BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227C12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 48,392,615 - 48,516,521
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546562
Upstream geneLOC100041663, LOC100042398
Downstream geneLOC100041689, Grik2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227C12.bB6Ng01-227C12.g
ACCGA040898GA040899
length1,1301,163
definitionB6Ng01-227C12.b B6Ng01-227C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,392,615 - 48,393,755)(48,515,391 - 48,516,521)
sequence
gaattctttgtttagctatgtacctcatttttaatagggtcatttagttt
tctggacttcagcttcttgagctctttgtatatattagaacagagctctt
tggatattagaacaaagcaaaggcttgtgctgtgacatcaagaattgaca
aatgggacctcacaaaattgcaaagattctgtaagtcaaaagacactttc
aaaaagacaaaatgccaccaacagactggaaaaggatctttaccaatctt
aaatacaatagggaactaatatctaatacatacaaaaaactctctttcaa
tatatgataatgatatatattcatatgcattgcctgtcctaatgataatg
tttaatttgcttattagcaatacaagttgtattatatcaataaatgtgtt
ttatttttctaaatgtttcatatatttagaaatattacatatatacacat
acatatatacatatacacacatatatatgtatacacacataatatgtgtg
tgtatttgtgtgtgtgtaaaatttgtttatttacttgaatgagtgtacat
atcagaggaaaacacacaagaattggttatttatgtgttttccaagattg
gaactcaggcaatcacatttgttggtaagtgacttttactgatcttgcaa
cccttaaaatgttcattcacacagccttcaatactccttggactcgttat
tattcacatacagctttaggatagatgtatctatcttaaaaacaagatga
agagactgaaattacacttgagacttccattcaaattctactaaacagag
ttacttacatgggacattgctggacatgataaacaagccctgaaatgtag
tcaacgaaatagtagctatatcttagaaactgctgtgcactgtgaaaaga
aaatctgaatactgatgaataaataatacccttaacataaagctcagtaa
acacaccttacatatataagtatatgtacatgcattcatgcatacatgca
tacatacatacatacatacatacaaacatacttgtaatatgatagggaga
tatctcagaaaaatatctacttttcaattttatagtatattcaattttaa
aagtctactgtgcagtatattctcagtgtc

gaattccacctaaagattggagaaagtacatctcttcccattggctgcta
gtcctcagctattgcttcacctcaggttgtgcaaacttccatgcttccta
caataatgattgatggactaaacctttgaaactgtaaataaatccctaat
tatatacttccgttatgagagttgtgctgatcatgggctgttcattaaca
ataaactagtgactaagacaatcaattgcattgtgttactgtacataagc
aagcaaaaggagaaagaagttttatgtgcatagggttctagggagatgtg
cccaagatggtagagcagaggcatgccattctgaaacaggtatgagagag
caacagtttgcatattttcagcatgcatgaagcagcatatgaaccaagac
taaggccttaagctctcaaagtctactcccagtgatatctttctccaaaa
tggccacattagctaactattctcaaatagcaccataaatgggaaacatt
tcacattgaaatagttatggaatacttgcaggtagttgtgtatgttaatt
gtataaaggaagttaagagatgtagctgccttgagtcattatccatgttt
atatggactctttcctaaatttagctacctgtgcgcttcccccagccttg
agcaggctaaacagaccttaatttttagctacagtcaatcttctgctgac
ctagcctacctagggtggaatcttccaaccgtccgcatttctgtacctca
gtttcctgaagaagcagactacctgctgagcttgctttacaacattgtcc
agctgaagcaaagtaacagaatccaggtgaaacaaaggatgggtctgtgg
cttttttcctatataaatgcagagctgaaaattaaacttttgagctttga
tcagcaaccttttgtcttgctttcatccttctcttacccaaccatccctt
ttcatttctaagccttccttttaggtaaccagtttttcttatgactgctg
gacagctacagctaacattttaagtcatctatttcttccttatgctaaat
tcaaaacagtgatcaaaaacacttgttcttgttcaaaacagtgttcttgg
atgccttatacctggattttcttctgatgccagttttctctatctagacc
tgaatgcaataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_48392615_48393755
seq2: B6Ng01-227C12.b_45_1174

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTATGTACCTCATTTTTAATAGGGTCATTTAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTATGTACCTCATTTTTAATAGGGTCATTTAGTTT  50

seq1  TCTGGACTTCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTAGAACAGAGCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTTCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTAGAACAGAGCTCTT  100

seq1  TGGATATTAGAACAAAGCAAAGGCTTGTGCTGTGACATCAAGAATTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATTAGAACAAAGCAAAGGCTTGTGCTGTGACATCAAGAATTGACA  150

seq1  AATGGGACCTCACAAAATTGCAAAGATTCTGTAAGTCAAAAGACACTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGACCTCACAAAATTGCAAAGATTCTGTAAGTCAAAAGACACTTTC  200

seq1  AAAAAGACAAAATGCCACCAACAGACTGGAAAAGGATCTTTACCAATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGACAAAATGCCACCAACAGACTGGAAAAGGATCTTTACCAATCTT  250

seq1  AAATACAATAGGGAACTAATATCTAATACATACAAAAAACTCTCTTTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATAGGGAACTAATATCTAATACATACAAAAAACTCTCTTTCAA  300

seq1  TATATGATAATGATATATATTCATATGCATTGCCTGTCCTAATGATAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGATAATGATATATATTCATATGCATTGCCTGTCCTAATGATAATG  350

seq1  TTTAATTTGCTTATTAGCAATACAAGTTGTATTATATCAATAAATGTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTGCTTATTAGCAATACAAGTTGTATTATATCAATAAATGTGTT  400

seq1  TTATTTTTCTAAATGTTTCATATATTTAGAAATATTACATATATACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCTAAATGTTTCATATATTTAGAAATATTACATATATACACAT  450

seq1  ACATATATACATATACACACATATATATGTATACACACATAATATGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATACATATACACACATATATATGTATACACACATAATATGTGTG  500

seq1  TGTATTTGTGTGTGTGTAAAATTTGTTTATTTACTTGAATGAGTGTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGTGTGTGTGTAAAATTTGTTTATTTACTTGAATGAGTGTACAT  550

seq1  ATCAGAGGAAAACACACAAGAATTGGTTATTTATGTGTTTTCCAAGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGAAAACACACAAGAATTGGTTATTTATGTGTTTTCCAAGATTG  600

seq1  GAACTCAGGCAATCACATTTGTTGGTAAGTGACTTTTACTGATCTTGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGCAATCACATTTGTTGGTAAGTGACTTTTACTGATCTTGCAA  650

seq1  CCCTTAAAATGTTCATTCACACAGCCTTCAATACTCCTTGGACTCGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAAATGTTCATTCACACAGCCTTCAATACTCCTTGGACTCGTTAT  700

seq1  TATTCACATACAGCTTTAGGATAGATGTATCTATCTTAAAAACAAGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACATACAGCTTTAGGATAGATGTATCTATCTTAAAAACAAGATGA  750

seq1  AGAGACTGAAATTACACTTGAGACTTCCATTCAAATTCTACTAAACAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGAAATTACACTTGAGACTTCCATTCAAATTCTACTAAACAGAG  800

seq1  TTACTTACATGGGACATTGCTGGACATGATAAACAAGCCCTGAAATGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTACATGGGACATTGCTGGACATGATAAACAAGCCCTGAAATGTAG  850

seq1  TCAACGAAATAGTAGCTATATCTTAGAAACTGCTGTGCACTGTGAAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACGAAATAGTAGCTATATCTTAGAAACTGCTGTGCACTGTGAAAAGA  900

seq1  AAATCTGAATACTGATGAATAAATAAATACCCTTAACATAAAGCTCAGTA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGAATACTGATGAATAAAT-AATACCCTTAACATAAAGCTCAGTA  949

seq1  AACACACCTTTACATATATAAGTATATGTACATGCATTCATGCATACATG  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACC-TTACATATATAAGTATATGTACATGCATTCATGCATACATG  998

seq1  CATACATACATACATACATACATACAAACATACTTGTAAATATGATTAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CATACATACATACATACATACATACAAACATACTTGT-AATATGA-TAGG  1046

seq1  GAGATATTCTCAG-AAAATATCTACTTTTCAATTTTTATAGTATATTCAT  1099
      |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GAGATA-TCTCAGAAAAATATCTACTTTTCAA-TTTTATAGTATATTCAA  1094

seq1  TTTTTAAAAAGTCTACTGTGCAAGTAATAATTCTTCAGTGTC  1141
      ||||  ||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||
seq2  TTTT--AAAAGTCTACTGTGC-AGTA--TATTC-TCAGTGTC  1130


seq1: chr10_48515391_48516521
seq2: B6Ng01-227C12.g_81_1225 (reverse)

seq1  TCTATTTGCATTCA-GTCTAGATAGAGAAAACT-GCATCAGAAGAAAATT  48
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TCTA-TTGCATTCAGGTCTAGATAGAGAAAACTGGCATCAGAAGAAAATC  49

seq1  ACAGTATAAGCCATCCA--GACACTGTTTTTGAAC-AGA--CAGTGTTTT  93
         ||||||| ||||||   |||||| |||||||| |||   ||||||||
seq2  CAGGTATAAGGCATCCAAGAACACTG-TTTTGAACAAGAACAAGTGTTTT  98

seq1  TGATCACTGTTTTTGATTTTAGCAT-AGGA--GAATAGATGACTT-AAAT  139
      ||||||||| |||||| |||||||| ||||   |||||||||||| ||||
seq2  TGATCACTG-TTTTGAATTTAGCATAAGGAAGAAATAGATGACTTAAAAT  147

seq1  G-TAGCTGTAGCTGTCCAGCAGTCATA--GAAAACTGGTTACCTAAAAGG  186
      | |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTGTAGCTGTCCAGCAGTCATAAGAAAAACTGGTTACCTAAAAGG  197

seq1  GAGGC-TAGAAATGGAAAGGGATGGTTGGGTAAGAGAAGGATGAAAGCAA  235
       |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTAGAAATGAAAAGGGATGGTTGGGTAAGAGAAGGATGAAAGCAA  247

seq1  GAC-AAAGGTTGCTGATCAAGGCTC-AAAGTTTAATTTTCAGCTCTGCAT  283
      ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAGGTTGCTGATCAAAGCTCAAAAGTTTAATTTTCAGCTCTGCAT  297

seq1  TTATATAGGGAAAAAGCCACAGACCCATCCTTTGTTTCACCTGGATTCTG  333
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAGGAAAAAAGCCACAGACCCATCCTTTGTTTCACCTGGATTCTG  347

seq1  TTACTTTGCTTCAGCTGGACAATGTTGTAAAGCAAGCTCAGCAGGTAGTC  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTGCTTCAGCTGGACAATGTTGTAAAGCAAGCTCAGCAGGTAGTC  397

seq1  TGCTTCTTCAGGAAACTGAGGTACAGAAATGCGGACGGTTGGAAGATTCC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTCAGGAAACTGAGGTACAGAAATGCGGACGGTTGGAAGATTCC  447

seq1  ACCCTAGGTAGGCTAGGTCAGCAGAAGATTGACTGTAGCTAAAAATTAAG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGGTAGGCTAGGTCAGCAGAAGATTGACTGTAGCTAAAAATTAAG  497

seq1  GTCTGTTTAGCCTGCTCAAGGCTGGGGGAAGCGCACAGGTAGCTAAATTT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTAGCCTGCTCAAGGCTGGGGGAAGCGCACAGGTAGCTAAATTT  547

seq1  AGGAAAGAGTCCATATAAACATGGATAATGACTCAAGGCAGCTACATCTC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAGTCCATATAAACATGGATAATGACTCAAGGCAGCTACATCTC  597

seq1  TTAACTTCCTTTATACAATTAACATACACAACTACCTGCAAGTATTCCAT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTCCTTTATACAATTAACATACACAACTACCTGCAAGTATTCCAT  647

seq1  AACTATTTCAATGTGAAATGTTTCCCATTTATGGTGCTATTTGAGAATAG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTCAATGTGAAATGTTTCCCATTTATGGTGCTATTTGAGAATAG  697

seq1  TTAGCTAATGTGGCCATTTTGGAGAAAGATATCACTGGGAGTAGACTTTG  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAATGTGGCCATTTTGGAGAAAGATATCACTGGGAGTAGACTTTG  747

seq1  AGAGCTTAAGGCCTTAGTCTTGGTTCATATGCTGCTTCATGCATGCTGAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTAAGGCCTTAGTCTTGGTTCATATGCTGCTTCATGCATGCTGAA  797

seq1  AATATGCAAACTGTTGCTCTCTCATACCTGTTTCAGAATGGCATGCCTCT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCAAACTGTTGCTCTCTCATACCTGTTTCAGAATGGCATGCCTCT  847

seq1  GCTCTACCATCTTGGGCACATCTCCCTAGAACCCTATGCACATAAAACTT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACCATCTTGGGCACATCTCCCTAGAACCCTATGCACATAAAACTT  897

seq1  CTTTCTCCTTTTGCTTGCTTATGTACAGTAACACAATGCAATTGATTGTC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCTTTTGCTTGCTTATGTACAGTAACACAATGCAATTGATTGTC  947

seq1  TTAGTCACTAGTTTATTGTTAATGAACAGCCCATGATCAGCACAACTCTC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCACTAGTTTATTGTTAATGAACAGCCCATGATCAGCACAACTCTC  997

seq1  ATAACGGAAGTATATAATTAGGGATTTATTTACAGTTTCAAAGGTTTAGT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGGAAGTATATAATTAGGGATTTATTTACAGTTTCAAAGGTTTAGT  1047

seq1  CCATCAATCATTATTGTAGGAAGCATGGAAGTTTGCACAACCTGAGGTGA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATCATTATTGTAGGAAGCATGGAAGTTTGCACAACCTGAGGTGA  1097

seq1  AGCAATAGCTGAGGACTAGCAGCCAATGGGAAGAGATGTACTTTCTCC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGCTGAGGACTAGCAGCCAATGGGAAGAGATGTACTTTCTCC  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |