BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240D18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 8,949,918 - 9,050,751
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUst, Sash1, LOC100039173, EG666625
Downstream geneLOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240D18.bB6Ng01-240D18.g
ACCGA050456GA050457
length1,1741,109
definitionB6Ng01-240D18.b B6Ng01-240D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,949,918 - 8,951,094)(9,049,629 - 9,050,751)
sequence
gaattcagcttccatgactctcctcacatcctccagagacaacagatgct
ggagggggctgcacagtctactcttggtttgggaacactggggatgaaat
actgatttggaccaagtagaattaagaattgaactgaaagacagattcaa
acatttagaatgaaatagatgatttctggccaacacctgtaccctttttt
gcttataggaatgttttaaataacttaataaaaggttaaaaaataatggc
atcctggaagccaggaaataagacatatgaaaagaacatgccaggaaata
gaattctgttctccctgctctctggacattgtgacttcatcttgtccttt
ggtcttatggaagaggaccctctggcccttgaacattaggactaagcaca
aagatattgtcaaggcaaatccacttgagatgccaaggccatgtgggtat
ctctgagctgcatgatgtcagctgtcacctaagagactgatcctttcccc
acctgcatcattccatggatcctatacatgagcatagtgggaaactctgt
ggcaagagaataaaagaaacacctgttgctgatggcaatgtgatggtaat
acgtcctatttgggagcataacatagaatgaactgtaaataaaaaacact
cattttcccttctgcgagagccactggaaagaagttgaaacttgagccaa
gagccaggtggtgcacttgactatctctctgtacgtctatagactgaatt
ctgcctatcaatggagagaaaaagattgagatgcaatctaagaactagag
caggattcagccacaactctgcctcttcacaagggagtctttgttgggta
caaccattcatctatattaaaaacataactggatttagaaacaacacacc
ttgggctgtgtctctatgagtgtttctagaaagagtcaacaaaagagaga
agacacattctaaatgtgggaggctccatgggactggacttcactaaatc
caaaggaaaagcaggcagagtattagcattcatcttagcttctgactgca
gatgtaatgtgtccagctgcctcaacacttcatggctgtgcgttcccttc
tgcaatgactacattctgtccaatcagaagagcaccagaccctccctcca
taattgatcttaatcatgattgtg

gaattcaagcatccgcattagaagatacatatctagtgtttatatttata
catatacagacattcacctgtatatattcatacacacaagcatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatcttgccctatcatta
gggaaaaaatttaagataggtaattacaatttaagtaatttgcctaatac
agtacctaaaattgctatcagataaacatttcttgagaagatcaaaatat
atggttatttcccattttcccatttggatctctttcaatttgtgaagttt
attagcttggttcagtgtctttgagcattagtcaacatttaaagtgtagg
tttttatgattctgggggaagcaattgcttccaagggagaaaacactctg
taaattacatgtaaatgtttctacttggatgagttcttttgcatctgtgc
agaggatcattttaatttacacaggaatgaaagttctccatgactgaatg
tcgtaggcctgcttgtgtatctaatttcaacttcatttgtacccaagtct
agcagacacaaggggcattttgctctaatgtaagtgctgcttaaaaataa
aataaaattataataaaaagctgaggattactgtgccatttcaaggttta
tttcagaactgcccctcagagttggttggagcagatctgagtcacacaat
tctggcctatgttgctctaaagatgcaggccacaaagactgtaccctaag
aacaaacctcaagaaatgctcagaattccattgacttcggaacctcaaac
agcaccctcttcccctctcacaagtacagttcatagtggagtacatcctt
tatatatagaagactgttcaatcactttcatttcttatctctgagataag
ctagacatttaaaaaaaagtatttgaaaaatcccaaacattataaaggta
tcatttaattcaggtttttctgtttgcagcattaagtctctggagagtaa
ccagctctatttccatttgtgagattcaaggagatggtggtgttcacata
tcggttgctggagggaagagtagtatagactttatgtttcattatgtccc
acactgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_8949918_8951094
seq2: B6Ng01-240D18.b_44_1217

seq1  GAATTCAGCTTCCATGACTCTCCTCACATCCTCCAGAGACAACAGATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTCCATGACTCTCCTCACATCCTCCAGAGACAACAGATGCT  50

seq1  GGAGGGGGCTGCACAGTCTACTCTTGGTTTGGGAACACTGGGGATGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGGCTGCACAGTCTACTCTTGGTTTGGGAACACTGGGGATGAAAT  100

seq1  ACTGATTTGGACCAAGTAGAATTAAGAATTGAACTGAAAGACAGATTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTTGGACCAAGTAGAATTAAGAATTGAACTGAAAGACAGATTCAA  150

seq1  ACATTTAGAATGAAATAGATGATTTCTGGCCAACACCTGTACCCTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGAATGAAATAGATGATTTCTGGCCAACACCTGTACCCTTTTTT  200

seq1  GCTTATAGGAATGTTTTAAATAACTTAATAAAAGGTTAAAAAATAATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAGGAATGTTTTAAATAACTTAATAAAAGGTTAAAAAATAATGGC  250

seq1  ATCCTGGAAGCCAGGAAATAAGACATATGAAAAGAACATGCCAGGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGAAGCCAGGAAATAAGACATATGAAAAGAACATGCCAGGAAATA  300

seq1  GAATTCTGTTCTCCCTGCTCTCTGGACATTGTGACTTCATCTTGTCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCTCCCTGCTCTCTGGACATTGTGACTTCATCTTGTCCTTT  350

seq1  GGTCTTATGGAAGAGGACCCTCTGGCCCTTGAACATTAGGACTAAGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATGGAAGAGGACCCTCTGGCCCTTGAACATTAGGACTAAGCACA  400

seq1  AAGATATTGTCAAGGCAAATCCACTTGAGATGCCAAGGCCATGTGGGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTGTCAAGGCAAATCCACTTGAGATGCCAAGGCCATGTGGGTAT  450

seq1  CTCTGAGCTGCATGATGTCAGCTGTCACCTAAGAGACTGATCCTTTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCTGCATGATGTCAGCTGTCACCTAAGAGACTGATCCTTTCCCC  500

seq1  ACCTGCATCATTCCATGGATCCTATACATGAGCATAGTGGGAAACTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATCATTCCATGGATCCTATACATGAGCATAGTGGGAAACTCTGT  550

seq1  GGCAAGAGAATAAAAGAAACACCTGTTGCTGATGGCAATGTGATGGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGAATAAAAGAAACACCTGTTGCTGATGGCAATGTGATGGTAAT  600

seq1  ACGTCCTATTTGGGAGCATAACATAGAATGAACTGTAAATAAAAAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCTATTTGGGAGCATAACATAGAATGAACTGTAAATAAAAAACACT  650

seq1  CATTTTCCCTTCTGCGAGAGCCACTGGAAAGAAGTTGAAACTTGAGCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCCTTCTGCGAGAGCCACTGGAAAGAAGTTGAAACTTGAGCCAA  700

seq1  GAGCCAGGTGGTGCACTTGACTATCTCTCTGTACGTCTATAGACTGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGTGGTGCACTTGACTATCTCTCTGTACGTCTATAGACTGAATT  750

seq1  CTGCCTATCAATGGAGAGAAAAAGATTGAGATGCAATCTAAGAACTAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTATCAATGGAGAGAAAAAGATTGAGATGCAATCTAAGAACTAGAG  800

seq1  CAGGATTCAGCCACAACTCTGCCTCTTCACAAGGGAGTCTTTGTTGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTCAGCCACAACTCTGCCTCTTCACAAGGGAGTCTTTGTTGGGTA  850

seq1  CAACCATTCATCTATATTAAAAACATAACTGGATTTAGAAACAACACACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATTCATCTATATTAAAAACATAACTGGATTTAGAAACAACACACC  900

seq1  TT-GGCTGTGTCTCTATGAGTGTTTCTAGAAAGAGTCAACAAAAGAGAGA  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGTGTCTCTATGAGTGTTTCTAGAAAGAGTCAACAAAAGAGAGA  950

seq1  AGACACATTCTAAATGTGGGAGGCTCCAT-GGACTGGACTTCACTAAATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATTCTAAATGTGGGAGGCTCCATGGGACTGGACTTCACTAAATC  1000

seq1  CAAAGGAAAAAGCAGGCAGAGTATTAGCATTCATCTTAGCTTCTGACTGC  1048
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGG-AAAAGCAGGCAGAGTATTAGCATTCATCTTAGCTTCTGACTGC  1049

seq1  AGATGTAATGTGTCCAGCTGCCTC-ACACTTCAATGGCTGTGCGTTTCCC  1097
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || 
seq2  AGATGTAATGTGTCCAGCTGCCTCAACACTTC-ATGGCTGTGCGTTCCCT  1098

seq1  TCTGCAATGGACTACATCCTGT-CAATCAGAGAGGCAACACAGACCCTCC  1146
      |||||||| |||||||| |||| ||||||||   |||   ||||||||||
seq2  TCTGCAAT-GACTACATTCTGTCCAATCAGAAGAGCA--CCAGACCCTCC  1145

seq1  CTCCATTAAATTGTTTCTTATCATGATTGTG  1177
      ||||||  ||||| |  | ||||||||||||
seq2  CTCCAT--AATTGATCTTAATCATGATTGTG  1174


seq1: chr10_9049629_9050751
seq2: B6Ng01-240D18.g_62_1170 (reverse)

seq1  TATCAGTGTTGGGACAATAAAATTAAAACATTAAAGTCTATACTACTTCT  50
      |||||||| |||||| ||||   | ||||| ||||||||||||||||   
seq2  TATCAGTG-TGGGAC-ATAA---TGAAACA-TAAAGTCTATACTACT--C  42

seq1  TTCCCTCCAGCAACCGATTAATGTTGAAACACCA-CATCTCCTTGAATCT  99
      ||||||||||||||||||  ||||   ||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCAGCAACCGAT--ATGT--GAACACCACCATCTCCTTGAATCT  88

seq1  CAACAAATGGAAATAGAGCTGGTTACTTCTCCAGAAGACTTTAATGCTGC  149
      | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||
seq2  C-ACAAATGGAAATAGAGCTGGTTAC-TCTCCAG-AGAC-TTAATGCTGC  134

seq1  AAACAGAAAAACCTGAATTAATTGATACCTTTATAATGTTTGGGATTTTT  199
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAAAACCTGAATTAAATGATACCTTTATAATGTTTGGGATTTTT  184

seq1  CAAATACTTTTTTTTAAATGTCTAGCTTATCTCAGAGATAAAGAAATGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAAATACTTTTTTTTAAATGTCTAGCTTATCTCAGAGAT-AAGAAATGAA  233

seq1  AGTGATTGAACAGTCTTCTATATATAAAGGATGTACTCCACTATGAACTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGAACAGTCTTCTATATATAAAGGATGTACTCCACTATGAACTG  283

seq1  TACTTGTGAGAGGGGAAGAGGGTGCTGTTTGAGGTTCCGAAGTCAATGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGAGAGGGGAAGAGGGTGCTGTTTGAGGTTCCGAAGTCAATGGA  333

seq1  ATTCTGAGCATTTCTTGAGGTTTGTTCTTAGGGTACAGTCTTTGTGGCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGCATTTCTTGAGGTTTGTTCTTAGGGTACAGTCTTTGTGGCCT  383

seq1  GCATCTTTAGAGCAACATAGGCCAGAATTGTGTGACTCAGATCTGCTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTTAGAGCAACATAGGCCAGAATTGTGTGACTCAGATCTGCTCCA  433

seq1  ACCAACTCTGAGGGGCAGTTCTGAAATAAACCTTGAAATGGCACAGTAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTCTGAGGGGCAGTTCTGAAATAAACCTTGAAATGGCACAGTAAT  483

seq1  CCTCAGCTTTTTATTATAATTTTATTTTATTTTTAAGCAGCACTTACATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTTTTTATTATAATTTTATTTTATTTTTAAGCAGCACTTACATT  533

seq1  AGAGCAAAATGCCCCTTGTGTCTGCTAGACTTGGGTACAAATGAAGTTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAATGCCCCTTGTGTCTGCTAGACTTGGGTACAAATGAAGTTGA  583

seq1  AATTAGATACACAAGCAGGCCTACGACATTCAGTCATGGAGAACTTTCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGATACACAAGCAGGCCTACGACATTCAGTCATGGAGAACTTTCAT  633

seq1  TCCTGTGTAAATTAAAATGATCCTCTGCACAGATGCAAAAGAACTCATCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTAAATTAAAATGATCCTCTGCACAGATGCAAAAGAACTCATCC  683

seq1  AAGTAGAAACATTTACATGTAATTTACAGAGTGTTTTCTCCCTTGGAAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAACATTTACATGTAATTTACAGAGTGTTTTCTCCCTTGGAAGC  733

seq1  AATTGCTTCCCCCAGAATCATAAAAACCTACACTTTAAATGTTGACTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTTCCCCCAGAATCATAAAAACCTACACTTTAAATGTTGACTAAT  783

seq1  GCTCAAAGACACTGAACCAAGCTAATAAACTTCACAAATTGAAAGAGATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAGACACTGAACCAAGCTAATAAACTTCACAAATTGAAAGAGATC  833

seq1  CAAATGGGAAAATGGGAAATAACCATATATTTTGATCTTCTCAAGAAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGGAAAATGGGAAATAACCATATATTTTGATCTTCTCAAGAAATG  883

seq1  TTTATCTGATAGCAATTTTAGGTACTGTATTAGGCAAATTACTTAAATTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGATAGCAATTTTAGGTACTGTATTAGGCAAATTACTTAAATTG  933

seq1  TAATTACCTATCTTAAATTTTTTCCCTAATGATAGGGCAAG--ATATATA  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  TAATTACCTATCTTAAATTTTTTCCCTAATGATAGGGCAAGATATATATA  983

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGCTTGTGTGTATGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGCTTGTGTGTATGAA  1033

seq1  TATATACAGGTGAATGTCTGTATATGTATAAATATAAACACTAGATATGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAGGTGAATGTCTGTATATGTATAAATATAAACACTAGATATGT  1083

seq1  ATCTTCTAATGCGGATGCTTGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTAATGCGGATGCTTGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |