BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235B05
Chromosome10 (Build37)
Map Location 27,979,841 - 28,083,768
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprk
Upstream geneLama2, LOC100040385, LOC100040961, LOC100040401
Downstream geneE430004N04Rik, 4930519F09Rik, 2310057J18Rik, LOC432447, 6330407J23Rik, Echdc1, Rnf146
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235B05.bB6Ng01-235B05.g
ACCGA046650GA046651
length1,1681,185
definitionB6Ng01-235B05.b B6Ng01-235B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,082,586 - 28,083,768)(27,979,841 - 27,981,023)
sequence
gaattcaccttgtaaggctcttattcagtacagtgtaattagtttgcaat
tagcccacgaagcctttaaacctgaatgtgttccttacaaccaaactgga
tgtttacaataaagtcaccatctagttgctcaaggaagcccttgtacttc
ctaactccaaagtaaaccaaagccacactgagctctaacagcaatgcaaa
catctgcattagtgggctcaaggcttgttttcaattgttggtcaactaaa
catttcttagaaaaggcaaaaacccatctgtactaactcagaaaggagat
ggctttctacagtatcatgaaaaccaaacaggctaggacggatgaattta
tgataatatgcaagtacatggtttgcttggctctcctgtttaggtttgta
gcagtccccaatgtgtttatgttttctgtgtttctagacttcattaaagg
tcatatgtacattacctaacttttaagaagatacaagcatttcaactgac
aaacaattcatattaagtcaaaactaaatacaaaaggtgatccatggatc
tgcagtaataggcaaagttgccgttattgattctcatgagaacaattatt
ggagaatgtaaaggagaaacaggaagggcagcaaatgaaatacagcgacc
tcacagcagtgacatcactgtgtgaacacctcaattatgaattatgtctc
tgccatcattgactgacttcagtttatcagctacagggcttctgtgttgt
ttttttaagtggggaaagtatttttttattatacaattataaattttacc
aaagttttagtcaaaatagacacaatccaaactccccaaagactcacttt
aaagttttgccttctgtcgttttggagattagccatcaagggaaaccagt
aatgctgttaggaacaatggtatagagaagtgggtgaagagtttaggtta
ttatagttctaattaatagcaagagtggatttaaaaaccaattaccttca
aaaacacgattctattacattttaatatttttttaatttggaagcattcc
tccactggtatagagctattcaatctatttctgttttctgatttatatac
tgcagtatttgtctaggatactctttgatcatcgaattacagtgccatgc
caggttctgaattggaca

gaattctttcaggagcaagttgtcctaggtttctatctgcatagcaaaat
atcattaatagtgtcaggagttgactcccttgcatgggatgggtcccaag
ttgggccagtcattgggttggccattcccccagtctttgctctgtcttta
tccttgtacatcttgtaggcaggacaaattgcctgaaggtgttgaagttt
tatgggtgggttgatgtcttcctccctccactggatgtcatgcctggcta
caagaggtgacgttttgtagtgcatatttatccattttgaattaccacat
taggggccatatatgtctttcaaggttttgcttattgccaaactgctctc
tagaaagttgcattacttaaaaaccatgcaaagacttaagtttaggcact
ttcccttgactgatgaattggagaacctcaagcaatctttccctcaagtt
atatttagggaagtataaatgtgtgacttgacatcattaaacctttagat
agctaagcctccatcaaatactactgaacacttactagaaatttgaggga
acaagaataacagtaaataaagttttgtttttaacatcaagagtgaggga
cttaacatgtgtaaaatttccagacattaaatatagagggccagttgttc
ttggatattgtagaagtaatcttttgaagttcctaagaacacagtgctgg
ctacatttaagttgatggagggaagtctgtgtcccagctgcagctccaca
ggcaccagctgtgtaaattgccactgtatcaattctgtagacagggctgg
aggttgttcctgcttgtttctcctttgtagaactgcgcggtaagtgcatt
attaatgcacataactcagccaagggagccatggagggctctgtgtaaat
aagactatttatcccaaccattccatagaaagtgaattatcagcaactaa
tttttcttattatttaacctgtgttgagttgccagtaaaatgctgaaata
gttaggaataagctttttatttcatgattttcatctttctaatgatcaat
tggtagaactatgatgactagcgcttgtcatccaatttctttataagaaa
atgctggtagcttaaatgcaatggctgaaaatggcttaatgatctttaaa
tgctaaatatatgccatttttaatgtgtgtgacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_28082586_28083768
seq2: B6Ng01-235B05.b_43_1210 (reverse)

seq1  TGTCCAAGAC---ACCTGGCAT-GCACTGTAATTCCAAATGATCAAAAGA  46
      |||||||  |   ||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||
seq2  TGTCCAATTCAGAACCTGGCATGGCACTGTAATTC--GATGATC-AAAGA  47

seq1  GTATTCTTAAGACAAATACTGCAGTATTATATAATCAGAAAACAGAAATA  96
      |||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  GTATCCT--AGACAAATACTGCAGTA-TATA-AATCAGAAAACAGAAATA  93

seq1  GATTTGAATAGCTCTTATAACCAGTTGGAGGAATGCCTTTCCAAATTAAA  146
      || ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||
seq2  GA-TTGAATAGCTC-TAT-ACCAG-TGGAGGAATGC--TTCCAAATT-AA  136

seq1  AAAAATATTAAAAATTGTAATAGAATCGTTGTTTTTTGAAAGGTAATTGG  196
      |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||   |||||||||||
seq2  AAAAATATTAAAA--TGTAATAGAATCG-TGTTTTT--GAAGGTAATTGG  181

seq1  TTTTTAAATCCACTCTTGCTATTAATTAGAACTTATATAACCTAAACTCT  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATCCACTCTTGCTATTAATTAGAACTATAATAACCTAAACTCT  231

seq1  TCACCCACTTCTCTATACCATTGTTCCTAACAGCATTACTGGTTTCCCTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCACTTCTCTATACCATTGTTCCTAACAGCATTACTGGTTTCCCTT  281

seq1  GATGGCTAATCTCCAAAACGACAGAAGGCAAAACTTTAAAGTGAGTCTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTAATCTCCAAAACGACAGAAGGCAAAACTTTAAAGTGAGTCTTT  331

seq1  GGGGAGTTTGGATTGTGTCTATTTTGACTAAAACTTTGGTAAAATTTATA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTTTGGATTGTGTCTATTTTGACTAAAACTTTGGTAAAATTTATA  381

seq1  ATTGTATAATAAAAAAATACTTTCCCCACTTAAAAAAACAACACAGAAGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATAATAAAAAAATACTTTCCCCACTTAAAAAAACAACACAGAAGC  431

seq1  CCTGTAGCTGATAAACTGAAGTCAGTCAATGATGGCAGAGACATAATTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGCTGATAAACTGAAGTCAGTCAATGATGGCAGAGACATAATTCA  481

seq1  TAATTGAGGTGTTCACACAGTGATGTCACTGCTGTGAGGTCGCTGTATTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAGGTGTTCACACAGTGATGTCACTGCTGTGAGGTCGCTGTATTT  531

seq1  CATTTGCTGCCCTTCCTGTTTCTCCTTTACATTCTCCAATAATTGTTCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTGCCCTTCCTGTTTCTCCTTTACATTCTCCAATAATTGTTCTC  581

seq1  ATGAGAATCAATAACGGCAACTTTGCCTATTACTGCAGATCCATGGATCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAATCAATAACGGCAACTTTGCCTATTACTGCAGATCCATGGATCA  631

seq1  CCTTTTGTATTTAGTTTTGACTTAATATGAATTGTTTGTCAGTTGAAATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTATTTAGTTTTGACTTAATATGAATTGTTTGTCAGTTGAAATG  681

seq1  CTTGTATCTTCTTAAAAGTTAGGTAATGTACATATGACCTTTAATGAAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATCTTCTTAAAAGTTAGGTAATGTACATATGACCTTTAATGAAGT  731

seq1  CTAGAAACACAGAAAACATAAACACATTGGGGACTGCTACAAACCTAAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAACACAGAAAACATAAACACATTGGGGACTGCTACAAACCTAAAC  781

seq1  AGGAGAGCCAAGCAAACCATGTACTTGCATATTATCATAAATTCATCCGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCCAAGCAAACCATGTACTTGCATATTATCATAAATTCATCCGT  831

seq1  CCTAGCCTGTTTGGTTTTCATGATACTGTAGAAAGCCATCTCCTTTCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCTGTTTGGTTTTCATGATACTGTAGAAAGCCATCTCCTTTCTGA  881

seq1  GTTAGTACAGATGGGTTTTTGCCTTTTCTAAGAAATGTTTAGTTGACCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTACAGATGGGTTTTTGCCTTTTCTAAGAAATGTTTAGTTGACCAA  931

seq1  CAATTGAAAACAAGCCTTGAGCCCACTAATGCAGATGTTTGCATTGCTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGAAAACAAGCCTTGAGCCCACTAATGCAGATGTTTGCATTGCTGT  981

seq1  TAGAGCTCAGTGTGGCTTTGGTTTACTTTGGAGTTAGGAAGTACAAGGGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTCAGTGTGGCTTTGGTTTACTTTGGAGTTAGGAAGTACAAGGGC  1031

seq1  TTCCTTGAGCAACTAGATGGTGACTTTATTGTAAACATCCAGTTTGGTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGAGCAACTAGATGGTGACTTTATTGTAAACATCCAGTTTGGTTG  1081

seq1  TAAGGAACACATTCAGGTTTAAAGGCTTCGTGGGCTAATTGCAAACTAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAACACATTCAGGTTTAAAGGCTTCGTGGGCTAATTGCAAACTAAT  1131

seq1  TACACTGTACTGAATAAGAGCCTTACAAGGTGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGTACTGAATAAGAGCCTTACAAGGTGAATTC  1168


seq1: chr10_27979841_27981023
seq2: B6Ng01-235B05.g_66_1250

seq1  GAATTCTTTCAGGAGCAAGTTGTCCTAGGTTTCTATCTGCATAGCAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAGGAGCAAGTTGTCCTAGGTTTCTATCTGCATAGCAAAAT  50

seq1  ATCATTAATAGTGTCAGGAGTTGACTCCCTTGCATGGGATGGGTCCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAATAGTGTCAGGAGTTGACTCCCTTGCATGGGATGGGTCCCAAG  100

seq1  TTGGGCCAGTCATTGGGTTGGCCATTCCCCCAGTCTTTGCTCTGTCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCAGTCATTGGGTTGGCCATTCCCCCAGTCTTTGCTCTGTCTTTA  150

seq1  TCCTTGTACATCTTGTAGGCAGGACAAATTGCCTGAAGGTGTTGAAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTACATCTTGTAGGCAGGACAAATTGCCTGAAGGTGTTGAAGTTT  200

seq1  TATGGGTGGGTTGATGTCTTCCTCCCTCCACTGGATGTCATGCCTGGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGGGTTGATGTCTTCCTCCCTCCACTGGATGTCATGCCTGGCTA  250

seq1  CAAGAGGTGACGTTTTGTAGTGCATATTTATCCATTTTGAATTACCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTGACGTTTTGTAGTGCATATTTATCCATTTTGAATTACCACAT  300

seq1  TAGGGGCCATATATGTCTTTCAAGGTTTTGCTTATTGCCAAACTGCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCCATATATGTCTTTCAAGGTTTTGCTTATTGCCAAACTGCTCTC  350

seq1  TAGAAAGTTGCATTACTTAAAAACCATGCAAAGACTTAAGTTTAGGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGTTGCATTACTTAAAAACCATGCAAAGACTTAAGTTTAGGCACT  400

seq1  TTCCCTTGACTGATGAATTGGAGAACCTCAAGCAATCTTTCCCTCAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGACTGATGAATTGGAGAACCTCAAGCAATCTTTCCCTCAAGTT  450

seq1  ATATTTAGGGAAGTATAAATGTGTGACTTGACATCATTAAACCTTTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAGGGAAGTATAAATGTGTGACTTGACATCATTAAACCTTTAGAT  500

seq1  AGCTAAGCCTCCATCAAATACTACTGAACACTTACTAGAAATTTGAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCCTCCATCAAATACTACTGAACACTTACTAGAAATTTGAGGGA  550

seq1  ACAAGAATAACAGTAAATAAAGTTTTGTTTTTAACATCAAGAGTGAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATAACAGTAAATAAAGTTTTGTTTTTAACATCAAGAGTGAGGGA  600

seq1  CTTAACATGTGTAAAATTTCCAGACATTAAATATAGAGGGCCAGTTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACATGTGTAAAATTTCCAGACATTAAATATAGAGGGCCAGTTGTTC  650

seq1  TTGGATATTGTAGAAGTAATCTTTTGAAGTTCCTAAGAACACAGTGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATATTGTAGAAGTAATCTTTTGAAGTTCCTAAGAACACAGTGCTGG  700

seq1  CTACATTTAAGTTGATGGAGGGAAGTCTGTGTCCCAGCTGCAGCTCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTTAAGTTGATGGAGGGAAGTCTGTGTCCCAGCTGCAGCTCCACA  750

seq1  GGCACCAGCTGTGTAAATTGCCACTGTATCAATTCTGTAGACAGGGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGCTGTGTAAATTGCCACTGTATCAATTCTGTAGACAGGGCTGG  800

seq1  AGGTTGTTCCTGCTTGTTTCTCCTTTGTAGAACTGCGCGGTAAGTGCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTCCTGCTTGTTTCTCCTTTGTAGAACTGCGCGGTAAGTGCATT  850

seq1  ATTAATGCACATAACTCAGCCAAGGGAGCCATGGAGGGCTCTGTGTAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGCACATAACTCAGCCAAGGGAGCCATGGAGGGCTCTGTGTAAAT  900

seq1  AAGACTATTTATCCCAACCATTCCATAG-AAGTGAATTATCAGC-ACTAA  948
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AAGACTATTTATCCCAACCATTCCATAGAAAGTGAATTATCAGCAACTAA  950

seq1  TTTTTCTTATTATTTAACCTGTGTTGAG-TGGCAGTAAAATGCTGAAATA  997
      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTATTATTTAACCTGTGTTGAGTTGCCAGTAAAATGCTGAAATA  1000

seq1  GTTAGG-ATAAGC-TTTTATTTCATGATTTTCATCTTTCTAATGATCAAA  1045
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTTAGGAATAAGCTTTTTATTTCATGATTTTCATCTTTCTAATGATC-AA  1049

seq1  TTGGTAAGAACTAATGATGACTAGCGCTTGTTCATTCCATTTCTTTAATA  1095
      ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||
seq2  TTGGT-AGAACT-ATGATGACTAGCGCTTG-TCATCCAATTTCTTT-ATA  1095

seq1  AGAAAATGGTTGTAGCTTAAAATGCAAATGGCTGAAAATTGCTAAATGGT  1145
      |||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| |
seq2  AGAAAATGCTGGTAGCTT-AAATGC-AATGGCTGAAAATGGCTTAATGAT  1143

seq1  CTT--AATGGTAAATATAATGCATTTTTAA--AATGTGACAC  1183
      |||  |||| ||||||||   |||||||||    ||||||||
seq2  CTTTAAATGCTAAATATATGCCATTTTTAATGTGTGTGACAC  1185


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |