BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-238H07
Chromosome10 (Build37)
Map Location 102,012,910 - 102,167,107
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMgat4c, LOC667652, Nts, Pamci
Downstream geneLOC382413, Cart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238H07.bB6Ng01-238H07.g
ACCGA049145GA049146
length1,148999
definitionB6Ng01-238H07.b B6Ng01-238H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,012,910 - 102,014,063)(102,166,077 - 102,167,107)
sequence
gaattcatggttttagtaactgttggaattgagaaatgaaaaatttaatg
ctattattgattgactgatatctgaaaatcccggtgtttatctccataat
tcaaacaagcatttcacagagtgtttttctaaattagatatagaagatgc
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taatgaatagtttcatctcacagaccttatgtatatgcacttctactgtc
gttgatagcacctccttgcctctcttagctaacaactgttaactagactc
tgcggaatcttcctcatatgtatgactgatgatcatgtctcagcataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_102012910_102014063
seq2: B6Ng01-238H07.b_47_1194

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGCAAGAGATAGAAATATTTGCTCAAATGGTGTCTAATGTATTTT  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
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      || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
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         ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||
seq2  --GATCAGAAAATAGAATACTAGAGCTGCAATGGTGCTGGGATGT--CAT  1092

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      ||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||  |||||| |||| |
seq2  CTCAAAG-CTACCACTAGTTGCTGCACTTCCT-TAAGCATAGATTCCTAA  1140

seq1  ATCCTGCT  1154
      ||||||||
seq2  ATCCTGCT  1148


seq1: chr10_102166077_102167107
seq2: B6Ng01-238H07.g_66_1064 (reverse)

seq1  TTTATTCCTGAGACATGAATCCATCCCTGTTATTACCATATTGAAGGAAA  50
      |||| | |||||||||||   ||||  |  ||    |||||   ||||| 
seq2  TTTA-TGCTGAGACATGA--TCATCAGTCATA----CATAT--GAGGAA-  40

seq1  GAATTCAGCAGAGTCATAGTTTAAACAGTTTAGTTTAGCTAAGAGGAGGC  100
        |||| |||||||| |||||  |||||||    |||||||||| |||||
seq2  -GATTCCGCAGAGTC-TAGTT--AACAGTT---GTTAGCTAAGA-GAGGC  82

seq1  AAAGGGAGGTGCTATCAAAACCACAGTAGAAGTGACATTATGCCATTAGG  150
      ||  ||||||||||||  ||| |||||||||||| || |||  ||| |||
seq2  AA--GGAGGTGCTATC--AACGACAGTAGAAGTG-CA-TAT-ACATAAGG  125

seq1  TCTTGTGAGAATGAAACTATTCATTAGCATACATGTAGTGCCCAGGTTTC  200
      || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  
seq2  TC-TGTGAG-ATGAAACTATTCATTAGCATACATGTAGTG-CCAGGTT--  170

seq1  CAATAGGGAGATCAGATCGTTGAATCTATTAGCATTTTCAAAGCTGCTTA  250
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAATA-GGAGATCAGATCGTTGAATCTATTAGCA-TTTCAAAGCTGCTTA  218

seq1  ACCACTAAGTAAACCGGGACCATCAGAAGATGCAGCTAGCTTTCCTGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAGTAAACCGGGACCATCAGAAGATGCAGCTAGCTTTCCTGATA  268

seq1  CTTCATGTCTACCTTGCCTACCTGGTATTATTTAGTTCAAAATTTAGCCA  350
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGTCTACCTTGCCTACCTGGTATTA-TTAGTTCAAAATTTAGCCA  317

seq1  CCTTCCTTAAATGGAAGACACATCAATATAGTTTTCTGCTTTAATGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTAAATGGAAGACACATCAATATAGTTTTCTGCTTTAATGTCAT  367

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GAACTTAATTCATTTTTTCTCATATGTCTTACCTACCAGGGAATATTTTA  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCAATCTCACAAAATTACCTCTTAAAGAATTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTCACAAAATTACCTCTTAAAGAATTC  999


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