BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257M18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 73,082,247 - 73,253,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623191
Upstream geneZwint, LOC432471, LOC544705, LOC100039981
Downstream genePcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257M18.bB6Ng01-257M18.g
ACCGA063401GA063402
length1,132795
definitionB6Ng01-257M18.b B6Ng01-257M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,252,316 - 73,253,465)(73,082,247 - 73,083,041)
sequence
gaattcccatttatttgtggattacaatgtactagtaaaggatttagatg
tgaatgcatgtagccaaatccacccccatggagattgttaaattgtaatt
atacagcaaacaagaagctgacctggggctggagagttagctcagtagtg
ctgagccacatgactctagcacaaaacctggatttgtcaaccagaactca
agtcaagtagaaattaatgatctataagtgcagctcccaggcattggatc
ccctctgaaacccacatgtctgtggcacacactgatgcaggcacagacat
acaaacacagagagacacaggtacacatctaaataaaaaagaaagaaact
gggggctggggagatgtctcagaggtttaagaacatgcacttctcttcca
tgggaggcaagtttaattcccagcatgcacgcttggtgggccataactat
ctagtcaagaggatttgatgccctcttttggcctctggagacaactctat
tcatgtgtgcacacacccctacaaccacatatatacacttaaaaatgaaa
ctaaaggttttaaaagaaatggaactgaagatatttatatgacacaaata
tatatagcctttcatattactatcatgctgaattaataaatgattgtaat
tatatgtgaggtaaaatgtgtcttataattctataattacattatagaaa
gatgcagtcaaattaatgaatacatttagcaccggaccaacattttcgta
taatcatgatgagaatatagtaatatctatatctcttaacaggtttgaaa
gatactttgtctaccttttagatttaaacgatgttactatgaaccttctc
tatagacatttaacaaaaccccaaatcaagaactgcaccaacatacatgc
tcactctgtttatgttcaccatgcaatacattccatatacaaccacagac
ctctaacgctgacttttcctgtcacctctgatctatactgactgtgaggt
acaaggttcatcttcacaccccttgagacttctcagtagtctgcacacat
cagatagcttgatgtgatgacgagcactcacaaagaacactgctgctgca
tcaagtagagtggattcttttctagacttcaa

gaattctctatggctacagtgcaagcacattaaagcttcaaagttgcttt
taggtgaatttattatttatttattcaaataataaaaataaatagaaata
catggcttcattgattgttaataattattataaacttcaagaatttgggt
taaatttattgtaattagaaaatttctgttttctctcaagatacacacat
ccctttttgtccaactaaaatataatctcaagaaacaatatagaccatat
tttgtctatgttgtatttttaaaatgtgaggagggtgactgtgatgttag
ggtatcatcctgagtgaggtaacccaatcgcaaaggaactcgcacaatat
gtactcactgatgagtggatattagcccagaaacttaggatacccaagat
ataagatacaacttgccgaacgcatgaaattcaagaagaacgaagaccaa
agtgtggactttaccctttcttagaaatgggaacaaaacacccatggaag
gagttacagagacaaaatttggagctgtgacgaaaggatggaccatctag
tgattgccatatgcagggatccatcccataatcagcttccaaatgctgac
accattgcatacactagcaagattttgctgaaaggacccagatatagctc
tctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgatca
cagtcagctattggatgggtcacacggcccccaatggaggagctagagaa
attacccaaggagctaaagggaactgcaaccctataggtggaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_73252316_73253465
seq2: B6Ng01-257M18.b_44_1175 (reverse)

seq1  TTGAAGTCTTTAGAAAGAATTCCCAACTCTACCTGAATGCAGCAGGCAGT  50
      |||||||||  | |||||||   | ||||||| || |||||||| |||||
seq2  TTGAAGTCTAGA-AAAGAAT---CCACTCTACTTG-ATGCAGCA-GCAGT  44

seq1  GTTCTCTGGTGAGTGCTCTGTCATCACATCAAAGCCTATCCTTGAATGTT  100
      ||||| | |||||||||| |||||||||||||   |||||  || ||| |
seq2  GTTCT-TTGTGAGTGCTC-GTCATCACATCAA--GCTATC--TG-ATG-T  86

seq1  GTGCAGACTTACTGAGAAGTCTTCAAGGGGTGTGAAGATGAACCTTGTAC  150
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAC-TACTGAGAAGTC-TCAAGGGGTGTGAAGATGAACCTTGTAC  134

seq1  CTCACAAGTCAGTATAGATCAGAGGTGACAGGAAAAGTCAGCGTTAGAGG  200
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCAC-AGTCAGTATAGATCAGAGGTGACAGGAAAAGTCAGCGTTAGA-G  182

seq1  GTCTGTGGTTGTATATGGAATGTATTGCATGGTGAACATAAACAGAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGGTTGTATATGGAATGTATTGCATGGTGAACATAAACAGAGTGA  232

seq1  GCATGTATGTTGGTGCAGTTCTTGATTTGGGGTTTTGTTAAATGTCTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATGTTGGTGCAGTTCTTGATTTGGGGTTTTGTTAAATGTCTATA  282

seq1  GAGAAGGTTCATAGTAACATCGTTTAAATCTAAAAGGTAGACAAAGTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTTCATAGTAACATCGTTTAAATCTAAAAGGTAGACAAAGTATC  332

seq1  TTTCAAACCTGTTAAGAGATATAGATATTACTATATTCTCATCATGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACCTGTTAAGAGATATAGATATTACTATATTCTCATCATGATTA  382

seq1  TACGAAAATGTTGGTCCGGTGCTAAATGTATTCATTAATTTGACTGCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAAAATGTTGGTCCGGTGCTAAATGTATTCATTAATTTGACTGCATC  432

seq1  TTTCTATAATGTAATTATAGAATTATAAGACACATTTTACCTCACATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATAATGTAATTATAGAATTATAAGACACATTTTACCTCACATATA  482

seq1  ATTACAATCATTTATTAATTCAGCATGATAGTAATATGAAAGGCTATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAATCATTTATTAATTCAGCATGATAGTAATATGAAAGGCTATATA  532

seq1  TATTTGTGTCATATAAATATCTTCAGTTCCATTTCTTTTAAAACCTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTCATATAAATATCTTCAGTTCCATTTCTTTTAAAACCTTTAG  582

seq1  TTTCATTTTTAAGTGTATATATGTGGTTGTAGGGGTGTGTGCACACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTTAAGTGTATATATGTGGTTGTAGGGGTGTGTGCACACATGA  632

seq1  ATAGAGTTGTCTCCAGAGGCCAAAAGAGGGCATCAAATCCTCTTGACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTTGTCTCCAGAGGCCAAAAGAGGGCATCAAATCCTCTTGACTAG  682

seq1  ATAGTTATGGCCCACCAAGCGTGCATGCTGGGAATTAAACTTGCCTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTATGGCCCACCAAGCGTGCATGCTGGGAATTAAACTTGCCTCCCA  732

seq1  TGGAAGAGAAGTGCATGTTCTTAAACCTCTGAGACATCTCCCCAGCCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGAAGTGCATGTTCTTAAACCTCTGAGACATCTCCCCAGCCCCC  782

seq1  AGTTTCTTTCTTTTTTATTTAGATGTGTACCTGTGTCTCTCTGTGTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTTCTTTTTTATTTAGATGTGTACCTGTGTCTCTCTGTGTTTGT  832

seq1  ATGTCTGTGCCTGCATCAGTGTGTGCCACAGACATGTGGGTTTCAGAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGCCTGCATCAGTGTGTGCCACAGACATGTGGGTTTCAGAGGG  882

seq1  GATCCAATGCCTGGGAGCTGCACTTATAGATCATTAATTTCTACTTGACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAATGCCTGGGAGCTGCACTTATAGATCATTAATTTCTACTTGACT  932

seq1  TGAGTTCTGGTTGACAAATCCAGGTTTTGTGCTAGAGTCATGTGGCTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTGGTTGACAAATCCAGGTTTTGTGCTAGAGTCATGTGGCTCAG  982

seq1  CACTACTGAGCTAACTCTCCAGCCCCAGGTCAGCTTCTTGTTTGCTGTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACTGAGCTAACTCTCCAGCCCCAGGTCAGCTTCTTGTTTGCTGTAT  1032

seq1  AATTACAATTTAACAATCTCCATGGGGGTGGATTTGGCTACATGCATTCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAATTTAACAATCTCCATGGGGGTGGATTTGGCTACATGCATTCA  1082

seq1  CATCTAAATCCTTTACTAGTACATTGTAATCCACAAATAAATGGGAATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAATCCTTTACTAGTACATTGTAATCCACAAATAAATGGGAATTC  1132


seq1: chr10_73082247_73083041
seq2: B6Ng01-257M18.g_69_863

seq1  GAATTCTCTATGGCTACAGTGCAAGCACATTAAAGCTTCAAAGTTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGGCTACAGTGCAAGCACATTAAAGCTTCAAAGTTGCTTT  50

seq1  TAGGTGAATTTATTATTTATTTATTCAAATAATAAAAATAAATAGAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAATTTATTATTTATTTATTCAAATAATAAAAATAAATAGAAATA  100

seq1  CATGGCTTCATTGATTGTTAATAATTATTATAAACTTCAAGAATTTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTTCATTGATTGTTAATAATTATTATAAACTTCAAGAATTTGGGT  150

seq1  TAAATTTATTGTAATTAGAAAATTTCTGTTTTCTCTCAAGATACACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATTGTAATTAGAAAATTTCTGTTTTCTCTCAAGATACACACAT  200

seq1  CCCTTTTTGTCCAACTAAAATATAATCTCAAGAAACAATATAGACCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTTGTCCAACTAAAATATAATCTCAAGAAACAATATAGACCATAT  250

seq1  TTTGTCTATGTTGTATTTTTAAAATGTGAGGAGGGTGACTGTGATGTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTATGTTGTATTTTTAAAATGTGAGGAGGGTGACTGTGATGTTAG  300

seq1  GGTATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCGCAAAGGAACTCGCACAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCGCAAAGGAACTCGCACAATAT  350

seq1  GTACTCACTGATGAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCACTGATGAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATACCCAAGAT  400

seq1  ATAAGATACAACTTGCCGAACGCATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATACAACTTGCCGAACGCATGAAATTCAAGAAGAACGAAGACCAA  450

seq1  AGTGTGGACTTTACCCTTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGACTTTACCCTTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGGAAG  500

seq1  GAGTTACAGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAG  550

seq1  TGATTGCCATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCCATATGCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAAATGCTGAC  600

seq1  ACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTC  650

seq1  TCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCA  700

seq1  CAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAA  750

seq1  ATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACA  795
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACA  795


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |