BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225B04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 92,332,382 - 92,497,023
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930485B16Rik
Upstream geneLOC100041799, LOC667203, LOC216229, LOC100041814, Nedd1, Gm872
Downstream geneEG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338, LOC100041907, Usp44, Metap2, Vezt
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225B04.bB6Ng01-225B04.g
ACCGA039359GA039360
length1,1901,140
definitionB6Ng01-225B04.b B6Ng01-225B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,495,839 - 92,497,023)(92,332,382 - 92,333,563)
sequence
gaattcctggtttgctatctgtactgttcctcaaggctgtaaaatggctg
cccgtttctctcttcagaatcgtatccagctggagaagtaggctgtgtgc
ctgtttttgcagtttttggtttttagcaagatgatgtctctattatccca
ggtcagccttgaactcactgtgtagcaaaggctggacttgaactgttgat
cttctcgcctctggccttccaagggttgggattgcaaacctgtaccacca
tgcctggctcacattcctgtcttccaacgtcccgtgacttcctttcccaa
gctccttgcatgatcgttactattttattattgtcttagcttgtgggtca
aaaaatagtttctacgttttctgcagctgagagactagggtacttgtttc
tagagcacttgttaccagaagcaaaaaccccaaatgacagagcctttaaa
agtctatttcttattcaattgtattgtgtcatgcactaggtacttttgga
agatggtcttacactattggctcattcccaggcttaacaggacataacat
tttgccttttattatgatgttgccatcgatattggaaattatttatgaac
taagtggttcagttgaaattatcaagtattttaaagtaggacatgtagct
ctgcctcacagatacttgtttgcattcctccagttcagactgggatcctt
tggcatccgtcttagtccacaggctctgccattctttcaaatgggctttg
tggaaaaacataggggctggagagatggctcagtggttaagagcactggc
tgctcttccagaggtcctgagttcaattcccagaaccacatggtgactca
cagccatctgtaataagatctgctgctctcttctggtgtgtctgaagaca
gctacggtgcattcacatgcataaaataaatacataaatataataattct
ttaaaaaatattgtcttaaaaaaaagaacacagagggttgagcattacca
attcttaataccatctgttgaggaacaaaattcttaatatattttttaaa
aagaattatttttatataaattaaattttaagttacacaaaaagaaaaca
ttttgatatttttgttcaattctggtggctaggtaatatctaagatatat
aattagtaagattattaagtgcactctcctttaatgtctg
gaattcttaactaagacacaagggaagaaaaaaatcatagtatgaaaaaa
ataatatatgatccctgatatatggaatatgcatcacaggcaagtcaatt
ggttagctttgacaatttaatcaatgtataagtcactttaaataagctac
atcacatagctattacatgcatttgttgaaatgtcaaacaggtacacatg
tacatccaaatctttattaagggaaaatgaaatggcttgtgtctggttac
cagtgattataaatgctacaaagatatagaaactatttctaaggtcttca
aacagacataacagatagaatcccgccccaagtataacttctcctttcct
tcaagcagattcattgtacttctatggcagctgatagatggggaaaacag
gccagacaacagggaggatcaacagtggagaacacaagaccacagggagg
atcaacaatggaggacacaggacaacagggaggatcaacagtggaggaca
caagaccatagggaggattaacaatggaggacacaggaccacagggagga
tcaacaatggaggatgcaggacaacagagacagtcaacaatggaggacac
aagacaacagaagccaacaatagaggacacaaaacaacagagacagtcaa
caatggaggacacaagacaacagaagccaataatggaggacacaagacaa
cagagacagccaataatggagaacacaagacaacagagacagccaataat
ggagaacagaagacaatcaacaatgagggacacaggacaacagaaagagt
caacaatggaggacacaggacaacagaaagagtcaacaatggaggacaca
ggacaacagaaagagtcaacaatggaggacacaggacaacaggaaagggt
caacatacaccctctaacctgtgcagcagctcgtattgcgatccaggcca
gtgagctatacatctcagttgagttgctactgggtctttaacagagctgt
gcccttctgggagagctaaataagtaataggagcattagatagactattc
gcagtgtttctgacaatctcatatcccagatgacatgctagttgaataat
ctgccagcatggaggaatataactattccttgccatgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_92495839_92497023
seq2: B6Ng01-225B04.b_43_1232 (reverse)

seq1  CAGACCATTAA--GAGAGTGCACTAAATTATCTTTTTAATTATTTATTAA  48
      |||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||  ||||||| |    |
seq2  CAGA-CATTAAAGGAGAGTGCACTTAATAATCTTACTAATTATAT----A  45

seq1  TCTTAGATATTACTTA-CCACCAGAATTTGAC-AAAATATCAAAATGTTT  96
      ||||||||||||| || |||||||||||  || |||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATATTACCTAGCCACCAGAATTGAACAAAAATATCAAAATGTTT  95

seq1  --CTTTTGTGT-ACTTAAAATTTTATTTATAT-AAAATAA-TCTTTTT-A  140
         |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |
seq2  TCTTTTTGTGTAACTTAAAATTTAATTTATATAAAAATAATTCTTTTTAA  145

seq1  AAAATATA-TAAGAATTTTGTTCCTCAACAAGATGGTATTA--GATTGGT  187
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  AAAATATATTAAGAATTTTGTTCCTCAAC-AGATGGTATTAAGAATTGGT  194

seq1  AATTGCTCAACCCTCTGTGTTC-TTTTTTTAAGACAATATTTTTTAAAGA  236
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AA-TGCTCAACCCTCTGTGTTCTTTTTTTTAAGACAATATTTTTTAAAGA  243

seq1  ATTATTTATATTTATGTATTTATTTTATGCATGTGAATGCACCGTAGCTG  286
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTA-TTATATTTATGTATTTATTTTATGCATGTGAATGCACCGTAGCTG  292

seq1  TCTTCAGACACACCAGAAGAGAGCAGCAGATCTTATTACAGATGGCTGTG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGACACACCAGAAGAGAGCAGCAGATCTTATTACAGATGGCTGTG  342

seq1  AGTCACCATGTGGTTTCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAG  386
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCATGTGG-TTCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAG  391

seq1  CCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTATGTTTTTCCAC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTATGTTTTTCCAC  441

seq1  AAAGCCCATTTGAAAGAATGGCAGAGCCTGTGGACTAAGACGGATGCCAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCATTTGAAAGAATGGCAGAGCCTGTGGACTAAGACGGATGCCAA  491

seq1  AGGATCCCAGTCTGAACTGGAGGAATGCAAACAAGTATCTGTGAGGCAGA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCCAGTCTGAACTGGAGGAATGCAAACAAGTATCTGTGAGGCAGA  541

seq1  GCTACATGTCCTACTTTAAAATACTTGATAATTTCAACTGAACCACTTAG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATGTCCTACTTTAAAATACTTGATAATTTCAACTGAACCACTTAG  591

seq1  TTCATAAATAATTTCCAATATCGATGGCAACATCATAATAAAAGGCAAAA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAATAATTTCCAATATCGATGGCAACATCATAATAAAAGGCAAAA  641

seq1  TGTTATGTCCTGTTAAGCCTGGGAATGAGCCAATAGTGTAAGACCATCTT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGTCCTGTTAAGCCTGGGAATGAGCCAATAGTGTAAGACCATCTT  691

seq1  CCAAAAGTACCTAGTGCATGACACAATACAATTGAATAAGAAATAGACTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGTACCTAGTGCATGACACAATACAATTGAATAAGAAATAGACTT  741

seq1  TTAAAGGCTCTGTCATTTGGGGTTTTTGCTTCTGGTAACAAGTGCTCTAG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCTCTGTCATTTGGGGTTTTTGCTTCTGGTAACAAGTGCTCTAG  791

seq1  AAACAAGTACCCTAGTCTCTCAGCTGCAGAAAACGTAGAAACTATTTTTT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGTACCCTAGTCTCTCAGCTGCAGAAAACGTAGAAACTATTTTTT  841

seq1  GACCCACAAGCTAAGACAATAATAAAATAGTAACGATCATGCAAGGAGCT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACAAGCTAAGACAATAATAAAATAGTAACGATCATGCAAGGAGCT  891

seq1  TGGGAAAGGAAGTCACGGGACGTTGGAAGACAGGAATGTGAGCCAGGCAT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGGAAGTCACGGGACGTTGGAAGACAGGAATGTGAGCCAGGCAT  941

seq1  GGTGGTACAGGTTTGCAATCCCAACCCTTGGAAGGCCAGAGGCGAGAAGA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTACAGGTTTGCAATCCCAACCCTTGGAAGGCCAGAGGCGAGAAGA  991

seq1  TCAACAGTTCAAGTCCAGCCTTTGCTACACAGTGAGTTCAAGGCTGACCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGTTCAAGTCCAGCCTTTGCTACACAGTGAGTTCAAGGCTGACCT  1041

seq1  GGGATAATAGAGACATCATCTTGCTAAAAACCAAAAACTGCAAAAACAGG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAATAGAGACATCATCTTGCTAAAAACCAAAAACTGCAAAAACAGG  1091

seq1  CACACAGCCTACTTCTCCAGCTGGATACGATTCTGAAGAGAGAAACGGGC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCCTACTTCTCCAGCTGGATACGATTCTGAAGAGAGAAACGGGC  1141

seq1  AGCCATTTTACAGCCTTGAGGAACAGTACAGATAGCAAACCAGGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTACAGCCTTGAGGAACAGTACAGATAGCAAACCAGGAATTC  1190

seq1: chr10_92332382_92333563
seq2: B6Ng01-225B04.g_67_1206

seq1  GAATTCTTAACTAAGACACAAGGGAAGAAAAAAATCATAGTATGAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAACTAAGACACAAGGGAAGAAAAAAATCATAGTATGAAAAAA  50

seq1  ATAATATATGATCCCTGATATATGGAATATGCATCACAGGCAAGTCAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATATGATCCCTGATATATGGAATATGCATCACAGGCAAGTCAATT  100

seq1  GGTTAGCTTTGACAATTTAATCAATGTATAAGTCACTTTAAATAAGCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCTTTGACAATTTAATCAATGTATAAGTCACTTTAAATAAGCTAC  150

seq1  ATCACATAGCTATTACATGCATTTGTTGAAATGTCAAACAGGTACACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATAGCTATTACATGCATTTGTTGAAATGTCAAACAGGTACACATG  200

seq1  TACATCCAAATCTTTATTAAGGGAAAATGAAATGGCTTGTGTCTGGTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCAAATCTTTATTAAGGGAAAATGAAATGGCTTGTGTCTGGTTAC  250

seq1  CAGTGATTATAAATGCTACAAAGATATAGAAACTATTTCTAAGGTCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATTATAAATGCTACAAAGATATAGAAACTATTTCTAAGGTCTTCA  300

seq1  AACAGACATAACAGATAGAATCCCGCCCCAAGTATAACTTCTCCTTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACATAACAGATAGAATCCCGCCCCAAGTATAACTTCTCCTTTCCT  350

seq1  TCAAGCAGATTCATTGTACTTCTATGGCAGCTGATAGATGGGGAAAACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAGATTCATTGTACTTCTATGGCAGCTGATAGATGGGGAAAACAG  400

seq1  GCCAGACAACAGGGAGGATCAACAGTGGAGAACACAAGACCACAGGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACAACAGGGAGGATCAACAGTGGAGAACACAAGACCACAGGGAGG  450

seq1  ATCAACAATGGAGGACACAGGACAACAGGGAGGATCAACAGTGGAGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAATGGAGGACACAGGACAACAGGGAGGATCAACAGTGGAGGACA  500

seq1  CAAGACCATAGGGAGGATTAACAATGGAGGACACAGGACCACAGGGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCATAGGGAGGATTAACAATGGAGGACACAGGACCACAGGGAGGA  550

seq1  TCAACAATGGAGGATGCAGGACAACAGAGACAGTCAACAATGGAGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAATGGAGGATGCAGGACAACAGAGACAGTCAACAATGGAGGACAC  600

seq1  AAGACAACAGAAGCCAACAATAGAGGACACAAAACAACAGAGACAGTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACAGAAGCCAACAATAGAGGACACAAAACAACAGAGACAGTCAA  650

seq1  CAATGGAGGACACAAGACAACAGAAGCCAATAATGGAGGACACAAGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGACACAAGACAACAGAAGCCAATAATGGAGGACACAAGACAA  700

seq1  CAGAGACAGCCAATAATGGAGAACACAAGACAACAGAGACAGCCAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAGCCAATAATGGAGAACACAAGACAACAGAGACAGCCAATAAT  750

seq1  GGAGAACAGAAGACAATCAACAATGAGGGACACAGGACAACAGAAAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACAGAAGACAATCAACAATGAGGGACACAGGACAACAGAAAGAGT  800

seq1  CAACAATGGAGGACACAGGACAACAGAAAGAGTCAACAATGGAGGACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGGAGGACACAGGACAACAGAAAGAGTCAACAATGGAGGACACA  850

seq1  GGACAACAGAAAGAGTCAACAATGGAGGACACAGGACAACAGAAAGAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
seq2  GGACAACAGAAAGAGTCAACAATGGAGGACACAGGACAACAG--------  892

seq1  AACAATGGAGGACACAGGACAACAGGAAGGGTCAACATACACCCTCTAAC  950
                              | ||||||||||||||||||||||||
seq2  ------------------------GAAAGGGTCAACATACACCCTCTAAC  918

seq1  CTGTGCAGCAGCTCGTATTGCGATCCAGGCCAGTGAGCTATACATCTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCAGCTCGTATTGCGATCCAGGCCAGTGAGCTATACATCTCAG  968

seq1  TTTGAGTTGCTACTGGGTCTTTAACAGAGCTGTG-CCTTCTGGGAAGAGG  1049
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
seq2  -TTGAGTTGCTACTGGGTCTTTAACAGAGCTGTGCCCTTCTGGG-AGA-G  1015

seq1  CTAAAATAGTAAATAGGAAGCATTTAGGATTAAGACTA-TCGCAGTGTTT  1098
      |||||  ||| |||||| ||||||   |||  |||||| |||||||||||
seq2  CTAAATAAGT-AATAGG-AGCATT--AGAT--AGACTATTCGCAGTGTTT  1059

seq1  CTTGACAAATCTCATATCCCCAGATGACATGCTAGTGGAATAATCTGCAG  1148
      | |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  
seq2  C-TGAC-AATCTCATAT-CCCAGATGACATGCTAGTTGAATAATCTGCCA  1106

seq1  CCATGAAGAAATATAA-TATATTCTTGCCATGAAA  1182
       |||| || ||||||| ||| | ||||||||||||
seq2  GCATGGAGGAATATAACTAT-TCCTTGCCATGAAA  1140