BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251C14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 64,445,313 - 64,548,179
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna3
Upstream geneLrrtm3
Downstream geneLOC665206, LOC216036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251C14.bB6Ng01-251C14.g
ACCGA058505GA058506
length1,0671,009
definitionB6Ng01-251C14.b B6Ng01-251C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,547,108 - 64,548,179)(64,445,313 - 64,446,308)
sequence
gaattcaatagtttgcttcagtaaaatctaaaaacaaattggtcatattc
tcttcactagttcaataatagaaatcaaatctctctggaccaaaggagac
ttaaaaggtaatatttggggaccagagtgttgattcagaaggtcatagca
ccagctgccaagagagatgacctttcatcccatgattctcatgataggaa
gagaaaacagatttctgcaagttgtcttctgacctccacacaggtgctct
tgaacacatgcaagcattagaacaggcagacacacacacacacacacaca
cacagagagagagagagagagaggcagacacagaaagacagagagagagt
cacagaaatagaaaaaataattttaaaaatatgaatatagttatctttca
aaatattgtaaaaaaaattccagggagattggagaaattttaatataaga
tgcgctttagatgatatcaggagctattttctagagattattatatcgtt
aaaagcttttcaaagccacaaaaaatgccagctgcagcagacatcacatt
gcttcttttcaattttgtaaatacaatgttttgccgtgggtcaaaagttt
atttgtaatccatcataaaagcttttaattccataagctaagaatctcag
ttaagataaaaacttaatgatagtgtgacttccacccatggcctgctgtg
tcacccttgaattttgaggcaagaaaaagagttcagaacatgaaacaagg
ctgcttgcttgaccaggcatatgaatggcctttagccgagagtctcaagg
tctttgggaggaatctgtaccctgtagaaggctgacttgagagattttgg
attatgtaaaattctactcttcttcaaccttcagagttttctcaggttat
ctgttaattccaacacctgcttcaactccagcacggattcaattgattac
atttgcatgtttagtgattttttttttgattgaatgttagtcattataaa
gtttccctttggtgactgctagtaattttatatacataagatatctgggc
ttaggtctgagatctgt

gaattcaaccagacactaccacatccatctttttatatgtggtttgtggg
acttgacaaagcaagcactgtactgactgaggtatctccctagcctctgg
agctaatttaatagttacttagcataaagtagcaagcagcctctctgagg
taacagatggcctgccagagtagcaatgccaatgcataactgaagtcaga
ctttatacttgctatattgtggccagtcccttaagaccagaaggacagat
ctttggataataaattgtatttccagtgcacagctggtaggaaagatgca
gttcttagctttattttctgtattggagagactcagcttaaatgtcccag
ggaaatttaatacatcctttattctatatacagtcatatttggtgttagg
gaggtaatggtgtatagaaaatgtgtacccttgctagaaaggtagattta
ggttctgaatttgccttaactggggagcctgttttgtggttaaaaatgtg
tacttatccttcctgcccttgttactatatttgtgaccacaaatctctgt
gcttcacctaaagacaagggaaaataatatgatcaacaatgcatatgttt
gactatcagtcaatgacttaaatatatatggtattgctactaatgcttca
ctacatagtcagctatgcattaaaatatgtaaatgctcactctaaggttt
ggtttgatttatggtcttggaaaagtccatttgctccctttccccaccta
gaaatggaagcttcactgtcggatacttttaagatttgattagttctcaa
aataaagtgtaagaaaaggaggcagtgcttctgatgtgatgtgggtcaga
taaagaaatactaaatattatagtgagatgttgggagccccattacctaa
atgtgtttgtgaatagcattgaatagattaggggaaggttaatttggctt
aagtttgaagagggtaggctacccataaataaaaaccattgtgaaattgt
gtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_64547108_64548179
seq2: B6Ng01-251C14.b_46_1112 (reverse)

seq1  ACAGAATCTCAGACCTAAGCCCAAGAATATGGTTATGTATATAAAATTTA  50
      |||| ||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||  
seq2  ACAG-ATCTCAGACCTAAGCCCA--GATAT-CTTATGTATATAAAATT--  44

seq1  ACTAGCAGTCACCAAA-GGAAACTTTATAATGACTAACATTCAATCAAAA  99
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAGTCACCAAAGGGAAACTTTATAATGACTAACATTCAATCAAAA  94

seq1  AAAAAATCACTAAACATGCAAATGTAATCAATTGAATCCGTGCTGGAGTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCACTAAACATGCAAATGTAATCAATTGAATCCGTGCTGGAGTT  144

seq1  GAAGCAGGTGTTGGAATTAACAGATAACCTGAGAAAACTCTGAAGGTTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGTGTTGGAATTAACAGATAACCTGAGAAAACTCTGAAGGTTGA  194

seq1  AGAAGAGTAGAATTTTACATAATCCAAAATCTCTCAAGTCAGCCTTCTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGTAGAATTTTACATAATCCAAAATCTCTCAAGTCAGCCTTCTAC  244

seq1  AGGGTACAGATTCCTCCCAAAGACCTTGAGACTCTCGGCTAAAGGCCATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTACAGATTCCTCCCAAAGACCTTGAGACTCTCGGCTAAAGGCCATT  294

seq1  CATATGCCTGGTCAAGCAAGCAGCCTTGTTTCATGTTCTGAACTCTTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCCTGGTCAAGCAAGCAGCCTTGTTTCATGTTCTGAACTCTTTTT  344

seq1  CTTGCCTCAAAATTCAAGGGTGACACAGCAGGCCATGGGTGGAAGTCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTCAAAATTCAAGGGTGACACAGCAGGCCATGGGTGGAAGTCACA  394

seq1  CTATCATTAAGTTTTTATCTTAACTGAGATTCTTAGCTTATGGAATTAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATTAAGTTTTTATCTTAACTGAGATTCTTAGCTTATGGAATTAAA  444

seq1  AGCTTTTATGATGGATTACAAATAAACTTTTGACCCACGGCAAAACATTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTATGATGGATTACAAATAAACTTTTGACCCACGGCAAAACATTG  494

seq1  TATTTACAAAATTGAAAAGAAGCAATGTGATGTCTGCTGCAGCTGGCATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACAAAATTGAAAAGAAGCAATGTGATGTCTGCTGCAGCTGGCATT  544

seq1  TTTTGTGGCTTTGAAAAGCTTTTAACGATATAATAATCTCTAGAAAATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGCTTTGAAAAGCTTTTAACGATATAATAATCTCTAGAAAATAG  594

seq1  CTCCTGATATCATCTAAAGCGCATCTTATATTAAAATTTCTCCAATCTCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGATATCATCTAAAGCGCATCTTATATTAAAATTTCTCCAATCTCC  644

seq1  CTGGAATTTTTTTTACAATATTTTGAAAGATAACTATATTCATATTTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATTTTTTTTACAATATTTTGAAAGATAACTATATTCATATTTTTA  694

seq1  AAATTATTTTTTCTATTTCTGTGACTCTCTCTCTGTCTTTCTGTGTCTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTTTTCTATTTCTGTGACTCTCTCTCTGTCTTTCTGTGTCTGC  744

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGCCT  794

seq1  GTTCTAATGCTTGCATGTGTTCAAGAGCACCTGTGTGGAGGTCAGAAGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAATGCTTGCATGTGTTCAAGAGCACCTGTGTGGAGGTCAGAAGAC  844

seq1  AACTTGCAGAAATCTGTTTTCTCTTCCTATCATGAGAATCATGGGATGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCAGAAATCTGTTTTCTCTTCCTATCATGAGAATCATGGGATGAA  894

seq1  AGGTCATCTCTCTTGGCAGCTGGTGCTATGACCTTCTGAATCAACACTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCTCTCTTGGCAGCTGGTGCTATGACCTTCTGAATCAACACTCT  944

seq1  GGTCCCCAAATATTACCTTTTAAGTCTCCTTTGGTCCAGAGAGATTTGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCAAATATTACCTTTTAAGTCTCCTTTGGTCCAGAGAGATTTGAT  994

seq1  TTCTATTATTGAACTAGTGAAGAGAATATGACCAATTTGTTTTTAGATTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTATTGAACTAGTGAAGAGAATATGACCAATTTGTTTTTAGATTT  1044

seq1  TACTGAAGCAAACTATTGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGCAAACTATTGAATTC  1067


seq1: chr10_64445313_64446308
seq2: B6Ng01-251C14.g_67_1075

seq1  GAATTCAACCAGACACTACCACATCCATCTTTTTATATGTGGTTTGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCAGACACTACCACATCCATCTTTTTATATGTGGTTTGTGGG  50

seq1  ACTTGACAAAGCAAGCACTGTACTGACTGAGGTATCTCCCTAGCCTCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACAAAGCAAGCACTGTACTGACTGAGGTATCTCCCTAGCCTCTGG  100

seq1  AGCTAATTTAATAGTTACTTAGCATAAAGTAGCAAGCAGCCTCTCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATTTAATAGTTACTTAGCATAAAGTAGCAAGCAGCCTCTCTGAGG  150

seq1  TAACAGATGGCCTGCCAGAGTAGCAATGCCAATGCATAACTGAAGTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGATGGCCTGCCAGAGTAGCAATGCCAATGCATAACTGAAGTCAGA  200

seq1  CTTTATACTTGCTATATTGTGGCCAGTCCCTTAAGACCAGAAGGACAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATACTTGCTATATTGTGGCCAGTCCCTTAAGACCAGAAGGACAGAT  250

seq1  CTTTGGATAATAAATTGTATTTCCAGTGCACAGCTGGTAGGAAAGATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGATAATAAATTGTATTTCCAGTGCACAGCTGGTAGGAAAGATGCA  300

seq1  GTTCTTAGCTTTATTTTCTGTATTGGAGAGACTCAGCTTAAATGTCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAGCTTTATTTTCTGTATTGGAGAGACTCAGCTTAAATGTCCCAG  350

seq1  GGAAATTTAATACATCCTTTATTCTATATACAGTCATATTTGGTGTTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTAATACATCCTTTATTCTATATACAGTCATATTTGGTGTTAGG  400

seq1  GAGGTAATGGTGTATAGAAAATGTGTACCCTTGCTAGAAAGGTAGATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAATGGTGTATAGAAAATGTGTACCCTTGCTAGAAAGGTAGATTTA  450

seq1  GGTTCTGAATTTGCCTTAACTGGGGAGCCTGTTTTGTGGTTAAAAATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGAATTTGCCTTAACTGGGGAGCCTGTTTTGTGGTTAAAAATGTG  500

seq1  TACTTATCCTTCCTGCCCTTGTTACTATATTTGTGACCACAAATCTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATCCTTCCTGCCCTTGTTACTATATTTGTGACCACAAATCTCTGT  550

seq1  GCTTCACCTAAAGACAAGGGAAAATAATATGATCAACAATGCATATGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACCTAAAGACAAGGGAAAATAATATGATCAACAATGCATATGTTT  600

seq1  GACTATCAGTCAATGACTTAAATATATATGGTATTGCTACTAATGCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATCAGTCAATGACTTAAATATATATGGTATTGCTACTAATGCTTCA  650

seq1  CTACATAGTCAGCTATGCATTAAAATATGTAAATGCTCACTCTAAGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGTCAGCTATGCATTAAAATATGTAAATGCTCACTCTAAGGTTT  700

seq1  GGTTTGATTTATGGTCTTGGAAAAGTCCATTTGCTCCCTTTCCCCACCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGATTTATGGTCTTGGAAAAGTCCATTTGCTCCCTTTCCCCACCTA  750

seq1  GAAATGGAAGCTTCACTGTCGGATACTTTTAAGATTTGATTAGTTCTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGAAGCTTCACTGTCGGATACTTTTAAGATTTGATTAGTTCTCAA  800

seq1  AATAAAGTGTAAGAAAAGGAGGCAGTGCTTCTGATGTGATGTGGGTCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTGTAAGAAAAGGAGGCAGTGCTTCTGATGTGATGTGGGTCAGA  850

seq1  TTAAGAAATACTAAATATTATAGTGAGATGTT-GGAGCCCCATAACCTAA  899
      | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TAAAGAAATACTAAATATTATAGTGAGATGTTGGGAGCCCCATTACCTAA  900

seq1  ATGTG-TTGTGAATAGCA-TGAATAGAATA-GGGAAGGTTAA-TTGGC-T  944
      ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |
seq2  ATGTGTTTGTGAATAGCATTGAATAGATTAGGGGAAGGTTAATTTGGCTT  950

seq1  AAG-TTGAAGA-GGTAGGCTA-CCATAAATAAAAAC--ATGTGAA--TGT  987
      ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||   ||||||  |||
seq2  AAGTTTGAAGAGGGTAGGCTACCCATAAATAAAAACCATTGTGAAATTGT  1000

seq1  GTGTGTGTG  996
      |||||||||
seq2  GTGTGTGTG  1009


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |