BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248F01
Chromosome10 (Build37)
Map Location 66,121,540 - 66,250,255
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
Downstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2, Egr2, Gm237, LOC100040081
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248F01.bB6Ng01-248F01.g
ACCGA056424GA056425
length1,1141,065
definitionB6Ng01-248F01.b B6Ng01-248F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,121,540 - 66,122,651)(66,249,198 - 66,250,255)
sequence
gaattctcagcaatccctgagttaactcaacagatgagggcagaatgaga
ctattgctcttcacccatgccaccaaaagtcagaagaaaagacgaaaggg
cacagcaacgttgactggcatgcattccactgtagtcttttgtaccaata
ctgtatctttttagggactcctctgaaatggctgcaacaagcaatttaca
caatgagtcctcttgacctctaacttgaccccaactggggtcaaacttcc
tagtgatgggaagccaagttcagctgcatcccacaggcatccaaagaaac
agaaggctcaatacaagctctcacctcagactgtggggagttgtcctact
tgccagcagacttctacccctcactaagccatcctgtgtaggaaaacact
tccctgtcctatctccacagcacaaataaacagctcacataaacagaagc
acaaactcaatcacccaaaacccatcagtttgctacaaaggaagcaaggt
atcaccatccaccggctcaacaactttgtcttaagtcctagtcagcattc
ccaagagcaacagaactgttaccggtagttggtatctgagtgggtctttc
caggttcgtgacctcttatatgaaggattgaaataaactctttcaaggat
tgcaaagtagtgaggacatttttttcaaagcaaagtggtccaggccacac
gggaatattccatcaagaggaacaatgggtcacttgattcttgagtcccg
atcatttatgggagcttctttttatgggattcaaaaggaagcaacttaga
actctgttctgacagatgggcttgggtcatgtaagcctttgttcacttgt
tactttccacaatgcatctgactttaaccataaacatgcccaattatgtg
tgagcatagggtggacaattaggaattctcctgagaagcgcactcaacac
acaatttgccttattacacatgtaccaagcccatataggcaagactgacc
attgtctatattcgcagatatgttccctgaatgttctttgcatgaggatg
agaatgggttgtcaatgcttaaatatccccattgttcagccggtggttac
agtggtggtcaaag

gaattctcagttcctcctgcaccatgcctgcctagatgctgccatgctcc
cactttgatgatactggactgaacctctgaacctgtaagccggccccaat
taaatgtcccttataagagttgctttggtcatggtgtctgctcaaagcag
taaagccctagctaagacagtgagggaaatacagatgtggtcagagtcat
gaggtggagtccccatgaggcccacatggtgcaggtgaactgcaggtctg
gttcagagcctcgacaggtgacctggatgtcacctcattgtccgtatagt
gagattgggaagcatctcagaggccgcatggcaagagagccctaagagca
gctttcttctgcactggcttctccctgattttttaagttgagtggactgg
gtgaactgtgtagtttccaatcaacttcacgtaaaattttctctcagcta
tgattggggataaatgcagcttattttaaaagaacagacccacttaactc
tcaagctaagtctccctttagctttctttatcttatgcttttgggacaat
ttaaccaatcacgtagtgtgtctatgttgatgcgtgtgtatgtgagtgtg
ggtgcacactttccatggtacccgtgggaaggtcagtggacagtcttggg
tgcaggtccttgcctcccaccttgtttgatacaggatctcttattgtttg
gttctaggtgtaccaggctcgctggcctttgagcctctatggaatctttc
atctccatcttccatctcaatgaaagaactctgtgattatagatgtacac
cgaagttttttatgtgggttatgtgaattcaaattcaggtgtgattggaa
attttgcaaattgcacagcaaacacttgactctctcagccaaatttccag
gcccacttctctctctctctctggaaaataaaaattgtaagttgcttttg
tttccttttgtctatgagtctgtctgtaagatttaatagttatacctctt
ggatcctctgtttccatatcgtggtgggacatcaaattctatttcctcta
ttccttatccttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_66121540_66122651
seq2: B6Ng01-248F01.b_46_1159

seq1  GAATTCTCAGCAATCCCTGAGTTAACTCAACAGATGAGGGCAGAATGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAATCCCTGAGTTAACTCAACAGATGAGGGCAGAATGAGA  50

seq1  CTATTGCTCTTCACCCATGCCACCAAAAGTCAGAAGAAAAGACGAAAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTCTTCACCCATGCCACCAAAAGTCAGAAGAAAAGACGAAAGGG  100

seq1  CACAGCAACGTTGACTGGCATGCATTCCACTGTAGTCTTTTGTACCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAACGTTGACTGGCATGCATTCCACTGTAGTCTTTTGTACCAATA  150

seq1  CTGTATCTTTTTAGGGACTCCTCTGAAATGGCTGCAACAAGCAATTTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTTTTTAGGGACTCCTCTGAAATGGCTGCAACAAGCAATTTACA  200

seq1  CAATGAGTCCTCTTGACCTCTAACTTGACCCCAACTGGGGTCAAACTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGTCCTCTTGACCTCTAACTTGACCCCAACTGGGGTCAAACTTCC  250

seq1  TAGTGATGGGAAGCCAAGTTCAGCTGCATCCCACAGGCATCCAAAGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATGGGAAGCCAAGTTCAGCTGCATCCCACAGGCATCCAAAGAAAC  300

seq1  AGAAGGCTCAATACAAGCTCTCACCTCAGACTGTGGGGAGTTGTCCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCTCAATACAAGCTCTCACCTCAGACTGTGGGGAGTTGTCCTACT  350

seq1  TGCCAGCAGACTTCTACCCCTCACTAAGCCATCCTGTGTAGGAAAACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCAGACTTCTACCCCTCACTAAGCCATCCTGTGTAGGAAAACACT  400

seq1  TCCCTGTCCTATCTCCACAGCACAAATAAACAGCTCACATAAACAGAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCCTATCTCCACAGCACAAATAAACAGCTCACATAAACAGAAGC  450

seq1  ACAAACTCAATCACCCAAAACCCATCAGTTTGCTACAAAGGAAGCAAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTCAATCACCCAAAACCCATCAGTTTGCTACAAAGGAAGCAAGGT  500

seq1  ATCACCATCCACCGGCTCAACAACTTTGTCTTAAGTCCTAGTCAGCATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCATCCACCGGCTCAACAACTTTGTCTTAAGTCCTAGTCAGCATTC  550

seq1  CCAAGAGCAACAGAACTGTTACCGGTAGTTGGTATCTGAGTGGGTCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGCAACAGAACTGTTACCGGTAGTTGGTATCTGAGTGGGTCTTTC  600

seq1  CAGGTTCGTGACCTCTTATATGAAGGATTGAAATAAACTCTTTCAAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCGTGACCTCTTATATGAAGGATTGAAATAAACTCTTTCAAGGAT  650

seq1  TGCAAAGTAGTGAGGACATTTTTTTCAAAGCAAAGTGGTCCAGGCCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGTAGTGAGGACATTTTTTTCAAAGCAAAGTGGTCCAGGCCACAC  700

seq1  GGGAATATTCCATCAAGAGGAACAATGGGTCACTTGATTCTTGAGTCCCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATATTCCATCAAGAGGAACAATGGGTCACTTGATTCTTGAGTCCCG  750

seq1  ATCATTTATGGGAGCTTCTTTTTATGGGATTCAAAAGGAAGCAACTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTATGGGAGCTTCTTTTTATGGGATTCAAAAGGAAGCAACTTAGA  800

seq1  ACTCTGTTCTGACAGATGGGCTTGGGTCATGTAAGCCTTTGTTCACTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTCTGACAGATGGGCTTGGGTCATGTAAGCCTTTGTTCACTTGT  850

seq1  TACTTTCCACAATGCATCTGACTTTAACCATAAACATGCCCAATTATGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCCACAATGCATCTGACTTTAACCATAAACATGCCCAATTATGTG  900

seq1  TGAGCATAGGGTGGACAATTAGGAATTCTCCTGAGAAGCGCACTCAACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATAGGGTGGACAATTAGGAATTCTCCTGAGAAGCGCACTCAACAC  950

seq1  ACAATTTGCCTTATTACACATGTACCAAAGCCCATATAGGCAAGACTGAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTGCCTTATTACACATGTACC-AAGCCCATATAGGCAAGACTGAC  999

seq1  CATTGTCTATAATTCGCAGATATGTT-CCTGAATG-TCTTTGCATGAAGA  1048
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
seq2  CATTGTCTAT-ATTCGCAGATATGTTCCCTGAATGTTCTTTGCATGAGGA  1048

seq1  TGAG-ATGG--TGTCAATGCTAAAATAT-CCCATTGTTTAAGCCGTGG-T  1093
      |||| ||||  |||||||||| |||||| ||||||||| |  | |||| |
seq2  TGAGAATGGGTTGTCAATGCTTAAATATCCCCATTGTTCAGCCGGTGGTT  1098

seq1  ACAGGTTGGTGGTCCAAAG  1112
      ||||  ||||||| |||||
seq2  ACAG--TGGTGGT-CAAAG  1114


seq1: chr10_66249198_66250255
seq2: B6Ng01-248F01.g_64_1128 (reverse)

seq1  GGGAA-GATAAGGAATAGAGG-AATAGATTTTGATGTCCCACCA-GATAT  47
      ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  GGGAAGGATAAGGAATAGAGGAAATAGAATTTGATGTCCCACCACGATAT  50

seq1  GGGAACAGAGGATCAAAGAGGTATAACTA-TAAATCTTACAGACAGACTC  96
      || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGAGGATCCAAGAGGTATAACTATTAAATCTTACAGACAGACTC  100

seq1  ATAGACAAAAGG-AACAAAAGCAACTTACAATTTT--ATTTCCAGAGAGA  143
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  ATAGACAAAAGGAAACAAAAGCAACTTACAATTTTTATTTTCCAGAGAGA  150

seq1  GAGAGAGAAGTGGGCCTGGAAATTTGGCTGAGAGAGTCAAGTGTTTGCTG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAAGTGGGCCTGGAAATTTGGCTGAGAGAGTCAAGTGTTTGCTG  200

seq1  TGCAATTTGCAAAATTTCCAATCACACCTGAATTTGAATTCACATAACCC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTTGCAAAATTTCCAATCACACCTGAATTTGAATTCACATAACCC  250

seq1  ACATAAAAAACTTCGGTGTACATCTATAATCACAGAGTTCTTTCATTGAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAAACTTCGGTGTACATCTATAATCACAGAGTTCTTTCATTGAG  300

seq1  ATGGAAGATGGAGATGAAAGATTCCATAGAGGCTCAAAGGCCAGCGAGCC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGATGGAGATGAAAGATTCCATAGAGGCTCAAAGGCCAGCGAGCC  350

seq1  TGGTACACCTAGAACCAAACAATAAGAGATCCTGTATCAAACAAGGTGGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACACCTAGAACCAAACAATAAGAGATCCTGTATCAAACAAGGTGGG  400

seq1  AGGCAAGGACCTGCACCCAAGACTGTCCACTGACCTTCCCACGGGTACCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGGACCTGCACCCAAGACTGTCCACTGACCTTCCCACGGGTACCA  450

seq1  TGGAAAGTGTGCACCCACACTCACATACACACGCATCAACATAGACACAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTGTGCACCCACACTCACATACACACGCATCAACATAGACACAC  500

seq1  TACGTGATTGGTTAAATTGTCCCAAAAGCATAAGATAAAGAAAGCTAAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGATTGGTTAAATTGTCCCAAAAGCATAAGATAAAGAAAGCTAAAG  550

seq1  GGAGACTTAGCTTGAGAGTTAAGTGGGTCTGTTCTTTTAAAATAAGCTGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTAGCTTGAGAGTTAAGTGGGTCTGTTCTTTTAAAATAAGCTGC  600

seq1  ATTTATCCCCAATCATAGCTGAGAGAAAATTTTACGTGAAGTTGATTGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCCCCAATCATAGCTGAGAGAAAATTTTACGTGAAGTTGATTGGA  650

seq1  AACTACACAGTTCACCCAGTCCACTCAACTTAAAAAATCAGGGAGAAGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACACAGTTCACCCAGTCCACTCAACTTAAAAAATCAGGGAGAAGCC  700

seq1  AGTGCAGAAGAAAGCTGCTCTTAGGGCTCTCTTGCCATGCGGCCTCTGAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGAAGAAAGCTGCTCTTAGGGCTCTCTTGCCATGCGGCCTCTGAG  750

seq1  ATGCTTCCCAATCTCACTATACGGACAATGAGGTGACATCCAGGTCACCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCCAATCTCACTATACGGACAATGAGGTGACATCCAGGTCACCT  800

seq1  GTCGAGGCTCTGAACCAGACCTGCAGTTCACCTGCACCATGTGGGCCTCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAGGCTCTGAACCAGACCTGCAGTTCACCTGCACCATGTGGGCCTCA  850

seq1  TGGGGACTCCACCTCATGACTCTGACCACATCTGTATTTCCCTCACTGTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTCCACCTCATGACTCTGACCACATCTGTATTTCCCTCACTGTC  900

seq1  TTAGCTAGGGCTTTACTGCTTTGAGCAGACACCATGACCAAAGCAACTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAGGGCTTTACTGCTTTGAGCAGACACCATGACCAAAGCAACTCT  950

seq1  TATAAGGGACATTTAATTGGGGCCGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGGACATTTAATTGGGGCCGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCC  1000

seq1  AGTATCATCAAAGTGGGAGCATGGCAGCATCTAGGCAGGCATGGTGCAGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCATCAAAGTGGGAGCATGGCAGCATCTAGGCAGGCATGGTGCAGG  1050

seq1  AGGAACTGAGAATTC  1058
      |||||||||||||||
seq2  AGGAACTGAGAATTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |