BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235F15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 109,702,270 - 109,909,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042506, LOC100042510
Upstream geneNav3, LOC100042497, LOC100042502
Downstream geneLOC667855, 9230102K24Rik, LOC100042518, E2f7, Csrp2, Zdhhc17, EG432502, LOC667904, Osbpl8, Bbs10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235F15.bB6Ng01-235F15.g
ACCGA046848GA046849
length1,0821,077
definitionB6Ng01-235F15.b B6Ng01-235F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,702,270 - 109,703,351)(109,908,212 - 109,909,275)
sequence
gaattcatttagaacctattgtgtcaaacactgggccacacatacatggt
catatgagctaaatacatatgctgagattcaaaatattgtcaaaaataat
ctggcccttatcccatcaagaactagaacaagtgtccctttgacatgccc
agtgtggttgagcactccttctgtggctctggattccccgcagggatatt
ttggtctctgtgcaagaaaaacactcagtggctaattccaaatctcagaa
ttcggctgtcaacagttacctcaaattcggatgggttgcctgcaatattc
tccctgaggggtccaagttttaacttttaacacatgtagaaacatatgtt
ccacattgaaagacaattaaggttatggttggtcaaggttgttgatcagc
tatcctcgagatatgtagattcttagggatcacgtaaatgagctaatata
atcagcatggactttatagtatgggtagcaggagacagtccggacaaaga
gttgaagctatgctactaggaaaacggaagaagtggcccagggattgcag
tttgccgttagaaaaggcaaggagaaggttgtctcttagacacacaagaa
cacaacccagctgacaccttttgttttagcttcacaagactaacagaatt
tctgacttttcaaaatgatagctttgtcattttaagccatcaaatcagta
ataattttgaagaaatggtgctataagtaccatccaagtgatgctgtatg
acttcacttaatggaccataaaaggccatgtggcttatgtttcctcggtc
ttggaccacaaccatcaacaggctatgtattggcactctagctaacagtc
ctgactgaacaagccttcagactcatcctagctgaagcaccaggcatagg
agccacaaagcttttgcatgattcaatctcttactcagtaaagcattccc
tgcccttgctactcacataaggtaatgtctttatagagaacatggagcag
acctctatgcatacatattatgatactgttttagactatattatgagaaa
aggcttgcttatttgggtgtttttttttttta

gaattcactggttctcccagagtgaatctggtgggataatgcctcagttt
gttgtggggacctcagggaaaggggtaggtgctatttggtcttcctcagg
gcagggattttagcagcactgccgatcaagatgctaacaagggcagttag
gagcctctcctgtccatcttcacccataaagaagggagatactgagattt
ccctccgtcccttgaacccttcctcagtaagtaggatgtgcacagtttgc
tctggcatgttcatttcacacacagcatgttgctttttttagtaagtttt
ccttttaggagaacagaacttgcctaaacaactcccaaaataagtgtgtg
atgtctccaggttgtatttttctaattagtgcttttgtacccagccattt
ttttctttctagttctagattcacttgactactgcaaacaaaaataactt
caattgaactttaaaggtctttaatcgctcagactctgtttatgactcta
acttcatcttattctcccaacattagcccctgcattattttcatactgtc
ccaagtatggtagatacatgaatgatcttgtgacttggtaatagtggagg
ttcacactcataggtgtttgttggggccagagatgtttgcatttctaatc
agcttccaggtgatgtattgctgttggtcctatagaccacagacttttga
gtcccacaggtctataagatctagttgaaaggccctaactggtttaattt
aatttccacagccccaggagtagcatctgggaagagagatgcaaaattac
cttgggtgctttgttgaaaggatatttgattcacactgtgaaccttgtta
ttatgttagttactgggagaaacaagttttttaattgtggtgtagctcag
cctttagcacacacctttaaatctgagagttttctgcttgataattgtaa
gcagaatttaaatacagtgagggggggttcaaggggcggagcaagcaacc
agctgaacagaagtggaccattaggatagaataaaccatagagaataaga
ggggagtcaggacgacgaattaagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_109702270_109703351
seq2: B6Ng01-235F15.b_41_1122

seq1  GAATTCATTTAGAACCTATTGTGTCAAACACTGGGCCACACATACATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTAGAACCTATTGTGTCAAACACTGGGCCACACATACATGGT  50

seq1  CATATGAGCTAAATACATATGCTGAGATTCAAAATATTGTCAAAAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGCTAAATACATATGCTGAGATTCAAAATATTGTCAAAAATAAT  100

seq1  CTGGCCCTTATCCCATCAAGAACTAGAACAAGTGTCCCTTTGACATGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCTTATCCCATCAAGAACTAGAACAAGTGTCCCTTTGACATGCCC  150

seq1  AGTGTGGTTGAGCACTCCTTCTGTGGCTCTGGATTCCCCGCAGGGATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTTGAGCACTCCTTCTGTGGCTCTGGATTCCCCGCAGGGATATT  200

seq1  TTGGTCTCTGTGCAAGAAAAACACTCAGTGGCTAATTCCAAATCTCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTCTGTGCAAGAAAAACACTCAGTGGCTAATTCCAAATCTCAGAA  250

seq1  TTCGGCTGTCAACAGTTACCTCAAATTCGGATGGGTTGCCTGCAATATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGCTGTCAACAGTTACCTCAAATTCGGATGGGTTGCCTGCAATATTC  300

seq1  TCCCTGAGGGGTCCAAGTTTTAACTTTTAACACATGTAGAAACATATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAGGGGTCCAAGTTTTAACTTTTAACACATGTAGAAACATATGTT  350

seq1  CCACATTGAAAGACAATTAAGGTTATGGTTGGTCAAGGTTGTTGATCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGAAAGACAATTAAGGTTATGGTTGGTCAAGGTTGTTGATCAGC  400

seq1  TATCCTCGAGATATGTAGATTCTTAGGGATCACGTAAATGAGCTAATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCGAGATATGTAGATTCTTAGGGATCACGTAAATGAGCTAATATA  450

seq1  ATCAGCATGGACTTTATAGTATGGGTAGCAGGAGACAGTCCGGACAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATGGACTTTATAGTATGGGTAGCAGGAGACAGTCCGGACAAAGA  500

seq1  GTTGAAGCTATGCTACTAGGAAAACGGAAGAAGTGGCCCAGGGATTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGCTATGCTACTAGGAAAACGGAAGAAGTGGCCCAGGGATTGCAG  550

seq1  TTTGCCGTTAGAAAAGGCAAGGAGAAGGTTGTCTCTTAGACACACAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCGTTAGAAAAGGCAAGGAGAAGGTTGTCTCTTAGACACACAAGAA  600

seq1  CACAACCCAGCTGACACCTTTTGTTTTAGCTTCACAAGACTAACAGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCAGCTGACACCTTTTGTTTTAGCTTCACAAGACTAACAGAATT  650

seq1  TCTGACTTTTCAAAATGATAGCTTTGTCATTTTAAGCCATCAAATCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTTTTCAAAATGATAGCTTTGTCATTTTAAGCCATCAAATCAGTA  700

seq1  ATAATTTTGAAGAAATGGTGCTATAAGTACCATCCAAGTGATGCTGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTGAAGAAATGGTGCTATAAGTACCATCCAAGTGATGCTGTATG  750

seq1  ACTTCACTTAATGGACCATAAAAGGCCATGTGGCTTATGTTTCCTCGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTTAATGGACCATAAAAGGCCATGTGGCTTATGTTTCCTCGGTC  800

seq1  TTGGACCACAACCATCAACAGGCTATGTATTGGCACTCTAGCTAACAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCACAACCATCAACAGGCTATGTATTGGCACTCTAGCTAACAGTC  850

seq1  CTGACTGAACAAGCCTTCAGACTCATCCTAGCTGAAGCACCAGGCATAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGAACAAGCCTTCAGACTCATCCTAGCTGAAGCACCAGGCATAGG  900

seq1  AGCCACAAAGCTTTTGCATGATTCAATCTCTTACTCAGTAAAGCATTCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAAAGCTTTTGCATGATTCAATCTCTTACTCAGTAAAGCATTCCC  950

seq1  TGCCCTTGCTACTCACCATAGGTAATGTC-TTATAGAGAACATGGAGCAG  999
      ||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTGCTACTCACATAAGGTAATGTCTTTATAGAGAACATGGAGCAG  1000

seq1  ACCTCTATGCATACATATTATGATACTTGTTTTAGACTATTATTATGAG-  1048
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| 
seq2  ACCTCTATGCATACATATTATGATAC-TGTTTTAGACTA-TATTATGAGA  1048

seq1  ATAGGCTTGCTTATTTGGTTGTTTTTTTTTTTTA  1082
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTGCTTATTTGGGTGTTTTTTTTTTTTA  1082


seq1: chr10_109908212_109909275
seq2: B6Ng01-235F15.g_70_1146 (reverse)

seq1  TCTCT--ATTCGTCCTCCTGACT-CCCTCTTATTCTCTATGGTTTTATCT  47
      |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||
seq2  TCTCTTAATTCGTCGTCCTGACTCCCCTCTTATTCTCTATGGTTTATTCT  50

seq1  TAATCCTA--TGTCCACTTCCTGTCAGCTGGTTGCTTGCTCCGCCCCTTG  95
        ||||||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  --ATCCTAATGGTCCACTTCTGTTCAGCTGGTTGCTTGCTCCGCCCCTTG  98

seq1  -ACCCCCCCTCACTGTATTT-AATTCTGCTTACAATATTCAAGCAGAAAA  143
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  AACCCCCCCTCACTGTATTTAAATTCTGCTTACAATTATCAAGCAGAAAA  148

seq1  CTCTCAGA-TTAAAGGTGTGTGCT-AAGGCTGAGCTACACCACAATT-AA  190
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCTCAGATTTAAAGGTGTGTGCTAAAGGCTGAGCTACACCACAATTAAA  198

seq1  AAACTGGTTTCT-CCAGTAACTAACATAATAACAAGGTTCACAGTGTG-A  238
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAACTTGTTTCTCCCAGTAACTAACATAATAACAAGGTTCACAGTGTGAA  248

seq1  TCAAATATCC-TTCAAC-AAGCACCCAAGGTAATTTTGCATCTCTCTTCC  286
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATCCTTTCAACAAAGCACCCAAGGTAATTTTGCATCTCTCTTCC  298

seq1  CAGATGCTACTCCTGGGGCTGTGG-AATTAAATTAAACCAGTTAGGGCCT  335
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCTACTCCTGGGGCTGTGGAAATTAAATTAAACCAGTTAGGGCCT  348

seq1  TTCAACTAGATCTTATAGACCTGTGGGACTCAAAAGTCTGTGGTCTATAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTAGATCTTATAGACCTGTGGGACTCAAAAGTCTGTGGTCTATAG  398

seq1  GACCAACAGCAATACATCACCTGGAAGCTGATTAGAAATGCAAACATCTC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACAGCAATACATCACCTGGAAGCTGATTAGAAATGCAAACATCTC  448

seq1  TGGCCCCAACAAACACCTATGAGTGTGAACCTCCACTATTACCAAGTCAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCAACAAACACCTATGAGTGTGAACCTCCACTATTACCAAGTCAC  498

seq1  AAGATCATTCATGTATCTACCATACTTGGGACAGTATGAAAATAATGCAG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATTCATGTATCTACCATACTTGGGACAGTATGAAAATAATGCAG  548

seq1  GGGCTAATGTTGGGAGAATAAGATGAAGTTAGAGTCATAAACAGAGTCTG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAATGTTGGGAGAATAAGATGAAGTTAGAGTCATAAACAGAGTCTG  598

seq1  AGCGATTAAAGACCTTTAAAGTTCAATTGAAGTTATTTTTGTTTGCAGTA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATTAAAGACCTTTAAAGTTCAATTGAAGTTATTTTTGTTTGCAGTA  648

seq1  GTCAAGTGAATCTAGAACTAGAAAGAAAAAAATGGCTGGGTACAAAAGCA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTGAATCTAGAACTAGAAAGAAAAAAATGGCTGGGTACAAAAGCA  698

seq1  CTAATTAGAAAAATACAACCTGGAGACATCACACACTTATTTTGGGAGTT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAGAAAAATACAACCTGGAGACATCACACACTTATTTTGGGAGTT  748

seq1  GTTTAGGCAAGTTCTGTTCTCCTAAAAGGAAAACTTACTAAAAAAAGCAA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGCAAGTTCTGTTCTCCTAAAAGGAAAACTTACTAAAAAAAGCAA  798

seq1  CATGCTGTGTGTGAAATGAACATGCCAGAGCAAACTGTGCACATCCTACT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTGTGTGAAATGAACATGCCAGAGCAAACTGTGCACATCCTACT  848

seq1  TACTGAGGAAGGGTTCAAGGGACGGAGGGAAATCTCAGTATCTCCCTTCT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGAAGGGTTCAAGGGACGGAGGGAAATCTCAGTATCTCCCTTCT  898

seq1  TTATGGGTGAAGATGGACAGGAGAGGCTCCTAACTGCCCTTGTTAGCATC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTGAAGATGGACAGGAGAGGCTCCTAACTGCCCTTGTTAGCATC  948

seq1  TTGATCGGCAGTGCTGCTAAAATCCCTGCCCTGAGGAAGACCAAATAGCA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCGGCAGTGCTGCTAAAATCCCTGCCCTGAGGAAGACCAAATAGCA  998

seq1  CCTACCCCTTTCCCTGAGGTCCCCACAACAAACTGAGGCATTATCCCACC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCCTTTCCCTGAGGTCCCCACAACAAACTGAGGCATTATCCCACC  1048

seq1  AGATTCACTCTGGGAGAACCAGTGAATTC  1064
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCACTCTGGGAGAACCAGTGAATTC  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |