BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233H23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 92,057,501 - 92,211,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNedd1
Upstream geneLOC100041799, LOC667203, LOC216229, LOC100041814
Downstream geneGm872, 4930485B16Rik, EG667314, Pctk2, Elk3, LOC100041854, Lta4h, Hal, Amdhd1, Ccdc38, Snrpf, LOC100041873, Ntn4, LOC667338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233H23.bB6Ng01-233H23.g
ACCGA045538GA045539
length1,1411,160
definitionB6Ng01-233H23.b B6Ng01-233H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,209,928 - 92,211,052)(92,057,501 - 92,058,668)
sequence
gaattccatgtttggaggtctcaaggcaaattggtgtgtgcctttatttc
ttgatcgtactctagagtgttataagccatgactgtgtggcttagaaata
acaggcatttatctttcatagctgtggaagctgggaagcccaagatcgag
gtgctaggaaaattggcacctggtaaaggctcacacccatgttcatggat
ggtaatgtttatctctgtctgcatacaccagaagggacttccttcccttt
ctgggttttatatatatttaaaagacactgattctgatctaatctaatca
ctcctcaaagtcccactccactccctggtcccacaacctctggggtcagg
atttcaacatgtgcatttgggaagggcctgactgagcatctagtcccttc
attgccctgaacttttcaagagatgtgtcaggcagagaccaacagctctg
gtcaactggaatgatagtgcagggattgtaagagatgcagatggagagat
ccatctactcacgagttagggaatgggctatggtaaggaggctacagaag
gacttgaaataggatgctgaagggagatttgcactcagatcacttaccac
ttgtggaggctaagattcaagtggaccgggaagatggagtcaatctttgc
aaatgttcactcagactgtgactttcctgtgggtttttttaattattatt
ataaaatacaagtagtctcatacattcagtgtgtcattttaaattaagta
atgtaaccacaatgtcttctaccaagtcaggtatactagttgtttctgaa
gttactctgggcatgccccaggaagcagaattgggaggtaactctggaga
gttagataagaagaggggaacactgttttgggaccaactcttgtactgga
tcctagcagaacagaccaaaattcaagaggactcactgaatgctaaaatt
tctatggcacccaaatcaaaatcacacttggttctttaaatctgtcaatg
tcatgaagtgaggagggcaagaattctcttcatatgggctagtttctctc
agcagaggtatggagtttaacattggatgcaaaaattgggcgtcctctga
aaccagccaagtcactttcctcctcctctttgtcctctgtg
gaattccctggagttggaattccagatggtctttagctaccaagtatggg
tgctgggaatagaacccctgtcctctgcaagagcaggatgtgctcttagt
tagagtcttcttacggtcttcccaattcttgctgctgctgactttgtgac
caggagcaaaggttccactgtctacagtcagccctttgtaccgacgaaga
ctgagagggtggagaggccatgtgtgcctcagaaaggaatgctgacatct
ggcatgaaggagtgttggcaggacatcttctcagtggtctgaaactctct
tctgtcttttcttctgtgatcacattcatctgctttgaggtgacataaca
catcagccattttgctcatttcaatactgaccaacctcatcgtattcaaa
gtcacccctccagcaactgataaactgggattcaggaaaggatggagagg
gtctggaaatcagtggttctcaaccttcctaatgctgtgagtctttaata
aagttcatgttgtttaatataatccatgttgcactaacccctaactataa
cattatttttatcgttactctgtaactgtaattttgctattgaatgaatc
gtaatgtagatatctgtgttttccaatggtcttaggtggccactgtgaaa
agattgttcaagccccaaagggggtcaggacccacaggttgagaacaact
tctttaaagcaagaagacccctatagggtgaggaaattatggccatcatt
tacaatctttagggtacttgactgcataaggtgtttccctcttaatgacc
taaagtttgctgtattggttcaccagcagagcaaacatgacttaaaagtc
tctttctgacatggcacctacccaaacacaacatgctggccaagtgcccc
gggacaccacaatcacctctgataaccactgtgcccctatcacacataga
tatattatgctttctttgagtctccctctttcaatgcgaaccgtatctca
tgagtaacttgtgccaaagtttatgagtcactgagtaaacaattcctgtt
tttgttttttctattgtctttcctcctgcctcggatctgcatggtgaact
tgtgaacggacctatgatgccttggtgactctgtcctcgtttgatacaac
tctccccatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_92209928_92211052
seq2: B6Ng01-233H23.b_49_1189 (reverse)

seq1  CACAGA-GACAAAGAGGA-GAG--AAGTGAC-TGGCTGG-TTCAGA-GAC  43
      |||||| ||||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||||| |||
seq2  CACAGAGGACAAAGAGGAGGAGGAAAGTGACTTGGCTGGTTTCAGAGGAC  50

seq1  CGCCATTTTTTGCAT-CAATGTTAAACTCCATAACTCTGCTGAGAGAAAC  92
        ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCCAATTTTTGCATCCAATGTTAAACTCCATACCTCTGCTGAGAGAAAC  100

seq1  TAGCCCATATGAAGAAGATTC-TGGCCTCCTCACTTCATGACATTGACAG  141
      |||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCATATGAAGAGAATTCTTGCCCTCCTCACTTCATGACATTGACAG  150

seq1  A-TTAAAGAACC-AGTGTGA-TTTGATTT-GGTACCATAGAAATTTTAGC  187
      | |||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGAACCAAGTGTGATTTTGATTTGGGTGCCATAGAAATTTTAGC  200

seq1  A-TCAGTGAGTCCTCTTGAATTTTGGTCTGTTCTGCTAGGATCCAGTACA  236
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGAGTCCTCTTGAATTTTGGTCTGTTCTGCTAGGATCCAGTACA  250

seq1  AGAGTTGGT-CCAAAACAGTGTTCCCCTCTTCTTATCTAACTCTCCAGAG  285
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGTCCCAAAACAGTGTTCCCCTCTTCTTATCTAACTCTCCAGAG  300

seq1  TTACCT-CCAATTCTGCTTCCTGGGGCATGCCCAGAGTAACTTCAGAAAC  334
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCCCAATTCTGCTTCCTGGGGCATGCCCAGAGTAACTTCAGAAAC  350

seq1  AACTAGTATACCTGACTTGGTAGAAGACATTGTGGTTACATTACTTAATT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTATACCTGACTTGGTAGAAGACATTGTGGTTACATTACTTAATT  400

seq1  TAAAATGACACACTGAATGTATGAGACTACTTGTATTTTATAATAATAAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGACACACTGAATGTATGAGACTACTTGTATTTTATAATAATAAT  450

seq1  TAAAAAAACCCACAGGAAAGTCACAGTCTGAGTGAACATTTGCAAAGATT  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAACCCACAGGAAAGTCACAGTCTGAGTGAACATTTGCAAAGATT  500

seq1  GACTCCATCTTCCCGGTCCACTTGAATCTTAGCCTCCACAAGTGGTAAGT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATCTTCCCGGTCCACTTGAATCTTAGCCTCCACAAGTGGTAAGT  550

seq1  GATCTGAGTGCAAATCTCCCTTCAGCATCCTATTTCAAGTCCTTCTGTAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAGTGCAAATCTCCCTTCAGCATCCTATTTCAAGTCCTTCTGTAG  600

seq1  CCTCCTTACCATAGCCCATTCCCTAACTCGTGAGTAGATGGATCTCTCCA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTACCATAGCCCATTCCCTAACTCGTGAGTAGATGGATCTCTCCA  650

seq1  TCTGCATCTCTTACAATCCCTGCACTATCATTCCAGTTGACCAGAGCTGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTCTTACAATCCCTGCACTATCATTCCAGTTGACCAGAGCTGT  700

seq1  TGGTCTCTGCCTGACACATCTCTTGAAAAGTTCAGGGCAATGAAGGGACT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCTGCCTGACACATCTCTTGAAAAGTTCAGGGCAATGAAGGGACT  750

seq1  AGATGCTCAGTCAGGCCCTTCCCAAATGCACATGTTGAAATCCTGACCCC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCAGTCAGGCCCTTCCCAAATGCACATGTTGAAATCCTGACCCC  800

seq1  AGAGGTTGTGGGACCAGGGAGTGGAGTGGGACTTTGAGGAGTGATTAGAT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTGTGGGACCAGGGAGTGGAGTGGGACTTTGAGGAGTGATTAGAT  850

seq1  TAGATCAGAATCAGTGTCTTTTAAATATATATAAAACCCAGAAAGGGAAG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAGAATCAGTGTCTTTTAAATATATATAAAACCCAGAAAGGGAAG  900

seq1  GAAGTCCCTTCTGGTGTATGCAGACAGAGATAAACATTACCATCCATGAA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCCTTCTGGTGTATGCAGACAGAGATAAACATTACCATCCATGAA  950

seq1  CATGGGTGTGAGCCTTTACCAGGTGCCAATTTTCCTAGCACCTCGATCTT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTGTGAGCCTTTACCAGGTGCCAATTTTCCTAGCACCTCGATCTT  1000

seq1  GGGCTTCCCAGCTTCCACAGCTATGAAAGATAAATGCCTGTTATTTCTAA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCCCAGCTTCCACAGCTATGAAAGATAAATGCCTGTTATTTCTAA  1050

seq1  GCCACACAGTCATGGCTTATAACACTCTAGAGTACGATCAAGAAATAAAG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACAGTCATGGCTTATAACACTCTAGAGTACGATCAAGAAATAAAG  1100

seq1  GCACACACCAATTTGCCTTGAGACCTCCAAACATGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACCAATTTGCCTTGAGACCTCCAAACATGGAATTC  1141

seq1: chr10_92057501_92058668
seq2: B6Ng01-233H23.g_68_1227

seq1  GAATTCCCTGGAGTTGGAATTCCAGATGGTCTTTAGCTACCAAGTATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGAGTTGGAATTCCAGATGGTCTTTAGCTACCAAGTATGGG  50

seq1  TGCTGGGAATAGAACCCCTGTCCTCTGCAAGAGCAGGATGTGCTCTTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAATAGAACCCCTGTCCTCTGCAAGAGCAGGATGTGCTCTTAGT  100

seq1  TAGAGTCTTCTTACGGTCTTCCCAATTCTTGCTGCTGCTGACTTTGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCTTCTTACGGTCTTCCCAATTCTTGCTGCTGCTGACTTTGTGAC  150

seq1  CAGGAGCAAAGGTTCCACTGTCTACAGTCAGCCCTTTGTACCGACGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCAAAGGTTCCACTGTCTACAGTCAGCCCTTTGTACCGACGAAGA  200

seq1  CTGAGAGGGTGGAGAGGCCATGTGTGCCTCAGAAAGGAATGCTGACATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGGTGGAGAGGCCATGTGTGCCTCAGAAAGGAATGCTGACATCT  250

seq1  GGCATGAAGGAGTGTTGGCAGGACATCTTCTCAGTGGTCTGAAACTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAAGGAGTGTTGGCAGGACATCTTCTCAGTGGTCTGAAACTCTCT  300

seq1  TCTGTCTTTTCTTCTGTGATCACATTCATCTGCTTTGAGGTGACATAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTTTCTTCTGTGATCACATTCATCTGCTTTGAGGTGACATAACA  350

seq1  CATCAGCCATTTTGCTCATTTCAATACTGACCAACCTCATCGTATTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCCATTTTGCTCATTTCAATACTGACCAACCTCATCGTATTCAAA  400

seq1  GTCACCCCTCCAGCAACTGATAAACTGGGATTCAGGAAAGGATGGAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCCCTCCAGCAACTGATAAACTGGGATTCAGGAAAGGATGGAGAGG  450

seq1  GTCTGGAAATCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGTGAGTCTTTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGAAATCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGTGAGTCTTTAATA  500

seq1  AAGTTCATGTTGTTTAATATAATCCATGTTGCACTAACCCCTAACTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCATGTTGTTTAATATAATCCATGTTGCACTAACCCCTAACTATAA  550

seq1  CATTATTTTTATCGTTACTCTGTAACTGTAATTTTGCTATTGAATGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTTTTATCGTTACTCTGTAACTGTAATTTTGCTATTGAATGAATC  600

seq1  GTAATGTAGATATCTGTGTTTTCCAATGGTCTTAGGTGGCCACTGTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTAGATATCTGTGTTTTCCAATGGTCTTAGGTGGCCACTGTGAAA  650

seq1  AGATTGTTCAAGCCCCAAAGGGGGTCAGGACCCACAGGTTGAGAACAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTTCAAGCCCCAAAGGGGGTCAGGACCCACAGGTTGAGAACAACT  700

seq1  TCTTTAAAGCAAGAAGACCCCTATAGGGTGAGGAAATTATGGCCATCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGCAAGAAGACCCCTATAGGGTGAGGAAATTATGGCCATCATT  750

seq1  TACAATCTTTAGGGTACTTGACTGCATAAGGTGTTTCCCTCTTAATGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTTTAGGGTACTTGACTGCATAAGGTGTTTCCCTCTTAATGACC  800

seq1  TAAAGTTTGCTGTATTGGTTCACCAGCAGAGCAAACATGACTTAAAAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTGCTGTATTGGTTCACCAGCAGAGCAAACATGACTTAAAAGTC  850

seq1  TCTTTCTGACATGGCACCTACCCAAACACAACATGCTGGCCAAGTGCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGACATGGCACCTACCCAAACACAACATGCTGGCCAAGTGCCCC  900

seq1  GGGACACCACAAATCACCTCTGATAACCACTGTGCCCCTATCACACATAG  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACCAC-AATCACCTCTGATAACCACTGTGCCCCTATCACACATAG  949

seq1  ATATATTATGCTTTCTTTGAAGTCTCCCTCCTTTCAATGCGAACCGTATC  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTATGCTTTCTTTG-AGTCTCCCT-CTTTCAATGCGAACCGTATC  997

seq1  TCAGGGAGTAACTTGTGCCAAAAGTTTATGAGTCACTGAGTAAACCAAAT  1050
      |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   | 
seq2  TCA-TGAGTAACTTGTGCC-AAAGTTTATGAGTCACTGAGTAAAC---AA  1042

seq1  TTCCTG-TTCTGTTTTTCCTAATTGTCTT--CTCCCTGCTCGGTCTTGCA  1097
      |||||| || ||||||| || ||||||||  ||||   |||||   ||||
seq2  TTCCTGTTTTTGTTTTTTCT-ATTGTCTTTCCTCCTGCCTCGGATCTGCA  1091

seq1  TGTTGGAATTTGGTGAACAGGAACATATTGATGCCCTTTGTGACTCTG-C  1146
      || || | ||  ||||||  | || || ||||| |||| ||||||||| |
seq2  TGGTGAACTT--GTGAAC--GGACCTA-TGATG-CCTTGGTGACTCTGTC  1135

seq1  CTCCTTTGAT-CA--TCTCCCCATG  1168
      ||| |||||| ||  ||||||||||
seq2  CTCGTTTGATACAACTCTCCCCATG  1160