BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232I21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 12,611,661 - 12,752,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStx11, Sf3b5
Upstream geneUtrn, LOC665172
Downstream genePlagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2, LOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1, EG666859, Hivep2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232I21.bB6Ng01-232I21.g
ACCGA044860GA044861
length1,1221,148
definitionB6Ng01-232I21.b B6Ng01-232I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,611,661 - 12,612,788)(12,750,959 - 12,752,107)
sequence
gaattctatattaggaattgaaactgggaactgtgttcctctccttctgg
cactgctgctctgcattttgaattatagctaccactttcctgctgttttg
ctgccagcttccatcctgtgccgtgccttttatcagaatacctaacacta
ggacaacgatgcctcttcctcctcctcctcttctccaccccaccaccttc
cttcctttttccttactatatgtcatggtttggaaattgaagaacaatgt
tttgtgtgagtagagtgctctctgcccctctaccaagcagcagctgctag
cagaggaagatctacgttgtaacagcccctggagcccttacttttaagaa
tggagaatactccctccctccttctctttttccctccctctctttcttcc
ctcccctgtcccccaccccaccccacacccccggttccatgtttgcctat
gaagctcataccaaagatggaaacagctgtatgtccccggtcacaactca
cctagggtactaagatcatgtctggatatcaccctgtgacatttttcaac
ctaccttcctcctggacaccagctcttcccacccaagcctgtgtatttct
gagagtttattctctactcctggccagggagtgtgtcgccctctgtctta
ctctgggtttctattggtgtgaagagacaccataaccaaggcaactctta
taaaggaaaccacttcataggggctggcttacagtttcagaggttcagtc
cattatcatcatggtgggaagcatggcagcatgcaggtagatatggtgct
agagaaggagctaagagttcaacatcttgattcacaaggggcagaaggga
ctctgttccacactgggtgtagcttgagcataagagacctcaaagccacc
tccacagtgaaacacttcctccaacaagccacacctactccagcatacct
actaatagtactactccctatgggccagcattcaaatgagtttaaggggt
gggtcatacttattcaaaacaaccacaccctccttgggtatttttttttt
caggattttaggattttggaggatccctctggttttctgataggctgaaa
tatgttggttatagggctaaag

gaattcattcatgtgcatttgatgccagcacagagccagagctgcctgct
tgctggccatcactggaccacatccacagtccctcatatgctcatttcca
taggcatatgaggagagctcaccggtttcactttcatgatgtttagcatc
tttctgtgagtgtgaacgcatgtgtgtactcaggtgtatggggggaccag
atgacaacctcaggtatcatgctgcaggagccagttcattttattttgca
catagacagtgttgttctagtacggttcgttgaaaggagactccttcatg
tgcattcccactacttacaggtaagtctatttcctttagattgtagatct
aaagatgtgctaggtggatatagggtaatattttcatattttctggatga
ttctattatttctgcatccgatatctggtgagagtcctcctttctgtgtt
cttggacatcataattgtgttaagccttcctttggatggttttgtcatat
ctgattgttttgtttttgcagtacggaagagtgagtctagtgcagtgcac
acactacacaagcactctaccactgatccagaaataggccctctttttta
ccttttgtttttatatacttcaaaaatcataccttatttattcactcatc
ctgtgtatgagttttttgtccatgcgcaacatgcatgcctggtgttgagg
gaggccagaagaaggtattgcccttgaactggtgagccacctgataaagg
tgctggtacctaaactcagtcccctgcaagatcagcaggtactcttaacc
ctccagctgaatcccaccattattgtatgccaccatgtggatgctgaagc
cagggctcttggaagagcagctagtactcctaacaactgggccatctctc
tcccccactttaagacccagtttcactaagtttttctaggcttgctttga
cgtcactatgttgtagacagcattgaaatttaatcctcctgccttcagca
tcagaagtagctaggatcccagctcatgccattggacccactgccttgat
tatattttacagcctgtatttatgtcagagtatcatgtacataatacccg
ctatcaagaggcatcataaatactgttcacaatattggcatgtcttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_12611661_12612788
seq2: B6Ng01-232I21.b_45_1166

seq1  GAATTCTATATTAGGAATTGAAACTGGGAACTGTGTTCCTCTCCTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATTAGGAATTGAAACTGGGAACTGTGTTCCTCTCCTTCTGG  50

seq1  CACTGCTGCTCTGCATTTTGAATTATAGCTACCACTTTCCTGCTGTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTGCTCTGCATTTTGAATTATAGCTACCACTTTCCTGCTGTTTTG  100

seq1  CTGCCAGCTTCCATCCTGTGCCGTGCCTTTTATCAGAATACCTAACACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCTTCCATCCTGTGCCGTGCCTTTTATCAGAATACCTAACACTA  150

seq1  GGACAACGATGCCTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCTCCACCCCACCACCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACGATGCCTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCTCCACCCCACCACCTTC  200

seq1  CTTCCTTTTTCCTTACTATATGTCATGGTTTGGAAATTGAAGAACAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTTCCTTACTATATGTCATGGTTTGGAAATTGAAGAACAATGT  250

seq1  TTTGTGTGAGTAGAGTGCTCTCTGCCCCTCTACCAAGCAGCAGCTGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGAGTAGAGTGCTCTCTGCCCCTCTACCAAGCAGCAGCTGCTAG  300

seq1  CAGAGGAAGATCTACGTTGTAACAGCCCCTGGAGCCCTTACTTTTAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAGATCTACGTTGTAACAGCCCCTGGAGCCCTTACTTTTAAGAA  350

seq1  TGGAGAATACTCCCTCCCTCCTTCTCTTTTTCCCTCCCTCTCTTTCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATACTCCCTCCCTCCTTCTCTTTTTCCCTCCCTCTCTTTCTTCC  400

seq1  CTCCCCTGTCCCCCACCCCACCCCACACCCCCGGTTCCATGTTTGCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTGTCCCCCACCCCACCCCACACCCCCGGTTCCATGTTTGCCTAT  450

seq1  GAAGCTCATACCAAAGATGGAAACAGCTGTATGTCCCCGGTCACAACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCATACCAAAGATGGAAACAGCTGTATGTCCCCGGTCACAACTCA  500

seq1  CCTAGGGTACTAAGATCATGTCTGGATATCACCCTGTGACATTTTTCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGTACTAAGATCATGTCTGGATATCACCCTGTGACATTTTTCAAC  550

seq1  CTACCTTCCTCCTGGACACCAGCTCTTCCCACCCAAGCCTGTGTATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTCCTCCTGGACACCAGCTCTTCCCACCCAAGCCTGTGTATTTCT  600

seq1  GAGAGTTTATTCTCTACTCCTGGCCAGGGAGTGTGTCGCCCTCTGTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTTATTCTCTACTCCTGGCCAGGGAGTGTGTCGCCCTCTGTCTTA  650

seq1  CTCTGGGTTTCTATTGGTGTGAAGAGACACCATAACCAAGGCAACTCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTTTCTATTGGTGTGAAGAGACACCATAACCAAGGCAACTCTTA  700

seq1  TAAAGGAAACCACTTCATAGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAAACCACTTCATAGGGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTCAGTC  750

seq1  CATTATCATCATGGTGGGAAGCATGGCAGCATGCAGGTAGATATGGTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCATCATGGTGGGAAGCATGGCAGCATGCAGGTAGATATGGTGCT  800

seq1  AGAGAAGGAGCTAAGAGTTCAACATCTTGATTCACAAGGGGCAGAAGGGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGAAGGAGCTAAGAGTTCAACATCTTGATTCACAAGGGGCAGAA-GGG  849

seq1  ACTCTGTTCCACACTGGGTGTAGCTTGAGCATAAGAGACCTCAAAGCCCA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTCTGTTCCACACTGGGTGTAGCTTGAGCATAAGAGACCTCAAAG-CCA  898

seq1  CCTCCACAGTGAAACACTTCCTCCAACAAAGCCACACCTACTCCAGCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTCCACAGTGAAACACTTCCTCCAAC-AAGCCACACCTACTCCAGC-AT  946

seq1  ACCTACTAATAGTACCACTCCCTATGGGCCAAGCATTCAAATGAGTTTAA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTAATAGTACTACTCCCTATGGGCC-AGCATTCAAATGAGTTTAA  995

seq1  GGGGTGGGTCATAACTATTCAAAAC-ACCACACCCTCCTTTGGGTATTTT  1049
      |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||
seq2  GGGGTGGGTCATACTTATTCAAAACAACCACACCCTCC-TTGGGTA-TTT  1043

seq1  TTTTTTTCAGGATTTTTAGGATTTTTGGAGGATTCCCTCT-GTTTTCTGA  1098
      |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTTTTTTCAGGA-TTTTAGGA-TTTTGGAGGA-TCCCTCTGGTTTTCTGA  1090

seq1  TAGGCTGAAGTATGT--GGTATAAGGCTAAAG  1128
      ||||||||| |||||  | |||| ||||||||
seq2  TAGGCTGAAATATGTTGGTTATAGGGCTAAAG  1122


seq1: chr10_12750959_12752107
seq2: B6Ng01-232I21.g_68_1215 (reverse)

seq1  ATAACACATG-CAATA-TGTGAACAGTATTTATGATGCTCTTATGATAGC  48
      |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||
seq2  ATAAGACATGCCAATATTGTGAACAGTATTTATGATGC-CTCTTGATAGC  49

seq1  -AGTATTATGGTACATGATACACTTCTGACAT-AATACA-GCTGT-AAAT  94
        ||||||| |||||||||||   |||||||| |||||| ||||| ||||
seq2  GGGTATTAT-GTACATGATAC---TCTGACATAAATACAGGCTGTAAAAT  95

seq1  ATAATC-AGGCAGTTGGGTCCAATGGCATGGGCTGGGATCCTAGCTACTT  143
      |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAATCAAGGCAG-TGGGTCCAATGGCATGAGCTGGGATCCTAGCTACTT  144

seq1  CTGATGCTGAAGGCAGGAGGATTAAAATTTCAATGCTGTCTACAAACATA  193
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGATGCTGAAGGCAGGAGGATT-AAATTTCAATGCTGTCTAC-AACATA  192

seq1  GTGACGTCAAAGCAAGCCTAG-AAAACTTAGTGAAACTGGGTCTTAAAGT  242
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACGTCAAAGCAAGCCTAGAAAAACTTAGTGAAACTGGGTCTTAAAGT  242

seq1  GGGGGAGAGAGATGGCCCAGTGGTTAGGAGTACTAGCTGCTCTTCCAAAG  292
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGGGAGAGAGATGGCCCAGTTGTTAGGAGTACTAGCTGCTCTTCC-AAG  291

seq1  AG-CCTGGCTTCAGCATCCACATGGTGGCATACAATAATGGTGGGATTCA  341
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTTCAGCATCCACATGGTGGCATACAATAATGGTGGGATTCA  341

seq1  GCTGGAGGGTTAAGAGTACCTGCTGATCTTGCAGGGGACCTGAGTTTAGG  391
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTGGAGGGTTAAGAGTACCTGCTGATCTTGCAGGGGA-CTGAGTTTAGG  390

seq1  TACCAGCACCTTTATCAGGTGGCTCACCAGTTCAAGGGCAATACCTTCTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCACCTTTATCAGGTGGCTCACCAGTTCAAGGGCAATACCTTCTT  440

seq1  CTGGCCTCCCTCAACACCAGGCATGCATGTTGCGCATGGACAAAAAACTC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCCCTCAACACCAGGCATGCATGTTGCGCATGGACAAAAAACTC  490

seq1  ATACACAGGATGAGTGAATAAATAAGGTATGATTTTTGAAGTATATAAAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGGATGAGTGAATAAATAAGGTATGATTTTTGAAGTATATAAAA  540

seq1  ACAAAAGGTAAAAAAGAGGGCCTATTTCTGGATCAGTGGTAGAGTGCTTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGTAAAAAAGAGGGCCTATTTCTGGATCAGTGGTAGAGTGCTTG  590

seq1  TGTAGTGTGTGCACTGCACTAGACTCACTCTTCCGTACTGCAAAAACAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGTGTGCACTGCACTAGACTCACTCTTCCGTACTGCAAAAACAAA  640

seq1  ACAATCAGATATGACAAAACCATCCAAAGGAAGGCTTAACACAATTATGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCAGATATGACAAAACCATCCAAAGGAAGGCTTAACACAATTATGA  690

seq1  TGTCCAAGAACACAGAAAGGAGGACTCTCACCAGATATCGGATGCAGAAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAAGAACACAGAAAGGAGGACTCTCACCAGATATCGGATGCAGAAA  740

seq1  TAATAGAATCATCCAGAAAATATGAAAATATTACCCTATATCCACCTAGC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAATCATCCAGAAAATATGAAAATATTACCCTATATCCACCTAGC  790

seq1  ACATCTTTAGATCTACAATCTAAAGGAAATAGACTTACCTGTAAGTAGTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTTAGATCTACAATCTAAAGGAAATAGACTTACCTGTAAGTAGTG  840

seq1  GGAATGCACATGAAGGAGTCTCCTTTCAACGAACCGTACTAGAACAACAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCACATGAAGGAGTCTCCTTTCAACGAACCGTACTAGAACAACAC  890

seq1  TGTCTATGTGCAAAATAAAATGAACTGGCTCCTGCAGCATGATACCTGAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATGTGCAAAATAAAATGAACTGGCTCCTGCAGCATGATACCTGAG  940

seq1  GTTGTCATCTGGTCCCCCCATACACCTGAGTACACACATGCGTTCACACT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATCTGGTCCCCCCATACACCTGAGTACACACATGCGTTCACACT  990

seq1  CACAGAAAGATGCTAAACATCATGAAAGTGAAACCGGTGAGCTCTCCTCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAGATGCTAAACATCATGAAAGTGAAACCGGTGAGCTCTCCTCA  1040

seq1  TATGCCTATGGAAATGAGCATATGAGGGACTGTGGATGTGGTCCAGTGAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTATGGAAATGAGCATATGAGGGACTGTGGATGTGGTCCAGTGAT  1090

seq1  GGCCAGCAAGCAGGCAGCTCTGGCTCTGTGCTGGCATCAAATGCACATGA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCAAGCAGGCAGCTCTGGCTCTGTGCTGGCATCAAATGCACATGA  1140

seq1  ATGAATTC  1149
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |