BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246D11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 104,250,880 - 104,378,341
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG627488, EG667692, EG667695, LOC100043292
Downstream geneLOC100042383, Tmtc2, EG627573, BC067068, Ccdc59
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246D11.bB6Ng01-246D11.g
ACCGA054893GA054894
length1,1411,156
definitionB6Ng01-246D11.b B6Ng01-246D11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,377,236 - 104,378,341)(104,250,880 - 104,252,009)
sequence
gaattctatttgtgaatctttgtgggtatgggatcattcactggctcttg
gtggaccttccaagggccatattcttaaacgtacctgacattctctcccc
ccagaagctatcaactatcaatagctcatgctgagttgaggatatggctt
tgttgagctctcatttccatgctgagatgtcattttgcttgaagttgtgc
agtcttttccaggcagtcatagctgctgagagttcctgagttcagtgatc
ctgtcatatccagaagataatcatccagctttccatgacatttgactctt
ataatgtttccatctcaatttcaggattatctctgagccttcagaggaag
atagatgtcctatttgtggctgagcaattggctgacactaaatctggtca
cattgatcagttataagtttctgtatcaagcatcatctactgcacaaagg
acttctttacaaaggactgaatgctgaactaatttaaaaggataaatata
ggaatttatagggaagtctgaaactgttccagataactcattttaccctg
tattagatgtttcacataacccaaaaaatctggacccattcaccctcaag
caaaatctgacctactatttataaataaatattaccaatgtccacattca
catttgaccatctgttcttggaatcaaatttatcataagattagctctct
ttgtggttcccaaataccttatgggctacattgctctttaaacatatttc
ccttgtatcatattctattgaagtcttttaaaaatattcatttatttatt
gtgtatgcatgtgtaggtcagagaacatcttttgggactgaagttagttt
gtcatgcttggtggcaaaaaagccttatctattgagacacattgctctat
ccattgtattcattctcttgtgattcactataattcccaatttaagtcct
aaacctaaataaaactcagtcatcctgcaacttgaagtgaattatattaa
actttgttctgggagtcgtggaactctgtctttttggtacaattttcttc
agaaattttataactacctatatccaatcatctggtacttgcacagacaa
tcttctcaaaacttggtgctttgaaacaacccacatttatt
gaattcccaggaatacagagaattgtgatacacaccagacaatgcatgcc
catgcaattgactgtcaatcaaaatgcttgactcctaagtacacataagc
ttcctacacaggcagtgtcttacatgtattcttatgagcagttgctaaag
tcggtcgatttagtgtgccaccacttgtgaaccaatggatagaagactgt
gtcttgcctcctcctgattttgcccatgatgccattttcatttgctcact
gacatcgcggtctcttccagtgataaaacttagtaatgatgacatctatg
tactgaactcttacagcaaatcttcagaacaaagggcaatagtagggacc
caaaaatacaatgtaatttaattacctcatttctaaagcaaataaggtga
ctctagagaacacttgactgatcatcagtaagtacacaactcaattactg
acagcaaactgcatgaatattcataaatcaccatgggtaattagtacatc
ccaggcataaatcagcttactttccaagagctaaggtaatgttggttaat
tcacttaggaaataaaatttcccttaaggcaagacacagatttaagagaa
ctatatattgtccacaaaatataacactgtgccttacacataatagcttc
cagagaacagttattgaaaagaattctttaactgtttaagcatttgcttg
aggaagtataaatggcagacacaaccagattcacattctgcacattaata
ttttaacaggagaaaaacatattatacttttcgttttcactttcaacttg
ataggaaaacatttagtagctttctctgcctctgtatacatcaatgtatt
tataacagtttgacttttagtgattctgggctgcccttttcaagttccta
gggttttttattctggttcactaaaacccactaaagcacagaaaaatcca
acggtgattatttttggctccaaaacaaatgtgaacaattccccaaaagc
catcattcttctttaacttgtcaaacaactttcaggaccaaatttgctta
tattgaataattggaagttaacatttgaaaggcaaaatacgccagaaggt
aagaaccttcttataggctagtttgaaagaatttaacaagttagaacaag
taaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_104377236_104378341
seq2: B6Ng01-246D11.b_66_1184 (reverse)

seq1  AATAAATGT-GGTTGTTTCAAGCCACCAAGTTTTGAG-AGATTGGTCTGT  48
      ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AATAAATGTGGGTTGTTTCAAAGCACCAAGTTTTGAGAAGATT-GTCTGT  49

seq1  GC-AGTACCAGATGA-TGGATATAGGTAGTTATAAAA-TTCTGAAG-AAA  94
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GCAAGTACCAGATGATTGGATATAGGTAGTTATAAAATTTCTGAAGAAAA  99

seq1  TTGTAC--AAAAGACAGAGTT-CACGACT-CCAG-ACAAAG-TTAATATA  138
      ||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  TTGTACCAAAAAGACAGAGTTCCACGACTCCCAGAACAAAGTTTAATATA  149

seq1  ATTCACTTCAAGTTGCAGGATGACTG-GTTTTATTTAGGTTTAGGACTTA  187
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTTCAAGTTGCAGGATGACTGAGTTTTATTTAGGTTTAGGACTTA  199

seq1  AATTGGGAATTATAGTGAATCACAAGAGAATGAATACAATGGATAGAGCA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGAATTATAGTGAATCACAAGAGAATGAATACAATGGATAGAGCA  249

seq1  ATGTGTCTCAATAGATAAGGCTTTTTTGCCACCAAGCATGACAAACTAAC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTCAATAGATAAGGCTTTTTTGCCACCAAGCATGACAAACTAAC  299

seq1  TTCAGTCCCAAAAGATGTTCTCTGACCTACACATGCATACACAATAAATA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCCCAAAAGATGTTCTCTGACCTACACATGCATACACAATAAATA  349

seq1  AATGAATATTTTTAAAAGACTTCAATAGAATATGATACAAGGG-AATATG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGAATATTTTTAAAAGACTTCAATAGAATATGATACAAGGGAAATATG  399

seq1  TTTAAAGAGCAATGTAGCCCATAAGGTATTTGGGAACCACAAAGAGAGCT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAGCAATGTAGCCCATAAGGTATTTGGGAACCACAAAGAGAGCT  449

seq1  AATCTTATGATAAATTTGATTCCAAGAACAGATGGTCAAATGTGAATGTG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTATGATAAATTTGATTCCAAGAACAGATGGTCAAATGTGAATGTG  499

seq1  GACATTGGTAATATTTATTTATAAATAGTAGGTCAGATTTTGCTTGAGGG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGGTAATATTTATTTATAAATAGTAGGTCAGATTTTGCTTGAGGG  549

seq1  TGAATGGGTCCAGATTTTTTGGGTTATGTGAAACATCTAATACAGGGTAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGGTCCAGATTTTTTGGGTTATGTGAAACATCTAATACAGGGTAA  599

seq1  AATGAGTTATCTGGAACAGTTTCAGACTTCCCTATAAATTCCTATATTTA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTTATCTGGAACAGTTTCAGACTTCCCTATAAATTCCTATATTTA  649

seq1  TCCTTTTAAATTAGTTCAGCATTCAGTCCTTTGTAAAGAAGTCCTTTGTG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAATTAGTTCAGCATTCAGTCCTTTGTAAAGAAGTCCTTTGTG  699

seq1  CAGTAGATGATGCTTGATACAGAAACTTATAACTGATCAATGTGACCAGA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATGATGCTTGATACAGAAACTTATAACTGATCAATGTGACCAGA  749

seq1  TTTAGTGTCAGCCAATTGCTCAGCCACAAATAGGACATCTATCTTCCTCT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTCAGCCAATTGCTCAGCCACAAATAGGACATCTATCTTCCTCT  799

seq1  GAAGGCTCAGAGATAATCCTGAAATTGAGATGGAAACATTATAAGAGTCA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTCAGAGATAATCCTGAAATTGAGATGGAAACATTATAAGAGTCA  849

seq1  AATGTCATGGAAAGCTGGATGATTATCTTCTGGATATGACAGGATCACTG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCATGGAAAGCTGGATGATTATCTTCTGGATATGACAGGATCACTG  899

seq1  AACTCAGGAACTCTCAGCAGCTATGACTGCCTGGAAAAGACTGCACAACT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGAACTCTCAGCAGCTATGACTGCCTGGAAAAGACTGCACAACT  949

seq1  TCAAGCAAAATGACATCTCAGCATGGAAATGAGAGCTCAACAAAGCCATA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAAAATGACATCTCAGCATGGAAATGAGAGCTCAACAAAGCCATA  999

seq1  TCCTCAACTCAGCATGAGCTATTGATAGTTGATAGCTTCTGGGGGGAGAG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAACTCAGCATGAGCTATTGATAGTTGATAGCTTCTGGGGGGAGAG  1049

seq1  AATGTCAGGTACGTTTAAGAATATGGCCCTTGGAAGGTCCACCAAGAGCC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAGGTACGTTTAAGAATATGGCCCTTGGAAGGTCCACCAAGAGCC  1099

seq1  AGTGAATGATCCCATACCCA  1106
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGATCCCATACCCA  1119

seq1: chr10_104250880_104252009
seq2: B6Ng01-246D11.g_67_1222

seq1  GAATTCCCAGGAATACAGAGAATTGTGATACACACCAGACAATGCATGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGAATACAGAGAATTGTGATACACACCAGACAATGCATGCC  50

seq1  CATGCAATTGACTGTCAATCAAAATGCTTGACTCCTAAGTACACATAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATTGACTGTCAATCAAAATGCTTGACTCCTAAGTACACATAAGC  100

seq1  TTCCTACACAGGCAGTGTCTTACATGTATTCTTATGAGCAGTTGCTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACACAGGCAGTGTCTTACATGTATTCTTATGAGCAGTTGCTAAAG  150

seq1  TCGGTCGATTTAGTGTGCCACCACTTGTGAACCAATGGATAGAAGACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCGATTTAGTGTGCCACCACTTGTGAACCAATGGATAGAAGACTGT  200

seq1  GTCTTGCCTCCTCCTGATTTTGCCCATGATGCCATTTTCATTTGCTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCCTCCTCCTGATTTTGCCCATGATGCCATTTTCATTTGCTCACT  250

seq1  GACATCGCGGTCTCTTCCAGTGATAAAACTTAGTAATGATGACATCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCGCGGTCTCTTCCAGTGATAAAACTTAGTAATGATGACATCTATG  300

seq1  TACTGAACTCTTACAGCAAATCTTCAGAACAAAGGGCAATAGTAGGGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAACTCTTACAGCAAATCTTCAGAACAAAGGGCAATAGTAGGGACC  350

seq1  CAAAAATACAATGTAATTTAATTACCTCATTTCTAAAGCAAATAAGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATACAATGTAATTTAATTACCTCATTTCTAAAGCAAATAAGGTGA  400

seq1  CTCTAGAGAACACTTGACTGATCATCAGTAAGTACACAACTCAATTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGAACACTTGACTGATCATCAGTAAGTACACAACTCAATTACTG  450

seq1  ACAGCAAACTGCATGAATATTCATAAATCACCATGGGTAATTAGTACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAACTGCATGAATATTCATAAATCACCATGGGTAATTAGTACATC  500

seq1  CCAGGCATAAATCAGCTTACTTTCCAAGAGCTAAGGTAATGTTGGTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATAAATCAGCTTACTTTCCAAGAGCTAAGGTAATGTTGGTTAAT  550

seq1  TCACTTAGGAAATAAAATTTCCCTTAAGGCAAGACACAGATTTAAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGGAAATAAAATTTCCCTTAAGGCAAGACACAGATTTAAGAGAA  600

seq1  CTATATATTGTCCACAAAATATAACACTGTGCCTTACACATAATAGCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATTGTCCACAAAATATAACACTGTGCCTTACACATAATAGCTTC  650

seq1  CAGAGAACAGTTATTGAAAAGAATTCTTTAACTGTTTAAGCATTTGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACAGTTATTGAAAAGAATTCTTTAACTGTTTAAGCATTTGCTTG  700

seq1  AGGAAGTATAAATGGCAGACACAACCAGATTCACATTCTGCACATTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTATAAATGGCAGACACAACCAGATTCACATTCTGCACATTAATA  750

seq1  TTTTAACAGGAGAAAAACATATTATACTTTTCGTTTTCACTTTCAACTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACAGGAGAAAAACATATTATACTTTTCGTTTTCACTTTCAACTTG  800

seq1  ATAGGAAAACA-TTAGTAGCTTTCTCTGCCTCTGTATACATCAATGTATT  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAACATTTAGTAGCTTTCTCTGCCTCTGTATACATCAATGTATT  850

seq1  TATAACAGTTTGAC-TTTAGTGATTCT-GGCTGCCCTTTTCAAG-TCCTA  896
      |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TATAACAGTTTGACTTTTAGTGATTCTGGGCTGCCCTTTTCAAGTTCCTA  900

seq1  GGG-TTTTTATTCTGGTTCACTAAAACCCACTAAGGCACAG-AAAATCC-  943
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| 
seq2  GGGTTTTTTATTCTGGTTCACTAAAACCCACTAAAGCACAGAAAAATCCA  950

seq1  ACGGTGAT--ATTTTGGCTCCAAAACAAATGTGA--CATTCCCC-AAAGC  988
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||
seq2  ACGGTGATTATTTTTGGCTCCAAAACAAATGTGAACAATTCCCCAAAAGC  1000

seq1  CATCATTCTTC-TTAACTTGTC-AACAAC-TTCA-GACC-AATTTGC-TA  1032
      ||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||| ||||||| ||
seq2  CATCATTCTTCTTTAACTTGTCAAACAACTTTCAGGACCAAATTTGCTTA  1050

seq1  TATTG-ATA--TGGAAGTAAATTATTGAAA-GCAAAATACGGCAGGAAGG  1078
      ||||| |||  ||||||| ||   |||||| |||||||||| || |||||
seq2  TATTGAATAATTGGAAGTTAACATTTGAAAGGCAAAATACGCCA-GAAGG  1099

seq1  TAAGACCCTTC-TATAG--CAGTTTGAAAG-ATTTTACAATTTAG-ACAA  1123
      ||||| ||||| |||||   |||||||||| |||| |||| |||| ||||
seq2  TAAGAACCTTCTTATAGGCTAGTTTGAAAGAATTTAACAAGTTAGAACAA  1149

seq1  GTAAATG  1130
      |||||||
seq2  GTAAATG  1156