BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226H06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 104,693,353 - 104,904,629
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmtc2
Upstream geneLOC100042383
Downstream geneEG627573, BC067068, Ccdc59, EG667758, EG639162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226H06.bB6Ng01-226H06.g
ACCGA040390GA040391
length1,1741,084
definitionB6Ng01-226H06.b B6Ng01-226H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,693,353 - 104,694,548)(104,903,541 - 104,904,629)
sequence
gaattctcactttaatttgaatacctgaagtgaaatgagtctgttatgtg
acacaaagatcacttctttgggatactgcccggaattgatggagagtcag
gtagcaaacattttaaacacaaaaaaatgaccacaaagatgaaataaagg
tatagtgggcttccctcaagtaattattcaagcaatctcaaatgacatgt
gtatacagggcataatagcaaaatttcctggtatcacttatggatctttc
accatcaatgtctacttagaacggcagcttttattcttactgctcctacc
acactaagaactacatactccaaattgcttcagtttattgactgcttcta
agctccttttcttccccaggacatcccaccattaagctttctacactgct
aaggctatctcacaccaatccctcgtcatttcttgattacttaactgtcc
ttaaatttctttcatttttatgtcctaaatatgtttttctcattgaagcc
ttctttgacaaattaccaatggttgccagaatttcttatgatttatgttt
ccctataacctaatttaccatcaaaaccaaagcagttcaaagaatataag
ggaactatattaattatcctgggacaagagtgaacaccagaattgtcccc
atattgctacctcagttacaagaatatcccaacccgctcagcacaactgg
gaagcaaagcattagcaaaccactgttctggatcacactcctggcacagg
ggtgataggtaggagagacatagaagaacttctcttgagcccaccaagat
agctactagagcttaaactgagagctactgtaagatacactagcaagatt
ttattgaaaggacccagatgtagctgtctcttgtgagactatgcccgggg
cctagcaaacacagaagtggatgctcacagtcagctaatggatggatcat
agggctcccaatggaggagctagagaaagtagccaaggagctaatggatc
tgcaaccctattaggtgaacacattatgactacagtaccccgagctcttg
acttctagctgcatattattatcaaagatgcctagtcgcatcactgcaaa
gagagccaattgacttgcaactttatatgccaagttaaggaacacaggtc
aacggaagtgtgcaggggagtggg
gaattcatcagcatctccagtcatctggctccttaccttacaaagtatct
ctttcattcattctgctacaatcacggctctgcagcgggctctgcagcgg
gctctcactactctgcgccctccccccccccccatctgaatagttggtct
cagtacttggtacccagctggacatcagagccctttcttctccttcaagc
tgtttccatgattgtgctttcaaagacaactcatttttatcatcaaagta
gattatgtgaggaaaggggcgtgggtaaatataagaattctttcaggctc
ctaaaataataaatgcaagctaacaacccccagtcgatggaattttacca
gttttagtgtgctcagatgtgtgaacttgggaatgtattatttaatctca
ttgataaaatgataaaaatatccaaggcatacaattcttccttcttttct
cagggtgtaaggggaaaacagggcttttctgtttttgtttttaactggta
aaggtagagttgaatcctgcacaaacatcttttttttttttttttttttt
aatgttgtcgttgtgagatcttgcttggaaacgtatttatgcatgactta
gtgctttccctgttggctgtagatctctgttaaaaagacagaaatggtga
taaatcagaaatgcacactggtatattcagaaaacatgtttgtacacatt
tggatgcaagcctgtatttctataactttggtgtatttgtttattgacta
tattaaaagttctcttaaaagggaagcaatggtttagacaactttaaaat
attagcatcatggtattttaaggatctctaagtgtgccattatgtgttag
agttccctgtgaaagactgaagaaggtttagtgaaatggggcttgagtta
attggttaaaaggcaattggaagcataatcatttttatatattcaaatgt
aatagtaatataatgtccttaatggcctgaacctggtttgatataatagg
ataaaagaagcagcaatttaccaggtgaaaacatagcatacccaagaatg
atgtttgatgaattaaggttaatacatgttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_104693353_104694548
seq2: B6Ng01-226H06.b_47_1220

seq1  GAATTCTCACTTTAATTTGAATACCTGAAGTGAAATGAGTCTGTTATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTTTAATTTGAATACCTGAAGTGAAATGAGTCTGTTATGTG  50

seq1  ACACAAAGATCACTTCTTTGGGATACTGCCCGGAATTGATGGAGAGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGATCACTTCTTTGGGATACTGCCCGGAATTGATGGAGAGTCAG  100

seq1  GTAGCAAACATTTTAAACACAAAAAAATGACCACAAAGATGAAATAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAACATTTTAAACACAAAAAAATGACCACAAAGATGAAATAAAGG  150

seq1  TATAGTGGGCTTCCCTCAAGTAATTATTCAAGCAATCTCAAATGACATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGGGCTTCCCTCAAGTAATTATTCAAGCAATCTCAAATGACATGT  200

seq1  GTATACAGGGCATAATAGCAAAATTTCCTGGTATCACTTATGGATCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAGGGCATAATAGCAAAATTTCCTGGTATCACTTATGGATCTTTC  250

seq1  ACCATCAATGTCTACTTAGAACGGCAGCTTTTATTCTTACTGCTCCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAATGTCTACTTAGAACGGCAGCTTTTATTCTTACTGCTCCTACC  300

seq1  ACACTAAGAACTACATACTCCAAATTGCTTCAGTTTATTGACTGCTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAGAACTACATACTCCAAATTGCTTCAGTTTATTGACTGCTTCTA  350

seq1  AGCTCCTTTTCTTCCCCAGGACATCCCACCATTAAGCTTTCTACACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTTTCTTCCCCAGGACATCCCACCATTAAGCTTTCTACACTGCT  400

seq1  AAGGCTATCTCACACCAATCCCTCGTCATTTCTTGATTACTTAACTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTATCTCACACCAATCCCTCGTCATTTCTTGATTACTTAACTGTCC  450

seq1  TTAAATTTCTTTCATTTTTATGTCCTAAATATGTTTTTCTCATTGAAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTCTTTCATTTTTATGTCCTAAATATGTTTTTCTCATTGAAGCC  500

seq1  TTCTTTGACAAATTACCAATGGTTGCCAGAATTTCTTATGATTTATGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGACAAATTACCAATGGTTGCCAGAATTTCTTATGATTTATGTTT  550

seq1  CCCTATAACCTAATTTACCATCAAAACCAAAGCAGTTCAAAGAATATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATAACCTAATTTACCATCAAAACCAAAGCAGTTCAAAGAATATAAG  600

seq1  GGAACTATATTAATTATCCTGGGACAAGAGTGAACACCAGAATTGTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTATATTAATTATCCTGGGACAAGAGTGAACACCAGAATTGTCCCC  650

seq1  ATATTGCTACCTCAGTTACAAGAATATCCCAACCCGCTCAGCACAACTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTACCTCAGTTACAAGAATATCCCAACCCGCTCAGCACAACTGG  700

seq1  GAAGCAAAGCATTAGCAAACCACTGTTCTGGATCACACTCCTGGCACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAGCATTAGCAAACCACTGTTCTGGATCACACTCCTGGCACAGG  750

seq1  GGTGATAGGTAGGAGAGACATAGAAGAACTTCTCTTGAGCCCACCAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAGGTAGGAGAGACATAGAAGAACTTCTCTTGAGCCCACCAAGAT  800

seq1  AGCTACTAGAGCTTAAACTGAGAGCTACTGTAAGATACACTAGCAAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTAGAGCTTAAACTGAGAGCTACTGTAAGATACACTAGCAAGATT  850

seq1  TTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATG-CCGGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTATTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCCGGGG  900

seq1  CCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCAT  950

seq1  AGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAGCCAAGGAGCTAAAGGGAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  AGGGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAGCCAAGGAGCT-AATGGAT  999

seq1  CTGCAACCCTA-TAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGA  1048
      ||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||  ||||||||| ||
seq2  CTGCAACCCTATTAGGT-GAAC-ACATTATG-ACTA--CAGTACCCC-GA  1043

seq1  GCTCTTGAC-TCTAGCTGCATATATATCA--AAAGATGGCCTAGTCGGCC  1095
      ||||||||| ||||||||||||| ||| |  |||||| |||||||||  |
seq2  GCTCTTGACTTCTAGCTGCATAT-TATTATCAAAGAT-GCCTAGTCG--C  1089

seq1  ATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGT  1145
      ||||||| ||||||||  ||| | ||||||| ||||||||||| || |||
seq2  ATCACTGCAAAGAGAG--CCAATTGACTTGC-AACTTTATATG-CCAAGT  1135

seq1  ACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGCAGGGGAGTGG  1195
        |  |||||| |||| |    || ||       ||| ||||||||||||
seq2  TAA--GGAACA-CAGGTC----AACGG-----AAGTGTGCAGGGGAGTGG  1173

seq1  G  1196
      |
seq2  G  1174

seq1: chr10_104903541_104904629
seq2: B6Ng01-226H06.g_65_1148 (reverse)

seq1  TTTCAACATGGTATTTAAACCTT-ATTCATCAAACCATCAACTCCTTTTG  49
      ||||||||| |||||  |||||| |||||||||| |||||     || | 
seq2  TTTCAACAT-GTATT--AACCTTAATTCATCAAA-CATCA-----TTCTT  41

seq1  GGTTATGCTATGTTTTCA-CTGGT-AATTGCTGCTTCTTTTATCCTATTA  97
      || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGCTATGTTTTCACCTGGTAAATTGCTGCTTCTTTTATCCTATTA  91

seq1  T-CAAAACCAGTTTCA-GCCATTAAGGACATTTAATATTACTATTACATA  145
      |   ||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| 
seq2  TATCAAACCAGGTTCAGGCCATTAAGGACATT--ATATTACTATTACATT  139

seq1  TGAATATATAAAAATGAATTATGCTT-CAAATGCC-TTTAACCAATTAAC  193
      |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
seq2  TGAATATATAAAAATG-ATTATGCTTCCAATTGCCTTTTAACCAATTAAC  188

seq1  TCAAGCCCCATTTCACTAAACCCTTCCTCAGTCTTTCACAGGGAACTCTA  243
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCCCATTTCACTAAA-CCTTCTTCAGTCTTTCACAGGGAACTCTA  237

seq1  ACACATAATGGCACACTTAGAGATCCTTAAAATACCATGATGCTAATATT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAATGGCACACTTAGAGATCCTTAAAATACCATGATGCTAATATT  287

seq1  TTAAAGTTGTCTAAACCATTGCTTCCCTTTTAAGAGAAC-TTTAATATAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAAAGTTGTCTAAACCATTGCTTCCCTTTTAAGAGAACTTTTAATATAG  337

seq1  TCAATAAACAAATACACCAAAGTTATAGAAATACAGGCTTGCATCCAAAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAACAAATACACCAAAGTTATAGAAATACAGGCTTGCATCCAAAT  387

seq1  GTGTACAAACATGTTTTCTGAATATACCAGTGTGCATTTCTGATTTATCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAACATGTTTTCTGAATATACCAGTGTGCATTTCTGATTTATCA  437

seq1  CCATTTCTGTCTTTTTAACAGAGATCTACAGCCAACAGGGAAAGCACTAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTGTCTTTTTAACAGAGATCTACAGCCAACAGGGAAAGCACTAA  487

seq1  GTCATGCATAAATACGTTTCCAAGCAAGATCTCACAACGACAACATTAAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCATAAATACGTTTCCAAGCAAGATCTCACAACGACAACATTAAA  537

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTTTGTGCAGGATTCAACTCTACCTTTAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTTTGTGCAGGATTCAACTCTACCTTTAC  587

seq1  CAGTTAAAAACAAAAACAGAAAAGCCCTGTTTTCCCCTTACACCCTGAGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAAACAAAAACAGAAAAGCCCTGTTTTCCCCTTACACCCTGAGA  637

seq1  AAAGAAGGAAGAATTGTATGCCTTGGATATTTTTATCATTTTATCAATGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGAAGAATTGTATGCCTTGGATATTTTTATCATTTTATCAATGA  687

seq1  GATTAAATAATACATTCCCAAGTTCACACATCTGAGCACACTAAAACTGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAATAATACATTCCCAAGTTCACACATCTGAGCACACTAAAACTGG  737

seq1  TAAAATTCCATCGACTGGGGGTTGTTAGCTTGCATTTATTATTTTAGGAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCCATCGACTGGGGGTTGTTAGCTTGCATTTATTATTTTAGGAG  787

seq1  CCTGAAAGAATTCTTATATTTACCCACGCCCCTTTCCTCACATAATCTAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAGAATTCTTATATTTACCCACGCCCCTTTCCTCACATAATCTAC  837

seq1  TTTGATGATAAAAATGAGTTGTCTTTGAAAGCACAATCATGGAAACAGCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGATAAAAATGAGTTGTCTTTGAAAGCACAATCATGGAAACAGCT  887

seq1  TGAAGGAGAAGAAAGGGCTCTGATGTCCAGCTGGGTACCAAGTACTGAGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGAAGAAAGGGCTCTGATGTCCAGCTGGGTACCAAGTACTGAGA  937

seq1  CCAACTATTCAGATGGGGGGGGGGGGAGGGCGCAGAGTAGTGAGAGCCCG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTATTCAGATGGGGGGGGGGGGAGGGCGCAGAGTAGTGAGAGCCCG  987

seq1  CTGCAGAGCCCGCTGCAGAGCCGTGATTGTAGCAGAATGAATGAAAGAGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGCCCGCTGCAGAGCCGTGATTGTAGCAGAATGAATGAAAGAGA  1037

seq1  TACTTTGTAAGGTAAGGAGCCAGATGACTGGAGATGCTGATGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTAAGGTAAGGAGCCAGATGACTGGAGATGCTGATGAATTC  1084