BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250J10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 24,189,795 - 24,341,252
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC628537, Ctgf
Upstream geneRps12, 1110021L09Rik, Vnn3, Vnn1, Taar1, Taar2, Taar3, Taar4, Taar5, Taar6, Taar7a, Taar7b, Taar7c-ps, Taar7d, Taar7e, LOC628480, Taar7f, Taar8a, Taar8b, Taar8c, Taar9, Stx7, Moxd1
Downstream geneEnpp1, Enpp3, Crsp3, Arg1, EG667479, LOC212399, Akap7, LOC665800, Epb4.1l2, 2010003K15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250J10.bB6Ng01-250J10.g
ACCGA058092GA058093
length1,1571,177
definitionB6Ng01-250J10.b B6Ng01-250J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,340,083 - 24,341,252)(24,189,795 - 24,190,954)
sequence
gaattctacaagttgataaaagataattgactggtggcagtaccaccgtg
actttggaccccaggtcgtggcacacagttagatgtatctctggatacag
tacccatggatgttacatttttttttccaggtctacagaattttctgaga
tttgagagagctagttaattctttaagaaatgaaaatagtaagtagaatc
aaattagatttctttttacatggaggacaaaacagtatgtcaattattca
attagtttgagtcctgagaattatgtctagagtgcgtgtgagactttcca
agtaggtatgctctcattgctgagttcttcatacaacttctctgaagaca
gctctgccgaggcaagtttaaaatgataacacagatgttccagaaacatc
ttcagatgacggagtgttgttttatttctgattcttttcctcctcctctc
tgagcagtggcgctgatggtgatgtttgtctttacacagcttttaccatg
caaagcatattggtgcccttgactctactctacagttctggaaatgtgtg
aaatgagttaaccctcctgccagtccatgcaggcgcacatttaatattat
ccctgagctatgaggagtccagatttgctatgttggagctgaacttcaaa
agctaacatttatggggaagtttcctataagaaagtctattttgggaatt
tattaatccctgctctctaagtgcagtgagtcccatcagtgtgtttggcc
tccgttgcttggaagcaatctatggccagtttaagacttgtcaattatac
agtcacctccaaaaatagtatttattggttgaccctaagcccatgtaaca
gactaactcacagatagcattgacattcaaccatccactaatacctcatc
tagaaaggagcacattccgttcagaacagagagctcctaggcgcctcttc
atctggttctctacgcgagagccttcgtgcatgcccaagtcaagatctga
gcatagagctatgaaaatgacccaaaaacatatgatttgctagggatcgg
gtttgtctagcaaataggctccatttttcagtacgtatgagacatggcct
aagatagctcgatgcagcagtgtctagaggtggtaagtgaactggtattc
aaatact
gaattcttcatctgtgaaagacttgtgtgagacaaggcatcattgtctaa
aaccctgatccgagatgcacagacaaagacaaggtgcatgtacactaggg
aattattgaaagaatgcagataatatgcatatgtagacatggaaatatat
tctgtggaatgacagaaacaggaaaatatgatcttgtaaatgcctagtta
atatatgtatatacatatatgcatattatactatacttaatatgtatagc
atatgtagacacaagtgggtttatttcattattgttactcacaaactctg
tatgcatttgcatacatatacaatagaagtgcaaatatgctataaaatga
attccagggaatgatttaaatgtgtttaacagtaatacagaaacttcaat
gggcacatagatagagattacattttcgatgaacccaaagatggctttta
tcttctaggattcatttaatatttgaaaattatttacttacttatttatg
ttgtgtgcacatccatgtacatgtgagcaagtgactaagctgcctgacca
ccaaggcctcaagctcttcctgtctccgcccttcaacaactatttttaga
aagccatctttaagatggaagaacattggcaacaacaacaaagagtagcc
cagagaagcagaccctttagggctcagagttgagtttaatagtagaacag
gcaggaggacctgggctcatcactagcacccaaaactgagcacacaaaca
agccccttactctcagcgttgatgctggatgcctgtcctcagttcctgcg
caaagtgtctgcccttgaacaaccaaatctctcaaattaaaattgactta
agccaaacaaatagggaaagggccaagatagatatgagttagattccacc
ataaattgtttcttcatcccttcatggtttactgacttatggcttaaact
ggttatttgtaagcagtaagaagtgcccatgatgccataaagttactggg
gttccctaacaggtcactgtcccctaatgaccaaaccccatcttgaaaag
ttgaaatctctctatatatgattccggggaatcccttttagtccatttat
tccacaggtacatagtgtcacctcaatctctttgaaatcatggaattttg
gtttccgaaaaagatggcagatatcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_24340083_24341252
seq2: B6Ng01-250J10.b_47_1203 (reverse)

seq1  AGTATTTGATAACCACTTTTCACTTCTCACCACCTCTAGAACACCTTGCT  50
      |||||||||  ||||   |||||||   ||||||||||| ||||  ||||
seq2  AGTATTTGAATACCA--GTTCACTT---ACCACCTCTAG-ACAC--TGCT  42

seq1  GCATCGGAAGCTATCT--AGCCATGTCCTCATACGTACTGAAAAATGGGA  98
      ||||||  ||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GCATCG--AGCTATCTTAGGCCATGT-CTCATACGTACTGAAAAAT-GGA  88

seq1  GCCCTTATTTGCTAGACAAACCCGATTCCCTAGCAAATCATATG-TTTTG  147
      |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GCC--TATTTGCTAGACAAACCCGA-TCCCTAGCAAATCATATGTTTTTG  135

seq1  GGTCATTTTCATTAGCTCTTATGCTCAGATCCTGACTTGGGCATGCACGA  197
      ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTTCA-TAGCTC-TATGCTCAGATCTTGACTTGGGCATGCACGA  183

seq1  AGGCTCTCGCGTAGAG-ACCAGATGAAGAGGCGCCTAGGAGCTCTCTGTT  246
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTCGCGTAGAGAACCAGATGAAGAGGCGCCTAGGAGCTCTCTGTT  233

seq1  CTGAACGGAATGTGCTCC-TTCTAGATGAGGTATTAGTGGATGGTTGAAT  295
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGGAATGTGCTCCTTTCTAGATGAGGTATTAGTGGATGGTTGAAT  283

seq1  GTCAATGCTATCTGTGAGTTAGTCTGTTACATGGGCTTAGGGTCAACCAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGCTATCTGTGAGTTAGTCTGTTACATGGGCTTAGGGTCAACCAA  333

seq1  TAAATACTATTTTTTGGAGGTGACTGTATAATTGACAAGTCTTAAACTGG  395
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTA-TTTTTGGAGGTGACTGTATAATTGACAAGTCTTAAACTGG  382

seq1  CCATAGATTGCTTCCAAGCAACGGAGGCCAAACACACTGATGGGACTCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGATTGCTTCCAAGCAACGGAGGCCAAACACACTGATGGGACTCAC  432

seq1  TGCACTTAGAGAGCAGGGATTAATAAATTCCCAAAATAGACTTTCTTATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTAGAGAGCAGGGATTAATAAATTCCCAAAATAGACTTTCTTATA  482

seq1  GGAAACTTCCCCATAAATGTTAGCTTTTGAAGTTCAGCTCCAACATAGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTTCCCCATAAATGTTAGCTTTTGAAGTTCAGCTCCAACATAGCA  532

seq1  AATCTGGACTCCTCATAGCTCAGGGATAATATTAAATGTGCGCCTGCATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGACTCCTCATAGCTCAGGGATAATATTAAATGTGCGCCTGCATG  582

seq1  GACTGGCAGGAGGGTTAACTCATTTCACACATTTCCAGAACTGTAGAGTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCAGGAGGGTTAACTCATTTCACACATTTCCAGAACTGTAGAGTA  632

seq1  GAGTCAAGGGCACCAATATGCTTTGCATGGTAAAAGCTGTGTAAAGACAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAGGGCACCAATATGCTTTGCATGGTAAAAGCTGTGTAAAGACAA  682

seq1  ACATCACCATCAGCGCCACTGCTCAGAGAGGAGGAGGAAAAGAATCAGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACCATCAGCGCCACTGCTCAGAGAGGAGGAGGAAAAGAATCAGAA  732

seq1  ATAAAACAACACTCCGTCATCTGAAGATGTTTCTGGAACATCTGTGTTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACAACACTCCGTCATCTGAAGATGTTTCTGGAACATCTGTGTTAT  782

seq1  CATTTTAAACTTGCCTCGGCAGAGCTGTCTTCAGAGAAGTTGTATGAAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAACTTGCCTCGGCAGAGCTGTCTTCAGAGAAGTTGTATGAAGA  832

seq1  ACTCAGCAATGAGAGCATACCTACTTGGAAAGTCTCACACGCACTCTAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCAATGAGAGCATACCTACTTGGAAAGTCTCACACGCACTCTAGA  882

seq1  CATAATTCTCAGGACTCAAACTAATTGAATAATTGACATACTGTTTTGTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTCTCAGGACTCAAACTAATTGAATAATTGACATACTGTTTTGTC  932

seq1  CTCCATGTAAAAAGAAATCTAATTTGATTCTACTTACTATTTTCATTTCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTAAAAAGAAATCTAATTTGATTCTACTTACTATTTTCATTTCT  982

seq1  TAAAGAATTAACTAGCTCTCTCAAATCTCAGAAAATTCTGTAGACCTGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATTAACTAGCTCTCTCAAATCTCAGAAAATTCTGTAGACCTGGA  1032

seq1  AAAAAAAATGTAACATCCATGGGTACTGTATCCAGAGATACATCTAACTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATGTAACATCCATGGGTACTGTATCCAGAGATACATCTAACTG  1082

seq1  TGTGCCACGACCTGGGGTCCAAAGTCACGGTGGTACTGCCACCAGTCAAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCACGACCTGGGGTCCAAAGTCACGGTGGTACTGCCACCAGTCAAT  1132

seq1  TATCTTTTATCAACTTGTAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTTATCAACTTGTAGAATTC  1157

seq1: chr10_24189795_24190954
seq2: B6Ng01-250J10.g_71_1247

seq1  GAATTCTTCATCTGTGAAAGACTTGTGTGAGACAAGGCATCATTGTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATCTGTGAAAGACTTGTGTGAGACAAGGCATCATTGTCTAA  50

seq1  AACCCTGATCCGAGATGCACAGACAAAGACAAGGTGCATGTACACTAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGATCCGAGATGCACAGACAAAGACAAGGTGCATGTACACTAGGG  100

seq1  AATTATTGAAAGAATGCAGATAATATGCATATGTAGACATGGAAATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTGAAAGAATGCAGATAATATGCATATGTAGACATGGAAATATAT  150

seq1  TCTGTGGAATGACAGAAACAGGAAAATATGATCTTGTAAATGCCTAGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGAATGACAGAAACAGGAAAATATGATCTTGTAAATGCCTAGTTA  200

seq1  ATATATGTATATACATATATGCATATTATACTATACTTAATATGTATAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATATACATATATGCATATTATACTATACTTAATATGTATAGC  250

seq1  ATATGTAGACACAAGTGGGTTTATTTCATTATTGTTACTCACAAACTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGACACAAGTGGGTTTATTTCATTATTGTTACTCACAAACTCTG  300

seq1  TATGCATTTGCATACATATACAATAGAAGTGCAAATATGCTATAAAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATTTGCATACATATACAATAGAAGTGCAAATATGCTATAAAATGA  350

seq1  ATTCCAGGGAATGATTTAAATGTGTTTAACAGTAATACAGAAACTTCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGGAATGATTTAAATGTGTTTAACAGTAATACAGAAACTTCAAT  400

seq1  GGGCACATAGATAGAGATTACATTTTCGATGAACCCAAAGATGGCTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATAGATAGAGATTACATTTTCGATGAACCCAAAGATGGCTTTTA  450

seq1  TCTTCTAGGATTCATTTAATATTTGAAAATTATTTACTTACTTATTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGGATTCATTTAATATTTGAAAATTATTTACTTACTTATTTATG  500

seq1  TTGTGTGCACATCCATGTACATGTGAGCAAGTGACTAAGCTGCCTGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGCACATCCATGTACATGTGAGCAAGTGACTAAGCTGCCTGACCA  550

seq1  CCAAGGCCTCAAGCTCTTCCTGTCTCCGCCCTTCAACAACTATTTTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCCTCAAGCTCTTCCTGTCTCCGCCCTTCAACAACTATTTTTAGA  600

seq1  AAGCCATCTTTAAGATGGAAGAACATTGGCAACAACAACAAAGAGTAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCTTTAAGATGGAAGAACATTGGCAACAACAACAAAGAGTAGCC  650

seq1  CAGAGAAGCAGACCCTTTAGGGCTCAGAGTTGAGTTTAATAGTAGAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGCAGACCCTTTAGGGCTCAGAGTTGAGTTTAATAGTAGAACAG  700

seq1  GCAGGAGGACCTGGGCTCATCACTAGCACCCAAAACTGAGCACACAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGACCTGGGCTCATCACTAGCACCCAAAACTGAGCACACAAACA  750

seq1  AGCCCCTTACTCTCAGCGTTGATGCTGGATGCCTGTCCTCAGTTCCTGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTTACTCTCAGCGTTGATGCTGGATGCCTGTCCTCAGTTCCTGCG  800

seq1  CAAAGTGTCTGCCCTTGAACAACCAAATCTCTCAAAATTAAAATTGACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGTCTGCCCTTGAACAACCAAATCTCTC-AAATTAAAATTGACTT  849

seq1  AAGCCAAACAAATAGGGAAAGGGCCAAGATAGATATGAGTTAGATT-CAC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGCCAAACAAATAGGGAAAGGGCCAAGATAGATATGAGTTAGATTCCAC  899

seq1  CATAAATTGTTTCTTCATCCCTTCATGG-TTACTGACTTATGGCTT-AAC  947
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  CATAAATTGTTTCTTCATCCCTTCATGGTTTACTGACTTATGGCTTAAAC  949

seq1  TGGTTATTTGTAAGCAGTAAG-AGTG-CCATGATG-CAT-AAGGTACTGG  993
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||| ||||||
seq2  TGGTTATTTGTAAGCAGTAAGAAGTGCCCATGATGCCATAAAGTTACTGG  999

seq1  GTTTCC--TACAGGTCACTGTCCCCT-ATGA-CTAACCCCATCTTGAAGA  1039
      | ||||   ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |
seq2  GGTTCCCTAACAGGTCACTGTCCCCTAATGACCAAACCCCATCTTGAAAA  1049

seq1  GTAGAAATCTCTCTATATATGATCCTGGG--ATTCCTTTTAGT-CATTTA  1086
      || |||||||||||||||||||| | |||  || ||||||||| ||||||
seq2  GTTGAAATCTCTCTATATATGATTCCGGGGAATCCCTTTTAGTCCATTTA  1099

seq1  TTTCACAGTTACATAGTGTCA-CTC-ATTTCTTTGAAATCAT-GAATTTT  1133
      || ||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||
seq2  TTCCACAGGTACATAGTGTCACCTCAATCTCTTTGAAATCATGGAATTTT  1149

seq1  TGTTTCTG-ATAAGATGGCAGGTATCAG  1160
       ||||| | | |||||||||| ||||||
seq2  GGTTTCCGAAAAAGATGGCAGATATCAG  1177