BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237F23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 3,282,794 - 3,471,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOprm1, A130090K04Rik
Upstream geneCnksr3
Downstream geneLOC237252, LOC100041224, Rgs17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237F23.bB6Ng01-237F23.g
ACCGA048349GA048350
length1,1991,127
definitionB6Ng01-237F23.b B6Ng01-237F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,470,537 - 3,471,726)(3,282,794 - 3,283,911)
sequence
gaattcacagatgtgcaagtagattaggattctgttcatacaattgcttt
ttgcttctcactgaaggtctatacatcacttgcagcatctctgctgcatg
ataatcctacttacatctgcaagctattggcagagaaagaaagaacacaa
gatatcaaagcaagccaacacctataccaaggtgctgaacacattcctct
tacagtgaagtaattgcaatggatcaagaatgggtcaagaaaataaatag
ggattcagattccatttaccattcagccacagcaaacaaagtctaagtgt
aaaatcaataaaatgggacaataatcagaagcttggcattcattgtttta
ctccaccttgacactctatggcttgaagggaaagatttccagtttgatcc
ctaatactaagagggttagactaaatagatttcacattggctataaaatc
tcacaaatggcatttagtcctcttcttctttgtctgataatgcaacctag
gtcacttatggaacagtaaaaataacagtcataattacaatcatccatct
atcatatccccttttctctgaacatttatgccaacttattttccctaaca
acctattagccattatgatgaagaatgagtgaagtttagtgatttgtttt
tagatcacctaacattaaaatggcagggtaggatttgacttaggaaggct
gactcacagtctgcggactaaacaaccacacacatgacatctccagtgcg
tgctttcctaaaccaaactcttcactaaaccatccttttctctatttgct
tccccatcattgacatctgcactcatgctgttgtatagactgctgactaa
caaagctcttgagtttttctcctctctgagtagatagatagtagtctcca
gcttctacagcttccatcattttgagatgctttacatccacccagttctg
tccaccccatcacctacaccacaagccccatcaccatgtctattagacac
tgccaagaactttaaactgcatcttctacttctgtgagcatcaacatctg
ttcttctcagctccacaactcagtgggctcctgggtttggccctttgaat
ccagactcttttcttatggtgatctgtgatgtttcataagtctgggcccc
ttgattagacattgcctcatggcttattcatctctacccttaaaacaca

gaattccccttttgtgtgcaggcagctggaggtcaccggctagacagaac
atctctggtttgacagcaagggctgggtgttgttgatgtaggggctttca
cggaaggcaagcgaagtgctaagatttcctttatgtaaaaacattagaat
tacattataagaggcagatttataaggcatctttgactgcgttagtagac
tttattagacttcaggggcccacatattcccagtgcagtgctgggcatgg
tacagtaatagatagaacctggctcctatgcgctgacttgtgctacatgg
gaagtaggggcagaatggtttttctttttggctcatatcatacaagtggg
gaggtaacatccggtgtgcatattgtttaatctaccctttattgctttta
tctactatacttatatgtcaggtgcgttttctcgagaaggccatgtgtga
ccatttcaagcaaattgcattgagccaatgcatattgctagaacatggaa
ataggaagttctttcctgcggtaacttgctgtggcaacaagagataagaa
attacttcatggctattgcttgagactttccttttgacttgtgtagcctt
cttgagcagatcacttctgctttctgtccggcttggaggctgggcagtgt
gaactagcagctgaagcacaggctgacaagttgttagtgggtatgacatt
taaataatgggcgtttatgtgtgaagacgattctgaaaagtaaggtttgc
aaactggggggatggctatacttttagggttaagaagagtgacttccaca
acatatgcccttagtgatatttattggatgaataaatgattattaaagtt
gttcataaaggtcatgcaaaggtgttgtactacttggttttgtgtaagct
gaataaaccatttcctccccaattgcttcttggtcatgatgtgttgtgca
ggaatacaaccctgactagacaagtattcattgtttctgttacccaggca
actgagaaagcaacatttagagagggttagggtgaagcagtggaaggatt
ctgagagtggtgaggaagaagaaagaattgtatatgagaaatggaatcat
taaaaatgtccgaaaaagttgggagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_3470537_3471726
seq2: B6Ng01-237F23.b_46_1244 (reverse)

seq1  TGTGTTTTA--GGT-GAGATG-ATAAGGCATGAGGCCATGTCCTTAATCA  46
      |||||||||  ||| |||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||
seq2  TGTGTTTTAAGGGTAGAGATGAATAAGCCATGAGGCAATGTC--TAATCA  48

seq1  --GGGGCCAGAC-TATGAAAACATCACAGATCAC----ATAGAAGAGTCT  89
        ||| |||||| |||| ||||||||||||||||    | | ||||||||
seq2  AGGGGCCCAGACTTATG-AAACATCACAGATCACCATAAGAAAAGAGTCT  97

seq1  GGATTC-AAGGGCCAAA-CCAGGAG-CCACTGAGTTGTGGAGCTGAGGAA  136
      |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATTCAAAGGGCCAAACCCAGGAGCCCACTGAGTTGTGGAGCTGA-GAA  146

seq1  GAACAGATG-TGATGCTCACAAGAAGTAGAAGATGCAGTTTAAAGTTCTT  185
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATGTTGATGCTCAC-AGAAGTAGAAGATGCAGTTTAAAGTTCTT  195

seq1  GGCAGTTGTCTAATAGACATGGTGATGGGGCTTGTGGTGTAGGTGATGGG  235
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAG-TGTCTAATAGACATGGTGATGGGGCTTGTGGTGTAGGTGATGGG  244

seq1  GTGGACAGAACTGGGTGGATGTAAAGCATCTCAAAATGATGGAAGCTGTA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAGAACTGGGTGGATGTAAAGCATCTCAAAATGATGGAAGCTGTA  294

seq1  GAAGCTGGAGACTACTATCTATCTACTCAGAGAGGAGAAAAACTCAAGAG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGGAGACTACTATCTATCTACTCAGAGAGGAGAAAAACTCAAGAG  344

seq1  CTTTGTTAGTCAGCAGTCTATACAACAGCATGAGTGCAGATGTCAATGAT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTAGTCAGCAGTCTATACAACAGCATGAGTGCAGATGTCAATGAT  394

seq1  GGGGAAGCAAATAGAGAAAAGGATGGTTTAGTGAAGAGTTTGGTTTAGGA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGCAAATAGAGAAAAGGATGGTTTAGTGAAGAGTTTGGTTTAGGA  444

seq1  AAGCACGCACTGGAGATGTCATGTGTGTGGTTGTTTAGTCCGCAGACTGT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACGCACTGGAGATGTCATGTGTGTGGTTGTTTAGTCCGCAGACTGT  494

seq1  GAGTCAGCCTTCCTAAGTCAAATCCTACCCTGCCATTTTAATGTTAGGTG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGCCTTCCTAAGTCAAATCCTACCCTGCCATTTTAATGTTAGGTG  544

seq1  ATCTAAAAACAAATCACTAAACTTCACTCATTCTTCATCATAATGGCTAA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAAACAAATCACTAAACTTCACTCATTCTTCATCATAATGGCTAA  594

seq1  TAGGTTGTTAGGGAAAATAAGTTGGCATAAATGTTCAGAGAAAAGGGGAT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGTTAGGGAAAATAAGTTGGCATAAATGTTCAGAGAAAAGGGGAT  644

seq1  ATGATAGATGGATGATTGTAATTATGACTGTTATTTTTACTGTTCCATAA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGATGGATGATTGTAATTATGACTGTTATTTTTACTGTTCCATAA  694

seq1  GTGACCTAGGTTGCATTATCAGACAAAGAAGAAGAGGACTAAATGCCATT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTAGGTTGCATTATCAGACAAAGAAGAAGAGGACTAAATGCCATT  744

seq1  TGTGAGATTTTATAGCCAATGTGAAATCTATTTAGTCTAACCCTCTTAGT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGATTTTATAGCCAATGTGAAATCTATTTAGTCTAACCCTCTTAGT  794

seq1  ATTAGGGATCAAACTGGAAATCTTTCCCTTCAAGCCATAGAGTGTCAAGG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGATCAAACTGGAAATCTTTCCCTTCAAGCCATAGAGTGTCAAGG  844

seq1  TGGAGTAAAACAATGAATGCCAAGCTTCTGATTATTGTCCCATTTTATTG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAAAACAATGAATGCCAAGCTTCTGATTATTGTCCCATTTTATTG  894

seq1  ATTTTACACTTAGACTTTGTTTGCTGTGGCTGAATGGTAAATGGAATCTG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACACTTAGACTTTGTTTGCTGTGGCTGAATGGTAAATGGAATCTG  944

seq1  AATCCCTATTTATTTTCTTGACCCATTCTTGATCCATTGCAATTACTTCA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTATTTATTTTCTTGACCCATTCTTGATCCATTGCAATTACTTCA  994

seq1  CTGTAAGAGGAATGTGTTCAGCACCTTGGTATAGGTGTTGGCTTGCTTTG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGGAATGTGTTCAGCACCTTGGTATAGGTGTTGGCTTGCTTTG  1044

seq1  ATATCTTGTGTTCTTTCTTTCTCTGCCAATAGCTTGCAGATGTAAGTAGG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTGTGTTCTTTCTTTCTCTGCCAATAGCTTGCAGATGTAAGTAGG  1094

seq1  ATTATCATGCAGCAGAGATGCTGCAAGTGATGTATAGACCTTCAGTGAGA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATGCAGCAGAGATGCTGCAAGTGATGTATAGACCTTCAGTGAGA  1144

seq1  AGCAAAAAGCAATTGTATGAACAGAATCCTAATCTACTTGCACATCTGTG  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAGCAATTGTATGAACAGAATCCTAATCTACTTGCACATCTGTG  1194

seq1  AATTC  1190
      |||||
seq2  AATTC  1199


seq1: chr10_3282794_3283911
seq2: B6Ng01-237F23.g_66_1192

seq1  GAATTCCCCTTTTGTGTGCAGGCAGCTGGAGGTCACCGGCTAGACAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTTTTGTGTGCAGGCAGCTGGAGGTCACCGGCTAGACAGAAC  50

seq1  ATCTCTGGTTTGACAGCAAGGGCTGGGTGTTGTTGATGTAGGGGCTTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGTTTGACAGCAAGGGCTGGGTGTTGTTGATGTAGGGGCTTTCA  100

seq1  CGGAAGGCAAGCGAAGTGCTAAGATTTCCTTTATGTAAAAACATTAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGGCAAGCGAAGTGCTAAGATTTCCTTTATGTAAAAACATTAGAAT  150

seq1  TACATTATAAGAGGCAGATTTATAAGGCATCTTTGACTGCGTTAGTAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATAAGAGGCAGATTTATAAGGCATCTTTGACTGCGTTAGTAGAC  200

seq1  TTTATTAGACTTCAGGGGCCCACATATTCCCAGTGCAGTGCTGGGCATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGACTTCAGGGGCCCACATATTCCCAGTGCAGTGCTGGGCATGG  250

seq1  TACAGTAATAGATAGAACCTGGCTCCTATGCGCTGACTTGTGCTACATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTAATAGATAGAACCTGGCTCCTATGCGCTGACTTGTGCTACATGG  300

seq1  GAAGTAGGGGCAGAATGGTTTTTCTTTTTGGCTCATATCATACAAGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGGGCAGAATGGTTTTTCTTTTTGGCTCATATCATACAAGTGGG  350

seq1  GAGGTAACATCCGGTGTGCATATTGTTTAATCTACCCTTTATTGCTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAACATCCGGTGTGCATATTGTTTAATCTACCCTTTATTGCTTTTA  400

seq1  TCTACTATACTTATATGTCAGGTGCGTTTTCTCGAGAAGGCCATGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTATACTTATATGTCAGGTGCGTTTTCTCGAGAAGGCCATGTGTGA  450

seq1  CCATTTCAAGCAAATTGCATTGAGCCAATGCATATTGCTAGAACATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCAAGCAAATTGCATTGAGCCAATGCATATTGCTAGAACATGGAA  500

seq1  ATAGGAAGTTCTTTCCTGCGGTAACTTGCTGTGGCAACAAGAGATAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGTTCTTTCCTGCGGTAACTTGCTGTGGCAACAAGAGATAAGAA  550

seq1  ATTACTTCATGGCTATTGCTTGAGACTTTCCTTTTGACTTGTGTAGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTCATGGCTATTGCTTGAGACTTTCCTTTTGACTTGTGTAGCCTT  600

seq1  CTTGAGCAGATCACTTCTGCTTTCTGTCCGGCTTGGAGGCTGGGCAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCAGATCACTTCTGCTTTCTGTCCGGCTTGGAGGCTGGGCAGTGT  650

seq1  GAACTAGCAGCTGAAGCACAGGCTGACAAGTTGTTAGTGGGTATGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGCAGCTGAAGCACAGGCTGACAAGTTGTTAGTGGGTATGACATT  700

seq1  TAAATAATGGGCGTTTATGTGTGAAGACGATTCTGAAAAGTAAGGTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATGGGCGTTTATGTGTGAAGACGATTCTGAAAAGTAAGGTTTGC  750

seq1  AAACT-GGGGGATGGCTATACTTTTAGGGTTAAGAAGAGTGACTTCCACA  799
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGGGGATGGCTATACTTTTAGGGTTAAGAAGAGTGACTTCCACA  800

seq1  ACATATGCCCTTAGTGATATTTATTGGATGAATAAATGATTATTAAAGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCCCTTAGTGATATTTATTGGATGAATAAATGATTATTAAAGTT  850

seq1  GTTCATAAAGGTCATGCAAAGGTGTTGTACTACTTGGTTTTGTGTAAGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAAAGGTCATGCAAAGGTGTTGTACTACTTGGTTTTGTGTAAGCT  900

seq1  GAATAAACCATTTCCTCCCCAAATTGCTTCTTGGTCATGATGTGTTGTGC  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACCATTTCCTCCCC-AATTGCTTCTTGGTCATGATGTGTTGTGC  949

seq1  AGGAATACAAACCCTGACTAAGACAAGTATTCATTGTTTCTGTTACCCAG  999
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAC-AACCCTGACT-AGACAAGTATTCATTGTTTCTGTTACCCAG  997

seq1  GCAACTGAGAAAGCAACATTTAGAGAGGGTTAGGTTGAAGCAGTGG-AGG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  GCAACTGAGAAAGCAACATTTAGAGAGGGTTAGGGTGAAGCAGTGGAAGG  1047

seq1  A-TCTGAGAGT-GTGAGG-AGAAGAAAGAA-TGTATA-GAGAAAT-GAAT  1092
      | ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  ATTCTGAGAGTGGTGAGGAAGAAGAAAGAATTGTATATGAGAAATGGAAT  1097

seq1  --ATAAAAATGTCAGAAAA--GTGGGAGTG  1118
         |||||||||| |||||   ||||||||
seq2  CATTAAAAATGTCCGAAAAAGTTGGGAGTG  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |