BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227C15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 40,047,440 - 40,136,706
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668051, Cdc2l6, LOC666374
Upstream geneFyn, LOC629337, Traf3ip2, LOC667964, EG667970, E130307A14Rik, Rev3l, EG666304, LOC213332, 4930547M16Rik, LOC667982, 2010001E11Rik, LOC667994, LOC100041085, BC021785, AI317395, EG666342, Slc16a10, Bxdc1, 2410016F19Rik, Amd1, Amd2
Downstream geneSlc22a16, Ddo, 9030224M15Rik, Cdc40, Wasf1, Gpr6, A530089I17Rik, LOC633979
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227C15.bB6Ng01-227C15.g
ACCGA040904GA040905
length1,1271,173
definitionB6Ng01-227C15.b B6Ng01-227C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,047,440 - 40,048,576)(40,135,526 - 40,136,706)
sequence
gaattcctattgaattccaagtttgtcagctttaaggattttctgggacg
ttggaacactggcgaaggcttagctatgtcagaattcaatcttaaaaggc
acttataataaaataatactgaaagagagcacgtgcatccatacactaga
ctagcttggggatagggtatgagtatacaggttatgagaacatcaaagtt
ccaggaggtgagtttctgtgaaactctttgcctcatgagtgctcccaggc
ctctccgcctgccaagcaaacttcactggagtggacgtagcaacctggga
gaatctgaagcactctaaccactgagctctctctttacaatcttcaaatt
cagtttttgctcctgcctgtgaacattcgccgtgcagtgctgaagcagtt
tcccaaagcacagcctctaaccttaacaactttctcttaagctttactgc
gatgtgtgtgctttttatcttatcataacttagtgagagcgttcagttat
tactgggaactggcagttcctgtccagacactgaagccagagagataatg
tttgtcctcatgccttggcctgggttctgcagatgaacggcaggctggtt
tcccactgtccagccagtgctgactctaaataaaccagcctctttctgat
gagtcactgtagctggaccctgggcccaaactgaggcccgggcaagggtt
tgcttacatggttgccagaccagtttcttagtatacacacagagtcgtgc
ttgtcctctgaactcccttacaggtccttaccctgcaaccctgatcactg
accacgcccatgccccatcgtccaatcagatctcatttacaaggcacaaa
ggtaggcatgcctgtgttgccagcagttaggactgggacaggaggatcct
gagtgtaaagtcttgagctacgtaataattcacataagactctgtttcta
aagacaagcaagcagcaagcaaacaaatgaaacacacacacacacacata
cacacacacaccaaagacaacttgttcaaagcccacttgttattatggag
ttttgggcaaagtcttgacttcagagttttcagaggcttagatctatcac
taacccacattaagatgtgtagcagtg
gaattctggagatcaagctgccagcagatccagcgactgtgtcagccagc
ttccctctccttgtagcctcttgtgatgtaagacgtaaaaaatctctctg
gtcactctcacaaagacaccaattgcagggtaactttagggttaggattt
caatgtgaaaacactcttggagacacaaatatccacaacagagcatcact
aagataatcagaaggttctagtccataccactatacgctccatctcctca
gtattttcaactactgcataaataatgggggataccacaatatcacttac
aaatgctagcaatccaaaacaacgggagaatgcttacttattctgcacac
atgatataaaataaaataagaaataaattcaagtatatgagaagccaaaa
tcctacacataaataaacctaatgagaatgatacctacactatagccatt
tggggaatatatgaaatataacaatattaacgtgtaaatgttgatatgtt
aatagtggacaaatgctgagtatcagctattttctataaagaagaattaa
agcttatttattaattatactgtcaacatcctagttaattacaggctata
taataccataataataataacaatggccacataagtgattgtggacctct
aagattaaggcagttaaagtcttctcaacacccagtgataccacagcatg
ggtctccactggcctgcttgtagtgaggctagtgtaaatgaacctagggc
actgggactcatataaaagtacaccactgaattatttacagtgtacagta
ctgagaatgacagtaagcagcagttattggcttaactttaggaagtgatg
agttcaacaaaacttcctgactgtacacatctcagggcttctaatgggct
aagtgcattatgaaccccaacagtcagtaagaaattctacctaagtacac
tttttctggtagaatcctcctcttccaaaggaaaactttccaaacaacat
atgaacatttctaagttctagttatccacaggacctatttggccaaagag
cactactctcagatttaactgatagcaagactacgaataccagcacactg
acttttttttttttttaactgagtaaaataccgaatgaaaagttcacggt
attatattaacaccatttcaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_40047440_40048576
seq2: B6Ng01-227C15.b_46_1172

seq1  GAATTCCTATTGAATTCCAAGTTTGTCAGCTTTAAGGATTTTCTGGGACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTGAATTCCAAGTTTGTCAGCTTTAAGGATTTTCTGGGACG  50

seq1  TTGGAACACTGGCGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACACTGGCGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGC  100

seq1  ACTTATAATAAAATAATACTGAAAGAGAGCACGTGCATCCATACACTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAATAAAATAATACTGAAAGAGAGCACGTGCATCCATACACTAGA  150

seq1  CTAGCTTGGGGATAGGGTATGAGTATACAGGTTATGAGAACATCAAAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGGGGATAGGGTATGAGTATACAGGTTATGAGAACATCAAAGTT  200

seq1  CCAGGAGGTGAGTTTCTGTGAAACTCTTTGCCTCATGAGTGCTCCCAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGTGAGTTTCTGTGAAACTCTTTGCCTCATGAGTGCTCCCAGGC  250

seq1  CTCTCCGCCTGCCAAGCAAACTTCACTGGAGTGGACGTAGCAACCTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCGCCTGCCAAGCAAACTTCACTGGAGTGGACGTAGCAACCTGGGA  300

seq1  GAATCTGAAGCACTCTAACCACTGAGCTCTCTCTTTACAATCTTCAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGAAGCACTCTAACCACTGAGCTCTCTCTTTACAATCTTCAAATT  350

seq1  CAGTTTTTGCTCCTGCCTGTGAACATTCGCCGTGCAGTGCTGAAGCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTGCTCCTGCCTGTGAACATTCGCCGTGCAGTGCTGAAGCAGTT  400

seq1  TCCCAAAGCACAGCCTCTAACCTTAACAACTTTCTCTTAAGCTTTACTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAGCACAGCCTCTAACCTTAACAACTTTCTCTTAAGCTTTACTGC  450

seq1  GATGTGTGTGCTTTTTATCTTATCATAACTTAGTGAGAGCGTTCAGTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGTGCTTTTTATCTTATCATAACTTAGTGAGAGCGTTCAGTTAT  500

seq1  TACTGGGAACTGGCAGTTCCTGTCCAGACACTGAAGCCAGAGAGATAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGAACTGGCAGTTCCTGTCCAGACACTGAAGCCAGAGAGATAATG  550

seq1  TTTGTCCTCATGCCTTGGCCTGGGTTCTGCAGATGAACGGCAGGCTGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCTCATGCCTTGGCCTGGGTTCTGCAGATGAACGGCAGGCTGGTT  600

seq1  TCCCACTGTCCAGCCAGTGCTGACTCTAAATAAACCAGCCTCTTTCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGTCCAGCCAGTGCTGACTCTAAATAAACCAGCCTCTTTCTGAT  650

seq1  GAGTCACTGTAGCTGGACCCTGGGCCCAAACTGAGGCCCGGGCAAGGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACTGTAGCTGGACCCTGGGCCCAAACTGAGGCCCGGGCAAGGGTT  700

seq1  TGCTTACATGGTTGCCAGACCAGTTTCTTAGTATACACACAGAGTCGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACATGGTTGCCAGACCAGTTTCTTAGTATACACACAGAGTCGTGC  750

seq1  TTGTCCTCTGAACTCCCTTACAGGTCCTTACCCTGCAACCCTGATCACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTCTGAACTCCCTTACAGGTCCTTACCCTGCAACCCTGATCACTG  800

seq1  ACCACGCCCATGCCCCATCGTCCAATCAGATCTCATTTACAAGGCACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGCCCATGCCCCATCGTCCAATCAGATCTCATTTACAAGGCACAAA  850

seq1  GGTAGGCATGCCTGTGTTGCCAGCAGTTAGGACTGGGACAGGAGGATCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCATGCCTGTGTTGCCAGCAGTTAGGACTGGGACAGGAGGATCCT  900

seq1  GAGTGTAAGGTCTTGAGCTACGTAATAAATTCACATAAGACTCTGTTTCT  950
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTAAAGTCTTGAGCTACGTAAT-AATTCACATAAGACTCTGTTTCT  949

seq1  AAAGACAAGCAAGCAAGCAAGCAAACAAATGAAAACACACACACACACAC  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAAGCAAGC-AGCAAGCAAACAAATG-AAACACACACACACACAC  997

seq1  ATACACACACACACCAAAGACAAACTTGTTCAAAAGCCAACTTGTTATTA  1050
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  ATACACACACACACCAAAGAC-AACTTGTTC-AAAGCCCACTTGTTATTA  1045

seq1  TTGGAGGTTTTGGGCAAAGTCCTGACTTCAGAAGTTTTCAGAGGCTAGAA  1100
       |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   |
seq2  -TGGA-GTTTTGGGCAAAGTCTTGACTTCAG-AGTTTTCAGAGGCTTAGA  1092

seq1  TCTATCACTTAACCCAACATAAGATGTGTAAGCAGTG  1137
      |||||||| |||||||   |||||||||| |||||||
seq2  TCTATCAC-TAACCCACATTAAGATGTGT-AGCAGTG  1127

seq1: chr10_40135526_40136706
seq2: B6Ng01-227C15.g_66_1238 (reverse)

seq1  CATTGAA--TGTGTT-ATATAATACCGTGAAATTTTCATCTGGTTATTTT  47
      |||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||   | ||
seq2  CATTGAAATGGTGTTAATATAATACCGTGAACTTTTCATTCGG---TATT  47

seq1  TTACTTCAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAGGGTCAGGTGTTGCTTGGTATCT  97
      |||| |||||| |||||||||||||    |||| ||| ||| ||||||  
seq2  TTAC-TCAGTTAAAAAAAAAAAAAA----GTCA-GTG-TGC-TGGTATTC  89

seq1  GTAGTCTTGCTTTATCCAGTAAATCTTGAGAGTAGTGCTTCTTTTGCCAA  147
      ||||||||||  ||||   |||||| |||||||||||| ||||| |||||
seq2  GTAGTCTTGC--TATCAGTTAAATC-TGAGAGTAGTGC-TCTTTGGCCAA  135

seq1  ATAGGTTCTGTGGAATACTAGAACTTAGAAATGTTCATATGTTGTTTGG-  196
      |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATAGGTCCTGTGGATAACTAGAACTTAGAAATGTTCATATGTTGTTTGGA  185

seq1  AAGTTTTCCTTTGGAAGA-GAGGATTCTACCAG-AAAAGTGTACTTAGGT  244
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTCCTTTGGAAGAGGAGGATTCTACCAGAAAAAGTGTACTTAGGT  235

seq1  AAGATTTCTTACTGACTGTTGGGGTTCATAATGCACTTAGCCCATTAGAA  294
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCTTACTGACTGTTGGGGTTCATAATGCACTTAGCCCATTAGAA  285

seq1  GCCCTGAGATGTGTACAGTCAGGAAG-TTTGTTGAACTCATCACTTCCTA  343
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAGATGTGTACAGTCAGGAAGTTTTGTTGAACTCATCACTTCCTA  335

seq1  AAGTTAAGCCAATAACTGCTGCTTACTGTCATTCTCAGTACTGTACACTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGCCAATAACTGCTGCTTACTGTCATTCTCAGTACTGTACACTG  385

seq1  TAAATAATTCAGTGGTGTACTTTTATATGAGTCCCAGTGCCCTAGGTTCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATTCAGTGGTGTACTTTTATATGAGTCCCAGTGCCCTAGGTTCA  435

seq1  TTTACACTAGCCTCACTACAAGCAGGCCAGTGGAGACCCATGCTGTGGTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACTAGCCTCACTACAAGCAGGCCAGTGGAGACCCATGCTGTGGTA  485

seq1  TCACTGGGTGTTGAGAAGACTTTAACTGCCTTAATCTTAGAGGTCCACAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGTGTTGAGAAGACTTTAACTGCCTTAATCTTAGAGGTCCACAA  535

seq1  TCACTTATGTGGCCATTGTTATTATTATTATGGTATTATATAGCCTGTAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTATGTGGCCATTGTTATTATTATTATGGTATTATATAGCCTGTAA  585

seq1  TTAACTAGGATGTTGACAGTATAATTAATAAATAAGCTTTAATTCTTCTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGGATGTTGACAGTATAATTAATAAATAAGCTTTAATTCTTCTT  635

seq1  TATAGAAAATAGCTGATACTCAGCATTTGTCCACTATTAACATATCAACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAAATAGCTGATACTCAGCATTTGTCCACTATTAACATATCAACA  685

seq1  TTTACACGTTAATATTGTTATATTTCATATATTCCCCAAATGGCTATAGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACGTTAATATTGTTATATTTCATATATTCCCCAAATGGCTATAGT  735

seq1  GTAGGTATCATTCTCATTAGGTTTATTTATGTGTAGGATTTTGGCTTCTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTATCATTCTCATTAGGTTTATTTATGTGTAGGATTTTGGCTTCTC  785

seq1  ATATACTTGAATTTATTTCTTATTTTATTTTATATCATGTGTGCAGAATA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTGAATTTATTTCTTATTTTATTTTATATCATGTGTGCAGAATA  835

seq1  AGTAAGCATTCTCCCGTTGTTTTGGATTGCTAGCATTTGTAAGTGATATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCATTCTCCCGTTGTTTTGGATTGCTAGCATTTGTAAGTGATATT  885

seq1  GTGGTATCCCCCATTATTTATGCAGTAGTTGAAAATACTGAGGAGATGGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATCCCCCATTATTTATGCAGTAGTTGAAAATACTGAGGAGATGGA  935

seq1  GCGTATAGTGGTATGGACTAGAACCTTCTGATTATCTTAGTGATGCTCTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTATAGTGGTATGGACTAGAACCTTCTGATTATCTTAGTGATGCTCTG  985

seq1  TTGTGGATATTTGTGTCTCCAAGAGTGTTTTCACATTGAAATCCTAACCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATATTTGTGTCTCCAAGAGTGTTTTCACATTGAAATCCTAACCC  1035

seq1  TAAAGTTACCCTGCAATTGGTGTCTTTGTGAGAGTGACCAGAGAGATTTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTACCCTGCAATTGGTGTCTTTGTGAGAGTGACCAGAGAGATTTT  1085

seq1  TTACGTCTTACATCACAAGAGGCTACAAGGAGAGGGAAGCTGGCTGACAC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTCTTACATCACAAGAGGCTACAAGGAGAGGGAAGCTGGCTGACAC  1135

seq1  AGTCGCTGGATCTGCTGGCAGCTTGATCTCCAGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCTGGATCTGCTGGCAGCTTGATCTCCAGAATTC  1173