BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233C24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 99,610,346 - 99,740,293
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043211
Upstream geneWdr51b, Dusp6, LOC100042222, Gad1-ps, LOC100042232, LOC667502, Csl, LOC100042246, Kitl, LOC100043208
Downstream geneEG667532, LOC670007, LOC235966, LOC667556, LOC100043224, LOC100043227, LOC100043231, LOC100043235, LOC667580, LOC100043239, LOC100043242, LOC100043244, LOC667607, LOC100043247, EG213051, Tmtc3, 4930430F08Rik, 1700017N19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233C24.bB6Ng01-233C24.g
ACCGA045322GA045323
length1,1431,167
definitionB6Ng01-233C24.b B6Ng01-233C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,739,156 - 99,740,293)(99,610,346 - 99,611,515)
sequence
gaattctgaaggatacattttatttaatcttgggagatgtggttttttaa
tgtcttctttctggaagtcagaattacttccaactctgtattttaaatta
caaagcacacaattatgtccttaataaaagtatttgctaaatttaaggaa
catgtttataatccattaagaaaatttaaaagtagcaaaaatgcaaatat
tttaattcattattagagaattctgttgaagacttaacaaaggcagaggt
taaattattacttaaaatatcccggattatagaaaaaggaaaaaagaaat
taagtctctataacaacaacaaaaaacaactacaggtcaaattcagtatc
actcaaaacctctaacacattagcaaacacagttcaccagcctatctcag
aaacagtacagtattgtggaggagaattaattttaggaacaaagggttta
attttaacaattctattagcatcatttccttaataatagtgagaataaaa
aactttattcattttccttcacgtcaaaaaggcatttgatacatctgcca
ataattactgccctgatcttactatgacaatcctagtaggataattggca
aatccaccagagtggtctgaggaagattcattgcagtgatatagctgaca
tgaaggtcttagctaccagcccaatcccgaacacatctcttaaatagtat
attggattcttaatgtcttagtcagtgttctaatactgggaagatacaac
atgaccattgcagctcttctaaagaaaaacacttaactgcagcttgctta
cactttcagaggtttagtctactgtcatggcaaggagcatggtggcatgc
aagctctcatgctggaaaagtaccttgagagtttcacacctggcttcaca
gacatcaggaaaaaaatgacactgggccctgcattcaacttttaaaatcc
caagcccaactacagtgacctacttctcccaagaagaccacacctattcc
aacaagatcccacctcctgatcctctcaagtagcaccacctcccttaatg
ccagcattcaaatagcctgagccttatgggagtcacctcctattcaaatc
aaccacatcttacctgttgctatggcaggcaagaaaaggtggg
gaattctttgggtaggtatgcgaagatgctgtagctgaatcaataggagt
tctcttcttagttttctgaaaatcatccttaatggctacaccaacttata
ttcataccagcaggaaataagagttcctctttctctgtatcctcaccagt
attcattcttattgatgtttgtttttcctaaatgatttcctaattgatgt
ttgtttttttctaaatgatttcctaaatgattggtgtaagaatgagatgg
ctcagcagttaatagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaatt
ctcagcaacaacatggtgactcacaactacctgtcatgggatcttatgct
ctcttctggtgtgtctgaagatagcaacagtgtactcatataactacaaa
ttaataaataaatctaagtaaatgaatgaatttcgatgtagtttaaattc
gcatattctccattgttttccacattgaactacttatttactggccattt
gtagactaaatttaattactattttagaagtgaaagtaaaaccctaagag
aggtattaacttcctcaaatgtaacgaatggtggaatagcctcaacctgg
gccatgtctctaaagacagcatacactcaccattgccctgtttagcacct
gaaacacattcttcaagtagctgatgtaccgtctacaaagtggaactggc
agtttcattatgagctcctttcctgattgagaggtaagagaacagcttaa
aagcagagaataattcgccatcatctggtcccagctactccgatagataa
agaaatttaaacctcagtgctcatttaatccagtccccattcttcagatg
aagcaatggagacctgtgctgactaaatatttgctcaaagttaaacagag
attcattttttttgtgtgttaaagcagacacttggcagtgtattgggttc
tctgtacaacaaaatattgacacaatatttgtggattgaatagaagctgg
agtctttcttgagatagattgatgggtgccatgtgcctagactgctttgt
acatctgggcgatgtttattggcgtctgtgccgcacaaaggacatccttt
cttggagatcctcaatgtgcctggtgccagtcatgagaacctgctgttca
acctcgattttccacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_99739156_99740293
seq2: B6Ng01-233C24.b_45_1187 (reverse)

seq1  CCCACTTTTTCTTGGCTGCCATAAGCACAG--TAGATGT-GTTGATTTGA  47
      ||||| |||||||| ||||||||   ||||   |||||| ||||||||||
seq2  CCCACCTTTTCTTGCCTGCCATAGCAACAGGTAAGATGTGGTTGATTTGA  50

seq1  ATAGGA-GTGACTCCCAT-AGGCTCA-GCTATTTGAATGCTTGGGCATT-  93
      |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||| 
seq2  ATAGGAGGTGACTCCCATAAGGCTCAGGCTATTTGAATGCT--GGCATTA  98

seq1  AGGGA-GTGGTGCTACTTGAGAGGGATCAGGAGGTGGGATCTTGTTGGAA  142
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGTGGTGCTACTTGAGA-GGATCAGGAGGTGGGATCTTGTTGGAA  147

seq1  TAGGTGTGGTCTTCTTGGGAGAAGTAGGTCACTGTAGTTGGGCTTTGGGA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGGTGTGGTCTTCTTGGGAGAAGTAGGTCACTGTAGTTGGGC-TTGGGA  196

seq1  TTTTAAAAGTTGAATGCA-GGCCCAGTGTCATTTTTTTCCTGATGTCTGT  241
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGTTGAATGCAGGGCCCAGTGTCATTTTTTTCCTGATGTCTGT  246

seq1  GAAGCCAGGTGTGAAACTCTCAAGGTACTTTTCCAGCATGAGAGCTTGCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGGTGTGAAACTCTCAAGGTACTTTTCCAGCATGAGAGCTTGCA  296

seq1  TGCCACCATGCTCCTTGCCATGACAGTAGACTAAACCTCTGAAAGTGTAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATGCTCCTTGCCATGACAGTAGACTAAACCTCTGAAAGTGTAA  346

seq1  GCAAGCTGCAGTTAAGTGTTTTTCTTTAGAAGAGCTGCAATGGTCATGTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGCAGTTAAGTGTTTTTCTTTAGAAGAGCTGCAATGGTCATGTT  396

seq1  GTATCTTCCCAGTATTAGAACACTGACTAAGACATTAAGAATCCAATATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTCCCAGTATTAGAACACTGACTAAGACATTAAGAATCCAATATA  446

seq1  CTATTTAAGAGATGTGTTCGGGATTGGGCTGGTAGCTAAGACCTTCATGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAAGAGATGTGTTCGGGATTGGGCTGGTAGCTAAGACCTTCATGT  496

seq1  CAGCTATATCACTGCAATGAATCTTCCTCAGACCACTCTGGTGGATTTGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATATCACTGCAATGAATCTTCCTCAGACCACTCTGGTGGATTTGC  546

seq1  CAATTATCCTACTAGGATTGTCATAGTAAGATCAGGGCAGTAATTATTGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATCCTACTAGGATTGTCATAGTAAGATCAGGGCAGTAATTATTGG  596

seq1  CAGATGTATCAAATGCCTTTTTGACGTGAAGGAAAATGAATAAAGTTTTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTATCAAATGCCTTTTTGACGTGAAGGAAAATGAATAAAGTTTTT  646

seq1  TATTCTCACTATTATTAAGGAAATGATGCTAATAGAATTGTTAAAATTAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCACTATTATTAAGGAAATGATGCTAATAGAATTGTTAAAATTAA  696

seq1  ACCCTTTGTTCCTAAAATTAATTCTCCTCCACAATACTGTACTGTTTCTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTGTTCCTAAAATTAATTCTCCTCCACAATACTGTACTGTTTCTG  746

seq1  AGATAGGCTGGTGAACTGTGTTTGCTAATGTGTTAGAGGTTTTGAGTGAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGCTGGTGAACTGTGTTTGCTAATGTGTTAGAGGTTTTGAGTGAT  796

seq1  ACTGAATTTGACCTGTAGTTGTTTTTTGTTGTTGTTATAGAGACTTAATT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTTGACCTGTAGTTGTTTTTTGTTGTTGTTATAGAGACTTAATT  846

seq1  TCTTTTTTCCTTTTTCTATAATCCGGGATATTTTAAGTAATAATTTAACC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTCCTTTTTCTATAATCCGGGATATTTTAAGTAATAATTTAACC  896

seq1  TCTGCCTTTGTTAAGTCTTCAACAGAATTCTCTAATAATGAATTAAAATA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTTGTTAAGTCTTCAACAGAATTCTCTAATAATGAATTAAAATA  946

seq1  TTTGCATTTTTGCTACTTTTAAATTTTCTTAATGGATTATAAACATGTTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTTTTGCTACTTTTAAATTTTCTTAATGGATTATAAACATGTTC  996

seq1  CTTAAATTTAGCAAATACTTTTATTAAGGACATAATTGTGTGCTTTGTAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTTAGCAAATACTTTTATTAAGGACATAATTGTGTGCTTTGTAA  1046

seq1  TTTAAAATACAGAGTTGGAAGTAATTCTGACTTCCAGAAAGAAGACATTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATACAGAGTTGGAAGTAATTCTGACTTCCAGAAAGAAGACATTA  1096

seq1  AAAAACCACATCTCCCAAGATTAAATAAAATGTATCCTTCAGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCACATCTCCCAAGATTAAATAAAATGTATCCTTCAGAATTC  1143

seq1: chr10_99610346_99611515
seq2: B6Ng01-233C24.g_64_1230

seq1  GAATTCTTTGGGTAGGTATGCGAAGATGCTGTAGCTGAATCAATAGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGGTAGGTATGCGAAGATGCTGTAGCTGAATCAATAGGAGT  50

seq1  TCTCTTCTTAGTTTTCTGAAAATCATCCTTAATGGCTACACCAACTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTTAGTTTTCTGAAAATCATCCTTAATGGCTACACCAACTTATA  100

seq1  TTCATACCAGCAGGAAATAAGAGTTCCTCTTTCTCTGTATCCTCACCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACCAGCAGGAAATAAGAGTTCCTCTTTCTCTGTATCCTCACCAGT  150

seq1  ATTCATTCTTATTGATGTTTGTTTTTCCTAAATGATTTCCTAATTGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCTTATTGATGTTTGTTTTTCCTAAATGATTTCCTAATTGATGT  200

seq1  TTGTTTTTTTCTAAATGATTTCCTAAATGATTGGTGTAAGAATGAGATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTTCTAAATGATTTCCTAAATGATTGGTGTAAGAATGAGATGG  250

seq1  CTCAGCAGTTAATAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGTTAATAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATT  300

seq1  CTCAGCAACAACATGGTGACTCACAACTACCTGTCATGGGATCTTATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACAACATGGTGACTCACAACTACCTGTCATGGGATCTTATGCT  350

seq1  CTCTTCTGGTGTGTCTGAAGATAGCAACAGTGTACTCATATAACTACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGGTGTGTCTGAAGATAGCAACAGTGTACTCATATAACTACAAA  400

seq1  TTAATAAATAAATCTAAGTAAATGAATGAATTTCGATGTAGTTTAAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAAATCTAAGTAAATGAATGAATTTCGATGTAGTTTAAATTC  450

seq1  GCATATTCTCCATTGTTTTCCACATTGAACTACTTATTTACTGGCCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCTCCATTGTTTTCCACATTGAACTACTTATTTACTGGCCATTT  500

seq1  GTAGACTAAATTTAATTACTATTTTAGAAGTGAAAGTAAAACCCTAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTAAATTTAATTACTATTTTAGAAGTGAAAGTAAAACCCTAAGAG  550

seq1  AGGTATTAACTTCCTCAAATGTAACGAATGGTGGAATAGCCTCAACCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTAACTTCCTCAAATGTAACGAATGGTGGAATAGCCTCAACCTGG  600

seq1  GCCATGTCTCTAAAGACAGCATACACTCACCATTGCCCTGTTTAGCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCTCTAAAGACAGCATACACTCACCATTGCCCTGTTTAGCACCT  650

seq1  GAAACACATTCTTCAAGTAGCTGATGTACCGTCTACAAAGTGGAACTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACATTCTTCAAGTAGCTGATGTACCGTCTACAAAGTGGAACTGGC  700

seq1  AGTTTCATTATGAGCTCCTTTCCTGATTGAGAGGTAAGAGAACAGCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATTATGAGCTCCTTTCCTGATTGAGAGGTAAGAGAACAGCTTAA  750

seq1  AAGCAGAGAATAATTCGCCATCATCTGGTCCCAGCTACTCCGATAGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGAATAATTCGCCATCATCTGGTCCCAGCTACTCCGATAGATAA  800

seq1  AGAAATTTAAACCTCAGTGCTCATTTAATCCAGTCCCCATTCTTCAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTAAACCTCAGTGCTCATTTAATCCAGTCCCCATTCTTCAGATG  850

seq1  AAGCAATGGAGACCTGTGCTGACTAAATATTTGCTCAAAGTTAAACAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATGGAGACCTGTGCTGACTAAATATTTGCTCAAAGTTAAACAGAG  900

seq1  ATTTCATTTTTTTTTGTTGTTGTTAAAGCAGACACTTGGCAGTGTATTGG  950
      | |||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTCA-TTTTTTTTGT--GTGTTAAAGCAGACACTTGGCAGTGTATTGG  946

seq1  GTTCTCTGTACAAC-AAATATTGAACACAAATATTTGTGGAATTGAATTA  999
      |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||
seq2  GTTCTCTGTACAACAAAATATTG-ACAC-AATATTTGTGG-ATTGAA-TA  992

seq1  GAAGCTGGAGTCTTTCTTGAGATTAGATTGATGGGTGCCATGTGGCTAGA  1049
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  GAAGCTGGAGTCTTTCTTGAGA-TAGATTGATGGGTGCCATGTGCCTAG-  1040

seq1  ACTGCTTTGTACATCTTGGCGATGTTTAATGGCGTCTGTGCCGCAC-AAG  1098
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ACTGCTTTGTACATCTGGGCGATGTTTATTGGCGTCTGTGCCGCACAAAG  1090

seq1  GACATTCTTTC-TGGAGGTATCTCCATGTGC--TGTG-CAGTCATGAG-A  1143
      ||||| ||||| ||||| |  ||| ||||||   ||| |||||||||| |
seq2  GACATCCTTTCTTGGAGAT-CCTCAATGTGCCTGGTGCCAGTCATGAGAA  1139

seq1  CTTGCTGTTCAA-CTCGTATTTCCACAC  1170
      | |||||||||| ||||  |||||||||
seq2  CCTGCTGTTCAACCTCGATTTTCCACAC  1167