BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226J08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 118,309,661 - 118,336,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668223
Upstream geneMdm1, Il22, LOC672934, LOC668180, LOC668186, LOC668187, LOC668191, EG668193, Iltifb, LOC668198, EG668203, EG668205, EG668209, EG668213, LOC668216, Ifng, LOC100043478, LOC100042850, Dyrk2
Downstream geneLOC100042861, LOC674417, Cand1, Grip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226J08.bB6Ng01-226J08.g
ACCGA040481GA040482
length1,1111,070
definitionB6Ng01-226J08.b B6Ng01-226J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,335,575 - 118,336,700)(118,309,661 - 118,310,735)
sequence
gaattctcttgggagcttaaaatattccgtgtgatcctaactgctgccaa
ttcctagaagaatttttttttttttttttggttttaaaataaactcagga
aagcagagctttaatcttctgtggaaaaagctagggcgtgtgtgccaagc
acactggcagcatagaagctgctgctctacccgtcctgacctgtgaccca
ccctgcatccaccctgcccaggagcaccctccagtttcagaggagagcac
aggcatatgtgcctatagacacatggctattgcagggctaatgacttgaa
tcttgtccgcctaatgccgcggcgttagcctcatgcgtgtcgtgatgttt
ttatagttatatgatttgacattcgtactctacgtcagccatgtaggcag
aggagaaagaggttagttccccgctgcctcattctctgatacttgttatt
acaaagagatttcatgcccacagtcaagaatcccccgtgggtaatttaag
ccatgccatctccttgtctaaagttggtttccttcccacaatctttaaaa
gtgctgtgttagagatcctagcatccgcaagatcccaagtgctttgagtc
aaacatctgcttctgatttagctcccccctttaaaaggaatatagtctca
aagaaggaagatcttatcgattatttagactctgatgtcaataattaatc
atttaccttttcccttctcagaagggctggtgtagtcccaggtactgaaa
agggaaagatacattgtatggcttacaagtggtgggaacagaatgcaaaa
gctgtctaggaaatcaccaacaaaggaagaaattagcaatctagtatcaa
gtttaggatacaaattattcaccactagaggtattcatgcttttgggttg
gggggagccctttgtctagtttaggtagaaataacacgtatgaaattttg
tgttgaatttctatggagtgactgggatagaaactatacgggtagctctg
aaagaatggatcacataaacagagatcagatagcccagacatgctgggac
tctgcagtctagcacaggcaccttcacactgctgatggcattcagaccct
ccacttagatc
gaattcaatggaaactgaactttgaactcttttttttcttaaaaaatatt
ttcccaggatggtgatatgaggagtcattttctcagcagaatgtgtgaca
gcactgagccacagctccaaagaagccatgagatctcaagaggcaaccac
ggataactctacaaggctcagctaggctgagttattgggggtgtcctaga
ttagttaaccttaatgtgtcttttgacgtaacctatattttcagtttaag
aggggtttatctgactttgtcctcatagtaaatcaaaaacacccctctaa
gtactctattgtgtagatcatagaggctaaataccagataactacaaagg
actagagaaccagggttcattggaagagccacagcagattcctcgaggag
gggaattgcatcttgacttcagaaaatgggcagacgggctttccatgagc
aaaggagagcacattcgaagtagaagaaacagcgtagtcgatggagagaa
gtccaggtaaggataacagacaagagatactctgggcgtgagtcagcttc
ccactggcagagaccacaggacaactaacttacaaggaggtgtctcagtt
agggttttactgctgtgaagaggcaccgtgaccaaggcaactcttataaa
ggacaacatttaattatggctggcttacgggttcagaggttcagtccatt
attatcatggtgagaacatagcagcatccaggcaggcacagtgttggagg
agctgagagttctaactcttgttctaaaggcatctagaagactaacttcc
aagcagttaggatgaggatcctaaagcccgtgcccacaatgacacacttc
ctgcaacaaggctctacctagtccaacaaggtcacacctcctaatagtgc
cactctctgggccaagaatattcaaaccaccccagaaggcaggttgattt
cttcagttttgggtatttcatccctgatcgatgggcctgtaactttaggg
cttgtgagaaaggcagcattgtgtcagcatctcatgtagagcaggactgc
cctgtcaccatcagtatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_118335575_118336700
seq2: B6Ng01-226J08.b_42_1152 (reverse)

seq1  GATCTAAGTGGAGGGGTTCCTGATTTGCCCATCAGGCAGTTGTGAGGGTG  50
      |||||||||||||||    |||| |   |||||| |||| ||||| ||||
seq2  GATCTAAGTGGAGGG---TCTGAAT--GCCATCA-GCAG-TGTGAAGGTG  43

seq1  CCCTGTGCTAAGACTGCCAGAGTTCCCAGCATGTCTGGGCTATCCTGATC  100
       |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  -CCTGTGCT-AGACTG-CAGAG-TCCCAGCATGTCTGGGCTAT-CTGATC  88

seq1  TCTGTTTATGTGATCCATTCCTTTCAGAGCTTACCCGTATAAGTTTCTAT  150
      ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TCTGTTTATGTGATCCATT-CTTTCAGAGC-TACCCGTAT-AGTTTCTAT  135

seq1  CCCAGTCACTCCATAGAAATTCAACACAAAATTTCATACGTGTTATTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCACTCCATAGAAATTCAACACAAAATTTCATACGTGTTATTTCT  185

seq1  ACCTAAAACTAGACAAA-GGCT-CCCCCAACCCAAAAGCATGAATACCTC  248
      |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCT-AAACTAGACAAAGGGCTCCCCCCAACCCAAAAGCATGAATACCTC  234

seq1  TAGTGGTGAATAATTTGTATCCTAAACTTGATACTAGATTGCTAATTTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTGAATAATTTGTATCCTAAACTTGATACTAGATTGCTAATTTCT  284

seq1  TCCTTTGTTGGTGATTTCCTAGACAGCTTTTGCATTCTGTTCCCACCACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTTGGTGATTTCCTAGACAGCTTTTGCATTCTGTTCCCACCACT  334

seq1  TGTAAGCCATACAATGTATCTTTCCCTTTTCAGTACCTGGGACTACACCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCATACAATGTATCTTTCCCTTTTCAGTACCTGGGACTACACCA  384

seq1  GCCCCTTCTGAGAAGGGAAAAGGTAAATGATTAATTATTGACATCAGAGT  448
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CCCTTCTGAGAAGGGAAAAGGTAAATGATTAATTATTGACATCAGAGT  433

seq1  CTAAATAATCGATAAGATCTTCCTTCTTTGAGACTATATTCCTTTTAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATCGATAAGATCTTCCTTCTTTGAGACTATATTCCTTTTAAAG  483

seq1  GGGGGAGCTAAATCAGAAGCAGATGTTTGACTCAAAGCACTTGGGATCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGCTAAATCAGAAGCAGATGTTTGACTCAAAGCACTTGGGATCTT  533

seq1  GCGGATGCTAGGATCTCTAACACAGCACTTTTAAAGATTGTGGGAAGGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATGCTAGGATCTCTAACACAGCACTTTTAAAGATTGTGGGAAGGAA  583

seq1  ACCAACTTTAGACAAGGAGATGGCATGGCTTAAATTACCCACGGGGGATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTTTAGACAAGGAGATGGCATGGCTTAAATTACCCACGGGGGATT  633

seq1  CTTGACTGTGGGCATGAAATCTCTTTGTAATAACAAGTATCAGAGAATGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTGTGGGCATGAAATCTCTTTGTAATAACAAGTATCAGAGAATGA  683

seq1  GGCAGCGGGGAACTAACCTCTTTCTCCTCTGCCTACATGGCTGACGTAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGGGGAACTAACCTCTTTCTCCTCTGCCTACATGGCTGACGTAGA  733

seq1  GTACGAATGTCAAATCATATAACTATAAAAACATCACGACACGCATGAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGAATGTCAAATCATATAACTATAAAAACATCACGACACGCATGAGG  783

seq1  CTAACGCCGCGGCATTAGGCGGACAAGATTCAAGTCATTAGCCCTGCAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACGCCGCGGCATTAGGCGGACAAGATTCAAGTCATTAGCCCTGCAAT  833

seq1  AGCCATGTGTCTATAGGCACATATGCCTGTGCTCTCCTCTGAAACTGGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTGTCTATAGGCACATATGCCTGTGCTCTCCTCTGAAACTGGAG  883

seq1  GGTGCTCCTGGGCAGGGTGGATGCAGGGTGGGTCACAGGTCAGGACGGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCTGGGCAGGGTGGATGCAGGGTGGGTCACAGGTCAGGACGGGT  933

seq1  AGAGCAGCAGCTTCTATGCTGCCAGTGTGCTTGGCACACACGCCCTAGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCAGCTTCTATGCTGCCAGTGTGCTTGGCACACACGCCCTAGCT  983

seq1  TTTTCCACAGAAGATTAAAGCTCTGCTTTCCTGAGTTTATTTTAAAACCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACAGAAGATTAAAGCTCTGCTTTCCTGAGTTTATTTTAAAACCA  1033

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAATTCTTCTAGGAATTGGCAGCAGTTAGGATCACAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAATTCTTCTAGGAATTGGCAGCAGTTAGGATCACAC  1083

seq1  GGAATATTTTAAGCTCCCAAGAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTTTAAGCTCCCAAGAGAATTC  1111

seq1: chr10_118309661_118310735
seq2: B6Ng01-226J08.g_64_1133

seq1  GAATTCAATGGAAACTGAACTTTGAACTCTTTTTTTTCTTAAAAAATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGAAACTGAACTTTGAACTCTTTTTTTTCTTAAAAAATATT  50

seq1  TTCCCAGGATGGTGATATGAGGAGTCATTTTCTCAGCAGAATGTGTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGATGGTGATATGAGGAGTCATTTTCTCAGCAGAATGTGTGACA  100

seq1  GCACTGAGCCACAGCTCCAAAGAAGCCATGAGATCTCAAGAGGCAACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGCCACAGCTCCAAAGAAGCCATGAGATCTCAAGAGGCAACCAC  150

seq1  GGATAACTCTACAAGGCTCAGCTAGGCTGAGTTATTGGGGGTGTCCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTCTACAAGGCTCAGCTAGGCTGAGTTATTGGGGGTGTCCTAGA  200

seq1  TTAGTTAACCTTAATGTGTCTTTTGACGTAACCTATATTTTCAGTTTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTAACCTTAATGTGTCTTTTGACGTAACCTATATTTTCAGTTTAAG  250

seq1  AGGGGTTTATCTGACTTTGTCCTCATAGTAAATCAAAAACACCCCTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTTATCTGACTTTGTCCTCATAGTAAATCAAAAACACCCCTCTAA  300

seq1  GTACTCTATTGTGTAGATCATAGAGGCTAAATACCAGATAACTACAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTATTGTGTAGATCATAGAGGCTAAATACCAGATAACTACAAAGG  350

seq1  ACTAGAGAACCAGGGTTCATTGGAAGAGCCACAGCAGATTCCTCGAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGAACCAGGGTTCATTGGAAGAGCCACAGCAGATTCCTCGAGGAG  400

seq1  GGGAATTGCATCTTGACTTCAGAAAATGGGCAGACGGGCTTTCCATGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGCATCTTGACTTCAGAAAATGGGCAGACGGGCTTTCCATGAGC  450

seq1  AAAGGAGAGCACATTCGAAGTAGAAGAAACAGCGTAGTCGATGGAGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAGCACATTCGAAGTAGAAGAAACAGCGTAGTCGATGGAGAGAA  500

seq1  GTCCAGGTAAGGATAACAGACAAGAGATACTCTGGGCGTGAGTCAGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGTAAGGATAACAGACAAGAGATACTCTGGGCGTGAGTCAGCTTC  550

seq1  CCACTGGCAGAGACCACAGGACAACTAACTTACAAGGAGGTGTCTCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGCAGAGACCACAGGACAACTAACTTACAAGGAGGTGTCTCAGTT  600

seq1  AGGGTTTTACTGCTGTGAAGAGGCACCGTGACCAAGGCAACTCTTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTACTGCTGTGAAGAGGCACCGTGACCAAGGCAACTCTTATAAA  650

seq1  GGACAACATTTAATTATGGCTGGCTTACGGGTTCAGAGGTTCAGTCCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACATTTAATTATGGCTGGCTTACGGGTTCAGAGGTTCAGTCCATT  700

seq1  ATTATCATGGTGAGAACATAGCAGCATCCAGGCAGGCACAGTGTTGGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATGGTGAGAACATAGCAGCATCCAGGCAGGCACAGTGTTGGAGG  750

seq1  AGCTGAGAGTTCTAACTCTTGTTCTAAAGGCATCTAGAAGACTAACTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGAGTTCTAACTCTTGTTCTAAAGGCATCTAGAAGACTAACTTCC  800

seq1  AAGCAGTTAGGATGAGGATCCTAAAGCCCGTGCCCACAATGACACACTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTAGGATGAGGATCCTAAAGCCCGTGCCCACAATGACACACTTC  850

seq1  CTGCAACAAGGCTCTACCTAGTCCAACAAGGTCACACCTCCTAATAGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACAAGGCTCTACCTAGTCCAACAAGGTCACACCTCCTAATAGTGC  900

seq1  CACTCTCTGGGCCAAGAATATTCAAACCACCCCAGAAGGCAAGGTTGATT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACTCTCTGGGCCAAGAATATTCAAACCACCCCAGAAGGC-AGGTTGATT  949

seq1  TCTTCAGTTTTGGGTATTTCAATCCCTGATCGATGGCCCTGTAACTTTAG  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTCAGTTTTGGGTATTTC-ATCCCTGATCGATGGGCCTGTAACTTTAG  998

seq1  GGCTTGTGAGAAAGGGCAGCATTGTGTCAGCATCTCATGGTAGAGCAAGA  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GGCTTGTGAGAAA-GGCAGCATTGTGTCAGCATCTCAT-GTAGAGCAGGA  1046

seq1  CTGCCCTGTCACCATCAGTAATGAA  1075
      ||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTGCCCTGTCACCATCAGT-ATGAA  1070