BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236L17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 119,891,389 - 119,892,498
singlet/doubletsinglet
Overlap geneHmga2
Upstream geneGrip1, Helb, Irak3, Tmbim4, 1190005P17Rik
Downstream geneLOC100042902, Msrb3, LOC100043488, Lemd3, Wif1, LOC100042911, 4930505D03Rik, LOC100043498, Gns, Rassf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236L17.bB6Ng01-236L17.g
ACCGA047878GA047879
length5061,128
definitionB6Ng01-236L17.b B6Ng01-236L17.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
cagatatttgttttattattattattattattattattattattattatt
attattattggcggtggtgctggtggtattctgtctaaactccaccccca
cagttcctggcagcagccagatatgctcctccccacagttacctggcaac
agccaggtaggcttggcccactataaaaggggctgcttggcccctcccct
ctctcttaccctcttacactcttgcctctcttgcctctttcccccatgtg
ccctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcact
tcccttcctccctctctccaagtggccatggcccacctccacttatccac
tctctccttttgtctgcctttctctgcatctactactcttaactcccctt
cccatgccctaaataacccctatactataccatatttgttgtgtgtctgg
cgtgtgccactactgcctggccctctggaggaaaaagatgcgtcagcatg
gtgctc
gaattcaattcccagcacccacatggtggctcacaaccatctgtaatggg
agctgatgctgtctgatgctgtcttctgtcatgaaggcttacaggcaaat
agagtgctcatgtacataaataagtgactctttaaaaattaacatccaaa
ccataaagctagaaactcattaggtcagaagccagccagataaaattttc
acttcaaatatgtatcagcagattggaaaaaacgagacttaaaaatgcct
gggatgttatgtgaaaagggaaaactaatttgatgcatacccacggcttt
taatcacaatgacacaagtcacaccatcctgagcatcccttgggaaggag
gctactgcacaggtatcaacaatggcatgtcccagatactgttgtaaata
tttaagagatctgcctgggaaagatgtgagatggactcatggtacctgag
cacaggtaaccagccatgtggcaaaatgtagattaaaatgaatggcttat
tttagttctgattagtcagagcagagcctaactatatgcccaaagtattt
ataagtatatcttgaatctgagtcttatttctcggagcatggggctggaa
ggaagaacttggcataacttctacatccagaagaagaaaattaggttcat
aaatgtatacacacatacacgcacacatacaaacacacatgcatacacac
acacacacacacacacatatatatacacacacacatatacacatacgtat
atgcatacaaatatgcatacatgtacacatatacacacacacacacatat
atatacacacatacacacatatatacatatatacacatatacacacatac
acacacatatatatacacacatacacacatatatacatatatacacatat
acacacatacacaaacacacacacaggctagcacttgaagaagtggttaa
taaaaaaatgctttctgcattcaactacctcctataaaacattggtagta
atacccactacctctctaacattcatgttaaattaatataagaatgccca
atggaaagaatttcccctccctttttctttaatgtcatgctagtactaaa
ggtgtatatcggttaaagggaaacggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_119891389_119892498
seq2: B6Ng01-236L17.g_65_1192

seq1  GAATTCAATTCCCAGCACCCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCCAGCACCCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGG  50

seq1  AGCTGATGCTGTCTGATGCTGTCTTCTGTCATGAAGGCTTACAGGCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGCTGTCTGATGCTGTCTTCTGTCATGAAGGCTTACAGGCAAAT  100

seq1  AGAGTGCTCATGTACATAAATAAGTGACTCTTTAAAAATTAACATCCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTCATGTACATAAATAAGTGACTCTTTAAAAATTAACATCCAAA  150

seq1  CCATAAAGCTAGAAACTCATTAGGTCAGAAGCCAGCCAGATAAAATTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAGCTAGAAACTCATTAGGTCAGAAGCCAGCCAGATAAAATTTTC  200

seq1  ACTTCAAATATGTATCAGCAGATTGGAAAAAACGAGACTTAAAAATGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAATATGTATCAGCAGATTGGAAAAAACGAGACTTAAAAATGCCT  250

seq1  GGGATGTTATGTGAAAAGGGAAAACTAATTTGATGCATACCCACGGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTTATGTGAAAAGGGAAAACTAATTTGATGCATACCCACGGCTTT  300

seq1  TAATCACAATGACACAAGTCACACCATCCTGAGCATCCCTTGGGAAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACAATGACACAAGTCACACCATCCTGAGCATCCCTTGGGAAGGAG  350

seq1  GCTACTGCACAGGTATCAACAATGGCATGTCCCAGATACTGTTGTAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGCACAGGTATCAACAATGGCATGTCCCAGATACTGTTGTAAATA  400

seq1  TTTAAGAGATCTGCCTGGGAAAGATGTGAGATGGACTCATGGTACCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAGATCTGCCTGGGAAAGATGTGAGATGGACTCATGGTACCTGAG  450

seq1  CACAGGTAACCAGCCATGTGGCAAAATGTAGATTAAAATGAATGGCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTAACCAGCCATGTGGCAAAATGTAGATTAAAATGAATGGCTTAT  500

seq1  TTTAGTTCTGATTAGTCAGAGCAGAGCCTAACTATATGCCCAAAGTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCTGATTAGTCAGAGCAGAGCCTAACTATATGCCCAAAGTATTT  550

seq1  ATAAGTATATCTTGAATCTGAGTCTTATTTCTCGGAGCATGGGGCTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATATCTTGAATCTGAGTCTTATTTCTCGGAGCATGGGGCTGGAA  600

seq1  GGAAGAACTTGGCATAACTTCTACATCCAGAAGAAGAAAATTAGGTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACTTGGCATAACTTCTACATCCAGAAGAAGAAAATTAGGTTCAT  650

seq1  AAATGTATACACACATACACGCACACATACAAACACACATGCATACACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATACACACATACACGCACACATACAAACACACATGCATACACAC  700

seq1  ACACACACACACACACATATATATACACACACACATATACACATACGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATATATATACACACACACATATACACATACGTAT  750

seq1  ATGCATACAAATATGCATACATGTACACATATACACACACACACACATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATACAAATATGCATACATGTACACATATACACACACACACACATAT  800

seq1  ATATACACACATACACACATATATACATATATACACATATACACACATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACATACACACATATATACATATATACACATATACACACATAC  850

seq1  ACACACATATATATACACACATACACACATATATACATATATACACATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATATATACACACATACACACATATATACATATATACACATAT  900

seq1  ACACACATACACAAACACACACACAGGCTAGCACTTGAAG-AGT-GTTAA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  ACACACATACACAAACACACACACAGGCTAGCACTTGAAGAAGTGGTTAA  950

seq1  T-AAAAAATGCTTTCTGCATTCAACTACCTCCCTATAAAACATTGGTAGT  997
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAATGCTTTCTGCATTCAACTACCT-CCTATAAAACATTGGTAGT  999

seq1  -ATACCCACTACCTCTCT-ACATCCATG-TAAATT-ATATAAG-ATGCCC  1042
       ||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AATACCCACTACCTCTCTAACATTCATGTTAAATTAATATAAGAATGCCC  1049

seq1  -ATGGAA--GATTTCCC--CCCCTTTTCTTTAATGTCATGCTAGTACTAA  1087
       ||||||   |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAAGAATTTCCCCTCCCTTTTTCTTTAATGTCATGCTAGTACTAA  1099

seq1  A---GTGTATCGGT--AAGGG-AACGGAA  1110
      |   || |||||||  ||||| |||||||
seq2  AGGTGTATATCGGTTAAAGGGAAACGGAA  1128