BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254B06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 26,254,879 - 26,394,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667572
Upstream gene2010003K15Rik, EG667513, LOC667519, LOC628697, C030003D03Rik, LOC100040851, LOC15352, Samd3, L3mbtl3, LOC435208
Downstream geneLOC100040349, Arhgap18, Lama2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254B06.bB6Ng01-254B06.g
ACCGA060641GA060642
length1,1711,163
definitionB6Ng01-254B06.b B6Ng01-254B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,393,535 - 26,394,700)(26,254,879 - 26,256,023)
sequence
gaattcctacatgagtgccgcatgtacatcatttccacccttacctccac
ccacctgcctgctacccctcaataacttctctggggtctcccactccctc
tcagctttatcactccttttataattatcaatgttacacacacacacaca
cacacacacacacacacacctcattatatgcatatagactttcaaaataa
tatgactttcattctctgctcttccctgttcaagaaacaactacatcttc
ttgtgcaatgccagccttgtcccgtagacaaactggtgaaggtcggtgtg
attggatttggccgtattgggctcctggttaccagggctgcattctgctc
tacacttggcacactggagattgttgccatcaacagcctcttcattgaca
tcaactacatggtctatatgttccagtaggactccaccaatggcaaattc
aacagaacagtcaaggctgagaatgggaatcttatcatcaacgggaagcc
catcaccatcttccaggagcgagatcccactaacatcaaatggggtgatg
ctggtgctgagtatgttatggagtctactggcgtcttcaccaccatggag
aaggctggggcccacttgaagggtggggccaaaagggtcatcatcttcgc
caccccttctgccaatgccccaatgtttgtgaagggtttgaactatgaga
aatatgacaactcactcaacattgtcagtaatgcatcatataccaccaac
tgtttagcctcctggggccaaggctatccatgacacctttagcatcgtag
aagagctcatgaccacggtctatgccgtaactaccatttcagaagactgt
ggatggcccctctggaaagctgtggcgtgatggtcgtggggctgcccaga
acatcatcccctcattcactggtgcagcgaaagctgtgggcaaggttatc
ccagagctgagcaggaagctcactggcatggacttctgtgtcctaacacc
aatgtatccattgggatctgacatgcctccctggaaacctgcccagcatg
atgaacaacaagaaggtggtgaagcagccatctgaagggccacttaaagg
gcaatcttgactacattgagagaaaaggttgtctcctgtgcaactttcac
acgaacctccccactctttca
gaattccagcaataaatattaatatcaagcccaattatttccttaaaaga
tacctttccatgaaaagctttatgtttaatgatagttaccaaagctccta
taaatattgatatgatcacgtgtatactaataataattttaataagaata
taggtagaggcttttaaacatttagaagcataggttcacaaaaattggta
attttaagttatatgggaaaagtattattagttaataaaaggcttttgaa
tacaaaatgaaatatacacacacatgttatcacaaaggagtagattagaa
atatgtgttgggaaaacccaaaaaattctaaatttctcacaattagatac
aatgttttatatgaatgtatatttgcatatctgtataagctcttgcattc
atgtataagaaacatctattaaatttgtgttgatagatttgaaaaaaata
ttgtttttaaaatgtcaatgtttctctttctacacacacacatacacaca
cacacatatatatatgtataatggagaatcttcttttttgtgatttattt
aattttatgtctatgaatgttttgtctgcttgtgtgcatgtgtacatgtg
catgcaatgcctgtgaatgtcagaagagttacaaatgaagctacatctgt
tactgaagttatagatgcctgtgaaccatctgtgggtacttgtaactaaa
cctaggtcgtctgcaagagcaacaagtgtttttaaccacagaaccctccc
tctagcccccactgtattttttttttttaatttatggctaataatagaaa
aacaaacaaagtgagcaaaatctttgaggtttacaggggacaatccagtt
ttttacacatgtaacaaatttacttggatggggatgggccagtcagtcta
ctgtggatatgtgtggactctcagaaccccttataggctatgtttctctc
atcaaatggcatacaatacaatagagcaactgtacagagttcaagaattg
gggggattctaaaacccactagaatttggaggaaccagaccacatatttt
atttgatgtagtaacaccgcttaccaatagatattataacagaaaaagga
tataaattgaatataccatttcagagccttgcttccaagccttcactagc
agactggccccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_26393535_26394700
seq2: B6Ng01-254B06.b_46_1216 (reverse)

seq1  TGAAAGAGTGGG--AGTTACTGTTGAAGTTG--CAGGAGACAACCTTTTC  46
      ||||||||||||   |||  |||  ||||||  |||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGTGGGGAGGTTCGTGTGAAAGTTGCACAGGAGACAACCTTTTC  50

seq1  -CTCAATGTAGCTCAGGA-TGCCCTTT-AGTGGGCCTTCAGATGCCTGCT  93
       |||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  TCTCAATGTAG-TCAAGATTGCCCTTTAAGTGGCCCTTCAGATGGCTGCT  99

seq1  TCACCACCTTCTTGTTG-TCATCATGCTTGGCAGGTTTCTCCAGGAGGCA  142
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |  |||||||
seq2  TCACCACCTTCTTGTTGTTCATCATGCTGGGCAGGTTTC-CAGGGAGGCA  148

seq1  TGTCAGATCCACAATGGATACATTGGTGTTAGGAACACAGAAGTCCATGC  192
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATCC-CAATGGATACATTGGTGTTAGG-ACACAGAAGTCCATGC  196

seq1  CAGTGAGCTTCCTGCTCAGCTCTGGGATAACCTTGCCCACAGCTTTCGCT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCTTCCTGCTCAGCTCTGGGATAACCTTGCCCACAGCTTTCGCT  246

seq1  GCACCAGTGAATGAAGGGATGATGTTCTGGGCAGCCCCACGACCATCACG  292
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGTGAATGAGGGGATGATGTTCTGGGCAGCCCCACGACCATCACG  296

seq1  CCACAGCTTTCCAGAGGGGCCATCCACAGTCTTCTG-AATGGTAGTTACG  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCACAGCTTTCCAGAGGGGCCATCCACAGTCTTCTGAAATGGTAGTTACG  346

seq1  GCATAGACCGTGGTCATGAGCTCTTCTACGATGCTAAAGGTGTCATGGAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGACCGTGGTCATGAGCTCTTCTACGATGCTAAAGGTGTCATGGAT  396

seq1  AGCCTTGGCCCCAGGAGGCTAAACAGTTGGTGGTATATGATGCATTACTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGCCCCAGGAGGCTAAACAGTTGGTGGTATATGATGCATTACTG  446

seq1  ACAATGTTGAGTGAGTTGTCATATTTCTCATAGTTCAAACCCTTCACAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTTGAGTGAGTTGTCATATTTCTCATAGTTCAAACCCTTCACAAA  496

seq1  CATTGGGGCATTGGCAGAAGGGGTGGCGAAGATGATGACCCTTTTGGCCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGGCATTGGCAGAAGGGGTGGCGAAGATGATGACCCTTTTGGCCC  546

seq1  CACCCTTCAAGTGGGCCCCAGCCTTCTCCATGGTGGTGAAGACGCCAGTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCAAGTGGGCCCCAGCCTTCTCCATGGTGGTGAAGACGCCAGTA  596

seq1  GACTCCATAACATACTCAGCACCAGCATCACCCCATTTGATGTTAGTGGG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATAACATACTCAGCACCAGCATCACCCCATTTGATGTTAGTGGG  646

seq1  ATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGATGGGCTTCCCGTTGATGATAAGATTCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGCTCCTGGAAGATGGTGATGGGCTTCCCGTTGATGATAAGATTCC  696

seq1  CATTCTCAGCCTTGACTGTTCTGTTGAATTTGCCATTGGTGGAGTCCTAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAGCCTTGACTGTTCTGTTGAATTTGCCATTGGTGGAGTCCTAC  746

seq1  TGGAACATATAGACCATGTAGTTGATGTCAATGAAGAGGCTGTTGATGGC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACATATAGACCATGTAGTTGATGTCAATGAAGAGGCTGTTGATGGC  796

seq1  AACAATCTCCAGTGTGCCAAGTGTAGAGCAGAATGCAGCCCTGGTAACCA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCTCCAGTGTGCCAAGTGTAGAGCAGAATGCAGCCCTGGTAACCA  846

seq1  GGAGCCCAATACGGCCAAATCCAATCACACCGACCTTCACCAGTTTGTCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAATACGGCCAAATCCAATCACACCGACCTTCACCAGTTTGTCT  896

seq1  ACGGGACAAGGCTGGCATTGCACAAGAAGATGTAGTTGTTTCTTGAACAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGACAAGGCTGGCATTGCACAAGAAGATGTAGTTGTTTCTTGAACAG  946

seq1  GGAAGAGCAGAGAATGAAAGTCATATTATTTTGAAAGTCTATATGCATAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGAGAATGAAAGTCATATTATTTTGAAAGTCTATATGCATAT  996

seq1  AATGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACATTGATA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACATTGATA  1046

seq1  ATTATAAAAGGAGTGATAAAGCTGAGAGGGAGTGGGAGACCCCAGAGAAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAAAGGAGTGATAAAGCTGAGAGGGAGTGGGAGACCCCAGAGAAG  1096

seq1  TTATTGAGGGGTAGCAGGCAGGTGGGTGGAGGTAAGGGTGGAAATGATGT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGGGGTAGCAGGCAGGTGGGTGGAGGTAAGGGTGGAAATGATGT  1146

seq1  ACATGCGGCACTCATGTAGGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCGGCACTCATGTAGGAATTC  1171

seq1: chr10_26254879_26256023
seq2: B6Ng01-254B06.g_69_1231

seq1  GAATTCCAGCAATAAATATTAATATCAAGCCCAATTATTTCCTTAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCAATAAATATTAATATCAAGCCCAATTATTTCCTTAAAAGA  50

seq1  TACCTTTCCATGAAAAGCTTTATGTTTAATGATAGTTACCAAAGCTCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTCCATGAAAAGCTTTATGTTTAATGATAGTTACCAAAGCTCCTA  100

seq1  TAAATATTGATATGATCACGTGTATACTAATAATAATTTTAATAAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTGATATGATCACGTGTATACTAATAATAATTTTAATAAGAATA  150

seq1  TAGGTAGAGGCTTTTAAACATTTAGAAGCATAGGTTCACAAAAATTGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGAGGCTTTTAAACATTTAGAAGCATAGGTTCACAAAAATTGGTA  200

seq1  ATTTTAAGTTATATGGGAAAAGTATTATTAGTTAATAAAAGGCTTTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGTTATATGGGAAAAGTATTATTAGTTAATAAAAGGCTTTTGAA  250

seq1  TACAAAATGAAATATACACACACATGTTATCACAAAGGAGTAGATTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAATGAAATATACACACACATGTTATCACAAAGGAGTAGATTAGAA  300

seq1  ATATGTGTTGGGAAAACCCAAAAAATTCTAAATTTCTCACAATTAGATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTTGGGAAAACCCAAAAAATTCTAAATTTCTCACAATTAGATAC  350

seq1  AATGTTTTATATGAATGTATATTTGCATATCTGTATAAGCTCTTGCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTTATATGAATGTATATTTGCATATCTGTATAAGCTCTTGCATTC  400

seq1  ATGTATAAGAAACATCTATTAAATTTGTGTTGATAGATTTGAAAAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAAGAAACATCTATTAAATTTGTGTTGATAGATTTGAAAAAAATA  450

seq1  TTGTTTTTAAAATGTCAATGTTTCTCTTTCTACACACACACATACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTAAAATGTCAATGTTTCTCTTTCTACACACACACATACACACA  500

seq1  CACACATATATATATGTATAATGGAGAATCTTCTTTTTTGTGATTTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATATATATATGTATAATGGAGAATCTTCTTTTTTGTGATTTATTT  550

seq1  AATTTTATGTCTATGAATGTTTTGTCTGCTTGTGTGCATGTGTACATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATGTCTATGAATGTTTTGTCTGCTTGTGTGCATGTGTACATGTG  600

seq1  CATGCAATGCCTGTGAATGTCAGAAGAGTTACAAATGAAGCTACATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATGCCTGTGAATGTCAGAAGAGTTACAAATGAAGCTACATCTGT  650

seq1  TACTGAAGTTATAGATGCCTGTGAACCATCTGTGGGTACTTGTAACTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGTTATAGATGCCTGTGAACCATCTGTGGGTACTTGTAACTAAA  700

seq1  CCTAGGTCGTCTGCAAGAGCAACAAGTG-TTTTAACCACAGAACCCTCCC  749
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCGTCTGCAAGAGCAACAAGTGTTTTTAACCACAGAACCCTCCC  750

seq1  TCTAGCCCCCACTGTA-TTTTTTTTTTTAATTTATGGCTAATAATAGAAA  798
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCCCCACTGTATTTTTTTTTTTTAATTTATGGCTAATAATAGAAA  800

seq1  AACAAACAAAGTGAGCAAAATCTTTGAGGTTTACAGGGGACAATCCAGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAGTGAGCAAAATCTTTGAGGTTTACAGGGGACAATCCAGTT  850

seq1  TTTTACACATGTAACAAA-TTAC-TGGATGGGGATGGGCCAGTCAGTCTA  896
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACACATGTAACAAATTTACTTGGATGGGGATGGGCCAGTCAGTCTA  900

seq1  CTGTGGATATGTGTGGACTCTCAGAACCCCTTA-AGGCTATGTTTCTCTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTGGATATGTGTGGACTCTCAGAACCCCTTATAGGCTATGTTTCTCTC  950

seq1  ATCAAATGGCATACAATACAATAGAGCAACTGTACAGAGTTC-AGAATT-  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  ATCAAATGGCATACAATACAATAGAGCAACTGTACAGAGTTCAAGAATTG  1000

seq1  GGGGGATTCTAAAAACCACTAG-ATTTGAAG--AACAGACCACAATATTT  1040
      |||||||||||||| ||||||| ||||| ||  | |||||||||   |||
seq2  GGGGGATTCTAAAACCCACTAGAATTTGGAGGAACCAGACCACATATTTT  1050

seq1  ATTTGATGTAGTAACA-CGTTACCCAATAGA---TATAACAGAAAAAAG-  1085
      |||||||||||||||| || |  ||||||||   ||||||||||||| | 
seq2  ATTTGATGTAGTAACACCGCTTACCAATAGATATTATAACAGAAAAAGGA  1100

seq1  TATATAATGAAT-TACCATTTCAGAG-CTTGCTTCCAGGCTTCCACTAGC  1133
      |||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||| || | |||||||
seq2  TATAAATTGAATATACCATTTCAGAGCCTTGCTTCCAAGCCTTCACTAGC  1150

seq1  CAGCT-GCCCCCT  1145
         || |||||||
seq2  AGACTGGCCCCCT  1163