BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246E21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 105,559,806 - 105,711,199
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG639162
Upstream geneTmtc2, EG627573, BC067068, Ccdc59, EG667758
Downstream genePpfia2, Olfr1556-ps1, 8430416H19Rik, Lin7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246E21.bB6Ng01-246E21.g
ACCGA054953GA054954
length1,050947
definitionB6Ng01-246E21.b B6Ng01-246E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,710,147 - 105,711,199)(105,559,806 - 105,560,764)
sequence
gaattcttgtatttcagccagattaagctggtttttactaaagctccttt
tcttcttttctgaggtctgtctgatatcataccacaagtaattttcagtc
ctctccagaaagactctcacaatgctcacactctaaccctcttttctcaa
ctccacccaacaagcacactgaaaattgaactctgagtgttatcgcttga
caattaacagtttacctgagtgcacagagatcaaatttaaccccaacaca
gtcatttgatttctggacagagactctggaggtctgcatgacatattgtg
aaacaaattgaataaaatgagctcaagccctgcctaagttaacaaaatta
tgtggaaacatgcagtgttaaaaaaaattatacctttgtatatccttaaa
agaattaatatctgttcctcaaaccattacttctaactctcattaataag
agttttcgttgtggggcacccactagagaagaccagtcatatatggtttc
aagccagtagaaagtcattatgaacctggatggcaactacactgggtatt
tgggacccagtgcaatctcaagagtctctcagggtaagagtttagacaca
catacacgcacaaaatccacacatcctggcatcctgtgttgacatacttc
agtaagcaataatgattaaccaagggtaagtgatctacagaactttccca
gatctatgaactttaatagactaggtctttgttctcaggtgagcaagtgt
tattgcctgtgtgatggattgcaaggctgttagctgaatggtatggtcat
catagcttctcttatgctaaaggtctaggatctagactcttacactttga
catggtttgaaatttagaaactgatgtctggaaatattattactggaggg
atagatttttttagtaccaagaaaagcaatataaataatattaagtgggc
ccctggtgatactggtggatatcactggaaaggaaataaaatagtttttt
gtagttgactggggagtgggggatgaaaacagagggatcaggaaggtgat

gaattcttcctcacggcaatcatggttcataatgatgtctgctgtgcttg
aaactcgttaagagactgtatgcattcccatcactgaaaaagataaacat
gtgatacaaaccatatgctaataacttgatttagccattccaaagtgcac
acatacagcaaaacatggtgctccatgtaataaataagcatgtttaaaaa
aattatttcaatttaggcaacagttgggagaatgtaaaaagagaggcaac
aacagtcacattatcgccgtcaaagaactaaatacatagatgcggcgtct
ttatggatcttacattggagggtgacagactagcagatggagcaatggat
gatgtgttcctgccacgaattaaggaactggcacagaggcaaagtgaggg
actttctggacatctgtgggacgtctgttggctaacatcaccgaatccag
cacgttctggatttgccttgctgatgacttcatctccccaaaggcagaac
aagaacagaaactgctctcctgatcctgactgtgtgtctaaaagaaatgg
cacaacagagaactggaaacaaagctattttgaaggtccaaattgtcaca
aaagaaagccatgcttttgtgcctaactactgtgaagtccacagtgtcac
aggaaatgcagctagtcctgtgatccatgggctcacaagagaaaggagtc
atgagtgtatcaagtttctattgatgctacaaaaattattacctattagt
ggcctttaacaccttatttttttagcttactgatttaggattaaaaacct
ggattaaaaaaaagctgattctatgatgagcttcagaaggctaaaaacta
aggtttgtctcagtgtttactaattaattttctgaggtcgggagaaatgg
attcacacatccctggatgtttcactggaccaggtgcaaatctcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_105710147_105711199
seq2: B6Ng01-246E21.b_47_1096 (reverse)

seq1  ATCACCTTCTTGATCCCTCCTGTTTTCATCCCCACCTTCCCCAGTCAACT  50
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||
seq2  ATCACCTTCCTGATCCCT-CTGTTTTCATCCCC-CACTCCCCAGTCAACT  48

seq1  AC-AAAAACTATTTTATTTCCCTTTTCCAGTGATATCCACCAGTATCACC  99
      || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAAAAAACTATTTTATTTCC--TTTCCAGTGATATCCACCAGTATCA-C  95

seq1  CAGGGGCCCACTTAATATTATTTATATTGCTTTTCTTGGTACTAAAAAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCCACTTAATATTATTTATATTGCTTTTCTTGGTACTAAAAAAA  145

seq1  TCTATCCCTCCAGTAATAATATTTCCAGACATCAGTTTCTAAATTTCAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCCTCCAGTAATAATATTTCCAGACATCAGTTTCTAAATTTCAAA  195

seq1  CCATGTCAAAGTGTAAGAGTCTAGATCCTAGACC-TTAGCATAAGAGAAG  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCATGTCAAAGTGTAAGAGTCTAGATCCTAGACCTTTAGCATAAGAGAAG  245

seq1  CTATGATGACCATACCATTCAGCTAACAGCCTTGCAATCCATCACACAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATGACCATACCATTCAGCTAACAGCCTTGCAATCCATCACACAGG  295

seq1  CAATAACACTTGCTCACCTGAGAACAAAGACCTAGTCTATTAAAGTTCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACACTTGCTCACCTGAGAACAAAGACCTAGTCTATTAAAGTTCAT  345

seq1  AGATCTGGGAAAGTTCTGTAGATCACTTACCCTTGGTTAATCATTATTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGGGAAAGTTCTGTAGATCACTTACCCTTGGTTAATCATTATTGC  395

seq1  TTACTGAAGTATGTCAACACAGGATGCCAGGATGTGTGGATTTTGTGCGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAAGTATGTCAACACAGGATGCCAGGATGTGTGGATTTTGTGCGT  445

seq1  GTATGTGTGTCTAAACTCTTACCCTGAGAGACTCTTGAGATTGCACTGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTCTAAACTCTTACCCTGAGAGACTCTTGAGATTGCACTGGG  495

seq1  TCCCAAATACCCAGTGTAGTTGCCATCCAGGTTCATAATGACTTTCTACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATACCCAGTGTAGTTGCCATCCAGGTTCATAATGACTTTCTACT  545

seq1  GGCTTGAAACCATATATGACTGGTCTTCTCTAGTGGGTGCCCCACAACGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGAAACCATATATGACTGGTCTTCTCTAGTGGGTGCCCCACAACGA  595

seq1  AAACTCTTATTAATGAGAGTTAGAAGTAATGGTTTGAGGAACAGATATTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTATTAATGAGAGTTAGAAGTAATGGTTTGAGGAACAGATATTA  645

seq1  ATTCTTTTAAGGATATACAAAGGTATAATTTTTTTTAACACTGCATGTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTAAGGATATACAAAGGTATAATTTTTTTTAACACTGCATGTTT  695

seq1  CCACATAATTTTGTTAACTTAGGCAGGGCTTGAGCTCATTTTATTCAATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAATTTTGTTAACTTAGGCAGGGCTTGAGCTCATTTTATTCAATT  745

seq1  TGTTTCACAATATGTCATGCAGACCTCCAGAGTCTCTGTCCAGAAATCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCACAATATGTCATGCAGACCTCCAGAGTCTCTGTCCAGAAATCAA  795

seq1  ATGACTGTGTTGGGGTTAAATTTGATCTCTGTGCACTCAGGTAAACTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGTGTTGGGGTTAAATTTGATCTCTGTGCACTCAGGTAAACTGTT  845

seq1  AATTGTCAAGCGATAACACTCAGAGTTCAATTTTCAGTGTGCTTGTTGGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCAAGCGATAACACTCAGAGTTCAATTTTCAGTGTGCTTGTTGGG  895

seq1  TGGAGTTGAGAAAAGAGGGTTAGAGTGTGAGCATTGTGAGAGTCTTTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGAGAAAAGAGGGTTAGAGTGTGAGCATTGTGAGAGTCTTTCTG  945

seq1  GAGAGGACTGAAAATTACTTGTGGTATGATATCAGACAGACCTCAGAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGACTGAAAATTACTTGTGGTATGATATCAGACAGACCTCAGAAAA  995

seq1  GAAGAAAAGGAGCTTTAGTAAAAACCAGCTTAATCTGGCTGAAATACAAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAGGAGCTTTAGTAAAAACCAGCTTAATCTGGCTGAAATACAAG  1045

seq1  AATTC  1053
      |||||
seq2  AATTC  1050

seq1: chr10_105559806_105560764
seq2: B6Ng01-246E21.g_69_1015

seq1  GAATTCTTCCTCACGGCAATCATGGTTCATAATGATGTCTGCTGTGCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTCACGGCAATCATGGTTCATAATGATGTCTGCTGTGCTTG  50

seq1  AAACTCGTTAAGAGACTGTATGCATTCCCATCACTGAAAAAGATAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCGTTAAGAGACTGTATGCATTCCCATCACTGAAAAAGATAAACAT  100

seq1  GTGATACAAACCATATGCTAATAACTTGATTTAGCCATTCCAAAGTGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACAAACCATATGCTAATAACTTGATTTAGCCATTCCAAAGTGCAC  150

seq1  ACATACAGCAAAACATGGTGCTCCATGTAATAAATAAGCATGTTTAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGCAAAACATGGTGCTCCATGTAATAAATAAGCATGTTTAAAAA  200

seq1  AATTATTTCAATTTAGGCAACAGTTGGGAGAATGTAAAAAGAGAGGCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTCAATTTAGGCAACAGTTGGGAGAATGTAAAAAGAGAGGCAAC  250

seq1  AACAGTCACATTATCGCCGTCAAAGAACTAAATACATAGATGCGGCGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCACATTATCGCCGTCAAAGAACTAAATACATAGATGCGGCGTCT  300

seq1  TTATGGATCTTACATTGGAGGGTGACAGACTAGCAGATGGAGCAATGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGATCTTACATTGGAGGGTGACAGACTAGCAGATGGAGCAATGGAT  350

seq1  GATGTGTTCCTGCCACGAATTAAGGAACTGGCACAGAGGCAAAGTGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTTCCTGCCACGAATTAAGGAACTGGCACAGAGGCAAAGTGAGGG  400

seq1  ACTTTCTGGACATCTGTGGGACGTCTGTTGGCTAACATCACCGAATCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGGACATCTGTGGGACGTCTGTTGGCTAACATCACCGAATCCAG  450

seq1  CACGTTCTGGATTTGCCTTGCTGATGACTTCATCTCCCCAAAGGCAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTCTGGATTTGCCTTGCTGATGACTTCATCTCCCCAAAGGCAGAAC  500

seq1  AAGAACAGAAACTGCTCTCCTGATCCTGACTGTGTGTCTAAAAGAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGAAACTGCTCTCCTGATCCTGACTGTGTGTCTAAAAGAAATGG  550

seq1  CACAACAGAGAACTGGAAACAAAGCTATTTTGAAGGTCCAAATTGTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGAGAACTGGAAACAAAGCTATTTTGAAGGTCCAAATTGTCACA  600

seq1  AAAGAAAGCCATGCTTTTGTGCCTAACTACTGTGAAGTCCACAGTGTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGCCATGCTTTTGTGCCTAACTACTGTGAAGTCCACAGTGTCAC  650

seq1  AGGAAATGCAGGCTAGTCCTGTGATCCAGGGGCTCACAAGAGAAAAGAGT  700
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AGGAAATGCA-GCTAGTCCTGTGATCCATGGGCTCACAAGAGAAAGGAGT  699

seq1  CATGAGTGTATCAAGTTTCTATTGATGCTACAAAAATTATTACCTATTTA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATGAGTGTATCAAGTTTCTATTGATGCTACAAAAATTATTACCTA-TTA  748

seq1  GTGGCCTTTAAACACCT--ATTTTTTAGCTTACTGATTTAGGGATTAAAA  798
      ||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GTGGCCTTT-AACACCTTATTTTTTTAGCTTACTGATTTA-GGATT-AAA  795

seq1  AACCTGGATTAAAAAAAAAAGCTGATTCTATGATGAAGGCTTCAGAAAGC  848
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||
seq2  AACCTGGATT--AAAAAAAAGCTGATTCTATGATGA--GCTTCAGAAGGC  841

seq1  CAAAAACTAAGGGTTTGTCTCAAGTTGTTTACTAAATTTATTTTCTTGAG  898
       ||||||||| |||||||||||   |||||||| |||| |||||| ||||
seq2  TAAAAACTAA-GGTTTGTCTCA--GTGTTTACT-AATTAATTTTC-TGAG  886

seq1  GTCGTGAGAATTGGATTCACACAT-CCTGGATGGTTTTCACTGGGACCA-  946
      |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| 
seq2  GTCGGGAGAAATGGATTCACACATCCCTGGATG--TTTCACT-GGACCAG  933

seq1  GTGCAAAT-TCTTT  959
      |||||||| |||||
seq2  GTGCAAATCTCTTT  947