BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236C18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 75,599,601 - 75,743,540
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc5a4a, LOC100040150, Prmt2, S100b, Dip2a
Upstream geneBcr, Specc1l, LOC100040670, Adora2a, EG544707, Upb1, 1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023, Ggt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11, Ndg2, Gm867, Vpreb3, EG333669, Suhw2, Slc5a4b
Downstream genePcnt, 2610028H24Rik, A130042E20Rik, Mcm3ap, Lss, 1700027D21Rik, Ftcd, Col6a2, Col6a1, Pcbp3, LOC100041099, Slc19a1, Col18a1, LOC665762, Pofut2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236C18.bB6Ng01-236C18.g
ACCGA047456GA047457
length1,1551,092
definitionB6Ng01-236C18.b B6Ng01-236C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,599,601 - 75,600,763)(75,742,444 - 75,743,540)
sequence
gaattcactgtgcctgggtgcctaagtctcctgtcacttatctgagatgg
gatcattttctgttgtctactctgttgctagaccacatccaaaagggatc
cctgcccccataggccagtgccaggggagctactggtctgagacactgta
gaaggttctgttttgagtaaggagtaactagacccatgctgtcaaattca
aagttcagcaaccaatttctagacaaatacatcttcttccatctatgatc
ttgcttcttctctctgttccccacttgcagattgtacctagttgagtcct
gctcaatgaactgtgtctctcctcagataaggtggcctgcattgtacctt
ctgagtgtgagaaacagtgtggcactgcggtcggctgcaccaacaatgcc
taccccaccctggtgctggagttgatgcctgatggtaagtaaccatccat
agcatgtctagagggatacacgggccatgaggaacacattggggaagacc
ctctggcaatccttccattaatgcagtcctactcatcagataatccttga
gaatcagtcacagtcacccagtcacctgctggctgggtctggagattgca
gagaggagctaatttctgttagaagaatactgccaagggtgaatgtctgg
ttatgtcaacttgacacgagctggagttatcacagataaagcctcccttg
aggaaatgcctccatgagatccagctgtaaggcattttttcaattagtga
tcaaggggggagggtcccttgaggatggtgccatcactgggctggtagtc
ttaggttctataagagagcaagctgagcaagccaagggaagcaagccagt
aagtcacatccttccatggcctctgcatcagctcctgcttcctgacctgc
ttgagttccagtccttgacttcctttggtgatgaacagcaatgtggaagt
gtaaggtgaataaaccctttcctccccaacttgcttcttggtcatgatgt
ttgtgcagaatagaaaccctgactagacactcagttaacattgcaatgat
tttctagctaagagagttgtattgctataacatgtgtagactcagagact
agatgtactttaacctggccttcttaaactacttctctcagtccacgtgc
tttat
gaattcacatttctgaaacgaagcagcgctttctggaagggacgctccac
ccatgtaacgtgttgatgtgccctcacacgtgcgttaccaaccttcccaa
gcctcgccagaaacagccaggttagtacctaacagcgaggccgcctggcc
ttgacgggctggctgcagtgggtgtagctgcattggatcttgcaggagtc
agtacccccacctccttgggcctggggttgagttaaggatcagactgggt
gtgtgcacctgctcctggctcacgaaatgggatgctgctggtgcagctgc
ctgttggtacccacctgcctcctggtaatcagttttaatgatacattcaa
gggtacattaatgtctgcaaggagatgtaggctctggatccaagaagccc
ctggtagccactagggttttaggaattggagtttctcaagggttaatttc
atgtttctgatttaacacaaaaaataagtataaaggccagtttagctagc
acaatcagtttgttattaatttgtatatgtaaatatttaggaaaagctag
cttccttttactgactactgaatacataagtataacacacttcaaggatt
ctggtttacacatgaaatatagcatagctataaaacattatttggttagc
atcccaagaatatggtacatggcatagtttatatttgagagtgatctgag
ttcttacacttaaagaaaagtattaatacccaggtacattttaaaataac
aacagttatatatgtaagtaaagccatggggcattacggattagaagttc
ccagctcggcatttggaatctgtttgcagaagttggaccagcctcgatga
ttgttgggaacctggtttgctggaaaaaggatcgcacaggcctctgggag
agagctggcccacctgggaggacagcgaccaggctcgcaaggtaccgggc
atctcctgggggcagtggcatccagacagtgcagtgcgaggctcctctct
ctgcacagttctgttctggcagacgtgctgcagtgcggctccacaccact
cctgaaccaccctctgttctgcctgctgatgctaagtgagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_75599601_75600763
seq2: B6Ng01-236C18.b_41_1195

seq1  GAATTCACTGTGCCTGGGTGCCTAAGTCTCCTGTCACTTATCTGAGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGCCTGGGTGCCTAAGTCTCCTGTCACTTATCTGAGATGG  50

seq1  GATCATTTTCTGTTGTCTACTCTGTTGCTAGACCACATCCAAAAGGGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATTTTCTGTTGTCTACTCTGTTGCTAGACCACATCCAAAAGGGATC  100

seq1  CCTGCCCCCATAGGCCAGTGCCAGGGGAGCTACTGGTCTGAGACACTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCATAGGCCAGTGCCAGGGGAGCTACTGGTCTGAGACACTGTA  150

seq1  GAAGGTTCTGTTTTGAGTAAGGAGTAACTAGACCCATGCTGTCAAATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTCTGTTTTGAGTAAGGAGTAACTAGACCCATGCTGTCAAATTCA  200

seq1  AAGTTCAGCAACCAATTTCTAGACAAATACATCTTCTTCCATCTATGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAGCAACCAATTTCTAGACAAATACATCTTCTTCCATCTATGATC  250

seq1  TTGCTTCTTCTCTCTGTTCCCCACTTGCAGATTGTACCTAGTTGAGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTCTCTCTGTTCCCCACTTGCAGATTGTACCTAGTTGAGTCCT  300

seq1  GCTCAATGAACTGTGTCTCTCCTCAGATAAGGTGGCCTGCATTGTACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATGAACTGTGTCTCTCCTCAGATAAGGTGGCCTGCATTGTACCTT  350

seq1  CTGAGTGTGAGAAACAGTGTGGCACTGCGGTCGGCTGCACCAACAATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGTGAGAAACAGTGTGGCACTGCGGTCGGCTGCACCAACAATGCC  400

seq1  TACCCCACCCTGGTGCTGGAGTTGATGCCTGATGGTAAGTAACCATCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCACCCTGGTGCTGGAGTTGATGCCTGATGGTAAGTAACCATCCAT  450

seq1  AGCATGTCTAGAGGGATACACGGGCCATGAGGAACACATTGGGGAAGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTCTAGAGGGATACACGGGCCATGAGGAACACATTGGGGAAGACC  500

seq1  CTCTGGCAATCCTTCCATTAATGCAGTCCTACTCATCAGATAATCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCAATCCTTCCATTAATGCAGTCCTACTCATCAGATAATCCTTGA  550

seq1  GAATCAGTCACAGTCACCCAGTCACCTGCTGGCTGGGTCTGGAGATTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGTCACAGTCACCCAGTCACCTGCTGGCTGGGTCTGGAGATTGCA  600

seq1  GAGAGGAGCTAATTTCTGTTAGAAGAATACTGCCAAGGGTGAATGTCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGCTAATTTCTGTTAGAAGAATACTGCCAAGGGTGAATGTCTGG  650

seq1  TTATGTCAACTTGACACGAGCTGGAGTTATCACAGATAAAGCCTCCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCAACTTGACACGAGCTGGAGTTATCACAGATAAAGCCTCCCTTG  700

seq1  AGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTTTCAATTAGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTTTTTCAATTAGTGA  750

seq1  TCAAGGGGGGAGGGTCCCTTGAGGATGGTGCCATCACTGGGCTGGTAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGGGGAGGGTCCCTTGAGGATGGTGCCATCACTGGGCTGGTAGTC  800

seq1  TTAGGTTCTATAAGAGAGCAAGCTGAGCAAGCCAAGGGAAGCAAGCCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTCTATAAGAGAGCAAGCTGAGCAAGCCAAGGGAAGCAAGCCAGT  850

seq1  AAGTCACATCCTTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACATCCTTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  900

seq1  TTGAGTTCCAGTCC-TGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGT  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTCCAGTCCTTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGT  950

seq1  GTAAGGTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGT  1000

seq1  TTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACTCAGTTAACATTGCAATG  1049
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCA-GAATAGAAACCCTGACT-AGACACTCAGTTAACATTGCAATG  1048

seq1  ATTTTCTAGCTAAAGAAGAAGTTGTAATGCTAT-ACATGTGTAGACCCAG  1098
      ||||||||||| ||||   ||||||| |||||| |||||||||||| |||
seq2  ATTTTCTAGCT-AAGA--GAGTTGTATTGCTATAACATGTGTAGACTCAG  1095

seq1  AAGACTAGATGTTAACTTTTACCCTGGCTTCTTTAGACTAACATCTCTCA  1148
       |||||||||||  || |||| |||||| |  ||| ||| || |||||||
seq2  -AGACTAGATGT--AC-TTTAACCTGGCCTTCTTAAACT-ACTTCTCTCA  1140

seq1  GTCCACGTGCTTTAT  1163
      |||||||||||||||
seq2  GTCCACGTGCTTTAT  1155

seq1: chr10_75742444_75743540
seq2: B6Ng01-236C18.g_62_1153 (reverse)

seq1  CTCTCACCTTAGCATTCAGCAGCAGGAACAGAGGGTGG-TCAGGAGTGGT  49
      |||||| ||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCTCA-CTTAGCA-TCAGCAGGCAGAACAGAGGGTGGTTCAGGAGTGGT  48

seq1  GTGAGCCCGCCACTGCAGCACGTCTGCCAGGAACAGGAACTGTGCAGAGA  99
      |||   ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GTGGAGCCG-CACTGCAGCACGTCTGCCA-GAACA-GAACTGTGCAGAGA  95

seq1  GAGGAGCCTCGCACCTGCACTGTCTTGGATGCCACCTGCCCCCAGGAGAT  149
      ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGGAGCCTCGCA-CTGCACTGTC-TGGATGCCA-CTGCCCCCAGGAGAT  142

seq1  GCCCGGTACCTTGCGAGCCTGGTCGCTGTCCT-CCAGGTGGGCCAGCTCT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCCCGGTACCTTGCGAGCCTGGTCGCTGTCCTCCCAGGTGGGCCAGCTCT  192

seq1  CTCCCAGAGGCCTGTGCGATCCTTTTTCCAGC-AACCAGGTTCCCAACAA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAGGCCTGTGCGATCCTTTTTCCAGCAAACCAGGTTCCCAACAA  242

seq1  TCATCGAGGCTGGTCCAACTTCTGCAAACAGATTCCAAATGCCGAGCTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCGAGGCTGGTCCAACTTCTGCAAACAGATTCCAAATGCCGAGCTGG  292

seq1  GAACTTCTAATCCGTAATGCCCCATGGCTTTACTTACATATATAACTGTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCTAATCCGTAATGCCCCATGGCTTTACTTACATATATAACTGTT  342

seq1  GTTATTTTAAAATGTACCTGGGTATTAATACTTTTCTTTAAGTGTAAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTAAAATGTACCTGGGTATTAATACTTTTCTTTAAGTGTAAGAA  392

seq1  CTCAGATCACTCTCAAATATAAACTATGCCATGTACCATATTCTTGGGAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATCACTCTCAAATATAAACTATGCCATGTACCATATTCTTGGGAT  442

seq1  GCTAACCAAATAATGTTTTATAGCTATGCTATATTTCATGTGTAAACCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACCAAATAATGTTTTATAGCTATGCTATATTTCATGTGTAAACCAG  492

seq1  AATCCTTGAAGTGTGTTATACTTATGTATTCAGTAGTCAGTAAAAGGAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTGAAGTGTGTTATACTTATGTATTCAGTAGTCAGTAAAAGGAAG  542

seq1  CTAGCTTTTCCTAAATATTTACATATACAAATTAATAACAAACTGATTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTTTCCTAAATATTTACATATACAAATTAATAACAAACTGATTGT  592

seq1  GCTAGCTAAACTGGCCTTTATACTTATTTTTTGTGTTAAATCAGAAACAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTAAACTGGCCTTTATACTTATTTTTTGTGTTAAATCAGAAACAT  642

seq1  GAAATTAACCCTTGAGAAACTCCAATTCCTAAAACCCTAGTGGCTACCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAACCCTTGAGAAACTCCAATTCCTAAAACCCTAGTGGCTACCAG  692

seq1  GGGCTTCTTGGATCCAGAGCCTACATCTCCTTGCAGACATTAATGTACCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTTGGATCCAGAGCCTACATCTCCTTGCAGACATTAATGTACCC  742

seq1  TTGAATGTATCATTAAAACTGATTACCAGGAGGCAGGTGGGTACCAACAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTATCATTAAAACTGATTACCAGGAGGCAGGTGGGTACCAACAG  792

seq1  GCAGCTGCACCAGCAGCATCCCATTTCGTGAGCCAGGAGCAGGTGCACAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGCACCAGCAGCATCCCATTTCGTGAGCCAGGAGCAGGTGCACAC  842

seq1  ACCCAGTCTGATCCTTAACTCAACCCCAGGCCCAAGGAGGTGGGGGTACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCTGATCCTTAACTCAACCCCAGGCCCAAGGAGGTGGGGGTACT  892

seq1  GACTCCTGCAAGATCCAATGCAGCTACACCCACTGCAGCCAGCCCGTCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTGCAAGATCCAATGCAGCTACACCCACTGCAGCCAGCCCGTCAA  942

seq1  GGCCAGGCGGCCTCGCTGTTAGGTACTAACCTGGCTGTTTCTGGCGAGGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGCGGCCTCGCTGTTAGGTACTAACCTGGCTGTTTCTGGCGAGGC  992

seq1  TTGGGAAGGTTGGTAACGCACGTGTGAGGGCACATCAACACGTTACATGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGGTTGGTAACGCACGTGTGAGGGCACATCAACACGTTACATGG  1042

seq1  GTGGAGCGTCCCTTCCAGAAAGCGCTGCTTCGTTTCAGAAATGTGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCGTCCCTTCCAGAAAGCGCTGCTTCGTTTCAGAAATGTGAATTC  1092