BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243G08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 103,283,668 - 103,342,573
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCart1, Lrriq1, LOC100043277, 6430590A10Rik, Slc6a15, EG667697, LOC667701
Downstream geneEG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243G08.bB6Ng01-243G08.g
ACCGA052789GA052790
length1,1431,135
definitionB6Ng01-243G08.b B6Ng01-243G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,341,419 - 103,342,573)(103,283,668 - 103,284,803)
sequence
gaattcattgatcatatttatgaattttaatgtaattatcatttttacat
aagaacaggtttatgacttccttggcaatatgagttctctatattttact
gagtataaagctgttactgtcaaagagttaattgtttccacatgtagaag
catgtagttgtagaaaagtttatcaattattatatttgtttctaaaaata
taacaatgtctcacaacatctgaaatgtttatacattttcttccaagtta
cattttttaacttgtgtgtaataaatgtgcacatgtattgtatttcattg
ttttcgctccatgtcatgggagaacgaaccttgtagtccatgaaaatgtg
acataatttgggagtaagctagtcataattggttaaattcaaataatgtt
atatgatggtaacctagactctcagtgaagtattgaactttagtcagaat
tagagcctttggacaagaaaggccaagattggaagatgtgatggaaaatg
tatagactgacatgaggtatcatttagccaagaagttaaagagttaacag
gtcctatcagaaagaaggcaaggaaaggtttctacccagagtcccagtgg
tggctatggtgatttaagatttggtctgcaaaactgtgagagaaccacat
cctggtctcaacattcaaatgtggcatttaatttagattatcccagggaa
caaatacaatatttaacaaaccacagtgcatttgtattatttgtgcacat
ttcacactgtggacattttaaattaaatctcttttatgggactattttta
accaacacgagttatattctcttacctttttaaaaattttatatatgagt
tctttccaaagagcacaatgttttgcactgtgtatttttatgtggtacct
caatatcctgtccatcttcaagttccttattacaaattttaatatggagg
aaattactggtctgtatgggttcacttaaaataaagctttatccatggca
gtctaataagacacgagtgttatttcaattctcttgtatctgttgaggct
ttaatttgacactacatgatcattttttgagatgatctatgaagtaccat
gaaaggagattatattctttgtgttgggcatgatgtcagaatc
gaattcagatccaagtgaacctgaggtgcagcaagaaaggaagtaaggat
tatttgcaaaaggaacgcggctctgcttggcttaagtatatatacagaag
tttaagaaattcaaaaagatatggatggagaaataagcaggggaagtggg
gtcacaagctaggtcaagtcagtgacactgtagatcagtccctatgggaa
tactcgagtgacaagaatacaacgtacaatactatgattccatataagaa
agtacaaggggaagaggtcaggtttgccagggtagactagaaggtgtttc
ttgaaaataataaaatgtagcgctcagatgagtaatccatgtttttcatg
ttgcctattgtcctaaatagatttctgttgtagtgataaaacactgacca
gatgtaacttaggtgacaaaagtgtttatttagcttgcatgatactgtga
tggctccttttgcttgtcaacttcactacatctggaatgaactacaattc
agaaatggaggtcacacctgagagggatttttttttttccttcttagttt
ggagagggtgaatctacttttagtgtagacctccgaggaagtctgacaca
tacctttgatccagatcttgagacaggaagacacaactttaatctgggcc
acacctttctctggaagcctttataaggacagggaaggaagtttttgctc
tttcactgtctgctttcaccttgatagcaagtccattccttcactatcat
tagagcctaggttttcggaattccaggaatgattgaagaccagctaagat
ataaagtctcttggactgagtaacttttggattattagaacttttattaa
tatcacaccattgttggattaaatggaccaaaacctgtgattctaataca
tctaataaatcaaggcagaagctcaaggcaaggacccagagtcagaaacc
taaacagagaccagctagattccaaactcatattcactttatactccctc
agacccacttctcaggataatattcgtagcatatactatatacttgatcc
accactttaaacctgcattctatggtggtgaaaaatatggtctgattgat
gcattccggtgatatggtcacaggtactgtagata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_103341419_103342573
seq2: B6Ng01-243G08.b_45_1187 (reverse)

seq1  GATTCTGAACATCCATGCCCCAAACACAAAAGAATATATCTTCTTTTCAT  50
      ||||||| |||| |||||||  ||||| ||||||||||   || ||||||
seq2  GATTCTG-ACAT-CATGCCC--AACAC-AAAGAATATAATCTCCTTTCAT  45

seq1  GGGTACCTCATAGATCCATCTCAAAAATTGATCATGTAGTTGGTCAAAAT  100
       ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||
seq2  -GGTACTTCATAGAT-CATCTCAAAAAATGATCATGTAGT--GTC-AAAT  90

seq1  TAAAGCCTCAACAGATACAAGAGAATTGAAATAACACCTCGTGTCTTATT  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAAAGCCTCAACAGATACAAGAGAATTGAAATAACA-CTCGTGTCTTATT  139

seq1  AGACTGCCATGGATTAAAGCTTTATTTTAAGTGAACCCATACAGACCAGT  200
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCCATGGA-TAAAGCTTTATTTTAAGTGAACCCATACAGACCAGT  188

seq1  AATTTCCTCCATATTAAAATTTGTAATAAGGAACTTGAAGATGGACAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTCCATATTAAAATTTGTAATAAGGAACTTGAAGATGGACAGGA  238

seq1  TATTGAGGTACCACATAAAAATACACAGTGCAAAACATTGTGCTCTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGTACCACATAAAAATACACAGTGCAAAACATTGTGCTCTTTGG  288

seq1  AAAGAACTCATATATAAAATTTTTAAAAAGGTAAGAGAATATAACTCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTCATATATAAAATTTTTAAAAAGGTAAGAGAATATAACTCGTG  338

seq1  TTGGTTAAAAATAGTCCCATAAAAGAGATTTAATTTAAAATGTCCACAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTAAAAATAGTCCCATAAAAGAGATTTAATTTAAAATGTCCACAGT  388

seq1  GTGAAATGTGCACAAATAATACAAATGCACTGTGGTTTGTTAAATATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATGTGCACAAATAATACAAATGCACTGTGGTTTGTTAAATATTGT  438

seq1  ATTTGTTCCCTGGGATAATCTAAATTAAATGCCACATTTGAATGTTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCCCTGGGATAATCTAAATTAAATGCCACATTTGAATGTTGAGA  488

seq1  CCAGGATGTGGTTCTCTCACAGTTTTGCAGACCAAATCTTAAATCACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGTGGTTCTCTCACAGTTTTGCAGACCAAATCTTAAATCACCAT  538

seq1  AGCCACCACTGGGACTCTGGGTAGAAACCTTTCCTTGCCTTCTTTCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCACTGGGACTCTGGGTAGAAACCTTTCCTTGCCTTCTTTCTGAT  588

seq1  AGGACCTGTTAACTCTTTAACTTCTTGGCTAAATGATACCTCATGTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGTTAACTCTTTAACTTCTTGGCTAAATGATACCTCATGTCAGT  638

seq1  CTATACATTTTCCATCACATCTTCCAATCTTGGCCTTTCTTGTCCAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACATTTTCCATCACATCTTCCAATCTTGGCCTTTCTTGTCCAAAGG  688

seq1  CTCTAATTCTGACTAAAGTTCAATACTTCACTGAGAGTCTAGGTTACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATTCTGACTAAAGTTCAATACTTCACTGAGAGTCTAGGTTACCAT  738

seq1  CATATAACATTATTTGAATTTAACCAATTATGACTAGCTTACTCCCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACATTATTTGAATTTAACCAATTATGACTAGCTTACTCCCAAAT  788

seq1  TATGTCACATTTTCATGGACTACAAGGTTCGTTCTCCCATGACATGGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACATTTTCATGGACTACAAGGTTCGTTCTCCCATGACATGGAGC  838

seq1  GAAAACAATGAAATACAATACATGTGCACATTTATTACACACAAGTTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAATGAAATACAATACATGTGCACATTTATTACACACAAGTTAAA  888

seq1  AAATGTAACTTGGAAGAAAATGTATAAACATTTCAGATGTTGTGAGACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAACTTGGAAGAAAATGTATAAACATTTCAGATGTTGTGAGACAT  938

seq1  TGTTATATTTTTAGAAACAAATATAATAATTGATAAACTTTTCTACAACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATTTTTAGAAACAAATATAATAATTGATAAACTTTTCTACAACT  988

seq1  ACATGCTTCTACATGTGGAAACAATTAACTCTTTGACAGTAACAGCTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTCTACATGTGGAAACAATTAACTCTTTGACAGTAACAGCTTTA  1038

seq1  TACTCAGTAAAATATAGAGAACTCATATTGCCAAGGAAGTCATAAACCTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTAAAATATAGAGAACTCATATTGCCAAGGAAGTCATAAACCTG  1088

seq1  TTCTTATGTAAAAATGATAATTACATTAAAATTCATAAATATGATCAATG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGTAAAAATGATAATTACATTAAAATTCATAAATATGATCAATG  1138

seq1  AATTC  1155
      |||||
seq2  AATTC  1143

seq1: chr10_103283668_103284803
seq2: B6Ng01-243G08.g_65_1199

seq1  GAATTCAGATCCAAGTGAACCTGAGGTGCAGCAAGAAAGGAAGTAAGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCCAAGTGAACCTGAGGTGCAGCAAGAAAGGAAGTAAGGAT  50

seq1  TATTTGCAAAAGGAACGCGGCTCTGCTTGGCTTAAGTATATATACAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCAAAAGGAACGCGGCTCTGCTTGGCTTAAGTATATATACAGAAG  100

seq1  TTTAAGAAATTCAAAAAGATATGGATGGAGAAATAAGCAGGGGAAGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAATTCAAAAAGATATGGATGGAGAAATAAGCAGGGGAAGTGGG  150

seq1  GTCACAAGCTAGGTCAAGTCAGTGACACTGTAGATCAGTCCCTATGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAGCTAGGTCAAGTCAGTGACACTGTAGATCAGTCCCTATGGGAA  200

seq1  TACTCGAGTGACAAGAATACAACGTACAATACTATGATTCCATATAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGAGTGACAAGAATACAACGTACAATACTATGATTCCATATAAGAA  250

seq1  AGTACAAGGGGAAGAGGTCAGGTTTGCCAGGGTAGACTAGAAGGTGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGGGGAAGAGGTCAGGTTTGCCAGGGTAGACTAGAAGGTGTTTC  300

seq1  TTGAAAATAATAAAATGTAGCGCTCAGATGAGTAATCCATGTTTTTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAATAAAATGTAGCGCTCAGATGAGTAATCCATGTTTTTCATG  350

seq1  TTGCCTATTGTCCTAAATAGATTTCTGTTGTAGTGATAAAACACTGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTATTGTCCTAAATAGATTTCTGTTGTAGTGATAAAACACTGACCA  400

seq1  GATGTAACTTAGGTGACAAAAGTGTTTATTTAGCTTGCATGATACTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAACTTAGGTGACAAAAGTGTTTATTTAGCTTGCATGATACTGTGA  450

seq1  TGGCTCCTTTTGCTTGTCAACTTCACTACATCTGGAATGAACTACAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCTTTTGCTTGTCAACTTCACTACATCTGGAATGAACTACAATTC  500

seq1  AGAAATGGAGGTCACACCTGAGAGGGATTTTTTTTTTTCCTTCTTAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGAGGTCACACCTGAGAGGGATTTTTTTTTTTCCTTCTTAGTTT  550

seq1  GGAGAGGGTGAATCTACTTTTAGTGTAGACCTCCGAGGAAGTCTGACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGTGAATCTACTTTTAGTGTAGACCTCCGAGGAAGTCTGACACA  600

seq1  TACCTTTGATCCAGATCTTGAGACAGGAAGACACAACTTTAATCTGGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGATCCAGATCTTGAGACAGGAAGACACAACTTTAATCTGGGCC  650

seq1  ACACCTTTCTCTGGAAGCCTTTATAAGGACAGGGAAGGAAGTTTTTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTTCTCTGGAAGCCTTTATAAGGACAGGGAAGGAAGTTTTTGCTC  700

seq1  TTTCACTGTCTGCTTTCACCTTGATAGCAAGTCCATTCCTTCACTATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGTCTGCTTTCACCTTGATAGCAAGTCCATTCCTTCACTATCAT  750

seq1  TAGAGCCTAGGTTTTCGGAATTCCAGGAATGATTGAAGACCAGCTAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCTAGGTTTTCGGAATTCCAGGAATGATTGAAGACCAGCTAAGAT  800

seq1  ATAAAGTCTCTTGGACTGAGTAACTTTTGGATTATTAGAACTTTTATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTCTCTTGGACTGAGTAACTTTTGGATTATTAGAACTTTTATTAA  850

seq1  TATCACACCATTGTTGGATTAAATGGACCAAAACCTGTGATTCTAATACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACACCATTGTTGGATTAAATGGACCAAAACCTGTGATTCTAATACA  900

seq1  TCTAATAAATCAAGGCAGAAGCTCAAGGCAAGGACCCAGAGTCAGAAACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAAATCAAGGCAGAAGCTCAAGGCAAGGACCCAGAGTCAGAAACC  950

seq1  TAAACAGAGACCAGCTAGATTCCAAACTCATATTCACTTTATACT-CCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAACAGAGACCAGCTAGATTCCAAACTCATATTCACTTTATACTCCCTC  1000

seq1  AGAACCAACTTCTCAGGGATAATATTCGTAGCATATACTATATACTTGAA  1049
      || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AG-ACCCACTTCTCA-GGATAATATTCGTAGCATATACTATATACTTGAT  1048

seq1  TCA-CACTTTAAAACCTGGCATTCTATGGTGGTGACAAATAT-GTCTGAT  1097
       || |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCACCACTTT-AAACCT-GCATTCTATGGTGGTGAAAAATATGGTCTGAT  1096

seq1  AGATGCA-TCCGTGGATATGGTCACAAGGTACTGTAGATA  1136
       |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGATGCATTCCGGTGATATGGTCAC-AGGTACTGTAGATA  1135