BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238C16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 55,645,888 - 55,709,608
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382460, LOC100041927
Downstream geneD630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238C16.bB6Ng01-238C16.g
ACCGA048932GA048933
length1,2101,079
definitionB6Ng01-238C16.b B6Ng01-238C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,645,888 - 55,647,078)(55,708,533 - 55,709,608)
sequence
gaattccattaatcccctaagcacatggaattatcggtagcagtttttaa
ctttttattatgtctgtaggaccacatataagggttgtgcataggagtgt
ttgggagcccagaagaggacatcaaataccctggacttggagttaaaggt
agttctgagctgctcaacctgagtgctaggaactgaactctcgttctttg
gaaattcatgtgtgttcttcactgtcaagctatctctttagccccatggt
tgacattctgttttattttgctttgtttttccttttattggatattttct
ttattcacatttcaaatgttataccctttccaggtatcctctgcagaaat
ctcctatcccattcacagtcccccctgcctctatgagggtgctgccccat
ccacccacccattccagcctttctgccctggcattcccctacactagggt
atcaagccccctcatatccaaaagctactcttcccactgatgtccaataa
ggccatcttctgccacatatgcagctggagccatgggtacttccatgtgt
actctttggttggtgatccagtccccaggagggccgggggtctggctagt
tgacactgttgctcccccatggggctgcaaaccccctcagctcgttgagt
cccttctccaactcctctatcgaggaccctgcactcatggttgacactct
tataacactgctcaaaatgaattctgtttctagtactagctgtttcatta
cagttaaaattaaagactaaagaagtgtattcaggggctggagagatgac
tcagcagttaagaccactggctactcttctagaggtccagagttcaattc
ccagcaaccacatggtagctcacaagcatctgtaatgaggtctgatacac
tcttctggcatacaggtacacatgcagatagagcactcatatacataaaa
ataaacatattttagaagaagaatgcttttttttaaaaaaggttattcaa
agttagccaatgttgatttttgtaccagctaatttgtcactgcaaacaga
tgaccaaagtgcagcagttacttcatcacgttgacttcacaggtaggcag
ccctgtttttgggtcctcacaccaattaaaagggcatggagagaacatgt
taggattcttggctcccctgcacatgtgttagataccttttcacatatat
ttaaaagaga

gaattcatgtaacagagagtcactgaacagtcctgatcctcctacctctc
cctcccaagtggtagaattttatattgctcaccacaccgggctctaaatt
atttttacatgtgccattttctttgttagttttcacaaatatttcttatt
ttctgtttgtttgagatgcatctctatgtaacccagacaaacttcaacac
ggaatcccagacagaagctacaaaattctggagctgcagacctgtgtcac
cacgtgggacttataatttctctttacaatgcaaatttaatgcaaaaatt
ttccttgaaggtctgtttctctgcatctttcaagatttgatgtgttgttg
gcatccattaatatataattctatgcattttaatcttgggatcacagtgg
tttgattacagagtaccttgagttttttcaatctcttatatgcatggggg
aaaaacctgttttctatgaacttccaggtctgctgttgccattagaatgt
ataatcagcacagcagacagttctctctgtgtgtacgtacgtgcacacac
acttatgtagatgtaagactaaagtcagaggatgcagcatcaggatgcgc
ctgtttagtaaacaatgattctgtgctgattcatttgagaaatagcagct
acaagaatagctctgaaaacagaagcctgcctgcacccatggtcttttct
acctgcaccccatttccagaataatgactctgagacttaattatttatga
gtgaatgcctaggccattagcttggcttgttccccaactagcgcataact
tatataatgcattaattgtattctatgcgtgccatatgggctggttacct
ctccacagtttcataagcccacctttctcagagtccgagtggcaagattc
ttgtgtctgactcttccccataattcctatctctttctgccagatatccc
accttatattctcattgggctatcagactttttcttgataggtgatgctt
ttatgcagtacacaagggattcttgttctaaacctgcccccttccccatt
tttgaaattacaagcatggagggacatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_55645888_55647078
seq2: B6Ng01-238C16.b_44_1253

seq1  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50

seq1  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100

seq1  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150

seq1  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200

seq1  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250

seq1  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300

seq1  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350

seq1  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400

seq1  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450

seq1  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500

seq1  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550

seq1  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600

seq1  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650

seq1  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700

seq1  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750

seq1  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800

seq1  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850

seq1  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900

seq1  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950

seq1  ATAAAACATAATTTTAGAAGAAGAATGCTTTTTTTTAAAAAAGGTTATTC  1000
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-AAACAT-ATTTTAGAAGAAGAATGCTTTTTTTTAAAAAAGGTTATTC  998

seq1  AAAGTTAGCCAAATGTTGATTTTTGTACCAGCTAATTTGTCACTGCAAAC  1050
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAGCC-AATGTTGATTTTTGTACCAGCTAATTTGTCACTGCAAAC  1047

seq1  AGATGA-CAAAGTGCAGCAGTTAC-TCATCACGTTGAC-TCACAGGGAAG  1097
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||
seq2  AGATGACCAAAGTGCAGCAGTTACTTCATCACGTTGACTTCACA-GGTAG  1096

seq1  GCAG-CCTGTTTTGG-----TCTCACC-ATTAAAA-GGCAT-GAGAG-AC  1137
      |||| |||||||| |     || |||| ||||||| ||||| ||||| ||
seq2  GCAGCCCTGTTTTTGGGTCCTCACACCAATTAAAAGGGCATGGAGAGAAC  1146

seq1  ATG-TAGTA-TCTTTGCT-CCCTGCACATGTG-TAGATAC---TTTACA-  1179
      ||| ||| | |||| ||| ||||||||||||| |||||||   || ||| 
seq2  ATGTTAGGATTCTTGGCTCCCCTGCACATGTGTTAGATACCTTTTCACAT  1196

seq1  --ATATAAAAGAGA  1191
        || |||||||||
seq2  ATATTTAAAAGAGA  1210


seq1: chr10_55708533_55709608
seq2: B6Ng01-238C16.g_65_1143 (reverse)

seq1  AGATGT-CCTCCATTGCTGTAATTTCCAAAAATGGGGAAAGGGGGCAGGT  49
      |||||| |||||||   |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATGTCCCTCCATGCTTGTAATTT-CAAAAATGGGG-AAGGGGGCAGGT  48

seq1  GTAGA--CAGAATCCCTTGTGTACTGCATAAAAGCATCACCTATCAAG-A  96
       ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAGAACAAGAATCCCTTGTGTACTGCATAAAAGCATCACCTATCAAGAA  98

seq1  AAAGTCTGATAG-CCAATGAGAATTATAAGGTGGGATATCTGGCAGAAAG  145
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTGATAGCCCAATGAGAA-TATAAGGTGGGATATCTGGCAGAAAG  147

seq1  AGATAGGAATTATGGGGAAGAGTCAGACACAAGAATCTTTGCCACTCGGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGATAGGAATTATGGGGAAGAGTCAGACACAAGAATC-TTGCCACTCGGA  196

seq1  CTCTGAG-AAGGTGGGCTTATGAAACTGTGGAGAGGTAACCAG-CCATAT  243
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTGAGAAAGGTGGGCTTATGAAACTGTGGAGAGGTAACCAGCCCATAT  246

seq1  GGCACGCATAGAATACAATTAATGCATTATATAAGTTATGCGCTAGTTGG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGCATAGAATACAATTAATGCATTATATAAGTTATGCGCTAGTTGG  296

seq1  GGAACAAGCCAAGCTAATGGCCTAGGCATTCACTCATAAATAATTAAGTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAGCCAAGCTAATGGCCTAGGCATTCACTCATAAATAATTAAGTC  346

seq1  TCAGAGTCATTATTCTGGAAATGGGGTGCAGGTAGAAAAGACCATGGGTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCATTATTCTGGAAATGGGGTGCAGGTAGAAAAGACCATGGGTG  396

seq1  CAGGCAGGCTTCTGTTTTCAGAGCTATTCTTGTAGCTGCTATTTCTCAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGCTTCTGTTTTCAGAGCTATTCTTGTAGCTGCTATTTCTCAAA  446

seq1  TGAATCAGCACAGAATCATTGTTTACTAAACAGGCGCATCCTGATGCTGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAGCACAGAATCATTGTTTACTAAACAGGCGCATCCTGATGCTGC  496

seq1  ATCCTCTGACTTTAGTCTTACATCTACATAAGTGTGTGTGCACGTACGTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTGACTTTAGTCTTACATCTACATAAGTGTGTGTGCACGTACGTA  546

seq1  CACACAGAGAGAACTGTCTGCTGTGCTGATTATACATTCTAATGGCAACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAGAGAACTGTCTGCTGTGCTGATTATACATTCTAATGGCAACA  596

seq1  GCAGACCTGGAAGTTCATAGAAAACAGGTTTTTCCCCCATGCATATAAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACCTGGAAGTTCATAGAAAACAGGTTTTTCCCCCATGCATATAAGA  646

seq1  GATTGAAAAAACTCAAGGTACTCTGTAATCAAACCACTGTGATCCCAAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAAAAACTCAAGGTACTCTGTAATCAAACCACTGTGATCCCAAGA  696

seq1  TTAAAATGCATAGAATTATATATTAATGGATGCCAACAACACATCAAATC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCATAGAATTATATATTAATGGATGCCAACAACACATCAAATC  746

seq1  TTGAAAGATGCAGAGAAACAGACCTTCAAGGAAAATTTTTGCATTAAATT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGATGCAGAGAAACAGACCTTCAAGGAAAATTTTTGCATTAAATT  796

seq1  TGCATTGTAAAGAGAAATTATAAGTCCCACGTGGTGACACAGGTCTGCAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGTAAAGAGAAATTATAAGTCCCACGTGGTGACACAGGTCTGCAG  846

seq1  CTCCAGAATTTTGTAGCTTCTGTCTGGGATTCCGTGTTGAAGTTTGTCTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAATTTTGTAGCTTCTGTCTGGGATTCCGTGTTGAAGTTTGTCTG  896

seq1  GGTTACATAGAGATGCATCTCAAACAAACAGAAAATAAGAAATATTTGTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACATAGAGATGCATCTCAAACAAACAGAAAATAAGAAATATTTGTG  946

seq1  AAAACTAACAAAGAAAATGGCACATGTAAAAATAATTTAGAGCCCGGTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAACAAAGAAAATGGCACATGTAAAAATAATTTAGAGCCCGGTGT  996

seq1  GGTGAGCAATATAAAATTCTACCACTTGGGAGGGAGAGGTAGGAGGATCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCAATATAAAATTCTACCACTTGGGAGGGAGAGGTAGGAGGATCA  1046

seq1  GGACTGTTCAGTGACTCTCTGTTACATGAATTC  1076
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTTCAGTGACTCTCTGTTACATGAATTC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |