BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241H15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 99,242,669 - 99,303,936
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAtp2b1, Wdr51b, Galnt4, Dusp6, LOC100042222, Gad1-ps, LOC100042232, LOC667502, Csl
Downstream geneLOC100042246, Kitl, LOC100043208, LOC100043211, EG667532, LOC670007, LOC235966, LOC667556, LOC100043224, LOC100043227, LOC100043231, LOC100043235, LOC667580, LOC100043239, LOC100043242, LOC100043244, LOC667607, LOC100043247, EG213051, Tmtc3, 4930430F08Rik, 1700017N19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241H15.bB6Ng01-241H15.g
ACCGA051379GA051380
length1,1501,055
definitionB6Ng01-241H15.b B6Ng01-241H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,242,669 - 99,243,828)(99,302,887 - 99,303,936)
sequence
gaattcaggtaggacaaagtgacaaatgaataccaataagatttttctaa
aagcatgtgaatgcatgttttgatgttaggacactacctaaatagaggct
aatagatttcgtattaacctttttttttattacgtattttcttcaattac
atttccaatgctatcccaaaagtcccccccccactcccctatccactcat
ccccattttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaagtttg
cctgaccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatctttt
gatacatatgcagctagagtcaagagctctggggtactggttagttcata
atgttgttccaccgatagggttgcagatctcttaagctccttggatactt
tctctagctcctccattgggggccctgtgatccatccaatagctgactgt
gagcatccttaaccttttatgtctgtgtgtatagtgctgtaggctggtgg
aggccaggacatcatgacattgcatgaaaatgatgtctaaccaccaatcc
aaatctccaatctcatattaatccccccccccaacccgggcttgtatttg
tgcttgcatctgcatgtatgcaggtgcatgtaggtgcaggtacatgtatt
ttacacgtggcagaggatagctctccactttgtttttatgagactaagtc
cctcactagcctcaaacttactaagaaaggtacgttttctggccactgag
ctgtaggggctctcctggctgcacgtctgtagtgctggggttacagatgc
atactacatggcttctgatgagtgaactcaagtccgtgtactcctttgtg
ctcatgagtcaaatgagacaagtgcacgatgggccaagctatctccaaaa
ttccttccattaacacggaaaaaggaacaacaaaagtgagctttttcatg
caagagagtaaagatgaaatgtgtcaaatattcctgaaattatcacttct
agtaaataaaattctatttaactaggacaagaaaggcattagcaacacac
acacacatagtaacagcatgcacaggttcaaacataccaaatctcagcac
tagaagagaggtgcatacacacgacctacacacttcatgcaacaccatgc

gaattcctttccttctttcgtcacttaaacccttctacccttctgagttc
cattctgtcgtcccgtctctaagaaaacctgtgctataagtcgtcttaca
caggaggacttagcttccttaataatcgtacttgggacattggctacaag
tagttctgctgtgccagaccataaagccacgtgcctaccatattacctat
ggctgcagtatttacattagagagaagctcagtcaataagcagagagggc
atgaggtcagaaggggatagttaccacacagaaactgactgggatcactt
gactgaacggttgacaaagagagagaccactcacaaaggggatttcctag
atttgcctcaaaatattgagtgggacaaacagagagaatgcaagacagag
atcagttttgaagcagttgtggaaatgactttgatcatgtcatgtctccc
aaatgatacttgaggaggttcatcagtagactggtatctgtttcccacca
cgagaacacaagtcctgacactggcagacgcaacagcacacattcataac
ttgacctcctgctttgaactctttccaggaagcacgtgccccaagagtca
gaattcccttccagaaatacccttttccttgtgtgttctgcctgcttcca
atactgaagaaaacatctgtgctctccacttaaaccgctagcctagccgc
tttttgctaattcaccacttttcccatagcccctgacttcccgccatgaa
tattctctgatccaaatagcacctcatttttcgttcatttccactgtttt
gtttccttttctacatgcttttctaccctgcttcccgttttcttttttgg
catgcccaaagctcatcttcctgtagaagccaatttaatgtccatctctt
cctcagtacttcctgagggcctagtacataatcctttgtcccctttcctt
gaattgtcttacccgcatggaccctgttgctctgaataataatactttcc
tttctgctctggggatgtagcttcagtcacaggcttacataaggagccat
agatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_99242669_99243828
seq2: B6Ng01-241H15.b_43_1192

seq1  GAATTCAGGTAGGACAAAGTGACAAATGAATACCAATAAGATTTTTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTAGGACAAAGTGACAAATGAATACCAATAAGATTTTTCTAA  50

seq1  AAGCATGTGAATGCATGTTTTGATGTTAGGACACTACCTAAATAGAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGAATGCATGTTTTGATGTTAGGACACTACCTAAATAGAGGCT  100

seq1  AATAGATTTCGTATTAACCTTTTTTTTTATTACGTATTTTCTTCAATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATTTCGTATTAACCTTTTTTTTTATTACGTATTTTCTTCAATTAC  150

seq1  ATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCCCCCACTCCCCTATCCACTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCCCCCACTCCCCTATCCACTCAT  200

seq1  CCCCATTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTG  250

seq1  CCTGACCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTT  300

seq1  GATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATA  350

seq1  ATGTTGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATCTCTTAAGCTCCTTGGATACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATCTCTTAAGCTCCTTGGATACTT  400

seq1  TCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGT  450

seq1  GAGCATCCTTAACCTTTTATGTCTGTGTGTATAGTGCTGTAGGCTGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCCTTAACCTTTTATGTCTGTGTGTATAGTGCTGTAGGCTGGTGG  500

seq1  AGGCCAGGACATCATGACATTGCATGAAAATGATGTCTAACCACCAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGACATCATGACATTGCATGAAAATGATGTCTAACCACCAATCC  550

seq1  AAATCTCCAATCTCATATTAATCCCCCCCCCCAACCCGGGCTTGTATTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCCAATCTCATATTAATCCCCCCCCCCAACCCGGGCTTGTATTTG  600

seq1  TGCTTGCATCTGCATGTATGCAGGTGCATGTAGGTGCAGGTACATGTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCATCTGCATGTATGCAGGTGCATGTAGGTGCAGGTACATGTATT  650

seq1  TTACACGTGGCAGAGGATAGCTCTCCACTTTGTTTTTATGAGACTAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACGTGGCAGAGGATAGCTCTCCACTTTGTTTTTATGAGACTAAGTC  700

seq1  CCTCACTAGCCTCAAACTTACTAAGAAAGGTACGTTTTCTGGCCACTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTAGCCTCAAACTTACTAAGAAAGGTACGTTTTCTGGCCACTGAG  750

seq1  CTGTAGGGGCTCTCCTGGCTGCACGTCTGTAGTGCTGGGGTTACAGATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGGGCTCTCCTGGCTGCACGTCTGTAGTGCTGGGGTTACAGATGC  800

seq1  ATACTACATGGCTTCTGATGAGTGAACTCAAGTCCGTGTACTCCTTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACATGGCTTCTGATGAGTGAACTCAAGTCCGTGTACTCCTTTGTG  850

seq1  CTCATGAGTCAAATGAGACAAGTGCACGATGGGCCAAGCTATCTCCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGTCAAATGAGACAAGTGCACGATGGGCCAAGCTATCTCCAAAA  900

seq1  TTCCTTCCATTAACACGGAAAAAGGAACAACAAAAAGTGAGCTTTTTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCATTAACACGGAAAAAGGAACAAC-AAAAGTGAGCTTTTTCAT  949

seq1  GCAAAGAGAGTAAAGATGAAATGTGTCAAATATTCCTGAAATTATCACTT  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-AAGAGAGTAAAGATGAAATGTGTCAAATATTCCTGAAATTATCACTT  998

seq1  CTAAGTTAAATAAAATTCTATTTAACTAAGACAAGAAAGCCATTAGCAAC  1050
      |||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CTA--GTAAATAAAATTCTATTTAACTAGGACAAGAAAGGCATTAGCAAC  1046

seq1  ACACACACACATAAGTAACAAGGCATGCACAAGTTCAAACCATACAAAAT  1100
      |||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  ACACACACACAT-AGTAACA--GCATGCACAGGTTCAAA-CATACCAAAT  1092

seq1  CTCAGCACTAGAAAGGAGAAGTGGATACACACAGACATACACAC-TCATG  1149
      |||||||||||||  |||| ||| |||||||| ||| ||||||| |||||
seq2  CTCAGCACTAGAA--GAGAGGTGCATACACAC-GACCTACACACTTCATG  1139

seq1  CACACA-CATGC  1160
      || ||| |||||
seq2  CA-ACACCATGC  1150

seq1: chr10_99302887_99303936
seq2: B6Ng01-241H15.g_64_1118 (reverse)

seq1  AATCTATGGGCTCCTTATGTAAGGCCTGTGACTG-AGCTACATCCCCAGA  49
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATCTAT-GGCTCCTTATGTAA-GCCTGTGACTGAAGCTACATCCCCAGA  48

seq1  GCAGAA--GGAAGTATTATTA-TCAGAGCAACA-GGTCCATGCGGGTTAA  95
      ||||||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  GCAGAAAGGAAAGTATTATTATTCAGAGCAACAGGGTCCATGCGGG-TAA  97

seq1  GACAATTCAAGG-AAGGGGACAAAGGATTATGTACTAGG-CCTCAGGAAG  143
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACAATTCAAGGAAAGGGGACAAAGGATTATGTACTAGGCCCTCAGGAAG  147

seq1  TACTGAGGAAGAGATGGACATTAAATTGGCTTCTACAGGAAGATGAGCTT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGAAGAGATGGACATTAAATTGGCTTCTACAGGAAGATGAGCTT  197

seq1  TGGGCATGCCAAAAAAGAAAACGGGAAGCAGGGTAGAAAAGCATGTAGAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGCCAAAAAAGAAAACGGGAAGCAGGGTAGAAAAGCATGTAGAA  247

seq1  AAGG-AACAAAACAGTGGAAATGAACGAAAAATGAGGTGCTATTTGGATC  292
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACAAAACAGTGGAAATGAACGAAAAATGAGGTGCTATTTGGATC  297

seq1  AGAGAATATTCATGGCGGGAAGTCAGGGGCTATGGGAAAAGTGGTGAATT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATATTCATGGCGGGAAGTCAGGGGCTATGGGAAAAGTGGTGAATT  347

seq1  AGCAAAAAGCGGCTAGGCTAGCGGTTTAAGTGGAGAGCACAGATGTTTTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAGCGGCTAGGCTAGCGGTTTAAGTGGAGAGCACAGATGTTTTC  397

seq1  TTCAGTATTGGAAGCAGGCAGAACACACAAGGAAAAGGGTATTTCTGGAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATTGGAAGCAGGCAGAACACACAAGGAAAAGGGTATTTCTGGAA  447

seq1  GGGAATTCTGACTCTTGGGGCACGTGCTTCCTGGAAAGAGTTCAAAGCAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTCTGACTCTTGGGGCACGTGCTTCCTGGAAAGAGTTCAAAGCAG  497

seq1  GAGGTCAAGTTATGAATGTGTGCTGTTGCGTCTGCCAGTGTCAGGACTTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAAGTTATGAATGTGTGCTGTTGCGTCTGCCAGTGTCAGGACTTG  547

seq1  TGTTCTCGTGGTGGGAAACAGATACCAGTCTACTGATGAACCTCCTCAAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCGTGGTGGGAAACAGATACCAGTCTACTGATGAACCTCCTCAAG  597

seq1  TATCATTTGGGAGACATGACATGATCAAAGTCATTTCCACAACTGCTTCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTGGGAGACATGACATGATCAAAGTCATTTCCACAACTGCTTCA  647

seq1  AAACTGATCTCTGTCTTGCATTCTCTCTGTTTGTCCCACTCAATATTTTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGATCTCTGTCTTGCATTCTCTCTGTTTGTCCCACTCAATATTTTG  697

seq1  AGGCAAATCTAGGAAATCCCCTTTGTGAGTGGTCTCTCTCTTTGTCAACC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATCTAGGAAATCCCCTTTGTGAGTGGTCTCTCTCTTTGTCAACC  747

seq1  GTTCAGTCAAGTGATCCCAGTCAGTTTCTGTGTGGTAACTATCCCCTTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCAAGTGATCCCAGTCAGTTTCTGTGTGGTAACTATCCCCTTCT  797

seq1  GACCTCATGCCCTCTCTGCTTATTGACTGAGCTTCTCTCTAATGTAAATA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCATGCCCTCTCTGCTTATTGACTGAGCTTCTCTCTAATGTAAATA  847

seq1  CTGCAGCCATAGGTAATATGGTAGGCACGTGGCTTTATGGTCTGGCACAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCATAGGTAATATGGTAGGCACGTGGCTTTATGGTCTGGCACAG  897

seq1  CAGAACTACTTGTAGCCAATGTCCCAAGTACGATTATTAAGGAAGCTAAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTACTTGTAGCCAATGTCCCAAGTACGATTATTAAGGAAGCTAAG  947

seq1  TCCTCCTGTGTAAGACGACTTATAGCACAGGTTTTCTTAGAGACGGGACG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGTGTAAGACGACTTATAGCACAGGTTTTCTTAGAGACGGGACG  997

seq1  ACAGAATGGAACTCAGAAGGGTAGAAGGGTTTAAGTGACGAAAGAAGGAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGGAACTCAGAAGGGTAGAAGGGTTTAAGTGACGAAAGAAGGAA  1047

seq1  AGGAATTC  1050
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1055