BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255H11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 55,521,273 - 55,645,893
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC382460, LOC100041927
Downstream geneD630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255H11.bB6Ng01-255H11.g
ACCGA061666GA061667
length1,1791,132
definitionB6Ng01-255H11.b B6Ng01-255H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,644,696 - 55,645,893)(55,521,273 - 55,522,411)
sequence
gaattcctaaagtctgcaagactgattgcaaaatattgttcaagtggcag
ttctatagtaagaatacatgacagacatagacacattttacccagtgaag
ttatggttctatgtatgtacctatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatctattatgcatctagctattattatcat
cacattgttataatttagatatgaagtatccttcaaaagttcatgcagtg
aataaaagtttgttggtcatgatatagatagggtttaggattttggaagt
tattgattcatgagagtctgacttcatcagagcacattctattgatgaat
taataattttgtagcattagcaacaggtggtgaaaactagagatgagcct
ggtgagagacagagggtcactggaaatgacccttttagggtaggtatatc
ttgtcactttcctgccctatttctggcctaggtgttaggcaatgagcagc
tttcctccattggacagcccaccattgccttagtcactgtgctactgctg
tcatgagacacacgaacaaagcatttcattgagggcttgcatacagtttt
agggacaggtccatgattatcctggtggggagtatagtagcagacatgac
aatgaagcagtcattgaaaacttccatctgatcctcaggtgggaggcagc
aaggagactggggctggtgtgggcttttgaaaactcaatgctgtgtcact
agtgacacatctccaagaagacgatacaacctaatgtttcctaaacagtc
caccagctaggaaccaaacattcaaatataaggcctcatggggaccatcc
ttatccaaactgccacaacagtaataaaaataacagaactagtcaactat
ggattcacttctcagaaactgtgagacaaaattgatctttaaactattta
atagtttcctatctattctcctatgtcacagcaatgagaaactgacataa
tatcacacacaccacatacagccagacggtacaccaaatcatatagagta
gtcatggtctatgaaactctttcctataaatgatatagtcatactagatt
tttgtagacttagttgtaccagctacaaaaattctttgtgtagactttgc
ctaaagacctaaaatgcctgaaccttgga

gaattctgatttctctggaatagatagtgcactgcttttacagctttatc
taacttcaacagaagaaaaagcaaagtcttatttggtcatttattagatt
gtatttccaccaatatggcttccccctcagctgtcatgagctgagaagat
atattccctctttgtaaatttaaaaagcctggcagtaacatgagtggatg
gcagtaaataacactgcccccggcacttaaatggaatctctgatgtcttg
ctttgcactgctgtcagcagtggctccctccttaagacaatatttcatta
gactcataatgaaatgataatgtggctgcaggttatttatagcatgcatt
tctattggctgggctgagttttgttgctgcattaatcaaacacaaaactg
atcttagacagcccttgaaactcttcaaagttactgttaaaaacagatac
actgaatggcaacaaaaattccactataagaccacatcaacagtgtcttt
taagaacagttttagtgagagaagatatttccaggaaagacaagatagta
tgtgtgcatttctatctagaagaaatggcaatttttccccacaggaatct
tcaggatttagtgaaatgatcaagagaactaaattgctagtcaccacaaa
tttcctgtagtgtttgagtatgatagacaaaccatgtttaactgaaaatg
tatctggcttccattttactaggaatttttgaaaacatggcatactagta
aattacctatgttcaatgctagattatatttcatatacataattcatttc
acaaattcatgtatataatatatgtaacatgtataatatagatatatatc
atagaataaaggttattgattgcctaataattttcaagataaaatggcaa
gtatattattattattacaaggaaagcaaggggtataaattccaatgatt
attatttgcatgactcttaggcagttactgaaacactcttgctcaacatc
ttcacctacaaaataagtttaataacattttattgttgcataattaacat
gtgaagaacaagtgaaattgacaaggtgctattatggtttctatatataa
actagataagtacataaaaatatatgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_55644696_55645893
seq2: B6Ng01-255H11.b_44_1222 (reverse)

seq1  TCCAAGGTTCTAGCATATTATGATGCTTAAGGCAAAAGTCTACACAAAAG  50
      ||||||||||  |||| ||| |   ||| |||| ||||||||||||||  
seq2  TCCAAGGTTCAGGCATTTTAGG--TCTTTAGGC-AAAGTCTACACAAA--  45

seq1  AAATTTTTGTAGCTGGGTACAACTAAAAGTCTTACAAAAATTCTTAGGTA  100
       ||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||| |||   |||
seq2  GAATTTTTGTAGCT-GGTACAACT--AAGTC-TACAAAAA-TCT--AGTA  88

seq1  TGAACTATTATTCATTTATAAGAAAGAGTTTTCATAGACCATGACTACTC  150
      || |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TG-ACTAT--ATCATTTATAGGAAAGAG-TTTCATAGACCATGACTACTC  134

seq1  TATAATGAATTTTGGTGTACCGTCTTGGCTGTATGT-GTGTGTGTGATAT  199
      ||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TAT-ATGA--TTTGGTGTACCGTC-TGGCTGTATGTGGTGTGTGTGATA-  179

seq1  TTATGTCAGTTTCTCATTGCTGTGACATAAGGAAGAATAGATTAGGAAAC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||
seq2  TTATGTCAGTTTCTCATTGCTGTGACATA--GGAGAATAGA-TAGGAAAC  226

seq1  TATTAAATAGTTTAAAGATCAATTTTGTCTCACAGTTTCTGAGAAGTGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATAGTTTAAAGATCAATTTTGTCTCACAGTTTCTGAGAAGTGAA  276

seq1  TCCATAGTTGACTAGTTCTGTTATTTTTATTACTGTTGTGGCAGTTTGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTTGACTAGTTCTGTTATTTTTATTACTGTTGTGGCAGTTTGGA  326

seq1  TAAGGATGGTCCCCATGAGGCCTTATATTTGAATGTTTGGTTCCTAGCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATGGTCCCCATGAGGCCTTATATTTGAATGTTTGGTTCCTAGCTG  376

seq1  GTGGACTGTTTAGGAAACATTAGGTTGTATCGTCTTCTTGGAGATGTGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACTGTTTAGGAAACATTAGGTTGTATCGTCTTCTTGGAGATGTGTC  426

seq1  ACTAGTGACACAGCATTGAGTTTTCAAAAGCCCACACCAGCCCCAGTCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGACACAGCATTGAGTTTTCAAAAGCCCACACCAGCCCCAGTCTC  476

seq1  CTTGCTGCCTCCCACCTGAGGATCAGATGGAAGTTTTCAATGACTGCTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGCCTCCCACCTGAGGATCAGATGGAAGTTTTCAATGACTGCTTC  526

seq1  ATTGTCATGTCTGCTACTATACTCCCCACCAGGATAATCATGGACCTGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATGTCTGCTACTATACTCCCCACCAGGATAATCATGGACCTGTC  576

seq1  CCTAAAACTGTATGCAAGCCCTCAATGAAATGCTTTGTTCGTGTGTCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAACTGTATGCAAGCCCTCAATGAAATGCTTTGTTCGTGTGTCTCA  626

seq1  TGACAGCAGTAGCACAGTGACTAAGGCAATGGTGGGCTGTCCAATGGAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCAGTAGCACAGTGACTAAGGCAATGGTGGGCTGTCCAATGGAGG  676

seq1  AAAGCTGCTCATTGCCTAACACCTAGGCCAGAAATAGGGCAGGAAAGTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGCTCATTGCCTAACACCTAGGCCAGAAATAGGGCAGGAAAGTGA  726

seq1  CAAGATATACCTACCCTAAAAGGGTCATTTCCAGTGACCCTCTGTCTCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATATACCTACCCTAAAAGGGTCATTTCCAGTGACCCTCTGTCTCTC  776

seq1  ACCAGGCTCATCTCTAGTTTTCACCACCTGTTGCTAATGCTACAAAATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTCATCTCTAGTTTTCACCACCTGTTGCTAATGCTACAAAATTA  826

seq1  TTAATTCATCAATAGAATGTGCTCTGATGAAGTCAGACTCTCATGAATCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCATCAATAGAATGTGCTCTGATGAAGTCAGACTCTCATGAATCA  876

seq1  ATAACTTCCAAAATCCTAAACCCTATCTATATCATGACCAACAAACTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTCCAAAATCCTAAACCCTATCTATATCATGACCAACAAACTTTT  926

seq1  ATTCACTGCATGAACTTTTGAAGGATACTTCATATCTAAATTATAACAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGCATGAACTTTTGAAGGATACTTCATATCTAAATTATAACAAT  976

seq1  GTGATGATAATAATAGCTAGATGCATA----ATAGATAGATAGATAGATA  1045
      |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||
seq2  GTGATGATAATAATAGCTAGATGCATAATAGATAGATAGATAGATAGATA  1026

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTACATACATAGAACCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTACATACATAGAACCA  1076

seq1  TAACTTCACTGGGTAAAATGTGTCTATGTCTGTCATGTATTCTTACTATA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCACTGGGTAAAATGTGTCTATGTCTGTCATGTATTCTTACTATA  1126

seq1  GAACTGCCACTTGAACAATATTTTGCAATCAGTCTTGCAGACTTTAGGAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCACTTGAACAATATTTTGCAATCAGTCTTGCAGACTTTAGGAA  1176

seq1  TTC  1198
      |||
seq2  TTC  1179


seq1: chr10_55521273_55522411
seq2: B6Ng01-255H11.g_68_1199

seq1  GAATTCTGATTTCTCTGGAATAGATAGTGCACTGCTTTTACAGCTTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATTTCTCTGGAATAGATAGTGCACTGCTTTTACAGCTTTATC  50

seq1  TAACTTCAACAGAAGAAAAAGCAAAGTCTTATTTGGTCATTTATTAGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCAACAGAAGAAAAAGCAAAGTCTTATTTGGTCATTTATTAGATT  100

seq1  GTATTTCCACCAATATGGCTTCCCCCTCAGCTGTCATGAGCTGAGAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCACCAATATGGCTTCCCCCTCAGCTGTCATGAGCTGAGAAGAT  150

seq1  ATATTCCCTCTTTGTAAATTTAAAAAGCCTGGCAGTAACATGAGTGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCTCTTTGTAAATTTAAAAAGCCTGGCAGTAACATGAGTGGATG  200

seq1  GCAGTAAATAACACTGCCCCCGGCACTTAAATGGAATCTCTGATGTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAATAACACTGCCCCCGGCACTTAAATGGAATCTCTGATGTCTTG  250

seq1  CTTTGCACTGCTGTCAGCAGTGGCTCCCTCCTTAAGACAATATTTCATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACTGCTGTCAGCAGTGGCTCCCTCCTTAAGACAATATTTCATTA  300

seq1  GACTCATAATGAAATGATAATGTGGCTGCAGGTTATTTATAGCATGCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATAATGAAATGATAATGTGGCTGCAGGTTATTTATAGCATGCATT  350

seq1  TCTATTGGCTGGGCTGAGTTTTGTTGCTGCATTAATCAAACACAAAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGGCTGGGCTGAGTTTTGTTGCTGCATTAATCAAACACAAAACTG  400

seq1  ATCTTAGACAGCCCTTGAAACTCTTCAAAGTTACTGTTAAAAACAGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGACAGCCCTTGAAACTCTTCAAAGTTACTGTTAAAAACAGATAC  450

seq1  ACTGAATGGCAACAAAAATTCCACTATAAGACCACATCAACAGTGTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGGCAACAAAAATTCCACTATAAGACCACATCAACAGTGTCTTT  500

seq1  TAAGAACAGTTTTAGTGAGAGAAGATATTTCCAGGAAAGACAAGATAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAGTTTTAGTGAGAGAAGATATTTCCAGGAAAGACAAGATAGTA  550

seq1  TGTGTGCATTTCTATCTAGAAGAAATGGCAATTTTTCCCCACAGGAATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCATTTCTATCTAGAAGAAATGGCAATTTTTCCCCACAGGAATCT  600

seq1  TCAGGATTTAGTGAAATGATCAAGAGAACTAAATTGCTAGTCACCACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATTTAGTGAAATGATCAAGAGAACTAAATTGCTAGTCACCACAAA  650

seq1  TTTCCTGTAGTGTTTGAGTATGATAGACAAACCATGTTTAACTGAAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTAGTGTTTGAGTATGATAGACAAACCATGTTTAACTGAAAATG  700

seq1  TATCTGGCTTCCATTTTACTAGGAATTTTTGAAAACATGGCATACTAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGCTTCCATTTTACTAGGAATTTTTGAAAACATGGCATACTAGTA  750

seq1  AATTACCTATGTTCAATGCTAGATTATATTTCATATACATAATTCATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCTATGTTCAATGCTAGATTATATTTCATATACATAATTCATTTC  800

seq1  ACAAATTCATGTATATAATATATGTAACATGTATAATATAGATATATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCATGTATATAATATATGTAACATGTATAATATAGATATATATC  850

seq1  ATAGAATAAAGGTTATTGATTGCCTAATAATTTTCAAGATAAAATGGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATAAAGGTTATTGATTGCCTAATAATTTTCAAGATAAAATGGCAA  900

seq1  GTATATTATTATTATTACAAGGAAAGCAAGGGGTATAAATTCCAATGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTATTATTATTACAAGGAAAGCAAGGGGTATAAATTCCAATGATT  950

seq1  ATTATTTGCATGACTCTTAGGCAAGTTACTGAAACACTCTTGCTCAACAT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGCATGACTCTTAGGC-AGTTACTGAAACACTCTTGCTCAACAT  999

seq1  CTTCACCTACAAAATAAGTTTAATACAATTTTA-TGTTGCATAAATTAAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||
seq2  CTTCACCTACAAAATAAGTTTAATAACATTTTATTGTTGCAT-AATTAAC  1048

seq1  ATGTTGAAGAACAAAGGTGAAATTGACAAGGTGCTATTATGGGTTCTAAT  1099
      ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||   |
seq2  ATG-TGAAGAACAA--GTGAAATTGACAAGGTGCTATTATGGTTTC---T  1092

seq1  ATATAAAAACTAGGATAGTACATAAAAATATATGTGTGTG  1139
      ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAACTAGATAAGTACATAAAAATATATGTGTGTG  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |