BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232H07
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,378,282 - 72,521,453
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700049L16Rik, LOC100040505, Zwint
Downstream geneLOC432471, LOC544705, LOC100039981, LOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232H07.bB6Ng01-232H07.g
ACCGA044791GA044792
length8811,140
definitionB6Ng01-232H07.b B6Ng01-232H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,520,581 - 72,521,453)(72,378,282 - 72,379,424)
sequence
gaattcttaatggaaagaagcccataagaaaatatgcaggtttaaatgta
aatgtaaagtgttttatttatttaagaagttatcaagtcccatgcataca
gatgagtctttggaataactgaggaattgcaggctgtgctgctgatgtca
tcattgaaccaaatatattagatttcccttttgacataacattataatat
ttgatataacattataattagtttgtgcactaattgtatttgcacacctg
tacatgaactgatcttttctttatttataaaattttgattgtgtgttggc
cattccagccctaatattaaaaaacataagacagagatttgacaaaatta
agtaattttaaatacatgtgctatgaaataatccaaattagggaatttta
tgacatatttaggcaaagaacatgatcatctggtgcaacccaaaccctcc
gaatttactaaggcatttaattttgtacataaatgttccagtttgcatat
gtatcttatgtccaatctatgtttaatcttaaacccatgttcaacagtat
taagaagtgaggcttgtgccatccttgttatttggcttctatgagatgtt
tgaaactttcccagaaagggaaacaaaatggatatcagaggtcgatggaa
ggagggaactgggtagaaaaggggatgggaagggaagaggggacaatcat
atgtagggagagcaggggagataaagaggggtcaccggggttggggagcg
atctctacggcatgtcaggagacctgtgacagagagagaccccagtggta
tcttaatggggtgactctagctaaaaattccctagcagtggtggatagag
aatcctgaagtggccaccctccctgtagcct

gaattctgggatagagccaggcagaagatttgctgggaagatgtgacaag
atggacacatggtagcttagctcaggtaaccaaccacttggcagattgta
ggctagaataaatgggatattttaagttatatctagtcagagaagaggct
agctatatggacaaggtatttataaatatagtttgagtctgagtcctaat
ttggggagtatgggacttgacttcaaaactgtgttatataagagagcaag
ctgagcaagcaagccatgggaagcaaagcagtaatagcatccctccatgg
cctctgtatcagctcctgccctgttggagttcctgctctgacttcagtta
atgatgaacagtgattcgtaagcataagccaaataaggcctttccttccc
atgttgcttttgattatgatgcttcatcagagcaatggtaaacctaagac
aaggaatctatagttaacgtacatacaatatatttctttcctaccgcgtg
catctgctggtagacacaacaaataaattatccatgtgtttgttggatag
gacttctcaaacctttctattctctactgtatatcactcagcaacgtaaa
tggtcactgacattctcgcccaggttccaattgtttaataaccatagatt
atctctgagagtaaacattcacccgaaaacatcaaaatcattcaacttaa
ttttatttttaaatgatacgactgagaaattgaagttttcaaaagcaaaa
gtttacttatcctgaaacctgctggttatgagtaacaccaaggcaaaagg
agggagtgttttagaaagcatacaatcatattttatgtagcatgtattat
gcatttatttattcatttagaaaaaatatgaaatagggaagatttcaaaa
ctggcagcagtgctgtgggtgttggtttatactggggtgaatgtaaaggg
taaatgaacagggctcctggcagaagcagctggagtaaagcgtacacagg
acagttacaacgcctgagccatatgagttctttttaatttggaaataaaa
ataaataatgaattccattgtcttcctgcatcctttacatggcctggctt
aatttcatttctttccagttggaatgaaaggtctcttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72520581_72521453
seq2: B6Ng01-232H07.b_44_924 (reverse)

seq1  AGGCTACAGG--AGGTGGCCACTTCAGGA-TCTCTATCCACCACTGCTAG  47
      ||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACAGGGAGGGTGGCCACTTCAGGATTCTCTATCCACCACTGCTAG  50

seq1  G--AATTTTAGCTAGAGTCACCCCCTT-AGATACC-CTGGGGTCTCTCTC  93
      |  | ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAATTTTTAGCTAGAGTCACCCCATTAAGATACCACTGGGGTCTCTCTC  100

seq1  TGTCACAGGTCT-CTGACATGCCGTAGAGATCGCTCCCCAACCCCGGTGA  142
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGGTCTCCTGACATGCCGTAGAGATCGCTCCCCAACCCCGGTGA  150

seq1  CCCCTCTTTATCTCCCCTGCTCTCCCTACATATGATTGTCCCCTCTTCCC  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTTTATCTCCCCTGCTCTCCCTACATATGATTGTCCCCTCTTCCC  200

seq1  TTCCCATCCCCTTTTCTACCCAGTTCCCTCCTTCCATCGACCTCTGATAT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATCCCCTTTTCTACCCAGTTCCCTCCTTCCATCGACCTCTGATAT  250

seq1  CCATTTTGTTTCCCTTTCTGGGAAAGTTTCAAACATCTCATAGAAGCCAA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGTTTCCCTTTCTGGGAAAGTTTCAAACATCTCATAGAAGCCAA  300

seq1  ATAACAAGGATGGCACAAGCCTCACTTCTTAATACTGTTGAACATGGGTT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAGGATGGCACAAGCCTCACTTCTTAATACTGTTGAACATGGGTT  350

seq1  TAAGATTAAACATAGATTGGACATAAGATACATATGCAAACTGGAACATT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTAAACATAGATTGGACATAAGATACATATGCAAACTGGAACATT  400

seq1  TATGTACAAAATTAAATGCCTTAGTAAATTCGGAGGGTTTGGGTTGCACC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACAAAATTAAATGCCTTAGTAAATTCGGAGGGTTTGGGTTGCACC  450

seq1  AGATGATCATGTTCTTTGCCTAAATATGTCATAAAATTCCCTAATTTGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCATGTTCTTTGCCTAAATATGTCATAAAATTCCCTAATTTGGA  500

seq1  TTATTTCATAGCACATGTATTTAAAATTACTTAATTTTGTCAAATCTCTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCATAGCACATGTATTTAAAATTACTTAATTTTGTCAAATCTCTG  550

seq1  TCTTATGTTTTTTAATATTAGGGCTGGAATGGCCAACACACAATCAAAAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTTTTTTAATATTAGGGCTGGAATGGCCAACACACAATCAAAAT  600

seq1  TTTATAAATAAAGAAAAGATCAGTTCATGTACAGGTGTGCAAATACAATT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATAAAGAAAAGATCAGTTCATGTACAGGTGTGCAAATACAATT  650

seq1  AGTGCACAAACTAATTATAATGTTATATCAAATATTATAATGTTATGTCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACAAACTAATTATAATGTTATATCAAATATTATAATGTTATGTCA  700

seq1  AAAGGGAAATCTAATATATTTGGTTCAATGATGACATCAGCAGCACAGCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAATCTAATATATTTGGTTCAATGATGACATCAGCAGCACAGCC  750

seq1  TGCAATTCCTCAGTTATTCCAAAGACTCATCTGTATGCATGGGACTTGAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTCCTCAGTTATTCCAAAGACTCATCTGTATGCATGGGACTTGAT  800

seq1  AACTTCTTAAATAAATAAAACACTTTACATTTACATTTAAACCTGCATAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTAAATAAATAAAACACTTTACATTTACATTTAAACCTGCATAT  850

seq1  TTTCTTATGGGCTTCTTTCCATTAAGAATTC  873
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATGGGCTTCTTTCCATTAAGAATTC  881


seq1: chr10_72378282_72379424
seq2: B6Ng01-232H07.g_68_1207

seq1  GAATTCTGGGATAGAGCCAGGCAGAAGATTTGCTGGGAAGATGTGACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATAGAGCCAGGCAGAAGATTTGCTGGGAAGATGTGACAAG  50

seq1  ATGGACACATGGTAGCTTAGCTCAGGTAACCAACCACTTGGCAGATTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACACATGGTAGCTTAGCTCAGGTAACCAACCACTTGGCAGATTGTA  100

seq1  GGCTAGAATAAATGGGATATTTTAAGTTATATCTAGTCAGAGAAGAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAATAAATGGGATATTTTAAGTTATATCTAGTCAGAGAAGAGGCT  150

seq1  AGCTATATGGACAAGGTATTTATAAATATAGTTTGAGTCTGAGTCCTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATGGACAAGGTATTTATAAATATAGTTTGAGTCTGAGTCCTAAT  200

seq1  TTGGGGAGTATGGGACTTGACTTCAAAACTGTGTTATATAAGAGAGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGTATGGGACTTGACTTCAAAACTGTGTTATATAAGAGAGCAAG  250

seq1  CTGAGCAAGCAAGCCATGGGAAGCAAAGCAGTAATAGCATCCCTCCATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAAGCAAGCCATGGGAAGCAAAGCAGTAATAGCATCCCTCCATGG  300

seq1  CCTCTGTATCAGCTCCTGCCCTGTTGGAGTTCCTGCTCTGACTTCAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTATCAGCTCCTGCCCTGTTGGAGTTCCTGCTCTGACTTCAGTTA  350

seq1  ATGATGAACAGTGATTCGTAAGCATAAGCCAAATAAGGCCTTTCCTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAACAGTGATTCGTAAGCATAAGCCAAATAAGGCCTTTCCTTCCC  400

seq1  ATGTTGCTTTTGATTATGATGCTTCATCAGAGCAATGGTAAACCTAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCTTTTGATTATGATGCTTCATCAGAGCAATGGTAAACCTAAGAC  450

seq1  AAGGAATCTATAGTTAACGTACATACAATATATTTCTTTCCTACCGCGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATCTATAGTTAACGTACATACAATATATTTCTTTCCTACCGCGTG  500

seq1  CATCTGCTGGTAGACACAACAAATAAATTATCCATGTGTTTGTTGGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCTGGTAGACACAACAAATAAATTATCCATGTGTTTGTTGGATAG  550

seq1  GACTTCTCAAACCTTTCTATTCTCTACTGTATATCACTCAGCAACGTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCAAACCTTTCTATTCTCTACTGTATATCACTCAGCAACGTAAA  600

seq1  TGGTCACTGACATTCTTGCCCAGGTTCCAATTGTTTAATAACCATAGATT  650
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACTGACATTCTCGCCCAGGTTCCAATTGTTTAATAACCATAGATT  650

seq1  ATCTCTGAGAGTAAACATTCACCCGAAAACATCAAAATCATTCAACTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGAGAGTAAACATTCACCCGAAAACATCAAAATCATTCAACTTAA  700

seq1  TTTTATTTTTAAATGATACGACTGAGAAATTGAAGTTTTCAAAAGCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTAAATGATACGACTGAGAAATTGAAGTTTTCAAAAGCAAAA  750

seq1  GTTTACTTATCCTGAAACCTGCTGGTTATGAGTAACACCAAGGCAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTATCCTGAAACCTGCTGGTTATGAGTAACACCAAGGCAAAAGG  800

seq1  AGGGAGTGTTTTAGAAAGCATACAATCATATTTTATGTAGCATGTATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTGTTTTAGAAAGCATACAATCATATTTTATGTAGCATGTATTAT  850

seq1  GCATTTATTTATTCATTTAGAAAAAATATGAAATA-GGAAGATTTCAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCATTTATTTATTCATTTAGAAAAAATATGAAATAGGGAAGATTTCAAAA  900

seq1  CTGGCAGCAGGTGCTGTGGGTGTTGGTTTATACTGGGGTGAATGTAAAGG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGCA-GTGCTGTGGGTGTTGGTTTATACTGGGGTGAATGTAAAGG  949

seq1  GTAAATGAACAGGGCTCCTGGCAAGAAGGCAGCTTGAGTAAAGCGTACAC  999
      |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GTAAATGAACAGGGCTCCTGGC-AGAA-GCAGCTGGAGTAAAGCGTACAC  997

seq1  AGGACAGTTACAAACGCCTGAG-CATATGAGTTC-TTTTAATTT-GAAAT  1046
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  AGGACAGTTAC-AACGCCTGAGCCATATGAGTTCTTTTTAATTTGGAAAT  1046

seq1  AAAATAAAATTAAATG-ATTTCAATGTCTTCTGCCATCTCTTTTACATGG  1095
      ||||  ||||  |||| ||| || |||||||   ||  || |||||||||
seq2  AAAAATAAAT--AATGAATTCCATTGTCTTCCTGCA--TCCTTTACATGG  1092

seq1  GCTGGCTTAATTTCATTTCTTTCCAGTTTTGAATG-AAGGTGTCTTGTT  1143
       ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||
seq2  CCTGGCTTAATTTCATTTCTTTCCAG-TTGGAATGAAAGGTCTCTTGTT  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |