BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228G06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 12,607,837 - 12,752,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStx11, Sf3b5
Upstream geneUtrn, LOC665172
Downstream genePlagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2, LOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1, EG666859, Hivep2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228G06.bB6Ng01-228G06.g
ACCGA041814GA041815
length1,0851,089
definitionB6Ng01-228G06.b B6Ng01-228G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,607,837 - 12,608,909)(12,751,033 - 12,752,107)
sequence
gaattcttgaacaatatctaggccatacactgcctcccctgcccttctct
gcttgatctcagtagctacagcatagcctcagtcatgggaggccctgaaa
acttcagacaaggagacttttaaacgttggttattctgggacattccagc
ctgaagccaaaacttatcacccacccaagaaaggaactcaaatgtcccac
agcaggggcttaaaaacctctataattagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagatggaaaaagcatacataa
actctgaaggataatctgtccattcaggaaaatttcaagcgtgctcgtgg
aaacatctttaggatacagacagcagatgaaagggcacagtgggagtaag
cctaaagatttttaatgaatcaggactcgcgggcatcagagttagcctta
gaaggcttgtgggtgtggcttcagtaagcaccggaccgcaggcgcacaca
ccccacgtttcctgagtcagactttccagtgagtgggttgaaatgacatc
ttgggtttcacttggtggcttgggagttcgctgtaacataacagctacct
ctcagtgctgtttgtacaccttatcaagtgccccacaagagaattttcta
gaacgtgcagaggatgcttcactcagtctacgagttctcgggactatctt
tgaaaagcaactaactacctcaaacggaatgcttggttttttggaaactt
gaagccgtttaattgactgagagagaacacttgtaatggttggtaatttt
aagtctctgatattcttgcatattcacccccaccatcacctttgctattt
tttgcctgggcaggataaagcccagggctaagtgccttaatttacccctt
gggcgccattctccatgggtgtgagttatgaaaaggttaaaaggcagtgg
tggcaaccatgctccaactgtgggtcttcgcattatgtgtgaatagaatg
tgtagctgtaccattaggcattggtgtaattgccttaaaatgactgggaa
gatcagaaacgatggcttagccggtaaaagtgctt
gaattcattcatgtgcatttgatgccagcacagagccagagctgcctgct
tgctggccatcactggaccacatccacagtccctcatatgctcatttcca
taggcatatgaggagagctcaccggtttcactttcatgatgtttagcatc
tttctgtgagtgtgaacgcatgtgtgtactcaggtgtatggggggaccag
atgacaacctcaggtatcatgctgcaggagccagttcattttattttgca
catagacagtgttgttctagtacggttcgttgaaaggagactccttcatg
tgcattcccactacttacaggtaagtctatttcctttagattgtagatct
aaagatgtgctaggtggatatagggtaatattttcatattttctggatga
ttctattatttctgcatccgatatctggtgagagtcctcctttctgtgtt
cttggacatcataattgtgttaagccttcctttggatggttttgtcatat
ctgattgttttgtttttgcagtacggaagagtgagtctagtgcagtgcac
acactacacaagcactctaccactgatccagaaataggccctctttttta
cctttttgtttttatatactttcaaaaatcataccttatttattcactca
tcctgtgtatgagttttttgtccatgcgcaacatgcatgcctggtgttga
gggaggccagaagaaggtatttgcccttgaactggtgagccacctgataa
aggtgctggtacctaaactcaggtcccctgcaagatcagcaggtactctt
aacccttccagctgaatcccaccattattgtatgccaccattgtggatgc
tgaagccaggctctttgggaaggagcagctagtacttcttaccacttggg
ccattctctctccccaactttagaccctagtttcactaagttttctaggc
ttgctttgaacgtcactattgtttgtagacaaccattgaaatttttaatc
ctcctgccttcagcatcgaggtagctagggatcccagcccatgccattgg
acccacctgccttgattatatttaacagctgattatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_12607837_12608909
seq2: B6Ng01-228G06.b_50_1134

seq1  GAATTCTTGAACAATATCTAGGCCATACACTGCCTCCCCTGCCCTTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAACAATATCTAGGCCATACACTGCCTCCCCTGCCCTTCTCT  50

seq1  GCTTGATCTCAGTAGCTACAGCATAGCCTCAGTCATGGGAGGCCCTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATCTCAGTAGCTACAGCATAGCCTCAGTCATGGGAGGCCCTGAAA  100

seq1  ACTTCAGACAAGGAGACTTTTAAACGTTGGTTATTCTGGGACATTCCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGACAAGGAGACTTTTAAACGTTGGTTATTCTGGGACATTCCAGC  150

seq1  CTGAAGCCAAAACTTATCACCCACCCAAGAAAGGAACTCAAATGTCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCAAAACTTATCACCCACCCAAGAAAGGAACTCAAATGTCCCAC  200

seq1  AGCAGGGGCTTAAAAACCTCTATAATT----AGAGAGAGAGAGAGAGAGA  246
      |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGCTTAAAAACCTCTATAATTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  250

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAAAAAGCATACATAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAAAAAGCATACATAA  300

seq1  ACTCTGAAGGATAATCTGTCCATTCAGGAAAATTTCAAGCGTGCTCGTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAAGGATAATCTGTCCATTCAGGAAAATTTCAAGCGTGCTCGTGG  350

seq1  AAACATCTTTAGGATACAGACAGCAGATGAAAGGGCACAGTGGGAGTAAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCTTTAGGATACAGACAGCAGATGAAAGGGCACAGTGGGAGTAAG  400

seq1  CCTAAAGATTTTTAATGAATCAGGACTCGCGGGCATCAGAGTTAGCCTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGATTTTTAATGAATCAGGACTCGCGGGCATCAGAGTTAGCCTTA  450

seq1  GAAGGCTTGTGGGTGTGGCTTCAGTAAGCACCGGACCGCAGGCGCACACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTGTGGGTGTGGCTTCAGTAAGCACCGGACCGCAGGCGCACACA  500

seq1  CCCCACGTTTCCTGAGTCAGACTTTCCAGTGAGTGGGTTGAAATGACATC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACGTTTCCTGAGTCAGACTTTCCAGTGAGTGGGTTGAAATGACATC  550

seq1  TTGGGTTTCACTTGGTGGCTTGGGAGTTCGCTGTAACATAACAGCTACCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTCACTTGGTGGCTTGGGAGTTCGCTGTAACATAACAGCTACCT  600

seq1  CTCAGTGCTGTTTGTACACCTTATCAAGTGCCCCACAAGAGAATTTTCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCTGTTTGTACACCTTATCAAGTGCCCCACAAGAGAATTTTCTA  650

seq1  GAACGTGCAGAGGATGCTTCACTCAGTCTACGAGTTCTCGGGACTATCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGTGCAGAGGATGCTTCACTCAGTCTACGAGTTCTCGGGACTATCTT  700

seq1  TGAAAAGCAACTAACTACCTCAAACGGAATGCTTGG-TTTTTGGAAACTT  745
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGAAAAGCAACTAACTACCTCAAACGGAATGCTTGGTTTTTTGGAAACTT  750

seq1  GAAGCCGTTTAATTGACTGAGAGAGAACACTTGTAATGGTTGGTAATTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCGTTTAATTGACTGAGAGAGAACACTTGTAATGGTTGGTAATTTT  800

seq1  AAGTCTCTGATATTCTTGCATATTCA-CCCCACCACCACCTTTGCCA-TT  843
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||
seq2  AAGTCTCTGATATTCTTGCATATTCACCCCCACCATCACCTTTGCTATTT  850

seq1  TTTGCCTGGGCAGGAAAAAGCCCAGGGCTAAGTGCCTTAATTTACCCCTT  893
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGGGCAGGATAAAGCCCAGGGCTAAGTGCCTTAATTTACCCCTT  900

seq1  GGGCGCCATTCTCCATGGGTGTGAGTTATGAAAGGGTTAAAAGGCAGTGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGCGCCATTCTCCATGGGTGTGAGTTATGAAAAGGTTAAAAGGCAGTGG  950

seq1  TGGCACCCATGCCCCAACTGTGGG-CCTCGCA-TATGTGTGAATAGATGT  991
      ||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||   
seq2  TGGCAACCATGCTCCAACTGTGGGTCTTCGCATTATGTGTGAATAGAATG  1000

seq1  TGTAGCTGTAC--ATAGGCA-TGGTGTAA-TGCCTTAAAAATTGACTGGG  1037
      |||||||||||   |||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||
seq2  TGTAGCTGTACCATTAGGCATTGGTGTAATTGCCTTAAAA--TGACTGGG  1048

seq1  AGGATCAGACA-GATGGTTTAGCCGGTAAAGGTGCTT  1073
      | ||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||
seq2  AAGATCAGAAACGATGGCTTAGCCGGTAAAAGTGCTT  1085

seq1: chr10_12751033_12752107
seq2: B6Ng01-228G06.g_69_1157 (reverse)

seq1  GACATAATACAGCTG-TAAATATAATC-AGGCAGTTGGGTCCAATGGCAT  48
      |||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GACATAAT-CAGCTGTTAAATATAATCAAGGCAGGTGGGTCCAATGGCAT  49

seq1  GGGCTGGGAT-CCTAGCTACTTCTGATGCTGAAGGCAGGAGGATT-AAAA  96
      |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGGCTGGGATCCCTAGCTACCTC-GATGCTGAAGGCAGGAGGATTAAAAA  98

seq1  TTTCAAT-GCTGTCTACAAAC-ATAGTGACG-TCAAAGCAAGCCTAGAAA  143
      ||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGGTTGTCTACAAACAATAGTGACGTTCAAAGCAAGCCTAGAAA  148

seq1  ACTTAGTGAAACT-GGGTCTTAAAGTGGGGGAGAGAG-ATGGCCC-AGTG  190
      ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||
seq2  ACTTAGTGAAACTAGGGTC-TAAAGTTGGGGAGAGAGAATGGCCCAAGTG  197

seq1  GTTAGGAGTACTAGCTGCTC--TTCCAAAGAGCCTGGCTTCAGCATCCAC  238
      || || ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAGTACTAGCTGCTCCTTCCCAAAGAGCCTGGCTTCAGCATCCAC  247

seq1  -ATGGTGGCATACAATAATGGTGGGATTCAGCTGG-AGGGTTAAGAGTAC  286
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATGGTGGCATACAATAATGGTGGGATTCAGCTGGAAGGGTTAAGAGTAC  297

seq1  CTGCTGATCTTGCAGGGGACCTGAGTTTAGGTACCAGCACCTTTATCAGG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATCTTGCAGGGGACCTGAGTTTAGGTACCAGCACCTTTATCAGG  347

seq1  TGGCTCACCAGTTCAAGGGC-AATACCTTCTTCTGGCCTCCCTCAACACC  385
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACCAGTTCAAGGGCAAATACCTTCTTCTGGCCTCCCTCAACACC  397

seq1  AGGCATGCATGTTGCGCATGGACAAAAAACTCATACACAGGATGAGTGAA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCATGTTGCGCATGGACAAAAAACTCATACACAGGATGAGTGAA  447

seq1  TAAATAAGGTATGATTTTTG-AAGTATATAAAAAC-AAAAGGTAAAAAAG  483
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAAATAAGGTATGATTTTTGAAAGTATATAAAAACAAAAAGGTAAAAAAG  497

seq1  AGGGCCTATTTCTGGATCAGTGGTAGAGTGCTTGTGTAGTGTGTGCACTG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTATTTCTGGATCAGTGGTAGAGTGCTTGTGTAGTGTGTGCACTG  547

seq1  CACTAGACTCACTCTTCCGTACTGCAAAAACAAAACAATCAGATATGACA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGACTCACTCTTCCGTACTGCAAAAACAAAACAATCAGATATGACA  597

seq1  AAACCATCCAAAGGAAGGCTTAACACAATTATGATGTCCAAGAACACAGA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATCCAAAGGAAGGCTTAACACAATTATGATGTCCAAGAACACAGA  647

seq1  AAGGAGGACTCTCACCAGATATCGGATGCAGAAATAATAGAATCATCCAG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGACTCTCACCAGATATCGGATGCAGAAATAATAGAATCATCCAG  697

seq1  AAAATATGAAAATATTACCCTATATCCACCTAGCACATCTTTAGATCTAC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGAAAATATTACCCTATATCCACCTAGCACATCTTTAGATCTAC  747

seq1  AATCTAAAGGAAATAGACTTACCTGTAAGTAGTGGGAATGCACATGAAGG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAGGAAATAGACTTACCTGTAAGTAGTGGGAATGCACATGAAGG  797

seq1  AGTCTCCTTTCAACGAACCGTACTAGAACAACACTGTCTATGTGCAAAAT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCTTTCAACGAACCGTACTAGAACAACACTGTCTATGTGCAAAAT  847

seq1  AAAATGAACTGGCTCCTGCAGCATGATACCTGAGGTTGTCATCTGGTCCC  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAACTGGCTCCTGCAGCATGATACCTGAGGTTGTCATCTGGTCCC  897

seq1  CCCATACACCTGAGTACACACATGCGTTCACACTCACAGAAAGATGCTAA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACACCTGAGTACACACATGCGTTCACACTCACAGAAAGATGCTAA  947

seq1  ACATCATGAAAGTGAAACCGGTGAGCTCTCCTCATATGCCTATGGAAATG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGAAAGTGAAACCGGTGAGCTCTCCTCATATGCCTATGGAAATG  997

seq1  AGCATATGAGGGACTGTGGATGTGGTCCAGTGATGGCCAGCAAGCAGGCA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGAGGGACTGTGGATGTGGTCCAGTGATGGCCAGCAAGCAGGCA  1047

seq1  GCTCTGGCTCTGTGCTGGCATCAAATGCACATGAATGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGCTCTGTGCTGGCATCAAATGCACATGAATGAATTC  1089