BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237I20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,235,227 - 9,390,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE130306M17Rik
Upstream geneUst, Sash1, LOC100039173, EG666625, LOC666636
Downstream geneLOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238, LOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237I20.bB6Ng01-237I20.g
ACCGA048476GA048477
length9231,022
definitionB6Ng01-237I20.b B6Ng01-237I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,389,353 - 9,390,295)(9,235,227 - 9,236,205)
sequence
gaattccttctgcctgtgtgacattaccaggacagattggaagcaggcaa
actttagtttttccagttcaactaatatcctcagatatcctccatctaaa
tccgtctaggcttttgcttttgcttttagtccaattggaacactgtggaa
aggagagatgggaagaaaacaagagctgctgttttcttcatgctcttgac
agttctgtagagttctcgtgtaagtggaccctctgctgtctacccacctg
tgcatttgttatatccatccatccatccatcatccatccatccatccatc
catccatccatccatcatccatccatccatccatccatccatcatccatc
catccatccatccatcatccatccatccatcatccatccatccatccatc
catccatcatccatccatccatccatccatccatccatcatccatccatc
catccatccatccttgccttctttaatctacctgtttgtctgttcctcta
tccattgacccacgcgactaccatccttcttccatttaaccaataccgaa
tgtatgccatagattagggccctgggttaggatgacagtatactatacag
acattatgtttacttgcatttgcagtgctgagctcagtacctgatatgtg
gtagttgtaccatatcaaagatcagtgttatttttataaacattagacat
cagagaattttatgcctatgtttattttggtgaccaaaagaatcaattgt
gggaaaagagagaattctaatgatgatatttaaaaacaaagagttatctc
ttaagatactgaagaggacaagtattaaatgttggcctgtagaacatgca
gaagagagttatgcagtaggcgggactagaggagatatcgggtctcacag
tgtctgtttaggaggtgctcatt

gaattccagacctagccgggcgtggtggcgcacgcctttaatcccagcac
tcgggaggcagaggcaggcggatttctgagttcgaggcctacaaagtgag
ttccaggacagccagggctacacagataaaccctgtctcgaaaaaacaaa
acagcaacaacaacaaaaaaaaaaaaaatcccagacttaaaaaaaaaaaa
aggaaagaaagaaagaaaagaattcctgacttatttattccatatctcaa
gaatgcaattaagaagcatagccactagcgttcagttctttgaactggtg
aaaatattttaatataaagtaatgtttaaaacctgatggtttattagggt
ctgatggtctcaggatgtatttcagaacatattgctcaattaatgacatt
ggcattttataaaccaaataaaatgctgtgatctgattcagatttttaaa
tacacacatatccattaactattccagtactgaattaccatacttgtcta
ttaacagataaataaatttaaaaggtggtctttatatgcaatggaatttt
actctgtcataaaaatacaattatacatttcttggaaaatggattaaaaa
ataaaattactgccctcagccatcacagaaagataaaacaacatttgaca
atctatcttaccccactcaaatggctaagagctaaaacaaaatgacaata
tgacagggatgtggagagagtggaacacttattcactcttgatgggaata
taagccgctacaaccactatagaaatcagagtagaagttcctccaaaagc
tataaatagatctaccacatgctccaacaatgggaccatgcactcctggt
acattaccaaaaaattccctaacccactaatagatacttgctcattcatg
ttcatctctgtgctaattcacaatagccaggaaatggaaacagattgatg
tccatcaaccgaggggtgaataatgaaatgagatatgcatacaacagtag
atattattcaccaataaataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9389353_9390295
seq2: B6Ng01-237I20.b_47_969 (reverse)

seq1  AATGAGCACCTCCTTAAACCAGACACTGTGAGGACCCCGATTATCTCCTC  50
      ||||||||||||||  || |||||||||||||   ||||| |||||||||
seq2  AATGAGCACCTCCT--AAACAGACACTGTGAG--ACCCGA-TATCTCCTC  45

seq1  TAGTCCCCGCCCTACTGCATAACTCTCTTTCTGCATGTTCTACAGGGCCA  100
      |||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TAGTCCC--GCCTACTGCATAACTCTC-TTCTGCATGTTCTACA-GGCCA  91

seq1  ACATTTTAATACCTGGTCCTTCTTCAGTATCCTTAAGAGATAAACTCTTT  150
      ||| ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ACA-TTTAATA-CTTGTCC-TCTTCAGTAT-CTTAAGAGAT-AACTCTTT  136

seq1  TGTTTTTTAAATATCATCATTAGAATTTCTCTCTTTTTCCCCACAATTGA  200
         |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||
seq2  --GTTTTTAAATATCATCATTAGAA-TTCTCTCTTTT--CCCACAATTGA  181

seq1  TTCTTTTGGTCACCAAAATAAACATAGGCATAAAATTCTCTGATGTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGTCACCAAAATAAACATAGGCATAAAATTCTCTGATGTCTAA  231

seq1  TGTTTATAAAAATAACACTGATCTTTGATATGGTACAACTACCACATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATAAAAATAACACTGATCTTTGATATGGTACAACTACCACATATC  281

seq1  AGGTACTGAGCTCAGCACTGCAAATGCAAGTAAACATAATGTCTGTATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTGAGCTCAGCACTGCAAATGCAAGTAAACATAATGTCTGTATAG  331

seq1  TATACTGTCATCCTAACCCAGGGCCCTAATCTATGGCATACATTCGGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGTCATCCTAACCCAGGGCCCTAATCTATGGCATACATTCGGTAT  381

seq1  TGGTTAAATGGAAGAAGGATGGGTAGTCGCGTGGGTCAATGGATAGAGGA  450
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAAATGGAAGAAGGAT-GGTAGTCGCGTGGGTCAATGGATAGAGGA  430

seq1  ACAGACAAACAGGTAGATTAAAGAAGGCAAGGATGGATGGATGGATGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAAACAGGTAGATTAAAGAAGGCAAGGATGGATGGATGGATGGAT  480

seq1  GGATGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGAT  530

seq1  GGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATGGAT  580

seq1  GATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATGGAT  630

seq1  GGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATATAACAAATGCACAGGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGGATGATGGATGGATGGATGGATATAACAAATGCACAGGTGG  680

seq1  GTAGACAGCAGAGGGTCCACTTACACGAGAACTCTACAGAACTGTCAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAGCAGAGGGTCCACTTACACGAGAACTCTACAGAACTGTCAAGA  730

seq1  GCATGAAGAAAACAGCAGCTCTTGTTTTCTTCCCATCTCTCCTTTCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGAAAACAGCAGCTCTTGTTTTCTTCCCATCTCTCCTTTCCACA  780

seq1  GTGTTCCAATTGGACTAAAAGCAAAAGCAAAAGCCTAGACGGATTTAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCAATTGGACTAAAAGCAAAAGCAAAAGCCTAGACGGATTTAGAT  830

seq1  GGAGGATATCTGAGGATATTAGTTGAACTGGAAAAACTAAAGTTTGCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATATCTGAGGATATTAGTTGAACTGGAAAAACTAAAGTTTGCCTG  880

seq1  CTTCCAATCTGTCCTGGTAATGTCACACAGGCAGAAGGAATTC  943
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAATCTGTCCTGGTAATGTCACACAGGCAGAAGGAATTC  923


seq1: chr10_9235227_9236205
seq2: B6Ng01-237I20.g_69_1046

seq1  GAATTCCAGACCTAGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCTAGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCAC  50

seq1  TCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCTACAAAGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCTACAAAGTGAG  100

seq1  TTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAA  150

seq1  ACAGCAACAACAACAAAAAAAAAAAAAATCCCAGACTTAAAAAAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAACAACAACAAAAAAAAAAAAAATCCCAGACTTAAAAAAAAAAAA  200

seq1  AGGAAAGAAAGAAAGAAAAGAATTCCTGACTTATTTATTCCATATCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAAGAAAGAAAAGAATTCCTGACTTATTTATTCCATATCTCAA  250

seq1  GAATGCAATTAAGAAGCATAGCCACTAGCGTTCAGTTCTTTGAACTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAATTAAGAAGCATAGCCACTAGCGTTCAGTTCTTTGAACTGGTG  300

seq1  AAAATATTTTAATATAAAGTAATGTTTAAAACCTGATGGTTTATTAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTTTAATATAAAGTAATGTTTAAAACCTGATGGTTTATTAGGGT  350

seq1  CTGATGGTCTCAGGATGTATTTCAGAACATATTGCTCAATTAATGACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTCTCAGGATGTATTTCAGAACATATTGCTCAATTAATGACATT  400

seq1  GGCATTTTATAAACCAAATAAAATGCTGTGATCTGATTCAGATTTTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTTATAAACCAAATAAAATGCTGTGATCTGATTCAGATTTTTAAA  450

seq1  TACACACATATCCATTAACTATTCCAGTACTGAATTACCATACTTGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACATATCCATTAACTATTCCAGTACTGAATTACCATACTTGTCTA  500

seq1  TTAACAGATAAATAAATTTAAAAGGTGGTCTTTATATGCAATGGAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATAAATAAATTTAAAAGGTGGTCTTTATATGCAATGGAATTTT  550

seq1  ACTCTGTCATAAAAATACAATTATACATTTCTTGGAAAATGGATTAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCATAAAAATACAATTATACATTTCTTGGAAAATGGATTAAAAA  600

seq1  ATAAAATTACTGCCCTCAGCCATCACAGAAAGATAAAACAACATTTGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTACTGCCCTCAGCCATCACAGAAAGATAAAACAACATTTGACA  650

seq1  ATCTATCTTACCCCACTCAAATGGCTAAGAGCTAAAACAAAATGACAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTTACCCCACTCAAATGGCTAAGAGCTAAAACAAAATGACAATA  700

seq1  TGACAGGGATGTGGAGAGAGTGGAACACTTATTCACTCTTGATGGGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGGATGTGGAGAGAGTGGAACACTTATTCACTCTTGATGGGAATA  750

seq1  TAAGCCGCTACAACCACTATAGAAATCAGAGTAGAAGTTCCTCCAAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCGCTACAACCACTATAGAAATCAGAGTAGAAGTTCCTCCAAAAGC  800

seq1  TATAAATAGATCTACCACATGCTCCAACAATGGGACCATGCACTCCTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAGATCTACCACATGCTCCAACAATGGGACCATGCACTCCTGGT  850

seq1  ACATTACCAAAAAATTCCCTAACCCACTAATAGATACTTGCTCATTCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACCAAAAAATTCCCTAACCCACTAATAGATACTTGCTCATTCATG  900

seq1  TTCATCTCTGTGCTAATTCACAATAGCCAGGAAATGGAAACAGATTGGAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCATCTCTGTGCTAATTCACAATAGCCAGGAAATGGAAACAGATT-GAT  949

seq1  GTCCATCAACCGAGGGGTGAATAATGAAA  979
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCAACCGAGGGGTGAATAATGAAA  978


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |