaggccattcattcatgcaatcactattgataaatcagatatcagcta
gtgcataaagatatgctgtgttctgagctccaggccaatcaataaaaaat
cccataggtgactatctgaaacacctaagtaatcctgtatattccagctt
ctgtttaaccttgcaacttaccattttgcgatatgggtttgtgtttgcct
tcaggaattcacataatctgcaccagcagattagtaaatctcaaaagtat
ctacatcattctttctttcttttattcctccaacatatgtgagtacgtgg
tagttagcacttgaatgggccagaaactggtgactatggtgcatgcagtc
tgcaaggatggaaagcttcatggaatcaggcctgccagagttagccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_122776943_122777993
seq2: B6Ng01-220A01.b_44_1110

seq1  GAATTCTCCAAGGTTCCGCCGTCTCTCTGCATGGCCTCGCTTCCTGTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAGGTTCCGCCGTCTCTCTGCATGGCCTCGCTTCCTGTGTT  50

seq1  CATCCTTACTTGTACACACTGCCAGACTGTTCACTCATGTGCACTGTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTACTTGTACACACTGCCAGACTGTTCACTCATGTGCACTGTAGT  100

seq1  CTAGTATTTTCAACCGCTATTCCTTTGCACAGACGCTCCTCTCCTCTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATTTTCAACCGCTATTCCTTTGCACAGACGCTCCTCTCCTCTGCC  150

seq1  TCCTCCCCTCTCCCTCCCCTTCCATCCTCCCATCTCCCCTTTCTCCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCTCTCCCTCCCCTTCCATCCTCCCATCTCCCCTTTCTCCCCTC  200

seq1  TTCTCTACCTTCTCCCCTTTCTCTACCTTCTCACCTCTCCTCTCCCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTACCTTCTCCCCTTTCTCTACCTTCTCACCTCTCCTCTCCCTTCT  250

seq1  TTCTTCTCCCCTCTCCTCCCCTTTCTTCCCTCTCTTCTCCCTTCCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCCCCTCTCCTCCCCTTTCTTCCCTCTCTTCTCCCTTCCTCTCT  300

seq1  TCCCCTCCCCTCCTCTCCCTTCCCCCTTTCTCCCCTCCTCTTCCCTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCCCTCCTCTCCCTTCCCCCTTTCTCCCCTCCTCTTCCCTCTCC  350

seq1  TCCCCTTTCCTTCTCCACTTCTCTACAATGCACTAGGCACATGCAATCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTTCCTTCTCCACTTCTCTACAATGCACTAGGCACATGCAATCAG  400

seq1  TTTATTACACAGCAGAGAGGTTTGAGGCTTTGGAAAGCTCAGTTTGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACACAGCAGAGAGGTTTGAGGCTTTGGAAAGCTCAGTTTGGGAA  450

seq1  GAGGATTGTTACCTAGCCCGTTCTAACTTTTCCCTGTAAAGACATACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTGTTACCTAGCCCGTTCTAACTTTTCCCTGTAAAGACATACTAT  500

seq1  ACTGTCTGTATTATTCCTGTGAGAAAACACATCTTCCCTCTCTCTTGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGTATTATTCCTGTGAGAAAACACATCTTCCCTCTCTCTTGAAG  550

seq1  AGAGACACCATTTCTATCTTACAAGGCTGCTTGACAGGCAAACATTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACCATTTCTATCTTACAAGGCTGCTTGACAGGCAAACATTCAGG  600

seq1  AACACCTAATCTGAAAAGAAATATCAAGTAATGTGTTGGAAAGTAGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTAATCTGAAAAGAAATATCAAGTAATGTGTTGGAAAGTAGAAAA  650

seq1  GTGGGAAAGATTCATTGGTAATTGTTTTTCAATACTTCTTGCATTTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAAGATTCATTGGTAATTGTTTTTCAATACTTCTTGCATTTAGTA  700

seq1  CATCATATTAAAATTACTCATGTAAAGGTCTGGTTGGTGGGTCTGCTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATATTAAAATTACTCATGTAAAGGTCTGGTTGGTGGGTCTGCTTAG  750

seq1  AACAGACACATAATCTTATTTATCTTTTTGTTTTATGTATTATCGTG-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACAGACACATAATCTTATTTATCTTTTTGTTTTATGTATTATCGTGTTT  800

seq1  TATTCCAGAGAAGAGAAC-AACACATATGTATGATGAATACATAAATAAA  848
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAGAGAAGAGAACAAACACATATGTATGATGAATACATAAATAAA  850

seq1  CACCTTTAAAATATAGTGTGTGTGT-GGGCTATACCAAACATGGTTCTAG  897
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTAAAATATAGTGTGTGTGTGGGGCTATACCAAACATGGTTCTAG  900

seq1  AGCCCAGGCTAGCCTGATTATCATCATGTATTCCTCCACAAGTATTGAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGCTAGCCTGATTATCATCATGTATTCCTCCACAAGTATTGAAC  950

seq1  TTGTTATCCTAAGGCACGGGC-TATCAG-TTCTGGCTCA-CATAAC--TG  992
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  ||
seq2  TTGTTATCCTAAGGCACGGGCTTATCAGTTTCTGGCTCACCATAACTGTG  1000

seq1  TGTTTTAAAGT-GGTTAGTC-TCCT-ACAGCCAG-CTAGC--TGGTTTTG  1036
      ||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||
seq2  TGTTTTAAAGTGGGTTAGTCTTCCTAACAGCCAGCCTAGCCTGGGTTTTG  1050

seq1  TAT-AATCT-AGACTGT  1051
      ||| ||||| |||||||
seq2  TATAAATCTCAGACTGT  1067


seq1: chr10_122901227_122902389
seq2: B6Ng01-220A01.g_65_1212 (reverse)

seq1  TTGGCTAACTCTTGCAAGGCCTGGGAATTTCATG-AGCTTTCCATCCTTG  49
      |||||||||||| || |||||||   ||| |||| |||||||||||||||
seq2  TTGGCTAACTCTGGC-AGGCCTG---ATTCCATGAAGCTTTCCATCCTTG  46

seq1  CCAGAACTTTGCATGCACCATAGTTCACAGTTTCCTTGCCCTATCAAGGT  99
       ||||    |||||||||||||||   |||||| || ||||  |||| ||
seq2  -CAGA---CTGCATGCACCATAGTCACCAGTTT-CTGGCCCATTCAA-GT  90

seq1  GCTTACCTACCACGTACTCACATATGTTGGAGGAAATAAAAAGAAAAGAA  149
      || || |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||   |
seq2  GC-TAACTACCACGTACTCACATATGTTGGAGGAA--TAAAAGAAA--GA  135

seq1  AAGAATGATGTAGATACTTTTGAGATTTTACTTAATCTGCTGGGTGCAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||
seq2  AAGAATGATGTAGATACTTTTGAGA-TTTAC-TAATCTGCT-GGTGCAGA  182

seq1  TTATGTGAATTCCTGAAGGCAAACACAAA-CCATATCGCAAAATGGTAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAATTCCTGAAGGCAAACACAAACCCATATCGCAAAATGGTAAG  232

seq1  TTGCAAGGTTAAACAGAAGCTGGAATATACAGGATTACTTAGGTGTTTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGGTTAAACAGAAGCTGGAATATACAGGATTACTTAGGTGTTTCA  282

seq1  GATAGTCACCTATGGGATTTTTTATTGATTGGCCTGGAGCTCAGAACACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCACCTATGGGATTTTTTATTGATTGGCCTGGAGCTCAGAACACA  332

seq1  GCATATCTTTATGCACTAGCTGATATCTGATTTATCAATAGTGATTGCAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCTTTATGCACTAGCTGATATCTGATTTATCAATAGTGATTGCAT  382

seq1  GAATGAATGGCCTGATC-TTGATATTTAGAGAGCCATACTCTTGTAACTT  447
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATGGCCTGATCTTTGATATTTAGAGAGCCATACTCTTGTAACTT  432

seq1  CACCTTAGCTCATTTAGTTATGCAAGACAGTTAAACCTTTTGTCTTCAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTAGCTCATTTAGTTATGCAAGACAGTTAAACCTTTTGTCTTCAGT  482

seq1  TACTGCATCTAGCATGTGTAGATACTAACATTTGAGCAATCATCTCAGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCATCTAGCATGTGTAGATACTAACATTTGAGCAATCATCTCAGGA  532

seq1  TTCTCATGTGTGTATACCGAGTACTCTGTTTACAGAAAAGTCAGATGATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATGTGTGTATACCGAGTACTCTGTTTACAGAAAAGTCAGATGATT  582

seq1  GTGATCTCTGTGCTAGTGATAAGGGATAAATTATCTGTATCGTGAAGTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTCTGTGCTAGTGATAAGGGATAAATTATCTGTATCGTGAAGTCA  632

seq1  CTTTTGAAGGAGGAGGAATGCTTTCATTGAATTTGTCATTTCATCAAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAAGGAGGAGGAATGCTTTCATTGAATTTGTCATTTCATCAAGTT  682

seq1  AGAGTTTAAAACGGAAATGAATAAAACTATTCTCTCTCTTATCAAATTCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTAAAACGGAAATGAATAAAACTATTCTCTCTCTTATCAAATTCC  732

seq1  TTGTATAGCTAGGGTGTTTGTCAGTCTTCCATGAAAGCTCTTGTATAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGCTAGGGTGTTTGTCAGTCTTCCATGAAAGCTCTTGTATAAAA  782

seq1  GATTAAGGAAGCTCAATATTTGCAATTAGTTATTGTTTATGCAGCTGAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGGAAGCTCAATATTTGCAATTAGTTATTGTTTATGCAGCTGAGT  832

seq1  AAAAAAACCTCAGGTTTATTGACACAATGTCCTAATAGAGCAGGTTAGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCTCAGGTTTATTGACACAATGTCCTAATAGAGCAGGTTAGCT  882

seq1  CTTGGCCATTAATTGGAAGTGAATCTTCAGCATAGAGAAGGCTGCCAAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCATTAATTGGAAGTGAATCTTCAGCATAGAGAAGGCTGCCAAAG  932

seq1  TTTGGAAGATAAGCTTATCCTTCTAGGGAGATGGTTGGAATGGATTATAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGATAAGCTTATCCTTCTAGGGAGATGGTTGGAATGGATTATAA  982

seq1  CATGCCATTTGCATGTCTGCAGGCTTGGTAGAGTTAGTTATCATGTATCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATTTGCATGTCTGCAGGCTTGGTAGAGTTAGTTATCATGTATCA  1032

seq1  TCATCCTAGCTTTCCCCCTTTTGTTGAATTCTCTCCTCCATGTGCTGATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTAGCTTTCCCCCTTTTGTTGAATTCTCTCCTCCATGTGCTGATG  1082

seq1  CTATTTCTAAGCTAAGCCATCACTGTACAGCACAATAAGATGTTGAATAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTAAGCTAAGCCATCACTGTACAGCACAATAAGATGTTGAATAT  1132

seq1  GTAATGATGTGAATTC  1163
      ||||||||||||||||
seq2  GTAATGATGTGAATTC  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |