BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238E21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,527,650 - 9,630,340
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStxbp5, LOC100039238
Upstream geneSash1, EG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417
Downstream geneLOC665110, 9130014G24Rik, Rab32, EG382450, Grm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238E21.bB6Ng01-238E21.g
ACCGA049036GA049037
length1,0871,053
definitionB6Ng01-238E21.b B6Ng01-238E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,527,650 - 9,528,740)(9,629,275 - 9,630,340)
sequence
gaattcagtgattttaattatttactcaaagctttattcctctatgtcct
aagaatttaaccattcaaaaatagaaactgagcagaaaattgaaaacaaa
aaatttatctaatttatccctgcattcaactagtatggtcttaaaatgat
gcaaaaataaagtcttttaagtaacagtaaagtgatgctatgatttgaaa
aaaataacatggtgaaaatatgagaacgtcaaatccaaggtgagggtgga
aggaagcagaaccctcggaggtgagagaagaaaatggacctaagccacac
ccagatccagactgagaccatgggaaggcctagtgaacacatgggtgaca
tgcagtcatcataccttgtgattttcaaccttagtcatcgtaggtatgtg
acactacagagtcagcatccttaaaccataaaaatacagactcagttaac
cacaggcaaacaggagcacccattcttataggaaactgctattgtaactt
actaatgattgttatttatctaaattaagaggtgccagataaagctgacc
caagctttggcgacttactttaagcaaggaacgttatcacgaagcccgtc
agatgagctgctgctggtagacggatgagactgaggaggaatgggctgag
ggttggagctgcccacgggggtggacagaggcgggggctgctcaccctct
ggagtatccacatcatttatttcatataacagtcgaacttcaagcatctg
tcataaaagaatggttgcttacctatttctaatagttaatacacattgtg
ttataatgtaccagaaagaatatttttaaaagttaaaaacaagaaaaaat
gctatatttaaatgtaaaaaaatgtttcaactgaacttgtaaagacttgt
gtacacaggtgtgacctcatacaagtgcacaatacacatcctgcctttcg
atagattgaatactaataagttgatattcccttgatgaagatatatatat
taaggattccacatagtccattaaaaatatatataaagtgctatttttgc
acaaaacaggtggtggattaaatactatgtttataca

gaattctggattaatatttttcaggtaggtgggtgggtggccccatccct
caactgggggctgtgcctatccactggatatggtcaaccaagtagaaaca
aagagaactatacaaagaatcaacaaaaccaggagctggttctttgagaa
aatcaacaagatagataaacccttagccagattaaccagagggcacagag
acagtatccaagttaacaaaatcagaaatgaaaatggagacttactttga
ttctttagacactggtattaagtgttttgatgtgaattgtgcaatggggg
taatagcaatcaggagtgagcttctgtaacctgcaatagtcatttattcc
tttgcacttactacgtgacttgctctccacagcagaccttattttcttgc
catttcagagaaatgtttgtcaaccgagtagtgggttagattggcttaga
ttgaaaggtgtaggatgttgtgtcttttagtccaaagtctactaattcat
tctgtcctaataattgtcccagggatgcaataaaaaaagaaaccaaatcc
cttacacataaatgcatagtgcttcagatagcagtgctaaggagaaaaat
gcaatggggtaaaagtactgtgtggagctgggaaagagctgggcttggtg
tctctctgtgtgtgcacaaacagattattcctattttaaaaggaaaaggt
caaagaaagctaattaataagatgaatctacttatctttgtaatattatc
agcctgtgataatccgtaagcacaggacggacttgtaggatacatcatga
aagtatctgctgtagcgtcgggtgggtcaagtccgtccagccacccctcc
tcatcaagtgtcaccggaggtcccccattctcagtcctttacacattgcc
tatggtcagcgttgacatgttgactcgtgccattcagaaatataggctcc
aacatgaaaattttatatccgcctaaccgatagacaatgctgacctctgg
ttactcggagggagcatccttcagatgcaaggacccttgacttccaagag
agc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9527650_9528740
seq2: B6Ng01-238E21.b_41_1127

seq1  GAATTCAGTGATTTTAATTATTTACTCAAAGCTTTATTCCTCTATGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGATTTTAATTATTTACTCAAAGCTTTATTCCTCTATGTCCT  50

seq1  AAGAATTTAACCATTCAAAAATAGAAACTGAGCAGAAAATTGAAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTAACCATTCAAAAATAGAAACTGAGCAGAAAATTGAAAACAAA  100

seq1  AAATTTATCTAATTTATCCCTGCATTCAACTAGTATGGTCTTAAAATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATCTAATTTATCCCTGCATTCAACTAGTATGGTCTTAAAATGAT  150

seq1  GCAAAAATAAAGTCTTTTAAGTAACAGTAAAGTGATGCTATGATTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATAAAGTCTTTTAAGTAACAGTAAAGTGATGCTATGATTTGAAA  200

seq1  AAAATAACATGGTGAAAATATGAGAACGTCAAATCCAAGGTGAGGGTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACATGGTGAAAATATGAGAACGTCAAATCCAAGGTGAGGGTGGA  250

seq1  AGGAAGCAGAACCCTCGGAGGTGAGAGAAGAAAATGGACCTAAGCCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGAACCCTCGGAGGTGAGAGAAGAAAATGGACCTAAGCCACAC  300

seq1  CCAGATCCAGACTGAGACCATGGGAAGGCCTAGTGAACACATGGGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCCAGACTGAGACCATGGGAAGGCCTAGTGAACACATGGGTGACA  350

seq1  TGCAGTCATCATACCTTGTGATTTTCAACCTTAGTCATCGTAGGTATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCATCATACCTTGTGATTTTCAACCTTAGTCATCGTAGGTATGTG  400

seq1  ACACTACAGAGTCAGCATCCTTAAACCATAAAAATACAGACTCAGTTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACAGAGTCAGCATCCTTAAACCATAAAAATACAGACTCAGTTAAC  450

seq1  CACAGGCAAACAGGAGCACCCATTCTTATAGGAAACTGCTATTGTAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAAACAGGAGCACCCATTCTTATAGGAAACTGCTATTGTAACTT  500

seq1  ACTAATGATTGTTATTTATCTAAATTAAGAGGTGCCAGATAAAGCTGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGATTGTTATTTATCTAAATTAAGAGGTGCCAGATAAAGCTGACC  550

seq1  CAAGCTTTGGCGACTTACTTTAAGCAAGGAACGTTATCACGAAGCCCGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTGGCGACTTACTTTAAGCAAGGAACGTTATCACGAAGCCCGTC  600

seq1  AGATGAGCTGCTGCTGGTAGACGGATGAGACTGAGGAGGAATGGGCTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCTGCTGCTGGTAGACGGATGAGACTGAGGAGGAATGGGCTGAG  650

seq1  GGTTGGAGCTGCCCACGGGGGTGGACAGAGGCGGGGGCTGCTCACCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAGCTGCCCACGGGGGTGGACAGAGGCGGGGGCTGCTCACCCTCT  700

seq1  GGAGTATCCACATCATTTATTTCATATAACAGTCGAACTTCAAGCATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATCCACATCATTTATTTCATATAACAGTCGAACTTCAAGCATCTG  750

seq1  TCATAAAAGAATGGTTGCTTACCTATTTCTAATAGTTAATACACATTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAAGAATGGTTGCTTACCTATTTCTAATAGTTAATACACATTGTG  800

seq1  TTATAATGTACCAGAAAGAATATTTTTAAAAGTTAAAAACAAGAAAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATGTACCAGAAAGAATATTTTTAAAAGTTAAAAACAAGAAAAAAT  850

seq1  GCTATATTTAAATGTAAAAAAATGTTTCAACTGAACTTGTAAAGACTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATTTAAATGTAAAAAAATGTTTCAACTGAACTTGTAAAGACTTGT  900

seq1  GTACACAGGTGTGACCTCATACAAGTGCACAATACACATCCTGCCTTTCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAGGTGTGACCTCATACAAGTGCACAATACACATCCTGCCTTTCG  950

seq1  AATAGATTGAATACTAATAAGTTGATATTCCTTAAATAAAAGATATAATA  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||  ||||||| |||
seq2  -ATAGATTGAATACTAATAAGTTGATATTCCCTTGAT-GAAGATAT-ATA  997

seq1  TAATTAAGGATT-CACATAGTCCATTAAAAATATATATAAAGTGCTATTT  1049
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATTAAGGATTCCACATAGTCCATTAAAAATATATATAAAGTGCTATTT  1046

seq1  TTGCACAAAACAGGTGGTGATATAAATACTAATGTTTATACA  1091
      |||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||
seq2  TTGCACAAAACAGGTGGTGGATTAAATACT-ATGTTTATACA  1087


seq1: chr10_9629275_9630340
seq2: B6Ng01-238E21.g_65_1117 (reverse)

seq1  GCTCTCTT-GAAGACAAGTGTACTTGCATCTTAAGGGTTGCTCCCTCTGA  49
      |||||||| |||| |||| || ||||||||| || || ||||||||| ||
seq2  GCTCTCTTGGAAGTCAAGGGTCCTTGCATCTGAA-GGATGCTCCCTCCGA  49

seq1  GTAAACCAGAGGTCAGCAATTGTCTTATCGGTTAGGCGGATATTAAATAT  99
      || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  || ||
seq2  GT-AACCAGAGGTCAGC-ATTGTC-TATCGGTTAGGCGGATAT--AAAAT  94

seq1  TTTCATTGTTTTGGAGCCTGTATTTCCTGAATGGCAACGAATCAACATTG  149
      |||||   | ||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||| ||
seq2  TTTCA---TGTTGGAGCCTATATTT-CTGAATGGC-ACGAGTCAACA-TG  138

seq1  TCAAAGCTG-CCATAGGCAATGTGTAAATGACTGAGAATGGGGGACCTCC  198
      |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCAACGCTGACCATAGGCAATGTGTAAAGGACTGAGAATGGGGGACCTCC  188

seq1  GGTGACACTTGATGAGGAGGGGTGGCTGGACTGAACTTGGCCCACCCGAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||
seq2  GGTGACACTTGATGAGGAGGGGTGGCTGGAC-GGACTTGACCCACCCGAC  237

seq1  GCTTACAGCAGATACTTTCATGATGTATCCCTACAAGTCCGTCCTGTGCT  298
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GC-TACAGCAGATACTTTCATGATGTAT-CCTACAAGTCCGTCCTGTGC-  284

seq1  TTACGGATTATCACAGGCTGATAATATTACAAAGATAAGTAGATTCATCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGATTATCACAGGCTGATAATATTACAAAGATAAGTAGATTCATCT  334

seq1  TATTAATTAGCTTTCTTTGACCTTTTCCTTTTAAAATAGGAATAATCTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATTAATTAGCTTTCTTTGACCTTTTCCTTTTAAAATAGGAATAATCTGT  384

seq1  TTGTGCACACACAGAGAGACACCAAGCCCAGCTC-TTCCCAGCTCCACAC  447
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGTGCACACACAGAGAGACACCAAGCCCAGCTCTTTCCCAGCTCCACAC  434

seq1  AGTACTTTTACCCCATTGCATTTTTCTCCTTAGCACTGCTATCTGAAGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTTACCCCATTGCATTTTTCTCCTTAGCACTGCTATCTGAAGCA  484

seq1  CTATGCATTTATGTGTAAGGGATTTGGTTTCTTTTTTTATTGCATCCCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCATTTATGTGTAAGGGATTTGGTTTCTTTTTTTATTGCATCCCTG  534

seq1  GGACAATTATTAGGACAGAATGAATTAGTAGACTTTGGACTAAAAGACAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATTATTAGGACAGAATGAATTAGTAGACTTTGGACTAAAAGACAC  584

seq1  AACATCCTACACCTTTCAATCTAAGCCAATCTAACCCACTACTCGGTTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCTACACCTTTCAATCTAAGCCAATCTAACCCACTACTCGGTTGA  634

seq1  CAAACATTTCTCTGAAATGGCAAGAAAATAAGGTCTGCTGTGGAGAGCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTTCTCTGAAATGGCAAGAAAATAAGGTCTGCTGTGGAGAGCAA  684

seq1  GTCACGTAGTAAGTGCAAAGGAATAAATGACTATTGCAGGTTACAGAAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGTAGTAAGTGCAAAGGAATAAATGACTATTGCAGGTTACAGAAGC  734

seq1  TCACTCCTGATTGCTATTACCCCCATTGCACAATTCACATCAAAACACTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCTGATTGCTATTACCCCCATTGCACAATTCACATCAAAACACTT  784

seq1  AATACCAGTGTCTAAAGAATCAAAGTAAGTCTCCATTTTCATTTCTGATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAGTGTCTAAAGAATCAAAGTAAGTCTCCATTTTCATTTCTGATT  834

seq1  TTGTTAACTTGGATACTGTCTCTGTGCCCTCTGGTTAATCTGGCTAAGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAACTTGGATACTGTCTCTGTGCCCTCTGGTTAATCTGGCTAAGGG  884

seq1  TTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTCCTGGTTTTGTTGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTCCTGGTTTTGTTGA  934

seq1  TTCTTTGTATAGTTCTCTTTGTTTCTACTTGGTTGACCATATCCAGTGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTATAGTTCTCTTTGTTTCTACTTGGTTGACCATATCCAGTGGA  984

seq1  TAGGCACAGCCCCCAGTTGAGGGATGGGGCCACCCACCCACCTACCTGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACAGCCCCCAGTTGAGGGATGGGGCCACCCACCCACCTACCTGAA  1034

seq1  AAATATTAATCCAGAATTC  1066
      |||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAATCCAGAATTC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |