BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254H16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 54,245,083 - 54,391,070
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041898
Upstream geneMcm9, Asf1a, LOC100042554, 4930589M24Rik, Man1a
Downstream geneLOC382460, LOC100041927
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254H16.bB6Ng01-254H16.g
ACCGA060934GA060935
length1,2021,121
definitionB6Ng01-254H16.b B6Ng01-254H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,245,083 - 54,246,272)(54,389,953 - 54,391,070)
sequence
ggaattcaaagtccctcaaagttagagtcctaagttatttcttggttttc
acttatttttcttataagcaaggccctctgggaatcttgaggttaaaggt
ttgaaactctaaaggattgagctagttctcagcatcattgggtatgctga
gatgcagtcttggtatatttcctgcaagacatgaaattattcagacagaa
aaatatgatgattcttgaaacataacaggaaagttttctgtgctaaatca
gcactctagggtttgaagattgctgacttatgattggcctatcccactat
tgttggccatttactacaactgcctataatatttgtggctttggatttgt
ggctggtatgcagagtcaatcactatttcttcttcatcacaggggcaagt
aagatttataatcggtgtactgctctggtcaatcaatttaaaactgaggt
atgtgtaagaccagtctgacctgataagcatttaggagaaaaaaaaatgt
cacttctccattcttctactttggaaatgtgtgaataatttattctgcct
tgtatgaggaggtttttgatcatagggcaggaagagagtggaaaggatcc
tggaaccctgctcaaggcccaggagccttcatatttgggaatacagcagt
actttactcttctgattctttctattttcttaactgaaatgtaattgtgc
taactctgattaagtttgttctttctcctcataaagagtttgtttgtttg
tttgtttataatttggacttaagctccacttgtgaacgaggcaaacctac
actatggaacaattactgttgacactcttagatcttaaattgttatccag
atgaatcaagtgactgggatagcagtggacttgatgtggggtggaggatc
acactttaaaatgaatgaaataaatgttggacaagtgtgaaatacttaac
cctgtaacctgtttaatatactcagacatgtatttgccttccaggcaaac
ttctgctattacttatatgtctgttatttgtaattgtctcttaatactgt
tggcatttatatctgcaataggtagtgctgtaccctaataatcctggtgt
accaaatagaatcttgtttttgggtgatcattcataaatttacctgaatt
gaatattccaattctaccttagtaggtaaacatgctagcctagaattcaa
gc

gaattcttctcaaaacacaatgacgtatttgagtctcagggatgggcaac
ctacaaatgtaaaagcgtacctggtgacgatgaagtgccacttgttggaa
agagccagatttcttgcactgaaaatggaacatggagtgctagccctctt
gagtgcaaagtggtcaaatgtctacatcctgtcactgaaaatgggagaca
atatcaggattcaggaagaaatattcttatggagcaacgactgtgtttga
tgtaacctgggttttaccttcatgggagcgataggattacgtatgagggt
aatagtgtctggcagccaccaattccagtgtgccggagccagcgatctcc
tcccactacacctcctcccactacaccttccaatgtaaatgtttcacacc
ctatcaaagggatatcacttaattttggggattcaaatggatggatcatt
tctctgataatgatgactctattgaacttaccataattttcatggactat
tcaaaacatcctcagagagaggaaaggtgaacagaggcataaactgcaaa
caccacttgccagagtaaatgaattctaccatgcacagcagcccgaatag
tttccacatattgattcatattcttattttttcattctattaaaagtctt
ttggatataccataactgctctaacatttcaatttcatagatgcaagtgt
tcggtcataataggaatgtaatgagatcataatgtagcttaaatgtagtt
atcttctgatatgttttaaacttggattaggaatgtagtgtttattttcc
cttaaataacatgcacgtagacacataagtataaattctctttggtacta
tcaacacataaaaattataagatctgtgcacctaagtatagtttcaaggt
aaaatcatattcattaataaatgataatttgaggattttttgtataaaga
ctaatgctatcacttcatcatcattctttttaatgtgtaaaatcctaaca
acattttatttttttattgaagaaagcacttacaaatttaaatacactgc
tttcgactttttatcattaaaacctaaaatctgtactgtggagctataac
cacactttctcaatgactatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_54245083_54246272
seq2: B6Ng01-254H16.b_42_1242

seq1  GAATTCAAAGTCCCTCAAAGTTAGAGTCCTAAGTTATTTCTTGGTTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTCCCTCAAAGTTAGAGTCCTAAGTTATTTCTTGGTTTTCA  50

seq1  CTTATTTTTCTTATAAGCAAGGCCCTCTGGGAATCTTGAGGTTAAAGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTTCTTATAAGCAAGGCCCTCTGGGAATCTTGAGGTTAAAGGTT  100

seq1  TGAAACTCTAAAGGATTGAGCTAGTTCTCAGCATCATTGGGTATGCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCTAAAGGATTGAGCTAGTTCTCAGCATCATTGGGTATGCTGAG  150

seq1  ATGCAGTCTTGGTATATTTCCTGCAAGACATGAAATTATTCAGACAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCTTGGTATATTTCCTGCAAGACATGAAATTATTCAGACAGAAA  200

seq1  AATATGATGATTCTTGAAACATAACAGGAAAGTTTTCTGTGCTAAATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATGATTCTTGAAACATAACAGGAAAGTTTTCTGTGCTAAATCAG  250

seq1  CACTCTAGGGTTTGAAGATTGCTGACTTATGATTGGCCTATCCCACTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAGGGTTTGAAGATTGCTGACTTATGATTGGCCTATCCCACTATT  300

seq1  GTTGGCCATTTACTACAACTGCCTATAATATTTGTGGCTTTGGATTTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCATTTACTACAACTGCCTATAATATTTGTGGCTTTGGATTTGTG  350

seq1  GCTGGTATGCAGAGTCAATCACTATTTCTTCTTCATCACAGGGGCAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTATGCAGAGTCAATCACTATTTCTTCTTCATCACAGGGGCAAGTA  400

seq1  AGATTTATAATCGGTGTACTGCTCTGGTCAATCAATTTAAAACTGAGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATAATCGGTGTACTGCTCTGGTCAATCAATTTAAAACTGAGGTA  450

seq1  TGTGTAAGACCAGTCTGACCTGATAAGCATTTAGGAGAAAAAAAAATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAGACCAGTCTGACCTGATAAGCATTTAGGAGAAAAAAAAATGTC  500

seq1  ACTTCTCCATTCTTCTACTTTGGAAATGTGTGAATAATTTATTCTGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCATTCTTCTACTTTGGAAATGTGTGAATAATTTATTCTGCCTT  550

seq1  GTATGAGGAGGTTTTTGATCATAGGGCAGGAAGAGAGTGGAAAGGATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGGAGGTTTTTGATCATAGGGCAGGAAGAGAGTGGAAAGGATCCT  600

seq1  GGAACCCTGCTCAAGGCCCAGGAGCCTTCATATTTGGGAATACAGCAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCTGCTCAAGGCCCAGGAGCCTTCATATTTGGGAATACAGCAGTA  650

seq1  CTTTACTCTTCTGATTCTTTCTATTTTCTTAACTGAAATGTAATTGTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTCTTCTGATTCTTTCTATTTTCTTAACTGAAATGTAATTGTGCT  700

seq1  AACTCTGATTAAGTTTGTTCTTTCTCCTCATAAAGAGTTTGTTTGTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGATTAAGTTTGTTCTTTCTCCTCATAAAGAGTTTGTTTGTTTGT  750

seq1  TTGTTTATAATTTGGACTTAAGCTCCACTTGTGAACGAGGCAAACCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATAATTTGGACTTAAGCTCCACTTGTGAACGAGGCAAACCTACA  800

seq1  CTATGGAACAA-TACTGTTGACACTCTTAGATCTTAAATTGTTATCCAGA  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAACAATTACTGTTGACACTCTTAGATCTTAAATTGTTATCCAGA  850

seq1  TGAATCAAGTGACTGGGATAGCAGTGGACTTGATGTGGGGTGGAGGATCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAAGTGACTGGGATAGCAGTGGACTTGATGTGGGGTGGAGGATCA  900

seq1  CACTTTAAAATGAATGAAATAAATGTTGGACAAGTGTGAAATACTTAACC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACTTTAAAATGAATGAAATAAATGTTGGACAAGTGTGAAATACTTAA-C  949

seq1  CCTGTAACCTG-TTAATATACTCAGACATGTA-TTGCC-TCCAGGCAAAC  996
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CCTGTAACCTGTTTAATATACTCAGACATGTATTTGCCTTCCAGGCAAAC  999

seq1  TTCTGCTATTACTTATATGTCTGTTTATTTGTAATTGTCTCTTTAATACT  1046
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCTGCTATTACTTATATGTCTG-TTATTTGTAATTGTCTC-TTAATACT  1047

seq1  GTTTGCATTTATATCTGCAATA-GTAGTGCTGTACCCTAAT-ATCCTGTG  1094
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  
seq2  GTTGGCATTTATATCTGCAATAGGTAGTGCTGTACCCTAATAATCCTGGT  1097

seq1  GTAACAAATAGAATC-TGTTTT---GTGATCA-TCATAAATTTACATGAT  1139
      ||| ||||||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||| ||| 
seq2  GTACCAAATAGAATCTTGTTTTTGGGTGATCATTCATAAATTTACCTGAA  1147

seq1  ATG-ATATTC--ATTCTTACCTAAGTAGGTAAAACATGCTAG-CTAG-AG  1184
       || ||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| | 
seq2  TTGAATATTCCAATTC-TACCTTAGTAGGT-AAACATGCTAGCCTAGAAT  1195

seq1  TCAAGC  1190
      ||||||
seq2  TCAAGC  1201


seq1: chr10_54389953_54391070
seq2: B6Ng01-254H16.g_64_1184 (reverse)

seq1  CATAGTCATAGAAGAAAAGTGT-GTAATAGCCTCACAGTACAGATTTTA-  48
      ||||||||| ||   ||||||| || |||||  |||||||||||||||| 
seq2  CATAGTCATTGA--GAAAGTGTGGTTATAGCTCCACAGTACAGATTTTAG  48

seq1  GTTTTAATGAATAAAAGTCG-AAGCAGTGTATTTAAATTTGTAAGTGCTT  97
      ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATGATAAAAAGTCGAAAGCAGTGTATTTAAATTTGTAAGTGCTT  98

seq1  TCTTCAATAAAAAA--TAAATGTTGTTAGGATTTTTACACATT-AAAAGA  144
      ||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TCTTCAATAAAAAAATAAAATGTTGTTAGGA-TTTTACACATTAAAAAGA  147

seq1  ATGATGATGAAGTGATAGCATTAGTCTTTATACAAAAAATCCTCAAATTA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATGAAGTGATAGCATTAGTCTTTATACAAAAAATCCTCAAATTA  197

seq1  TCATTTATTAATGAAATATGATTTTACCTTG-AACTATACTTAGGTGCAC  243
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTAATG-AATATGATTTTACCTTGAAACTATACTTAGGTGCAC  246

seq1  AGATCTTATAATTTTTATGTGTTGATAGTACCAAAGAGAATTTATACTTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTATAATTTTTATGTGTTGATAGTACCAAAGAGAATTTATACTTA  296

seq1  TGTGTCTACGTGCATGTTATTTAAGGGAAAATAAACACTACATTCCTAAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTACGTGCATGTTATTTAAGGGAAAATAAACACTACATTCCTAAT  346

seq1  CCAAGTTTAAAACATATCAGAAGATAACTACATTTAAGCTACATTATGAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTAAAACATATCAGAAGATAACTACATTTAAGCTACATTATGAT  396

seq1  CTCATTACATTCCTATTATGACCGAACACTTGCATCTATGAAATTGAAAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTACATTCCTATTATGACCGAACACTTGCATCTATGAAATTGAAAT  446

seq1  GTTAGAGCAGTTATGGTATATCCAAAAGACTTTTAATAGAATGAAAAAAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGCAGTTATGGTATATCCAAAAGACTTTTAATAGAATGAAAAAAT  496

seq1  AAGAATATGAATCAATATGTGGAAACTATTCGGGCTGCTGTGCATGGTAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATGAATCAATATGTGGAAACTATTCGGGCTGCTGTGCATGGTAG  546

seq1  AATTCATTTACTCTGGCAAGTGGTGTTTGCAGTTTATGCCTCTGTTCACC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTTACTCTGGCAAGTGGTGTTTGCAGTTTATGCCTCTGTTCACC  596

seq1  TTTCCTCTCTCTGAGGATGTTTTGAATAGTCCATGAAAATTATGGTAAGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTCTCTGAGGATGTTTTGAATAGTCCATGAAAATTATGGTAAGT  646

seq1  TCAATAGAGTCATCATTATCAGAGAAATGATCCATCCATTTGAATCCCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAGAGTCATCATTATCAGAGAAATGATCCATCCATTTGAATCCCCA  696

seq1  AAATTAAGTGATATCCCTTTGATAGGGTGTGAAACATTTACATTGGAAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGTGATATCCCTTTGATAGGGTGTGAAACATTTACATTGGAAGG  746

seq1  TGTAGTGGGAGGAGGTGTAGTGGGAGGAGATCGCTGGCTCCGGCACACTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTGGGAGGAGGTGTAGTGGGAGGAGATCGCTGGCTCCGGCACACTG  796

seq1  GAATTGGTGGCTGCCAGACACTATTACCCTCATACGTAATCCTATCGCTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGTGGCTGCCAGACACTATTACCCTCATACGTAATCCTATCGCTC  846

seq1  CCATGAAGGTAAAACCCAGGTTACATCAAACACAGTCGTTGCTCCATAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAGGTAAAACCCAGGTTACATCAAACACAGTCGTTGCTCCATAAG  896

seq1  AATATTTCTTCCTGAATCCTGATATTGTCTCCCATTTTCAGTGACAGGAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTTCCTGAATCCTGATATTGTCTCCCATTTTCAGTGACAGGAT  946

seq1  GTAGACATTTGACCACTTTGCACTCAAGAGGGCTAGCACTCCATGTTCCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACATTTGACCACTTTGCACTCAAGAGGGCTAGCACTCCATGTTCCA  996

seq1  TTTTCAGTGCAAGAAATCTGGCTCTTTCCAACAAGTGGCACTTCATCGTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGCAAGAAATCTGGCTCTTTCCAACAAGTGGCACTTCATCGTC  1046

seq1  ACCAGGTACGCTTTTACATTTGTAGGTTGCCCATCCCTGAGACTCAAATA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTACGCTTTTACATTTGTAGGTTGCCCATCCCTGAGACTCAAATA  1096

seq1  CGTCATTGTGTTTTGAGAAGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATTGTGTTTTGAGAAGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |