BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240J04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 12,828,099 - 12,965,977
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2
Upstream geneUtrn, LOC665172, Stx11, Sf3b5
Downstream geneLOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1, EG666859, Hivep2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240J04.bB6Ng01-240J04.g
ACCGA050708GA050709
length2001,081
definitionB6Ng01-240J04.b B6Ng01-240J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,965,778 - 12,965,977)(12,828,099 - 12,829,192)
sequence
aatgtgggattgaatttatagatgactaaaagtgattagtatgttaatga
ttcaatagaaatttgttaaatttcccttcgctagtatccatctgatagct
actgtctgctgggagtttaaggatgcctgggtgactgagggttaaagcat
ttgtatatagggtaggctctctgccagcacgaagcctggggggggggggg


gaattcactgcctctgtttattgacagctgaaagggagcgcatggggtgg
aatggaccttcttgtgaaaaccaggcacaggaaaaattagacctcaattt
aacacagaggaatttggaaattcaccccaaaggagccgggagtttctcat
gcttacattagaatgactcaagtttggggctagtgtgtaatgaacaatgg
gggttttgtcccaactatgctataagtaggaatatggtatgcataatgaa
tgacggcaagtagccggccattcaacgtgcccttctctttttaaaaccca
gacagaaagacaaatgcgaaccatgatataatcaggtgatcccctccttt
ctttccaccaagaagaagcattaatggcatggctggctccttcaaagttt
gtttttcatttgtttgtttcaaaacatctttgaacttgagatctaagttc
atggcggggacccattctgtcttgtgattattgcagggatacaatgatta
cacatcatggagttttttttttttttctagtcccagaactgctgagaatg
tccgcagagtgtgtcggaaacaaatgcgacagacagtggacggagatagc
tcctggagtaacaatagtttgtaaatcttaaaattaactaccttcctttt
cagaacatggtaaagtaggagctctggtttatggcaaggaaataccccac
cctttcttagctctcttccctcactggcctgatgcttgatttcccagaaa
gaatttatggctccctcctttggccccagccctttgtgcatacctcaacc
acagcacttaacacgtcccccagagctctttgtttaggtgtattctttta
gctagaggtaaagcagctgtgtcctattcatttttatatcttcaagccca
gcaaagttcttggctcagtaaatgtggctggatgaatggggattgatggc
tctctgtacatcctatgatgtaactacttaacaggctcactgcaaatgct
acatttagaaacctgaatgtctatgaacctgatcatgctgttgctgttct
tatggcgtattatcaacactttttttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_12965778_12965977
seq2: B6Ng01-240J04.b_49_248 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCAGGCTTCGTGCTGGCAGAGAGCCTACCCTATATACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCAGGCTTCGTGCTGGCAGAGAGCCTACCCTATATACAA  50

seq1  ATGCTTTAACCCTCAGTCACCCAGGCATCCTTAAACTCCCAGCAGACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTAACCCTCAGTCACCCAGGCATCCTTAAACTCCCAGCAGACAGT  100

seq1  AGCTATCAGATGGATACTAGCGAAGGGAAATTTAACAAATTTCTATTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCAGATGGATACTAGCGAAGGGAAATTTAACAAATTTCTATTGAA  150

seq1  TCATTAACATACTAATCACTTTTAGTCATCTATAAATTCAATCCCACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACATACTAATCACTTTTAGTCATCTATAAATTCAATCCCACATT  200


seq1: chr10_12828099_12829192
seq2: B6Ng01-240J04.g_64_1144

seq1  GAATTCACTGCCTCTGTTTATTGACAGCTGAAAGGGAGCGCATGGGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCCTCTGTTTATTGACAGCTGAAAGGGAGCGCATGGGGTGG  50

seq1  AATGGACCTTCTTGTGAAAACCAGGCACAGGAAAAATTAGACCTCAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACCTTCTTGTGAAAACCAGGCACAGGAAAAATTAGACCTCAATTT  100

seq1  AACACAGAGGAATTTGGAAATTCACCCCAAAGGAGCCGGGAGTTTCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAGGAATTTGGAAATTCACCCCAAAGGAGCCGGGAGTTTCTCAT  150

seq1  GCTTACATTAGAATGACTCAAGTTTGGGGCTAGTGTGTAATGAACAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACATTAGAATGACTCAAGTTTGGGGCTAGTGTGTAATGAACAATGG  200

seq1  GGGTTTTGTCCCAACTATGCTATAAGTAGGAATATGGTATGCATAATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGTCCCAACTATGCTATAAGTAGGAATATGGTATGCATAATGAA  250

seq1  TGACGGCAAGTAGCCGGCCATTCAACGTGCCCTTCTCTTTTTAAAACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGGCAAGTAGCCGGCCATTCAACGTGCCCTTCTCTTTTTAAAACCCA  300

seq1  GACAGAAAGACAAATGCGAACCATGATATAATCAGGTGATCCCCTCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAGACAAATGCGAACCATGATATAATCAGGTGATCCCCTCCTTT  350

seq1  CTTTCCACCAAGAAGAAGCATTAATGGCATGGCTGGCTCCTTCAAAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACCAAGAAGAAGCATTAATGGCATGGCTGGCTCCTTCAAAGTTT  400

seq1  GTTTTTCATTTGTTTGTTTCAAAACATCTTTGAACTTGAGATCTAAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCATTTGTTTGTTTCAAAACATCTTTGAACTTGAGATCTAAGTTC  450

seq1  ATGGCGGGGACCCATTCTGTCTTGTGATTATTGCAGGGATACAATGATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCGGGGACCCATTCTGTCTTGTGATTATTGCAGGGATACAATGATTA  500

seq1  CACATCATGGAGTTTTTTTTTTTTTTCTAGTCCCAGAACTGCTGAGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATGGAGTTTTTTTTTTTTTTCTAGTCCCAGAACTGCTGAGAATG  550

seq1  TCCGCAGAGTGTGTCGGAAACAAATGCGACAGACAGTGGACGGAGATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCAGAGTGTGTCGGAAACAAATGCGACAGACAGTGGACGGAGATAGC  600

seq1  TCCTGGAGTAACAATAGTTTGTAAATCTTAAAATTAACTACCTTCCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGTAACAATAGTTTGTAAATCTTAAAATTAACTACCTTCCTTTT  650

seq1  CAGAACATGGTAAAGTAGGAGCTCTGGTTTATGGCAAGGAAATACCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATGGTAAAGTAGGAGCTCTGGTTTATGGCAAGGAAATACCCCAC  700

seq1  CCTTTCTTAGCTCTCTTCCCTCACTGGCCTGATGCTTGATTTCCCAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTAGCTCTCTTCCCTCACTGGCCTGATGCTTGATTTCCCAGAAA  750

seq1  GAATTTATGGCTCCCTCCTTTGGCCCCAGCCCTTTGTGCATACCTCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATGGCTCCCTCCTTTGGCCCCAGCCCTTTGTGCATACCTCAACC  800

seq1  ACAGCACTTAACACGTCCCCCAGAGCTCTTTGTTTAGGTGTATTCTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACTTAACACGTCCCCCAGAGCTCTTTGTTTAGGTGTATTCTTTTA  850

seq1  GCTAGAGGTAAAGCAGCTGTGTCCTATTCATTTTTATATCTTCAAGCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGGTAAAGCAGCTGTGTCCTATTCATTTTTATATCTTCAAGCCCA  900

seq1  GCAAAGTTCTTGGCTCAGTAAATGTGGCTGGATGAATGGGGATTGATGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTTCTTGGCTCAGTAAATGTGGCTGGATGAATGGGGATTGATGGC  950

seq1  TCTCTGTACATCCTATGAATGTAACTACTTAACCAGGCTTCCACTGCAAA  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||
seq2  TCTCTGTACATCCTATG-ATGTAACTACTTAA-CAGGCT--CACTGCAAA  996

seq1  TGCTACATTTTAGGAAAACCTGATTGGTCTATTGAACCTGATCAATGCTG  1050
      ||||||| |||||  |||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGCTACA-TTTAG--AAACCTGAAT-GTCTA-TGAACCTGATC-ATGCTG  1040

seq1  TTGCTGTTCCTTTATGGCGTATTATCAAACACTTTTTTTTTTTT  1094
      |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTC--TTATGGCGTATTATC-AACACTTTTTTTTTTTT  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |