BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256I09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 85,004,466 - 85,129,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd11
Upstream geneTcp11l2, Polr3b, Rfx4, EG625690, Ric8b, Fhl4, AI597468, Mterfd3, Cry1, EG666974
Downstream geneEG626858, LOC626878, LOC669723, LOC626940, Pwp1, Prdm4, Ascl4, D10Wsu52e, Bpil2, Fbxo7, Syn3, Timp3, EG627035, LOC672902, LOC100041419, EG382395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256I09.bB6Ng01-256I09.g
ACCGA062459GA062460
length9661,155
definitionB6Ng01-256I09.b B6Ng01-256I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,004,466 - 85,005,431)(85,128,351 - 85,129,505)
sequence
gaattcaaatacattttaatgtaaatataaaaagtacttggtacagtgcc
aactgatttggcactcagtaaagcttggctggcctcctcctccatcagca
ccagcatcgtccctgagggtgggtgggggaaggctgggtgctggcgagta
tgggtttctcctcatggggaagtatatccctgacccaggtccagcgataa
aaaacagaggaaggtggggcactctgtttgccacagggccatgctgtgca
cctcagaagggaagcaggctggaagagcagcttatctgatagcctccatg
acagaggagctgctagacacagtgtgtccgagatcccgtgcagagtagta
gagcccttaggtcttatgcactgggtgacttgaccaaaagattctctttc
tccagtcacacgagaccttggaaggaggatcctcactgaatccagatact
agacagatgagtttactaaacttcaggtttggtagggcggtgtctgtgaa
gctctcacgccagaggccggagggtctcagtacattgctgtgtttaatca
tctcaataaactcacagtgcccgccgtttagctgctctcaacaggtagag
aaactgcctggagcctggagaagtcttatccagtttgcaaagtaacttgg
ctccgtaggccatgccctgcctgcctttctgcacctcagcaccagccatg
atcagaaaccttgatgggcgtggctgtggtggcactcacagcggtggact
gattgtagttcttggaggtaacaaccccttttgaggatttgaatgcactc
ccttcttcagccaaatgaaaaatacacagaatctcacgaaaacagatttc
tcggggacagtgtgtgtgtgtacattggtgagtgtacatgtatagttgac
atcagcactcttcctctatcaatctcaacatggtgatgatgatgatggtg
atggtgatgatgatga
gaattccacagaaaagaaaaagagagaggaaagggaagaggaagaggagg
aagagaagatggagcacatatctggtacttgctgtctgactctttatgta
atattcttgaaataatggatatataggaatgctgatgagagggtgcctgc
cagggcttgggaggtttgtgaggctgcctgatgtgaggaaaataagattt
tttttttctattaaagttatcgaagcctgccaggagccaacgttctatga
atcttcccccacctgggaagactttatgcgaagaccctgaagcgtcccca
gggcttgatggcctggagcagctggcttctgtctgcttttcttcatttct
tctgtgccagttcagtattgaatgaccgtgggggaaagacaaaatcatca
ccttctctaggataccaaccaagtgagcatcttgtcacagtgtgcttgct
aggactggctggctggggaagcacccttctctcaggaggacatggcttgg
cttagctactttgcttcattatgtggtactgagaatatatgttctaatgt
tagaaagagtggcagaggcactagatatttgtggtggggccatggcaact
gtggtactctttacatgaatctccctatgacgtcacagagctaaacgctg
taccaatgctgactttctggttttggtggattagacttgcctgacttcca
tcgctggaggaagctgtgggaaaggggacacgggggacctttgtgccact
tcttgtaaatctataactaaaatgggaggtaagtcagcaagatgagaaga
agatgaaagatggccacagtgtgactgtgacccagccagaacaatcttca
gaattaaacagccaggactcggttctgacgttcgtgttcgtttttctgct
ggggagcccatttgacagatgcatcatgttaccgatgcattccagaatgt
tctatcactctaaatggtattgccaggtttttgtaaggggagagtacgat
gtcttagtctagacccacagggtccaccagctcagtggacccttagttca
gaagtcggaagaatgagtcaggatggtgagaagggccttgaccaggtcaa
ccaagccagctgactgcgagcaggacaaggtgacacccaccatcctccct
ctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_85004466_85005431
seq2: B6Ng01-256I09.b_44_1009

seq1  GAATTCAAATACATTTTAATGTAAATATAAAAAGTACTTGGTACAGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATACATTTTAATGTAAATATAAAAAGTACTTGGTACAGTGCC  50

seq1  AACTGATTTGGCACTCAGTAAAGCTTGGCTGGCCTCCTCCTCCATCAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATTTGGCACTCAGTAAAGCTTGGCTGGCCTCCTCCTCCATCAGCA  100

seq1  CCAGCATCGTCCCTGAGGGTGGGTGGGGGAAGGCTGGGTGCTGGCGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCGTCCCTGAGGGTGGGTGGGGGAAGGCTGGGTGCTGGCGAGTA  150

seq1  TGGGTTTCTCCTCATGGGGAAGTATATCCCTGACCCAGGTCCAGCGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTCTCCTCATGGGGAAGTATATCCCTGACCCAGGTCCAGCGATAA  200

seq1  AAAACAGAGGAAGGTGGGGCACTCTGTTTGCCACAGGGCCATGCTGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAGGAAGGTGGGGCACTCTGTTTGCCACAGGGCCATGCTGTGCA  250

seq1  CCTCAGAAGGGAAGCAGGCTGGAAGAGCAGCTTATCTGATAGCCTCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAGGGAAGCAGGCTGGAAGAGCAGCTTATCTGATAGCCTCCATG  300

seq1  ACAGAGGAGCTGCTAGACACAGTGTGTCCGAGATCCCGTGCAGAGTAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGAGCTGCTAGACACAGTGTGTCCGAGATCCCGTGCAGAGTAGTA  350

seq1  GAGCCCTTAGGTCTTATGCACTGGGTGACTTGACCAAAAGATTCTCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTTAGGTCTTATGCACTGGGTGACTTGACCAAAAGATTCTCTTTC  400

seq1  TCCAGTCACACGAGACCTTGGAAGGAGGATCCTCACTGAATCCAGATACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCACACGAGACCTTGGAAGGAGGATCCTCACTGAATCCAGATACT  450

seq1  AGACAGATGAGTTTACTAAACTTCAGGTTTGGTAGGGCGGTGTCTGTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGAGTTTACTAAACTTCAGGTTTGGTAGGGCGGTGTCTGTGAA  500

seq1  GCTCTCACGCCAGAGGCCGGAGGGTCTCAGTACATTGCTGTGTTTAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCACGCCAGAGGCCGGAGGGTCTCAGTACATTGCTGTGTTTAATCA  550

seq1  TCTCAATAAACTCACAGTGCCCGCCGTTTAGCTGCTCTCAACAGGTAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAAACTCACAGTGCCCGCCGTTTAGCTGCTCTCAACAGGTAGAG  600

seq1  AAACTGCCTGGAGCCTGGAGAAGTCTTATCCAGTTTGCAAAGTAACTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCCTGGAGCCTGGAGAAGTCTTATCCAGTTTGCAAAGTAACTTGG  650

seq1  CTCCGTAGGCCATGCCCTGCCTGCCTTTCTGCACCTCAGCACCAGCCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTAGGCCATGCCCTGCCTGCCTTTCTGCACCTCAGCACCAGCCATG  700

seq1  ATCAGAAACCTTGATGGGCGTGGCTGTGGTGGCACTCACAGCGGTGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAACCTTGATGGGCGTGGCTGTGGTGGCACTCACAGCGGTGGACT  750

seq1  GATTGTAGTTCTTGGAGGTAACAACCCCTTTTGAGGATTTGAATGCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAGTTCTTGGAGGTAACAACCCCTTTTGAGGATTTGAATGCACTC  800

seq1  CCTTCTTCAGCCAAATGAAAAATACACAGAATCTCACGAAAACAGATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCAGCCAAATGAAAAATACACAGAATCTCACGAAAACAGATTTC  850

seq1  TCGGGGACAGTGTGTGTGTGTACATTGGTGAGTGTACATGTATAGTTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGACAGTGTGTGTGTGTACATTGGTGAGTGTACATGTATAGTTGAC  900

seq1  ATCAGCACTCTTCCTCTATCAATCTCAACATGGTGATGATGATGATGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCACTCTTCCTCTATCAATCTCAACATGGTGATGATGATGATGGTG  950

seq1  ATGGTGATGATGATGA  966
      ||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATGATGATGA  966

seq1: chr10_85128351_85129505
seq2: B6Ng01-256I09.g_68_1222 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGGAGGATGGTGGGTGTCACCCTTGGTCCTGCTTCTGCAGTCA  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||   |||||||
seq2  GAGAGAG-GGAGGATGGTGGGTGTCACC--TTGTCCTGCT--CGCAGTCA  45

seq1  GCT-GCTTGGGTGACCTTGGCCAGG-CCTTCTCCACATCCTGGACTTCCT  98
      ||| |||||| |||||| | | ||| |||||||  |||||| ||| || |
seq2  GCTGGCTTGGTTGACCTGGTCAAGGCCCTTCTCACCATCCT-GAC-TCAT  93

seq1  TCTTCGG--CTCTGAAACTAGGGTCCACTGAGCTGGTG--ACCTGTGGGT  144
      ||||| |   ||||||   |||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TCTTCCGACTTCTGAACTAAGGGTCCACTGAGCTGGTGGACCCTGTGGGT  143

seq1  CTAGACTAAGACATCGTACTCTCCCCTTAACAAAACCTGGCAATACCATT  194
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTAAGACATCGTACTCTCCCCTTACAAAAACCTGGCAATACCATT  193

seq1  TAGAGTGATAGAACATTCTGGAATGCATCGGTAACATGATGCATCTGTCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGATAGAACATTCTGGAATGCATCGGTAACATGATGCATCTGTCA  243

seq1  AATGGGCT-CCCAGCAGAAAAACGAACACGAACGTCAGAACCGAGTCCTG  293
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCTCCCCAGCAGAAAAACGAACACGAACGTCAGAACCGAGTCCTG  293

seq1  GCTGTTTAATTCTGAAGATTGTTCTGGCTGGGTCACAGTCACACTGTGGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTAATTCTGAAGATTGTTCTGGCTGGGTCACAGTCACACTGTGGC  343

seq1  CATCTTTCATCTTCTTCTCATCTTGCTGACTTACCTCCCATTTTAGTTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCATCTTCTTCTCATCTTGCTGACTTACCTCCCATTTTAGTTAT  393

seq1  AGATTTACAAGAAGTGGCACAAAGGTCCCCCGTGTCCCCTTTCCCACAGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTACAAGAAGTGGCACAAAGGTCCCCCGTGTCCCCTTTCCCACAGC  443

seq1  TTCCTCCAGCGATGGAAGTCAGGCAAGTCTAATCCACCAAAACCAGAAAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAGCGATGGAAGTCAGGCAAGTCTAATCCACCAAAACCAGAAAG  493

seq1  TCAGCATTGGTACAGCGTTTAGCTCTGTGACGTCATAGGGAGATTCATGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTGGTACAGCGTTTAGCTCTGTGACGTCATAGGGAGATTCATGT  543

seq1  AAAGAGTACCACAGTTGCCATGGCCCCACCACAAATATCTAGTGCCTCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTACCACAGTTGCCATGGCCCCACCACAAATATCTAGTGCCTCTG  593

seq1  CCACTCTTTCTAACATTAGAACATATATTCTCAGTACCACATAATGAAGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTTTCTAACATTAGAACATATATTCTCAGTACCACATAATGAAGC  643

seq1  AAAGTAGCTAAGCCAAGCCATGTCCTCCTGAGAGAAGGGTGCTTCCCCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGCTAAGCCAAGCCATGTCCTCCTGAGAGAAGGGTGCTTCCCCAG  693

seq1  CCAGCCAGTCCTAGCAAGCACACTGTGACAAGATGCTCACTTGGTTGGTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAGTCCTAGCAAGCACACTGTGACAAGATGCTCACTTGGTTGGTA  743

seq1  TCCTAGAGAAGGTGATGATTTTGTCTTTCCCCCACGGTCATTCAATACTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAGAAGGTGATGATTTTGTCTTTCCCCCACGGTCATTCAATACTG  793

seq1  AACTGGCACAGAAGAAATGAAGAAAAGCAGACAGAAGCCAGCTGCTCCAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCACAGAAGAAATGAAGAAAAGCAGACAGAAGCCAGCTGCTCCAG  843

seq1  GCCATCAAGCCCTGGGGACGCTTCAGGGTCTTCGCATAAAGTCTTCCCAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAAGCCCTGGGGACGCTTCAGGGTCTTCGCATAAAGTCTTCCCAG  893

seq1  GTGGGGGAAGATTCATAGAACGTTGGCTCCTGGCAGGCTTCGATAACTTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGAAGATTCATAGAACGTTGGCTCCTGGCAGGCTTCGATAACTTT  943

seq1  AATAGAAAAAAAAAATCTTATTTTCCTCACATCAGGCAGCCTCACAAACC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAAAAAAAATCTTATTTTCCTCACATCAGGCAGCCTCACAAACC  993

seq1  TCCCAAGCCCTGGCAGGCACCCTCTCATCAGCATTCCTATATATCCATTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCCCTGGCAGGCACCCTCTCATCAGCATTCCTATATATCCATTA  1043

seq1  TTTCAAGAATATTACATAAAGAGTCAGACAGCAAGTACCAGATATGTGCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGAATATTACATAAAGAGTCAGACAGCAAGTACCAGATATGTGCT  1093

seq1  CCATCTTCTCTTCCTCCTCTTCCTCTTCCCTTTCCTCTCTCTTTTTCTTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCTCTTCCTCCTCTTCCTCTTCCCTTTCCTCTCTCTTTTTCTTT  1143

seq1  TCTGTGGAATTC  1155
      ||||||||||||
seq2  TCTGTGGAATTC  1155