BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228B05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 93,001,140 - 93,183,733
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAmdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338
Upstream geneLOC216229, LOC100041814, Nedd1, Gm872, 4930485B16Rik, EG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal
Downstream geneLOC100041907, Usp44, Metap2, Vezt, Fgd6, Nr2c1, Ndufa12, EG215472, LOC100041955, Tmcc3, EG667315, 4921537D05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228B05.bB6Ng01-228B05.g
ACCGA041578GA041579
length616734
definitionB6Ng01-228B05.b B6Ng01-228B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,183,118 - 93,183,733)(93,001,140 - 93,001,869)
sequence
gaattctatatataatgaatatgtaaatttattactatataattatgtag
ttatatatttgttttaataatatacatcattgttgtatatatatttaata
attataactgtaactatataatttgttttcagatagctcatggtatagag
tagaattctttagtatattgtggttcattgattgcatctaggtctttgta
gtcagaatgacttgggtaccaaacccaggcttgccactgaccaattgtat
gaacctggataaatgtgggatcaggttaagcctagagtcctgatctgtaa
ggaggagctgacagtacttagctatggtggctatgtacgtcgcctttgca
ttgctcagcacagggcctccccaggcagtcatttaacattatcccatttc
cttccttctaagtttgttcagatttttctgaagattttgatacagatata
cttacttacttacttgcttaatatttatcatcttcatcaaatgtaaaggg
ctatcatctcatttatttactcaatgaactttactttgagaaacactaga
gagagtttattatcatttatcactttctaagttgactcgtgtatgtgtgt
gtgtgtgtgagagaga
gaattcctcttctgtcaaaggtttgtcctggttgacatggagctgactta
accaggagccacagggcaaagggctctgcggagagctggaggttgaagca
cacaccacttcatgtgtgctgttggactttaaatgagttcaggcctacga
tggagatctctgatggcctcagcctgtgtgggatgactctgggggtgtgg
ggttctcttcaggaccacattaaccacacagctgtccaccttctaagaat
gtgggctgtcattcagtggtgggttttggagtcatgtttgaacaaagtgc
acatccagtaacataattactcaaggaagctagaaaccaccttccaaagg
tgttaggagttttggccctttagaaactattaacatggaatagtgaggct
ttactgtttactactaagtgggaaaaagaataaactacaaaataatacac
attcattccttctctttaaaaggtgtgagtgttgacacatttttatttac
tttagaaaacaaccccaaagcaaagcgcctgtgtgttaaccttagttccc
tgatgcagggcttgagtgattttgcgggtcagccgtaggtttgtttgttt
tacgacatggtctcacttggctgccctggaattacgtagagcaagctgac
tttgaatagtctaccccctgcctccagagtgctggtattaaaagacatgg
ccattattgctgttattacataatgcacaccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_93183118_93183733
seq2: B6Ng01-228B05.b_41_656 (reverse)

seq1  TCTCTCTCACACACACACACACATACACGAGTCAACTTAGAAAGTGATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCACACACACACACACATACACGAGTCAACTTAGAAAGTGATAA  50

seq1  ATGATAATAAACTCTCTCTAGTGTTTCTCAAAGTAAAGTTCATTGAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATAAACTCTCTCTAGTGTTTCTCAAAGTAAAGTTCATTGAGTAA  100

seq1  ATAAATGAGATGATAGCCCTTTACATTTGATGAAGATGATAAATATTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAGATGATAGCCCTTTACATTTGATGAAGATGATAAATATTAAG  150

seq1  CAAGTAAGTAAGTAAGTATATCTGTATCAAAATCTTCAGAAAAATCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAGTAAGTAAGTATATCTGTATCAAAATCTTCAGAAAAATCTGAA  200

seq1  CAAACTTAGAAGGAAGGAAATGGGATAATGTTAAATGACTGCCTGGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAGAAGGAAGGAAATGGGATAATGTTAAATGACTGCCTGGGGAG  250

seq1  GCCCTGTGCTGAGCAATGCAAAGGCGACGTACATAGCCACCATAGCTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGCTGAGCAATGCAAAGGCGACGTACATAGCCACCATAGCTAAG  300

seq1  TACTGTCAGCTCCTCCTTACAGATCAGGACTCTAGGCTTAACCTGATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCAGCTCCTCCTTACAGATCAGGACTCTAGGCTTAACCTGATCCC  350

seq1  ACATTTATCCAGGTTCATACAATTGGTCAGTGGCAAGCCTGGGTTTGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATCCAGGTTCATACAATTGGTCAGTGGCAAGCCTGGGTTTGGTA  400

seq1  CCCAAGTCATTCTGACTACAAAGACCTAGATGCAATCAATGAACCACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTCATTCTGACTACAAAGACCTAGATGCAATCAATGAACCACAAT  450

seq1  ATACTAAAGAATTCTACTCTATACCATGAGCTATCTGAAAACAAATTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAAGAATTCTACTCTATACCATGAGCTATCTGAAAACAAATTATA  500

seq1  TAGTTACAGTTATAATTATTAAATATATATACAACAATGATGTATATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACAGTTATAATTATTAAATATATATACAACAATGATGTATATTAT  550

seq1  TAAAACAAATATATAACTACATAATTATATAGTAATAAATTTACATATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAATATATAACTACATAATTATATAGTAATAAATTTACATATTC  600

seq1  ATTATATATAGAATTC  616
      ||||||||||||||||
seq2  ATTATATATAGAATTC  616

seq1: chr10_93001140_93001869
seq2: B6Ng01-228B05.g_73_806

seq1  GAATTCCTCTTCTGTCAGAGGTTTGTCCTGGTTGACATGGAGCTGACTTA  50
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTCTGTCAAAGGTTTGTCCTGGTTGACATGGAGCTGACTTA  50

seq1  ACCAGGAGCCACAGGGCAAAGGGCTCTGCGGAGAGCTGGAGGTTGAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAGCCACAGGGCAAAGGGCTCTGCGGAGAGCTGGAGGTTGAAGCA  100

seq1  CACACCACTTCATGTGTGCTGTTGGACTTTAAATGAGTTCAGGCCTACGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACTTCATGTGTGCTGTTGGACTTTAAATGAGTTCAGGCCTACGA  150

seq1  TGGAGATCTCTGATGGCCTCAGCCTGTGTGGGATGACTCTGGGGGTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATCTCTGATGGCCTCAGCCTGTGTGGGATGACTCTGGGGGTGTGG  200

seq1  GGTTCTCTTCAGGACCACATTAACCACACAGCTGTCCACCTTCTAAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCTTCAGGACCACATTAACCACACAGCTGTCCACCTTCTAAGAAT  250

seq1  GTGGGCTGTCATTCAGTGGTGGGTTTTGGAGTCATGTTTGAACAAAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGTCATTCAGTGGTGGGTTTTGGAGTCATGTTTGAACAAAGTGC  300

seq1  ACATCCAGTAACATAATTACTCAAGGAAGCTAGAAACCACCTTCCAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGTAACATAATTACTCAAGGAAGCTAGAAACCACCTTCCAAAGG  350

seq1  TGTTAGGAGTTTTGGCCCTTTAGAAACTATTAACATGGAATAGTGAGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGAGTTTTGGCCCTTTAGAAACTATTAACATGGAATAGTGAGGCT  400

seq1  TTACTGTTTACTACTAAGTGGGAAAAAGAATAAACTACAAAATAATACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTTACTACTAAGTGGGAAAAAGAATAAACTACAAAATAATACAC  450

seq1  ATTCATTCCTTCTCTTTAAAAGGTGTGAGTGTTGACACATTTTTATTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCCTTCTCTTTAAAAGGTGTGAGTGTTGACACATTTTTATTTAC  500

seq1  TTTAGAAAACAACCCCAAAGCAAAGCGCCTGTGTGTTAACCTTAGTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAACAACCCCAAAGCAAAGCGCCTGTGTGTTAACCTTAGTTCCC  550

seq1  TGATGCAGGGCTTGAGTGATTTTGCGGGTCAGCCGTAGGTTTGTTTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAGGGCTTGAGTGATTTTGCGGGTCAGCCGTAGGTTTGTTTGTTT  600

seq1  TACGACATGGTCTCACTTGGCTGCCCTGGAATTACGTAGAGCAAGCTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGACATGGTCTCACTTGGCTGCCCTGGAATTACGTAGAGCAAGCTGAC  650

seq1  TTTGAATAGTCTA-CCCCTGCCTCCAGAGTGCTGGTATT-AAAGACATGG  698
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTGAATAGTCTACCCCCTGCCTCCAGAGTGCTGGTATTAAAAGACATGG  700

seq1  CCACTA-TGCTG-GACTACATAATGCACACCACA  730
      ||| || |||||  | ||||||||||||||||||
seq2  CCATTATTGCTGTTATTACATAATGCACACCACA  734