BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250F09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 123,294,006 - 123,437,277
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpm1h, D630033A02Rik, Mon2, Usp15, LOC100042958, AI851790
Downstream gene4930503E24Rik, LOC671416
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250F09.bB6Ng01-250F09.g
ACCGA057911GA057912
length1,1401,061
definitionB6Ng01-250F09.b B6Ng01-250F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,436,129 - 123,437,277)(123,294,006 - 123,295,067)
sequence
gaattctcaactgaagaatttcaaatggccaagaagcacttaaagaaatg
tgcaacatccttagtcatgagggaaatgcaaatcaaaaacaaccctgaga
ttttatcctacaaccaataagaatggctaagagcaaaacctcaggtgaca
gcacatgttggagaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgatgg
tgggattacaagctggtacaagcagtctggaaatcaatctggagtttcct
cagaaagttgggaatagaccgatctaaagacccagctatactacccttga
gcttatacctaaaagatgcccgtccatgccacagggacttgtgttacact
atgttcacagcagccttatttgtaatagccgcaagctggaaacaacacag
aagtccctcagcagaagaatggatgcagaaaatgtggattatggctgtct
acaggcacaaacctagcttttcaaataaacatttttagtagtttaaatta
gcatctttttcaaacattttagtatattcttatgtaatacgaatataatt
tcaatttcaaaattaaggagtattaaatgtttttctcatagattacatat
ttcctgcaaagtaacaaatcaagcaaggtaaataaagtatataatctatc
taaaatggatgcagaaagggaaataatgtatgtgaaatcttaaaaccaat
tgctggttttaagatgagatggattataattataatatgatgtgaatcat
ggttttcacatacacacacactcagacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacaccccttggtgagctcttccacttgtt
tatgggtcaaagtgcactaaacagagatctagttttccagatttgaagta
gggtgaaaagttaactcacatcatgaatatgccacccatcccaaaaatct
tcattaaaatctcagaagctcacaaagtagaatgtaactttccaccgtac
ccttccttctttcagtcagccaccccacctcttatctttctccatgtatg
actcatttgctctagtttgagtctctggctgagtctttcaatgagaaaaa
acgaataactaggactgacactttgtaatacttagtcatt

gaattcatccaatggtgctctgtggtacagggtgacaaagaacatgtgca
atacctgcattcatctgacttgacgatgcactgttgctgatagtgtttat
gtccttcaaatggtacgagagatgattacaatggtgcagacattacttgg
actggacaacagtgtgcatgaaggagcattaggctgcacatgggctgggt
gaaaactgaatacatacagggtgcctttggacaaggaggcaggcagcagt
gaggtgaaggatgattttagtacagaaaatgattcaaaaagaagtaaaga
ctagagtaggacccttaagttgtagaaatacaagtttgtggtcaaatgag
ggatgctgactgtagcgattttgaggtagagctatctggactgctgccaa
ggatggaggaagatttgcaggggacctttagataaagagttatctgtgtt
aaatctttccaagtaactcatgtgaaacaaccgaagatgcattggataaa
cattcacatgtagctgtggaatcaacacaaaggcagcttggctttaaacc
attctgtcaaagtaagtataaaccatttacagtaaggtagtgtgtctttt
gtgtccagctatctgcctaatagactgtattgtcacagagggcattaata
cttcatacatatgtaaaccagaggcttttatttttatctaattactccag
tctttaagacattgttcagttgactatctcaagtcttaatatttatagaa
aaatatcattgccttgaacaatcattattctccctaatctaatcagttat
gtctaaagtatgatctgcgggggactaatcggacttccagaagttaagtt
cctgcactataatgttaatttccataggcagaggcgcatggtacatatag
gacatataggtctgtagaacatatgtgtttcagactttgcatgggatatt
ctgtttacccaggatactgatgattgggaagatggtgacctagttcctcc
aaacgtgtcaacccaggacccctccacccagttaatcctgagagcagcag
agtacggatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_123436129_123437277
seq2: B6Ng01-250F09.b_46_1185 (reverse)

seq1  AATGACTAAAGTATTACAAAGTGTCAGCTCCTAGGTTATTTCCTTTTTTT  50
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | ||||||
seq2  AATGACT-AAGTATTACAAAGTGTCAG-TCCTA-GTTATT--CGTTTTTT  45

seq1  CTCAATGGAAAGAACTCAGCCAAGAGACTCAAACTAGAGCAAAATGAGTC  100
      ||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTC-ATTGAAAG-ACTCAGCC-AGAGACTCAAACTAGAGC-AAATGAGTC  91

seq1  ATACATTGGAGAAAGATAAGA-GTGGGGTGGCTGACTGAAAGAAGGAAGG  149
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACA-TGGAGAAAGATAAGAGGTGGGGTGGCTGACTGAAAGAAGGAAGG  140

seq1  GTAC-GTGGGAAGTTACATTCTACTTTGTGAGCTTCTGAGATTTTAATGA  198
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGGTGGAAAGTTACATTCTACTTTGTGAGCTTCTGAGATTTTAATGA  190

seq1  AGATTTTTGGGATGGGTGGCATATTCATGATGTGAGTTAACTTTTCACCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTGGGATGGGTGGCATATTCATGATGTGAGTTAACTTTTCACCC  240

seq1  TACTTCAAATCTGGAAAACTAGATCTCTGTTTTAGTGCACTTTGACCCAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAAATCTGGAAAACTAGATCTCTG-TTTAGTGCACTTTGACCCAT  289

seq1  AAACAAGTGGAAGAGCTCACCAAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGTGGAAGAGCTCACCAAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  339

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGTGTGTGTGTATGTGAAAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGTGTGTGTGTATGTGAAAAC  389

seq1  CATGATTCACATCATATTATAATTATAATCCATCTCATCTTAAAACCAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTCACATCATATTATAATTATAATCCATCTCATCTTAAAACCAGC  439

seq1  AATTGGTTTTAAGATTTCACATACATTATTTCCCTTTCTGCATCCATTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTTTAAGATTTCACATACATTATTTCCCTTTCTGCATCCATTTT  489

seq1  AGATAGATTATATACTTTATTTACCTTGCTTGATTTGTTACTTTGCAGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATTATATACTTTATTTACCTTGCTTGATTTGTTACTTTGCAGGA  539

seq1  AATATGTAATCTATGAGAAAAACATTTAATACTCCTTAATTTTGAAATTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTAATCTATGAGAAAAACATTTAATACTCCTTAATTTTGAAATTG  589

seq1  AAATTATATTCGTATTACATAAGAATATACTAAAATGTTTGAAAAAGATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATATTCGTATTACATAAGAATATACTAAAATGTTTGAAAAAGATG  639

seq1  CTAATTTAAACTACTAAAAATGTTTATTTGAAAAGCTAGGTTTGTGCCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAAACTACTAAAAATGTTTATTTGAAAAGCTAGGTTTGTGCCTG  689

seq1  TAGACAGCCATAATCCACATTTTCTGCATCCATTCTTCTGCTGAGGGACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGCCATAATCCACATTTTCTGCATCCATTCTTCTGCTGAGGGACT  739

seq1  TCTGTGTTGTTTCCAGCTTGCGGCTATTACAAATAAGGCTGCTGTGAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTGTTTCCAGCTTGCGGCTATTACAAATAAGGCTGCTGTGAACA  789

seq1  TAGTGTAACACAAGTCCCTGTGGCATGGACGGGCATCTTTTAGGTATAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAACACAAGTCCCTGTGGCATGGACGGGCATCTTTTAGGTATAAG  839

seq1  CTCAAGGGTAGTATAGCTGGGTCTTTAGATCGGTCTATTCCCAACTTTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGGTAGTATAGCTGGGTCTTTAGATCGGTCTATTCCCAACTTTCT  889

seq1  GAGGAAACTCCAGATTGATTTCCAGACTGCTTGTACCAGCTTGTAATCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACTCCAGATTGATTTCCAGACTGCTTGTACCAGCTTGTAATCCC  939

seq1  ACCATCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCTCCAACATGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCTCCAACATGTG  989

seq1  CTGTCACCTGAGGTTTTGCTCTTAGCCATTCTTATTGGTTGTAGGATAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACCTGAGGTTTTGCTCTTAGCCATTCTTATTGGTTGTAGGATAAA  1039

seq1  ATCTCAGGGTTGTTTTTGATTTGCATTTCCCTCATGACTAAGGATGTTGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGGTTGTTTTTGATTTGCATTTCCCTCATGACTAAGGATGTTGC  1089

seq1  ACATTTCTTTAAGTGCTTCTTGGCCATTTGAAATTCTTCAGTTGAGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTTTAAGTGCTTCTTGGCCATTTGAAATTCTTCAGTTGAGAATT  1139

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1140


seq1: chr10_123294006_123295067
seq2: B6Ng01-250F09.g_68_1128

seq1  GAATTCATCCAATGGTGCTCTGTGGTACAGGGTGACAAAGAACATGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCAATGGTGCTCTGTGGTACAGGGTGACAAAGAACATGTGCA  50

seq1  ATACCTGCATTCATCTGACTTGACGATGCACTGTTGCTGATAGTGTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCATTCATCTGACTTGACGATGCACTGTTGCTGATAGTGTTTAT  100

seq1  GTCCTTCAAATGGTACGAGAGATGATTACAATGGTGCAGACATTACTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCAAATGGTACGAGAGATGATTACAATGGTGCAGACATTACTTGG  150

seq1  ACTGGACAACAGTGTGCATGAAGGAGCATTAGGCTGCACATGGGCTGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACAACAGTGTGCATGAAGGAGCATTAGGCTGCACATGGGCTGGGT  200

seq1  GAAAACTGAATACATACAGGGTGCCTTTGGACAAGGAGGCAGGCAGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGAATACATACAGGGTGCCTTTGGACAAGGAGGCAGGCAGCAGT  250

seq1  GAGGTGAAGGATGATTTTAGTACAGAAAATGATTCAAAAAGAAGTAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAAGGATGATTTTAGTACAGAAAATGATTCAAAAAGAAGTAAAGA  300

seq1  CTAGAGTAGGACCCTTAAGTTGTAGAAATACAAGTTTGTGGTCAAATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTAGGACCCTTAAGTTGTAGAAATACAAGTTTGTGGTCAAATGAG  350

seq1  GGATGCTGACTGTAGCGATTTTGAGGTAGAGCTATCTGGACTGCTGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGACTGTAGCGATTTTGAGGTAGAGCTATCTGGACTGCTGCCAA  400

seq1  GGATGGAGGAAGATTTGCAGGGGACCTTTAGATAAAGAGTTATCTGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGGAAGATTTGCAGGGGACCTTTAGATAAAGAGTTATCTGTGTT  450

seq1  AAATCTTTCCAAGTAACTCATGTGAAACAACCGAAGATGCATTGGATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTCCAAGTAACTCATGTGAAACAACCGAAGATGCATTGGATAAA  500

seq1  CATTCACATGTAGCTGTGGAATCAACACAAAGGCAGCTTGGCTTTAAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACATGTAGCTGTGGAATCAACACAAAGGCAGCTTGGCTTTAAACC  550

seq1  ATTCTGTCAAAGTAAGTATAAACCATTTACAGTAAGGTAGTGTGTCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCAAAGTAAGTATAAACCATTTACAGTAAGGTAGTGTGTCTTTT  600

seq1  GTGTCCAGCTATCTGCCTAATAGACTGTATTGTCACAGAGGGCATTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAGCTATCTGCCTAATAGACTGTATTGTCACAGAGGGCATTAATA  650

seq1  CTTCATACATATGTAAACCAGAGGCTTTTATTTTTATCTAATTACTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATACATATGTAAACCAGAGGCTTTTATTTTTATCTAATTACTCCAG  700

seq1  TCTTTAAGACATTGTTCAGTTGACTATCTCAAGTCTTAATATTTATAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAGACATTGTTCAGTTGACTATCTCAAGTCTTAATATTTATAGAA  750

seq1  AAATATCATTGCCTTGAACAATCATTATTCTCCCTAATCTAATCAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCATTGCCTTGAACAATCATTATTCTCCCTAATCTAATCAGTTAT  800

seq1  GTCTAAAGTATGATCTGCGGGGGACTAATCGGACTTCCAGAAGTTAAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAGTATGATCTGCGGGGGACTAATCGGACTTCCAGAAGTTAAGTT  850

seq1  CCTGCACTATAATGTTAATTTCCATAGGCAGAGGCGCATGGTACATATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACTATAATGTTAATTTCCATAGGCAGAGGCGCATGGTACATATAG  900

seq1  GACATATAGGTCTGTAGAACATATGTGTTTCAGACTTTGCATGGGATATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATAGGTCTGTAGAACATATGTGTTTCAGACTTTGCATGGGATATT  950

seq1  CTGTTTAACCCAGGATACTGATGATTGGAAGAATGGTGACCTAGTT-CTC  999
      |||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||
seq2  CTGTTT-ACCCAGGATACTGATGATTGGGAAGATGGTGACCTAGTTCCTC  999

seq1  CAAACGTGTC-ACCCAGGAACCCT-CACCCAGGTAATTCTGAGGAAGGCA  1047
      |||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||||    |||
seq2  CAAACGTGTCAACCCAGGACCCCTCCACCCAGTTAATCCTGAG---AGCA  1046

seq1  GCAGAGTACGGATAT  1062
      |||||||||||||||
seq2  GCAGAGTACGGATAT  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |