BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252M11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 64,999,870 - 65,156,655
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCtnna3, LOC665206, LOC216036
Downstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252M11.bB6Ng01-252M11.g
ACCGA059685GA059686
length1,1831,185
definitionB6Ng01-252M11.b B6Ng01-252M11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,155,481 - 65,156,655)(64,999,870 - 65,001,069)
sequence
gaattcccttctttcaggctgtctcttcactcttgtcttctttgcagatg
ctctagctttgatgtcaaaacatttgatgattcttactataatttcctga
gctattgacaccctctcaaggacagcattgtcttttcctagtccataagt
gtatttcacaatttttgaccagccacttcagtgttgcaggtattatttta
aggtcttagcttatttttgagttgagttttgtagcggggatgtagggctg
gggtttcaatctcacacattgtgtgcttaattttcccagcaacagttgat
aaatagccttacatgtttttaaggtatactttaacacttgtggattgaca
gcaacatttcatgtcatacctgcaacgtgtcagacttaccaaagctccat
catttcacacacacagatattggtgtctttcaatttcgttcattctagtg
gtgtgccatgttatctcctaagggcttaatgctaattgactttattttgt
tcctcttaatttcttctgttttcagtcattcatgtaacatgtttttataa
ttttttcaacattgaaatttgatagactttttttttgtcatttaactgaa
gacaaaaaagaaaaccctttaaatactgaatatgttgtctaaaagataca
aaatggtgtcctaggatactcataactttacagaactaattcctatcaga
tatcaaatttagtgaaaacaagtatactaatatttactctgtagcttaat
gttatagcaacttttgtaatgttataaagatcaatcctgtattattcttt
atatattttaccatttttgctttaacatttaattcatagttccagggact
aaatatatatatggcataagacaacagtcaagtttcctgctttaattgta
cataataagttctcttggacattctgactccattaaatgacgttggcacc
aggattaaatcactttcaacattgtaccttatctgaatgctcattttttg
tcacattgatatgcatatcaataacaaaagaatgttaagaaaatgcaatt
cagatggcattaatcccttttacttgttatcttttgtcaactcatttcag
cttccaagtttcatttgtgcctcagcaatacatggtagaacatttttgac
cactggataaaatgcctggctgggatgcctaat

gaattcctaccctttcaacagtctataagctacgtgaaagtgcataggtt
tttctgtctgtctacaacttttagtcatctaactcttcctttatcttttt
gcaggctttccagacataaatatcctctctctgttactttgaacttcctt
actgagtctttaaagccccatctcccaccctcatcatatggctgctactt
catcatgaagataacttccatcctacctcaaataaaaaaagttatttttt
atttttatttttcctattctcttcctccaggaagttgcccaggtatgttt
tcctgttaaacccttataaagttatcctggagatacactttgattctttt
cttaaattattgtattaataagacctacaatattaactagtgctgtgatc
tccagtgtaatctgataaccagtatttataaaacaaagtaatgaaattca
tcatttgtatagaaaaaacacatactatatctatataaaatcttaggata
tatacagcaagaggacagcttagggagagaagatttcaacataaaaaaat
ataaataaataagttaactctaccatgactttagcagaatgatctgtagt
cctagtgccatgaaagatgagactggggaatcatgattttgaggccaacc
agtgctaatcaggagttccgaggtcagccttaggcttatcactgctgtga
tggaacatttgaccagaaacaacttggcaaggatagggtatgcttgactt
acatattccaagtcacggtcctttgaaggaaaccaatcagaagtaaaacc
cagctggaacctggaaacaggagctgatataaaggtcatagaggagtgct
gctcattggcttgctttccatgacttgctcagcctacttttcttatagag
tcatgaaccaggaacaggatctcctttccagcccaaggtttttaccaccc
acaataggatgaacctgtcctcatcatcgcttattagaaatgcctctagg
cccgtctacagcatgattttattggagcattttctaactgagattttatc
tctcaaatgactctagactgttgttcaggctacataaaatattctaggta
actatcttaaacatccaacagcaggattttcccaattagatcataagtct
actctagaatctagaaacctcttaaacagtgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_65155481_65156655
seq2: B6Ng01-252M11.b_47_1229 (reverse)

seq1  ATTA-GCATCCCAG-CAGGCATTTTTATACAAGTTGTCAAAATGGTTCTA  48
      |||| ||||||||| |||||| |||||| | ||| |||||||  ||||||
seq2  ATTAGGCATCCCAGCCAGGCA-TTTTAT-CCAGTGGTCAAAAATGTTCTA  48

seq1  ACATGTA-TGCTGAGGCACAAATG-AACTTGGAAGCTGAAATGAGTTTGA  96
       |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCATGTATTGCTGAGGCACAAATGAAACTTGGAAGCTGAAATGAG-TTGA  97

seq1  C-AAAGATAACAAGT-AAAGGGA-TAATGCCATCTG-ATTGCATTTTCTT  142
      | ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAAAAGATAACAAGTAAAAGGGATTAATGCCATCTGAATTGCATTTTCTT  147

seq1  AACA-TCTTTTG-TATTGATATGCATATCAATGTGAC-AAAAATGAGCAT  189
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACATTCTTTTGTTATTGATATGCATATCAATGTGACAAAAAATGAGCAT  197

seq1  TCAGATAAGGTACAATGTTG-AAGTGATTTAATCCTGGTGCCAACGTCAT  238
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAAGGTACAATGTTGAAAGTGATTTAATCCTGGTGCCAACGTCAT  247

seq1  TTAATGGAGTCAGAATGTCCAAGAGAACTTATTATGTACAATTAAAGCAG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGAGTCAGAATGTCCAAGAGAACTTATTATGTACAATTAAAGCAG  297

seq1  GAAACCTTGACTGTTGTCTTATGCCATATATATATTTAGTCCCTGGAACT  338
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAA-CTTGACTGTTGTCTTATGCCATATATATATTTAGTCCCTGGAACT  346

seq1  ATGAATTAAATGTTAAAGCAAAAATGGTAAAATATATAAAGAATAATACA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTAAATGTTAAAGCAAAAATGGTAAAATATATAAAGAATAATACA  396

seq1  GGATTGATCTTTATAACATTACAAAAGTTGCTATAACATTAAGCTACAGA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGATCTTTATAACATTACAAAAGTTGCTATAACATTAAGCTACAGA  446

seq1  GTAAATATTAGTATACTTGTTTTCACTAAATTTGATATCTGATAGGAATT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATTAGTATACTTGTTTTCACTAAATTTGATATCTGATAGGAATT  496

seq1  AGTTCTGTAAAGTTATGAGTATCCTAGGACACCATTTTGTATCTTTTAGA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGTAAAGTTATGAGTATCCTAGGACACCATTTTGTATCTTTTAGA  546

seq1  CAACATATTCAGTATTTAAAGGGTTTTCTTTTTTGTCTTCAGTTAAATGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATATTCAGTATTTAAAGGGTTTTCTTTTTTGTCTTCAGTTAAATGA  596

seq1  CAAAAAAAAAGTCTATCAAATTTCAATGTTGAAAAAATTATAAAAACATG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAAGTCTATCAAATTTCAATGTTGAAAAAATTATAAAAACATG  646

seq1  TTACATGAATGACTGAAAACAGAAGAAATTAAGAGGAACAAAATAAAGTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGAATGACTGAAAACAGAAGAAATTAAGAGGAACAAAATAAAGTC  696

seq1  AATTAGCATTAAGCCCTTAGGAGATAACATGGCACACCACTAGAATGAAC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCATTAAGCCCTTAGGAGATAACATGGCACACCACTAGAATGAAC  746

seq1  GAAATTGAAAGACACCAATATCTGTGTGTGTGAAATGATGGAGCTTTGGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGAAAGACACCAATATCTGTGTGTGTGAAATGATGGAGCTTTGGT  796

seq1  AAGTCTGACACGTTGCAGGTATGACATGAAATGTTGCTGTCAATCCACAA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGACACGTTGCAGGTATGACATGAAATGTTGCTGTCAATCCACAA  846

seq1  GTGTTAAAGTATACCTTAAAAACATGTAAGGCTATTTATCAACTGTTGCT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAAGTATACCTTAAAAACATGTAAGGCTATTTATCAACTGTTGCT  896

seq1  GGGAAAATTAAGCACACAATGTGTGAGATTGAAACCCCAGCCCTACATCC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAATTAAGCACACAATGTGTGAGATTGAAACCCCAGCCCTACATCC  946

seq1  CCGCTACAAAACTCAACTCAAAAATAAGCTAAGACCTTAAAATAATACCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTACAAAACTCAACTCAAAAATAAGCTAAGACCTTAAAATAATACCT  996

seq1  GCAACACTGAAGTGGCTGGTCAAAAATTGTGAAATACACTTATGGACTAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACTGAAGTGGCTGGTCAAAAATTGTGAAATACACTTATGGACTAG  1046

seq1  GAAAAGACAATGCTGTCCTTGAGAGGGTGTCAATAGCTCAGGAAATTATA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGACAATGCTGTCCTTGAGAGGGTGTCAATAGCTCAGGAAATTATA  1096

seq1  GTAAGAATCATCAAATGTTTTGACATCAAAGCTAGAGCATCTGCAAAGAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAATCATCAAATGTTTTGACATCAAAGCTAGAGCATCTGCAAAGAA  1146

seq1  GACAAGAGTGAAGAGACAGCCTGAAAGAAGGGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAGTGAAGAGACAGCCTGAAAGAAGGGAATTC  1183


seq1: chr10_64999870_65001069
seq2: B6Ng01-252M11.g_67_1251

seq1  GAATTCCTACCCTTTCAACAGTCTATAAGCTACGTGAAAGTGCATAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCCTTTCAACAGTCTATAAGCTACGTGAAAGTGCATAGGTT  50

seq1  TTTCTGTCTGTCTACAACTTTTAGTCATCTAACTCTTCCTTTATCTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCTGTCTACAACTTTTAGTCATCTAACTCTTCCTTTATCTTTTT  100

seq1  GCAGGCTTTCCAGACATAAATATCCTCTCTCTGTTACTTTGAACTTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTTTCCAGACATAAATATCCTCTCTCTGTTACTTTGAACTTCCTT  150

seq1  ACTGAGTCTTTAAAGCCCCATCTCCCACCCTCATCATATGGCTGCTACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCTTTAAAGCCCCATCTCCCACCCTCATCATATGGCTGCTACTT  200

seq1  CATCATGAAGATAACTTCCATCCTACCTCAAATAAAAAAAGTTATTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGAAGATAACTTCCATCCTACCTCAAATAAAAAAAGTTATTTTTT  250

seq1  ATTTTTATTTTTCCTATTCTCTTCCTCCAGGAAGTTGCCCAGGTATGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTTTTCCTATTCTCTTCCTCCAGGAAGTTGCCCAGGTATGTTT  300

seq1  TCCTGTTAAACCCTTATAAAGTTATCCTGGAGATACACTTTGATTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTAAACCCTTATAAAGTTATCCTGGAGATACACTTTGATTCTTTT  350

seq1  CTTAAATTATTGTATTAATAAGACCTACAATATTAACTAGTGCTGTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTATTGTATTAATAAGACCTACAATATTAACTAGTGCTGTGATC  400

seq1  TCCAGTGTAATCTGATAACCAGTATTTATAAAACAAAGTAATGAAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTAATCTGATAACCAGTATTTATAAAACAAAGTAATGAAATTCA  450

seq1  TCATTTGTATAGAAAAAACACATACTATATCTATATAAAATCTTAGGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTATAGAAAAAACACATACTATATCTATATAAAATCTTAGGATA  500

seq1  TATACAGCAAGAGGACAGCTTAGGGAGAGAAGATTTCAACATAAAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGCAAGAGGACAGCTTAGGGAGAGAAGATTTCAACATAAAAAAAT  550

seq1  ATAAATAAATAAGTTAACTCTACCATGACTTTAGCAGAATGATCTGTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAAGTTAACTCTACCATGACTTTAGCAGAATGATCTGTAGT  600

seq1  CCTAGTGCCATGAAAGATGAGACTGGGGAATCATGATTTTGAGGCCAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGCCATGAAAGATGAGACTGGGGAATCATGATTTTGAGGCCAACC  650

seq1  AGTGCTAATCAGGAGTTCCGAGGTCAGCCTTAGGCTTATCACTGCTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAATCAGGAGTTCCGAGGTCAGCCTTAGGCTTATCACTGCTGTGA  700

seq1  TGGAACATTTGACCAGAAACAACTTGGCAAGGATAGGGTATGCTTGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACATTTGACCAGAAACAACTTGGCAAGGATAGGGTATGCTTGACTT  750

seq1  ACATATTCCAAGTCACGGTCCTTTGAAGGAAACCAATCAGGAAGTAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATATTCCAAGTCACGGTCCTTTGAAGGAAACCAATCA-GAAGTAAAAC  799

seq1  CCAGCTGGAACCTGGAAACAGGAGCTGATATAAAGGTCATAGAGGAGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGAACCTGGAAACAGGAGCTGATATAAAGGTCATAGAGGAGTGC  849

seq1  TGCTCATTGGCTTGCTTTCCATGACTTGCTCAGCCTAC-TTTCTTATAGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCTCATTGGCTTGCTTTCCATGACTTGCTCAGCCTACTTTTCTTATAGA  899

seq1  GTCATGAACCAGGAACAGGATCTCC-TTCCAGCCCAAGGTTTTTACCACC  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAACCAGGAACAGGATCTCCTTTCCAGCCCAAGGTTTTTACCACC  949

seq1  CACAATAGGATGAACCTGTCCTCATCAATCGCTTATTAAGAAAATGCCTC  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||
seq2  CACAATAGGATGAACCTGTCCTCATC-ATCGCTTATTA--GAAATGCCTC  996

seq1  TAGGCCCGTCTACAGCATGATTTTATGGAGGCATTTTCTTAACTGAGATT  1048
      |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||
seq2  TAGGCCCGTCTACAGCATGATTTTATTGGAGCATTTTC-TAACTGAGATT  1045

seq1  TTATCCTCTCAAATGACTCTAGACTG-TGTCAAGCTTACATAAAAATATC  1097
      |||| ||||||||||||||||||||| |||  ||  |||||||||   ||
seq2  TTAT-CTCTCAAATGACTCTAGACTGTTGTTCAGGCTACATAAAATATTC  1094

seq1  TAGTACACTATCTAAACAATCACACAGCACAGAATTTTTCCACATTTTAA  1147
      |||   ||||||| ||  |||  ||||  ||| ||||| ||| |||    
seq2  TAGGTAACTATCTTAAACATCCAACAG--CAGGATTTTCCCA-ATT----  1137

seq1  AGAACCCACTAAGTCTACTCTTAGAAATCTAGAAACCTCTTAACAAGTGT  1197
      ||| |    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||
seq2  AGATC---ATAAGTCTACTC-TAG-AATCTAGAAACCTCTTAAACAGTGT  1182

seq1  TTT  1200
      |||
seq2  TTT  1185


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |