BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235M22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 74,756,665 - 74,908,932
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpecc1l, Adora2a, EG544707, Upb1
Upstream genePcdh15, EG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr, LOC100040670
Downstream gene1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023, Ggt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11, Ndg2, Gm867, Vpreb3, EG333669, Suhw2, Slc5a4b, Slc5a4a, LOC100040150, Prmt2, S100b, Dip2a, Pcnt
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235M22.bB6Ng01-235M22.g
ACCGA047189GA047190
length1,1171,180
definitionB6Ng01-235M22.b B6Ng01-235M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,907,808 - 74,908,932)(74,756,665 - 74,757,822)
sequence
gaattctttgtctcagcattaggaaatgtcactgtgagatgcctatcatc
ttggccgctcagggtccctttcatactgaaaactcacatcctttggctct
gggatgttttcttcaattgtctcatttcctttgttgtgcttctaaaaatc
cctgttattctgacattgcgatgaattttgcatctgttcatttctagttc
tctccctgccatttcgtggaaatctccaaaggtgattcctacggtctaga
taaccatttgtaatggctgtactagtgagtttatgaagcatatagaaaac
ggaagcaaagggtcttagcacccagacagaatcagtagttagcatagcag
catcagatcagtgctgatcgttaagatctcaatgaaacttgtgacagatg
gataaccggaagtgcctactaatataaccggaagtgcctgctaacatatc
agagcagatgctggctcccaggtgctgagcatcaggaggacctgtttcag
agtcaccctggctgatataccccacctcaatctctccaacccctcagctt
ctcttgattcctatataagccagccattttggctacctgtcctcctcttt
gttcctggcccttctcttggctcctgatccctcccttggcttcctcctct
cttgccctccctacttctctttcctcttatgactccgttcagtctggaat
cttccagatgcccctggctgtgctctccctcacgtctatactaaaaacct
ccccataaaccatacctaggaacaattatgtcttcattttgtattcacat
ctaactttcaactggtgtgactggagcaacctgatttaaagagcaaacaa
agacaaggtcaaacccagctttccccctcccaacgaaacccccctccccc
gcggtattcagcagactggaaaggacagccacttagaaccaatcatggga
agaaggggcggttctcagctgagacctttctcctgggatgtgtttctgat
ttccggttcccacgtcagacatttttttaaccatgtaagaaatgataagt
ctcttgcttctcgctgttcaaaggaatgtgatgtctcactaacctagctg
tcttcttgtaccattct

gaattctttctttttttcttttttttggaaagtttatacatgtaggtctg
agttcatctctgtgtatggtttaagacatgaattaaggtgaacactgtag
ccaataggctcttaagttggggaggattgtgtatgatagaaaaatttaaa
agcatcttaaggacagagtgcatggtcacactgatttatccaggatgccc
ctaatatcagagatagcaaagcaaagagcacacaccttccccaagaggag
gatgtctcaccagaattggtaatggcggctctagaaaggatggaagacaa
aacagattgtggggaaaggaagcagattgtagataatgggttttgagtgt
ctactattgcagtgcacagagctttcatctccacgctcctcagaggaaat
tcagtttaaagaaaacaaaggctatgaccttgctgagagcaccgagcaag
ctgggacaagtggtcttggtgccgagtgacagtgatactttggggttatg
cctcagtggtggggtgcttgctgggagtttctctgtggtgccaacttctt
taagcttctcaacttgtgaagaacttttttcctgtttgtgttctaaacca
tgaactatgtacttagcacttacggtggacagccagagaggtaatgaaat
acaagcaggaacagcttgtaatctagaacgtgacctttgtcctcaggaac
tgtcaattacttctgaaactattatttccaaaccttttagaattatgcct
tttcctgggcataacttaactgttttttaatgactcagatttgtcattat
aaatatttttgactggaatcaacatctagctttgtgttgccttttctttt
cccttcaggtctttagtgcttttatgtcttggtgcatagtgtgttgtata
ccaagaaaacagcaaggacagctggtacttgccaaaataaaaatcagaag
cagtatggagtccgggatcaagtgtcaacacaacagggcggctgtgtaga
gtacttgcctccccctcctaaaggcctggttcagcttcttgtccagccag
acagtgcctgtcttgtttaatatctgtccaaaggcaaatctccttggagt
ttagcaatcttatggttaaagaaaggtgaattgttggagctaggggctaa
gccaggagcaagccaattttcctcttctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_74907808_74908932
seq2: B6Ng01-235M22.b_44_1160 (reverse)

seq1  AGAAGGGTACAAGAAGGGACAGCTAAGGGTAGTGAGACCATCACATCCTT  50
      |||| ||||||||||  ||||||| ||| |||||||| |||||||| | |
seq2  AGAATGGTACAAGAA--GACAGCT-AGGTTAGTGAGA-CATCACATTCCT  46

seq1  TGGAACAGCGAGAAGCAAGGAAGACTTTATCATTTCTTACATGGGTTAAA  100
      | |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGAACAGCGAGAAGCAAG--AGAC-TTATCATTTCTTACAT-GGTTAAA  92

seq1  AAAATGTCTGACGTGGGAACCGGAAATCAGAAACACATCCCAGGAGAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCTGACGTGGGAACCGGAAATCAGAAACACATCCCAGGAGAAAG  142

seq1  GTCTCAGCTGAGAACCGCCCCTTCTTCCCATGATTGGTTCTAAGTGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCTGAGAACCGCCCCTTCTTCCCATGATTGGTTCTAAGTGGCTG  192

seq1  TCCTTTCCAGTCTGCTGAATACCGCGGGGGAGGGGGGTTTCGTTGGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCAGTCTGCTGAATACCGCGGGGGAGGGGGGTTTCGTTGGGAGG  242

seq1  GGGAAAGCTGGGTTTGACCTTGTCTTTGTTTGCTCTTTAAATCAGGTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGCTGGGTTTGACCTTGTCTTTGTTTGCTCTTTAAATCAGGTTGC  292

seq1  TCCAGTCACACCAGTTGAAAGTTAGATGTGAATACAAAATGAAGACATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCACACCAGTTGAAAGTTAGATGTGAATACAAAATGAAGACATAA  342

seq1  TTGTTCCTAGGTATGGTTTATGGGGAGGTTTTTAGTATAGACGTGAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTAGGTATGGTTTATGGGGAGGTTTTTAGTATAGACGTGAGGGA  392

seq1  GAGCACAGCCAGGGGCATCTGGAAGATTCCAGACTGAACGGAGTCATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGCCAGGGGCATCTGGAAGATTCCAGACTGAACGGAGTCATAAG  442

seq1  AGGAAAGAGAAGTAGGGAGGGCAAGAGAGGAGGAAGCCAAGGGAGGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAGAAGTAGGGAGGGCAAGAGAGGAGGAAGCCAAGGGAGGGATC  492

seq1  AGGAGCCAAGAGAAGGGCCAGGAACAAAGAGGAGGACAGGTAGCCAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCAAGAGAAGGGCCAGGAACAAAGAGGAGGACAGGTAGCCAAAAT  542

seq1  GGCTGGCTTATATAGGAATCAAGAGAAGCTGAGGGGTTGGAGAGATTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCTTATATAGGAATCAAGAGAAGCTGAGGGGTTGGAGAGATTGAG  592

seq1  GTGGGGTATATCAGCCAGGGTGACTCTGAAACAGGTCCTCCTGATGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTATATCAGCCAGGGTGACTCTGAAACAGGTCCTCCTGATGCTCA  642

seq1  GCACCTGGGAGCCAGCATCTGCTCTGATATGTTAGCAGGCACTTCCGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGGGAGCCAGCATCTGCTCTGATATGTTAGCAGGCACTTCCGGTT  692

seq1  ATATTAGTAGGCACTTCCGGTTATCCATCTGTCACAAGTTTCATTGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGTAGGCACTTCCGGTTATCCATCTGTCACAAGTTTCATTGAGAT  742

seq1  CTTAACGATCAGCACTGATCTGATGCTGCTATGCTAACTACTGATTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACGATCAGCACTGATCTGATGCTGCTATGCTAACTACTGATTCTGT  792

seq1  CTGGGTGCTAAGACCCTTTGCTTCCGTTTTCTATATGCTTCATAAACTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCTAAGACCCTTTGCTTCCGTTTTCTATATGCTTCATAAACTCA  842

seq1  CTAGTACAGCCATTACAAATGGTTATCTAGACCGTAGGAATCACCTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACAGCCATTACAAATGGTTATCTAGACCGTAGGAATCACCTTTGG  892

seq1  AGATTTCCACGAAATGGCAGGGAGAGAACTAGAAATGAACAGATGCAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCCACGAAATGGCAGGGAGAGAACTAGAAATGAACAGATGCAAAA  942

seq1  TTCATCGCAATGTCAGAATAACAGGGATTTTTAGAAGCACAACAAAGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCGCAATGTCAGAATAACAGGGATTTTTAGAAGCACAACAAAGGAA  992

seq1  ATGAGACAATTGAAGAAAACATCCCAGAGCCAAAGGATGTGAGTTTTCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACAATTGAAGAAAACATCCCAGAGCCAAAGGATGTGAGTTTTCAG  1042

seq1  TATGAAAGGGACCCTGAGCGGCCAAGATGATAGGCATCTCACAGTGACAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAGGGACCCTGAGCGGCCAAGATGATAGGCATCTCACAGTGACAT  1092

seq1  TTCCTAATGCTGAGACAAAGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATGCTGAGACAAAGAATTC  1117


seq1: chr10_74756665_74757822
seq2: B6Ng01-235M22.g_66_1245

seq1  GAATTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTGGAAAGTTTATACATGTAGGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTGGAAAGTTTATACATGTAGGTCTG  50

seq1  AGTTCATCTCTGTGTATGGTTTAAGACATGAATTAAGGTGAACACTGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATCTCTGTGTATGGTTTAAGACATGAATTAAGGTGAACACTGTAG  100

seq1  CCAATAGGCTCTTAAGTTGGGGAGGATTGTGTATGATAGAAAAATTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGGCTCTTAAGTTGGGGAGGATTGTGTATGATAGAAAAATTTAAA  150

seq1  AGCATCTTAAGGACAGAGTGCATGGTCACACTGATTTATCCAGGATGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTAAGGACAGAGTGCATGGTCACACTGATTTATCCAGGATGCCC  200

seq1  CTAATATCAGAGATAGCAAAGCAAAGAGCACACACCTTCCCCAAGAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATCAGAGATAGCAAAGCAAAGAGCACACACCTTCCCCAAGAGGAG  250

seq1  GATGTCTCACCAGAATTGGTAATGGCGGCTCTAGAAAGGATGGAAGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTCACCAGAATTGGTAATGGCGGCTCTAGAAAGGATGGAAGACAA  300

seq1  AACAGATTGTGGGGAAAGGAAGCAGATTGTAGATAATGGGTTTTGAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTGTGGGGAAAGGAAGCAGATTGTAGATAATGGGTTTTGAGTGT  350

seq1  CTACTATTGCAGTGCACAGAGCTTTCATCTCCACGCTCCTCAGAGGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATTGCAGTGCACAGAGCTTTCATCTCCACGCTCCTCAGAGGAAAT  400

seq1  TCAGTTTAAAGAAAACAAAGGCTATGACCTTGCTGAGAGCACCGAGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTAAAGAAAACAAAGGCTATGACCTTGCTGAGAGCACCGAGCAAG  450

seq1  CTGGGACAAGTGGTCTTGGTGCCGAGTGACAGTGATACTTTGGGGTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACAAGTGGTCTTGGTGCCGAGTGACAGTGATACTTTGGGGTTATG  500

seq1  CCTCAGTGGTGGGGTGCTTGCTGGGAGTTTCTCTGTGGTGCCAACTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGGTGGGGTGCTTGCTGGGAGTTTCTCTGTGGTGCCAACTTCTT  550

seq1  TAAGCTTCTCAACTTGTGAAGAACTTTTTTCCTGTTTGTGTTCTAAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTCTCAACTTGTGAAGAACTTTTTTCCTGTTTGTGTTCTAAACCA  600

seq1  TGAACTATGTACTTAGCACTTACGGTGGACAGCCAGAGAGGTAATGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTATGTACTTAGCACTTACGGTGGACAGCCAGAGAGGTAATGAAAT  650

seq1  ACAAGCAGGAACAGCTTGTAATCTAGAACGTGACCTTTGTCCTCAGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAGGAACAGCTTGTAATCTAGAACGTGACCTTTGTCCTCAGGAAC  700

seq1  TGTCAATTACTTCTGAAACTATTATTTCCAAACCTTTTAGAATTATGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATTACTTCTGAAACTATTATTTCCAAACCTTTTAGAATTATGCCT  750

seq1  TTTCCTGGGCATAACTTAACTGTTTTTTAATGACTCAGATTTGTCATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGGCATAACTTAACTGTTTTTTAATGACTCAGATTTGTCATTAT  800

seq1  AAATATTTTTGACTGGAATCAACATCTAGCTTTGTGTTGCCTTTTCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTGACTGGAATCAACATCTAGCTTTGTGTTGCCTTTTCTTTT  850

seq1  CCCTTCAGGTCTTTAGTGCTTTTATGTCTTGGTGCATAGTGTGTTGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGGTCTTTAGTGCTTTTATGTCTTGGTGCATAGTGTGTTGTATA  900

seq1  CCAAGAAAACAGCAAGGACAGCTGGTACTTG-CAAAAT-AAAATCAGAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  CCAAGAAAACAGCAAGGACAGCTGGTACTTGCCAAAATAAAAATCAGAAG  950

seq1  CAGTATGGAGTCCGGGATCAAGTGTC-ACAC-ACAGGGCGGCTGTGGTAG  996
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||
seq2  CAGTATGGAGTCCGGGATCAAGTGTCAACACAACAGGGCGGCTGT-GTAG  999

seq1  AGTACTTGCTCCCCTCT----AAGGCCTGG-TCAGCT--CTGTCCAGCAG  1039
      |||||||||  ||| ||    ||||||||| ||||||   ||||||||  
seq2  AGTACTTGCCTCCCCCTCCTAAAGGCCTGGTTCAGCTTCTTGTCCAGCCA  1049

seq1  AACAGTG-CTGTC-TGTT--ATATCTGGTCCAAGGGAAAATCTCC-TGAG  1084
       |||||| ||||| ||||  |||||| |||||| || |||||||| ||  
seq2  GACAGTGCCTGTCTTGTTTAATATCT-GTCCAAAGGCAAATCTCCTTGGA  1098

seq1  GTTTAGCAATCTTATGG-TAAAGGAAAGTGAATTG-TGGAGTTAGGGGCT  1132
      ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||
seq2  GTTTAGCAATCTTATGGTTAAAGAAAGGTGAATTGTTGGAGCTAGGGGCT  1148

seq1  TAG-CAGGAGCAAGC--ATTT---CCTTCTGC  1158
       || |||||||||||  ||||    |||||||
seq2  AAGCCAGGAGCAAGCCAATTTTCCTCTTCTGC  1180


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |