BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242I12
Chromosome10 (Build37)
Map Location 8,610,878 - 8,727,198
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMap3k7ip2, LOC100039046, Ust, Sash1, LOC100039173
Downstream geneEG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242I12.bB6Ng01-242I12.g
ACCGA052150GA052151
length5871,097
definitionB6Ng01-242I12.b B6Ng01-242I12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,726,606 - 8,727,198)(8,610,878 - 8,611,962)
sequence
acacatgtgccacacacacacacttgtgtctcaaaaaaaaaagtataaga
cagaaagaaaaatgaagaacactgcaaaactactatatgagtcaggggaa
agactcagtggaccaaagtgcttgctaggcaagcatggggaatgaagtta
ggattcccaagcacccacataatgcctggtgggtgtggtgccagaactct
ggagaagggaagagatctccagagcaactataggcgcccaatcaaggaga
tctggattctagtggaagactgcatctcaacatgtatggtgaaagcaaac
acccatacacatgcacatacaaaaaatatcctatgtaatactcatgtatg
ttaaaggatatgttagagttatggaaatttagcactaaaaggaggcattg
catgggccagtgaggtgactcactggtaaaaggtgcttgttgcacaagct
tggcaacaggggttcaaagtacgggaggagaaaatggacaccacatagct
atccctgatctccacacgtatcacagcatgcacagccgcttacacacatt
atgtgtgaacagaaggaatggaaaggagggagggagg

gaattccaggagagtcagggctgcacagagaaaccctgtctcaaaacaaa
caaacaaacaaacaagtcttgtaaacatcaacattcttaaacccctgagg
attccccttcaccattcaaacctccacccagctcctttgcattgtgttta
agttgtgtttaagtgtgtagcgggggtgggaggctaatatgtgcctgtgg
gtactctgtgcccaattccataaaggccaggtctcagactgaagccaaag
ctcttggtttattttttgttttgtttttcaaataggctggcagccagcaa
cccccagtgatcctcctatccctgcactccccagtcccagggttagggtt
agaggtgtgaatagcaccggtcactccttgcctgctaggtggtcactggg
atctgaatttgggttctcaaggtggtgttgcaagtgctcttaactcctga
gccagctggtcagtcccatacatcccccccgcccccctgagtgtctcggg
ctttgagcgtgttggtcaagggttcatccggtgagctggacccctaactc
actccttcccatttgaatcctgcattccattcgtttccccacctgcttca
ttctttcctgcgatccgtaccatgcccaccccaaacagagatgagcccag
ttgatggtttcctagaactgggtcaagttgatccacttttccttcatctt
cactgccagcctctgttatcattttctactctgttaccaacagcagttct
tcccgtcttgagggcacaatcacaacatcatctacaagttcgtttttttg
tgtgttccttcagatcttacgtttttgttttggttttgggttttggtttt
gaggcagggtctcaaaagggtctcattatgtagacctggggtggcttgga
actccttctgtagaccagagtgatctttgaatttcacagagttccacctt
ccctctgcctcctgagagctggggatgagagggcttgtaccttcatgcct
gggccaggcaatctgtacattgccacctcgcaggggaatgggtgctggtg
ggcttcagtggtgaatgactttgggcaacgtaaccaaaaagtggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_8726606_8727198
seq2: B6Ng01-242I12.b_48_640 (reverse)

seq1  CCTCCCTCCCTCCTTTCCATTCCTTCTGTTCACACATAATGTGTGTAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTCCTTTCCATTCCTTCTGTTCACACATAATGTGTGTAAGC  50

seq1  GGCTGTGCATGCTGTGATACGTGTGGAGATCAGGGATAGCTATGTGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGCATGCTGTGATACGTGTGGAGATCAGGGATAGCTATGTGGTGT  100

seq1  CCATTTTCTCCTCCCGTACTTTGAACCCCTGTTGCCAAGCTTGTGCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCTCCTCCCGTACTTTGAACCCCTGTTGCCAAGCTTGTGCAACA  150

seq1  AGCACCTTTTACCAGTGAGTCACCTCACTGGCCCATGCAATGCCTCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTTTTACCAGTGAGTCACCTCACTGGCCCATGCAATGCCTCCTTT  200

seq1  TAGTGCTAAATTTCCATAACTCTAACATATCCTTTAACATACATGAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTAAATTTCCATAACTCTAACATATCCTTTAACATACATGAGTAT  250

seq1  TACATAGGATATTTTTTGTATGTGCATGTGTATGGGTGTTTGCTTTCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGGATATTTTTTGTATGTGCATGTGTATGGGTGTTTGCTTTCACC  300

seq1  ATACATGTTGAGATGCAGTCTTCCACTAGAATCCAGATCTCCTTGATTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTTGAGATGCAGTCTTCCACTAGAATCCAGATCTCCTTGATTGG  350

seq1  GCGCCTATAGTTGCTCTGGAGATCTCTTCCCTTCTCCAGAGTTCTGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTATAGTTGCTCTGGAGATCTCTTCCCTTCTCCAGAGTTCTGGCAC  400

seq1  CACACCCACCAGGCATTATGTGGGTGCTTGGGAATCCTAACTTCATTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCACCAGGCATTATGTGGGTGCTTGGGAATCCTAACTTCATTCCC  450

seq1  CATGCTTGCCTAGCAAGCACTTTGGTCCACTGAGTCTTTCCCCTGACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTGCCTAGCAAGCACTTTGGTCCACTGAGTCTTTCCCCTGACTCA  500

seq1  TATAGTAGTTTTGCAGTGTTCTTCATTTTTCTTTCTGTCTTATACTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAGTTTTGCAGTGTTCTTCATTTTTCTTTCTGTCTTATACTTTTT  550

seq1  TTTTTGAGACACAAGTGTGTGTGTGTGGCACATGTGTGAATTC  593
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGACACAAGTGTGTGTGTGTGGCACATGTGTGAATTC  593


seq1: chr10_8610878_8611962
seq2: B6Ng01-242I12.g_67_1163

seq1  GAATTCCAGGAGAGTCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGAGTCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAA  50

seq1  CAAACAAACAAACAAGTCTTGTAAACATCAACATTCTTAAACCCCTGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAAGTCTTGTAAACATCAACATTCTTAAACCCCTGAGG  100

seq1  ATTCCCCTTCACCATTCAAACCTCCACCCAGCTCCTTTGCATTGTGTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCTTCACCATTCAAACCTCCACCCAGCTCCTTTGCATTGTGTTTA  150

seq1  AGTTGTGTTTAAGTGTGTAGCGGGGGTGGGAGGCTAATATGTGCCTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGTTTAAGTGTGTAGCGGGGGTGGGAGGCTAATATGTGCCTGTGG  200

seq1  GTACTCTGTGCCCAATTCCATAAAGGCCAGGTCTCAGACTGAAGCCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTGTGCCCAATTCCATAAAGGCCAGGTCTCAGACTGAAGCCAAAG  250

seq1  CTCTTGGTTTATTTTTTGTTTTGTTTTTCAAATAGGCTGGCAGCCAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGTTTATTTTTTGTTTTGTTTTTCAAATAGGCTGGCAGCCAGCAA  300

seq1  CCCCCAGTGATCCTCCTATCCCTGCACTCCCCAGTCCCAGGGTTAGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGTGATCCTCCTATCCCTGCACTCCCCAGTCCCAGGGTTAGGGTT  350

seq1  AGAGGTGTGAATAGCACCGGTCACTCCTTGCCTGCTAGGTGGTCACTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGTGAATAGCACCGGTCACTCCTTGCCTGCTAGGTGGTCACTGGG  400

seq1  ATCTGAATTTGGGTTCTCAAGGTGGTGTTGCAAGTGCTCTTAACTCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAATTTGGGTTCTCAAGGTGGTGTTGCAAGTGCTCTTAACTCCTGA  450

seq1  GCCAGCTGGTCAGTCCCATACATCCCCCCCGCCCCCCTGAGTGTCTCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGGTCAGTCCCATACATCCCCCCCGCCCCCCTGAGTGTCTCGGG  500

seq1  CTTTGAGCGTGTTGGTCAAGGGTTCATCCGGTGAGCTGGACCCCTAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGCGTGTTGGTCAAGGGTTCATCCGGTGAGCTGGACCCCTAACTC  550

seq1  ACTCCTTCCCATTTGAATCCTGCATTCCATTCGTTTCCCCACCTGCTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTCCCATTTGAATCCTGCATTCCATTCGTTTCCCCACCTGCTTCA  600

seq1  TTCTTTCCTGCGATCCGTACCATGCCCACCCCAAACAGAGATGAGCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCTGCGATCCGTACCATGCCCACCCCAAACAGAGATGAGCCCAG  650

seq1  TTGATGGTTTCCTAGAACTGGGTCAAGTTGATCCAC-TTTCCTTCATCTT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGATGGTTTCCTAGAACTGGGTCAAGTTGATCCACTTTTCCTTCATCTT  700

seq1  CACTGCCAGCCTCTGTTATCATTTTCTACTCTGTTACCAACAGCAGTTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCAGCCTCTGTTATCATTTTCTACTCTGTTACCAACAGCAGTTCT  750

seq1  TCCCGTCTTGAGGGCACAATCACAACATCATCTACAAGTTCGTTTTTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTCTTGAGGGCACAATCACAACATCATCTACAAGTTCGTTTTTTTG  800

seq1  TGTGTTCCTTCAGATCTTACGTTTTTGTTTTGGTTTT-GGTTTTGGTTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGTTCCTTCAGATCTTACGTTTTTGTTTTGGTTTTGGGTTTTGGTTTT  850

seq1  GAGGCAGGGTCTCAAAAGGGTCTCATTATGTAGACCT-GGGTGGCTTGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAGGCAGGGTCTCAAAAGGGTCTCATTATGTAGACCTGGGGTGGCTTGGA  900

seq1  ACTCCTTCTGTAGACCAGAGTGATC-TTGAA-TTCACAGAGTTCCACC-T  944
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
seq2  ACTCCTTCTGTAGACCAGAGTGATCTTTGAATTTCACAGAGTTCCACCTT  950

seq1  CCCTCTGCCTCCTGAGAGCT-GGGATGAGAGGGC-TGTACCTTCATGCCT  992
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCCTCCTGAGAGCTGGGGATGAGAGGGCTTGTACCTTCATGCCT  1000

seq1  -GGCCAGGCAATCTGTACA-TGCCACTTCGCAGGGGA--TGGTGCT-GTG  1037
       |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||   |||||| |||
seq2  GGGCCAGGCAATCTGTACATTGCCACCTCGCAGGGGAATGGGTGCTGGTG  1050

seq1  GGCTCAAGT-GTGATAGACTTTGGGCAAGCGAAACAAGAAAAGTGGGGT  1085
      ||||  ||| ||||  |||||||||||| || ||| | |||||||||||
seq2  GGCTTCAGTGGTGAATGACTTTGGGCAA-CGTAACCA-AAAAGTGGGGT  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |