BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220B19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 67,553,222 - 67,670,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArid5b
Upstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2, Egr2, Gm237, LOC100040081, LOC100039618, Zfp365, Plekhk1
Downstream geneLOC100040136, 1700040L02Rik, EG665342, Tmem26
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220B19.bB6Ng01-220B19.g
ACCGA035754GA035755
length1,118371
definitionB6Ng01-220B19.b B6Ng01-220B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,553,222 - 67,554,358)(67,670,498 - 67,670,866)
sequence
gaattcaggaattctgaatccatgtagcacaaattaatgcaattcattta
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatttatttatttatttatttatttatttatttatatttttgtaga
tcaaccttatggctctctcttctcttaccccactcctgaccactggtcat
ttccagctcttcctctccacttaggcttactgtaaataaccactcagacc
ctgatcgctatcagctgtaaaacatttgttctctttggccgttttcctgg
aatgtatcattaggtattttcattgcttttgtgccccaagtgaatcttta
ccaaaggtattgtcccgttctgacaacatttaccaagcaaacctgattta
aaaaaaaaaaaatcatgaagtttcctgttgtgcttgaatctcatctacag
aggctcagtgtggtgcagagggatagatatccttctgctgtatgcaacca
agccacagtacaggatgagatagacgtgggtcaaagtcatggtcagagga
ccatggggctaagggtccttcccgttagaaaagggatggcagtcagggag
gagagggtgggaagcacagctatgttgtcacgactcttgctggccttgta
gtccattggagagtctattctaatgagaaaaggggtcctggattatcttt
ttatctaaatggatgctccccccaagcccctgtcccacacgtccattgtt
gtagtggcatgcatgcttgcctccaaattgatttctccggtctactcaaa
gcctatcccgatgatgtgatatggcctcaagcctcaactgtcaccggaat
cctcccctgaccccattcctgcccttcctgccttatctccgagactcctc
aggaaaggaatccgtcggtctgcgtcacggatgcctcatttcgactgctg
gcaagttgagttgggccaggggcgagcccacaggcttcggggaaagaccc
aacatctttatcatctctaccatgacgctatgatacgacgtcaagtcctg
cattttcaccctgtgctctttctccagtccctcagatgtgcatcagtcta
cacccaacggctgccact

aaaacgcaaagcagctgttcagcccagagcacagtgtggcacgcgcgggc
ttcacaaccactgtttgagatggacgacccaggaacaaatggtttcgtgg
gtgataaattagtaatgtttctagagcccgtggttaccaaagattagcct
ttcagagctgcagaggcccagagttattatcaaggaggacagctcatcag
tggctttccacagcactgcaggagcagctctgcctttgtgaggcatttca
gtgttgtggacgacatcagtggagagacaagtaatggctatgtagaagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatag
atagataataggtgggtaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_67553222_67554358
seq2: B6Ng01-220B19.b_43_1160

seq1  GAATTCAGGAATTCTGAATCCATGTAGCACAAATTAATGCAATTCATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAATTCTGAATCCATGTAGCACAAATTAATGCAATTCATTTA  50

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  100

seq1  TATCTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATATTTTTGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATATTTTTGTAGA  150

seq1  TCAACCTTATGGCTCTCTCTTCTCTTACCCCACTCCTGACCACTGGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTATGGCTCTCTCTTCTCTTACCCCACTCCTGACCACTGGTCAT  200

seq1  TTCCAGCTCTTCCTCTCCACTTAGGCTTACTGTAAATAACCACTCAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTCTTCCTCTCCACTTAGGCTTACTGTAAATAACCACTCAGACC  250

seq1  CTGATCGCTATCAGCTGTAAAACATTTGTTCTCTTTGGCCGTTTTCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCGCTATCAGCTGTAAAACATTTGTTCTCTTTGGCCGTTTTCCTGG  300

seq1  AATGTATCATTAGGTATTTTCATTGCTTTTGTGCCCCAAGTGAATCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATCATTAGGTATTTTCATTGCTTTTGTGCCCCAAGTGAATCTTTA  350

seq1  CCAAAGGTATTGTCCCGTTCTGACAACATTTACCAAGCAAACCTGATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGTATTGTCCCGTTCTGACAACATTTACCAAGCAAACCTGATTTA  400

seq1  AAAAAAAAAAAATCATGAAGTTTCCTGTTGTGCTTGAATCTCATCTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAATCATGAAGTTTCCTGTTGTGCTTGAATCTCATCTACAG  450

seq1  AGGCTCAGTGTGGTGCAGAGGGATAGATATCCTTCTGCTGTATGCAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTGTGGTGCAGAGGGATAGATATCCTTCTGCTGTATGCAACCA  500

seq1  AGCCACAGTACAGGATGAGATAGACGTGGGTCAAAGTCATGGTCAGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGTACAGGATGAGATAGACGTGGGTCAAAGTCATGGTCAGAGGA  550

seq1  CCATGGGGCTAAGGGTCCTTCCCGTTAGAAAAGGGATGGCAGTCAGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGGCTAAGGGTCCTTCCCGTTAGAAAAGGGATGGCAGTCAGGGAG  600

seq1  GAGAGGGTGGGAAGCACAGCTATGTTGTCACGACTCTTGCTGGCCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGTGGGAAGCACAGCTATGTTGTCACGACTCTTGCTGGCCTTGTA  650

seq1  GTCCATTGGAGAGTCTATTCTAATGAGAAAAGGGGTCCTGGATTATCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGGAGAGTCTATTCTAATGAGAAAAGGGGTCCTGGATTATCTTT  700

seq1  TTATCTAAATGGATGCTCCCCCCAAGCCCCTGTCCCACACGTCCATTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAAATGGATGCTCCCCCCAAGCCCCTGTCCCACACGTCCATTGTT  750

seq1  GTAGTGGCATGCATGCTTGCCTCCAAATTGATTTCTCCGGTCTACTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGCATGCATGCTTGCCTCCAAATTGATTTCTCCGGTCTACTCAAA  800

seq1  GCCTATCCCGATGATGTGATATGGCCTCAAGCCTCAACTGTCACCGGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCCCGATGATGTGATATGGCCTCAAGCCTCAACTGTCACCGGAAT  850

seq1  CCTCCCCTGACCCCATTCCTGCCCTTCCTGCCTTATCTCCGAGACTCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTGACCCCATTCCTGCCCTTCCTGCCTTATCTCCGAGACTCCTC  900

seq1  AGGAAAGGAATCCGTCGGTCTGCGTCACGGATGCCTCATTTCGACTGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGAATCCGTCGGTCTGCGTCACGGATGCCTCATTTCGACTGCTG  950

seq1  GCAAGTTGAGTTGGGCCAGGGGCGAGCCCACAGGCTTTCGGGGAAAGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCAAGTTGAGTTGGGCCAGGGGCGAGCCCACAGGC-TTCGGGGAAAGACC  999

seq1  CAACATCTTTATCATCTCTACCCAATGGACGCTATTGATACCGACGTCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| |||||||||
seq2  CAACATCTTTATCATCTCTACC--AT-GACGCTA-TGATA-CGACGTCAA  1044

seq1  GTTCCTGCATTTTCAACCCCTGTGCTCTTTCTTCCAAGTCCCTCAGGGAT  1100
      | |||||||||||||  |||||||||||||||  | |||||||||  |||
seq2  G-TCCTGCATTTTCA--CCCTGTGCTCTTTCT--CCAGTCCCTCA--GAT  1087

seq1  GTGGCCATCCAGTCTACCACCCAAAACGTCTGCCACT  1137
      |||  ||| ||||||| |||||  |||| ||||||||
seq2  GTG--CAT-CAGTCTA-CACCC--AACGGCTGCCACT  1118


seq1: chr10_67670498_67670866
seq2: B6Ng01-220B19.g_64_440 (reverse)

seq1  ACCTACCCACCTAT--------TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  42
      ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCCACCTATTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  50

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCTACATAGCCATTACTTGTCTCTC  92
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCTACATAGCCATTACTTGTCTCTC  100

seq1  CACTGATGTCGTCCACAACACTGAAATGCCTCACAAAGGCAGAGCTGCTC  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATGTCGTCCACAACACTGAAATGCCTCACAAAGGCAGAGCTGCTC  150

seq1  CTGCAGTGCTGTGGAAAGCCACTGATGAGCTGTCCTCCTTGATAATAACT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGCTGTGGAAAGCCACTGATGAGCTGTCCTCCTTGATAATAACT  200

seq1  CTGGGCCTCTGCAGCTCTGAAAGGCTAATCTTTGGTAACCACGGGCTCTA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTCTGCAGCTCTGAAAGGCTAATCTTTGGTAACCACGGGCTCTA  250

seq1  GAAACATTACTAATTTATCACCCACGAAACCATTTGTTCCTGGGTCGTCC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTACTAATTTATCACCCACGAAACCATTTGTTCCTGGGTCGTCC  300

seq1  ATCTCAAACAGTGGTTGTGAAGCCCGCGCGTGCCACACTGTGCTCTGGGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAACAGTGGTTGTGAAGCCCGCGCGTGCCACACTGTGCTCTGGGC  350

seq1  TGAACAGCTGCTTTGCGTTTTGAATTC  369
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGCTGCTTTGCGTTTTGAATTC  377


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |