BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258F15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 37,415,549 - 37,522,682
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHs3st5, Hdac2, Marcks, LOC100040846
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258F15.bB6Ng01-258F15.g
ACCGA063810GA063811
length1,1251,163
definitionB6Ng01-258F15.b B6Ng01-258F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,415,549 - 37,416,667)(37,521,511 - 37,522,682)
sequence
gaattcaaagcatatacatagaaactacataattaaaggccagataataa
aactaatacacacacagccagcgtggtctttcagctaacattgaatgctg
acaattggtagagttgcaatgttttccagagaggtcagaacagttaaaaa
aaaaagtgtctacatttctagattgaatgcaatgcttgaagcacaggttc
atgaagatctactaaagacaaacagcactaatgcacaggtgttctctcac
acacatgcatagatgaacatactcaattgctatgttttgggggtgaataa
aaatagaaagcccgaaaaagcagccagagttagaaaatacatgaaacaca
gaaagtggaagatactctttccataagaatctatagaagaattggtctca
catctgacaaggagcaatgtaaggcacaaaacagtaggatgacaattttt
ccaaatggtaggaaagaaacaaaaccaaaacccaaaccaaatctctagaa
ttgcatagctagaaaatatccctttaaggggaaagcaaaagaaatgaaaa
cattttcaggtaaagaaaaattaggaatttatcaacaggagaccttactg
taaaaataaaataagctattcatgtagaagacatgatattgaatggaaac
ttgggtagatatagaagaatgaagtttctatatggttaacatgtaaatat
agtatttttctcactttataatttccatgtaggatagttgaatatcaaga
aacaggaaaattgtaaagattcaccttggacaattaaaaaaatatattaa
atttgttctttgacaatcatatgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctct
ctgtgtgtgtgtataaagtgcagtctgattactataaagacctgccttct
atagtcactctccatctccttttaaaccctctattccctgccaattctat
ttcaattttattatttattttatttacttattggcactgagactccttgg
gtttcaacaggctcacatggtgctggagcatggtgtttacatgggacagt
atcccatgtgattatgggatttataataaacccttggaaatcttgggagg
tcattatattgaatataaagaactg

gaattctttcatctatgtctctaaataaaatcagtttggtgtgtacagag
tccaacaaattcagtttattagcaaatttgattgaggaaataaaataaac
cagtgtcttcgataagttgagttgaataaataacattgcttttttctata
gttagttacttcagcttcaatacaaattatttctctaattggattttgct
aataagtagaaattcttctaatagtacttctaaagtcctctatataaact
tacatatttaccagcaaggttatgatcctactgtgaacttgttcattgtg
attgtttagtgaaacacaactgaaacactgagacttgaccagatagagca
agtgttgcagatagagcagtaaatgaaataaatgactcatgaggtgacag
aaattatatgtatgacttacactgatcaattgtattagtaacagctttca
catagaaagaagtattgcattccatgaaagactacccccaaaacaccata
gactcactctatcaccaatcttagggaataaggatggcttcccagagagt
gagtttaaactaagttttgaaggtgctgttgactgttggacaagtgatgt
aagttggtggaacatgctacagagcagatgtaacgtatccaaaggatcac
atcatatttgcctaactgatgagagccaatgtgactgcaaggaaagagtc
acagactagcccaagaagaagtagagtccaggaagagcccagtggagcat
gctgagtcttgactacttagtccattacagctctattctgaggcagttaa
aacaccactggaagtatgcatctgttagagattcaacaacaaagtgtcat
aaacagagtagtttagtgattggaaatatatctttccctggtttgggggc
attagatgtgtatggtcccagcatagttagcttttttcaagtcctctctg
cttagcctgggggatggttgtcttctctcttgtctataggagatcttttt
gtatgtatttcgcactaatcttttttgtaagtatgttgatgatagtagat
taggagactcgttcattttaatttcattatgtcttgaagctctacctcga
atatggagactgttactaagaacatgaaaacctgtgcgggaaggatctgc
agagtagacagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_37415549_37416667
seq2: B6Ng01-258F15.b_46_1170

seq1  GAATTCAAAGCATATACATAGAAACTACATAATTAAAGGCCAGATAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCATATACATAGAAACTACATAATTAAAGGCCAGATAATAA  50

seq1  AACTAATACACACACAGCCAGCGTGGTCTTTCAGCTAACATTGAATGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATACACACACAGCCAGCGTGGTCTTTCAGCTAACATTGAATGCTG  100

seq1  ACAATTGGTAGAGTTGCAATGTTTTCCAGAGAGGTCAGAACAGTTAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGGTAGAGTTGCAATGTTTTCCAGAGAGGTCAGAACAGTTAAAAA  150

seq1  AAAAAGTGTCTACATTTCTAGATTGAATGCAATGCTTGAAGCACAGGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTGTCTACATTTCTAGATTGAATGCAATGCTTGAAGCACAGGTTC  200

seq1  ATGAAGATCTACTAAAGACAAACAGCACTAATGCACAGGTGTTCTCTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATCTACTAAAGACAAACAGCACTAATGCACAGGTGTTCTCTCAC  250

seq1  ACACATGCATAGATGAACATACTCAATTGCTATGTTTTGGGGGTGAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCATAGATGAACATACTCAATTGCTATGTTTTGGGGGTGAATAA  300

seq1  AAATAGAAAGCCCGAAAAAGCAGCCAGAGTTAGAAAATACATGAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAGCCCGAAAAAGCAGCCAGAGTTAGAAAATACATGAAACACA  350

seq1  GAAAGTGGAAGATACTCTTTCCATAAGAATCTATAGAAGAATTGGTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGGAAGATACTCTTTCCATAAGAATCTATAGAAGAATTGGTCTCA  400

seq1  CATCTGACAAGGAGCAATGTAAGGCACAAAACAGTAGGATGACAATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGACAAGGAGCAATGTAAGGCACAAAACAGTAGGATGACAATTTTT  450

seq1  CCAAATGGTAGGAAAGAAACAAAACCAAAACCCAAACCAAATCTCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGGTAGGAAAGAAACAAAACCAAAACCCAAACCAAATCTCTAGAA  500

seq1  TTGCATAGCTAGAAAATATCCCTTTAAGGGGAAAGCAAAAGAAATGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAGCTAGAAAATATCCCTTTAAGGGGAAAGCAAAAGAAATGAAAA  550

seq1  CATTTTCAGGTAAAGAAAAATTAGGAATTTATCAACAGGAGACCTTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAGGTAAAGAAAAATTAGGAATTTATCAACAGGAGACCTTACTG  600

seq1  TAAAAATAAAATAAGCTATTCATGTAGAAGACATGATATTGAATGGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAAATAAGCTATTCATGTAGAAGACATGATATTGAATGGAAAC  650

seq1  TTGGGTAGATATAGAAGAATGAAGTTTCTATATGGTTAACATGTAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAGATATAGAAGAATGAAGTTTCTATATGGTTAACATGTAAATAT  700

seq1  AGTATTTTTCTCACTTTATAATTTCCATGTAGGATAGTTGAATATCAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTTCTCACTTTATAATTTCCATGTAGGATAGTTGAATATCAAGA  750

seq1  AACAGGAAAATTGTAAAGATTCACCTTGGACAATTAAAAAAATATATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAAATTGTAAAGATTCACCTTGGACAATTAAAAAAATATATTAA  800

seq1  ATTTGTTCTTTGACAATCATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCTTTGACAATCATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTCT  850

seq1  CTGTGTGTGTGTATAAAGTGCAGTCTGATTACTATAAAGACCTGCCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTGTATAAAGTGCAGTCTGATTACTATAAAGACCTGCCTTCT  900

seq1  ATAGTCACTCTCCATCTCC-TTTAAACCCTCTATTCCCTGCCAATTCTAT  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCACTCTCCATCTCCTTTTAAACCCTCTATTCCCTGCCAATTCTAT  950

seq1  TTCAAATTTTATTATTTA-TTTATTTACTTATTGGCACTGAGACTCCTTG  998
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTC-AATTTTATTATTTATTTTATTTACTTATTGGCACTGAGACTCCTTG  999

seq1  GGTTTCAACAGGCTCACAT-GTGCT-GAGCAT-GTGTTTACAATGGACAG  1045
      ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||
seq2  GGTTTCAACAGGCTCACATGGTGCTGGAGCATGGTGTTTACATGGGACAG  1049

seq1  TATCACATGTGAATAT-GGATTTATAATAAACCCCTGGAAATCTTGGGAG  1094
      |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATCCCATGTGATTATGGGATTTATAATAAACCCTTGGAAATCTTGGGAG  1099

seq1  GTCA-TATATTGAATATAAAGAACTG  1119
      |||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTATATTGAATATAAAGAACTG  1125


seq1: chr10_37521511_37522682
seq2: B6Ng01-258F15.g_66_1228 (reverse)

seq1  AACTGTCTACTCTGCAGGATCCCTTTCCCCCAAACAGGTATTCATGTCTT  50
      |||||||||||||||| |||||  ||||| |  |||||| |||||||  |
seq2  AACTGTCTACTCTGCA-GATCC--TTCCCGC--ACAGGTTTTCATGTTCT  45

seq1  AAGTAACAAGTTCTCAATATTTGGAGGTAGGAGCTTTAAAGACATAATGA  100
       |||||||   |||| ||| || |||||| |||| || ||||||||||||
seq2  TAGTAACA--GTCTCCATA-TTCGAGGTA-GAGC-TTCAAGACATAATGA  90

seq1  AATTAAAATGAACGAGGTCTCCTAATCTACTATCATCAACATACTTACAA  150
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTAAAATGAACGA-GTCTCCTAATCTACTATCATCAACATACTTAC-A  138

seq1  AAAAAGATTAGTGCGAAATACATAC-AAAAGATCTCCTATAGAC-AGAGA  198
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAAAGATTAGTGCGAAATACATACAAAAAGATCTCCTATAGACAAGAGA  188

seq1  GAAGACAACCAT-CCCCAGGCTAAGCAGAGAGGACTTGAAAAAAGCTAAC  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAACCATCCCCCAGGCTAAGCAGAGAGGACTTGAAAAAAGCTAAC  238

seq1  TATGCTGGGACCATACACATCTAATGCCCCCAAACCAGGGAAAGATATAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGGGACCATACACATCTAATGCCCCCAAACCAGGGAAAGATATAT  288

seq1  TTCCAATCACTAAACTACTCTGTTTATGACACTTTGTTGTTGAATCTCTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCACTAAACTACTCTGTTTATGACACTTTGTTGTTGAATCTCTA  338

seq1  ACAGATGCATACTTCCAGTGGTGTTTTAACTGCCTCAGAATAGAGCTGTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCATACTTCCAGTGGTGTTTTAACTGCCTCAGAATAGAGCTGTA  388

seq1  ATGGACTAAGTAGTCAAGACTCAGCATGCTCCACTGGGCTCTTCCTGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTAAGTAGTCAAGACTCAGCATGCTCCACTGGGCTCTTCCTGGAC  438

seq1  TCTACTTCTTCTTGGGCTAGTCTGTGACTCTTTCCTTGCAGTCACATTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTCTTCTTGGGCTAGTCTGTGACTCTTTCCTTGCAGTCACATTGG  488

seq1  CTCTCATCAGTTAGGCAAATATGATGTGATCCTTTGGATACGTTACATCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATCAGTTAGGCAAATATGATGTGATCCTTTGGATACGTTACATCT  538

seq1  GCTCTGTAGCATGTTCCACCAACTTACATCACTTGTCCAACAGTCAACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTAGCATGTTCCACCAACTTACATCACTTGTCCAACAGTCAACAG  588

seq1  CACCTTCAAAACTTAGTTTAAACTCACTCTCTGGGAAGCCATCCTTATTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCAAAACTTAGTTTAAACTCACTCTCTGGGAAGCCATCCTTATTC  638

seq1  CCTAAGATTGGTGATAGAGTGAGTCTATGGTGTTTTGGGGGTAGTCTTTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGATTGGTGATAGAGTGAGTCTATGGTGTTTTGGGGGTAGTCTTTC  688

seq1  ATGGAATGCAATACTTCTTTCTATGTGAAAGCTGTTACTAATACAATTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCAATACTTCTTTCTATGTGAAAGCTGTTACTAATACAATTGA  738

seq1  TCAGTGTAAGTCATACATATAATTTCTGTCACCTCATGAGTCATTTATTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTAAGTCATACATATAATTTCTGTCACCTCATGAGTCATTTATTT  788

seq1  CATTTACTGCTCTATCTGCAACACTTGCTCTATCTGGTCAAGTCTCAGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTGCTCTATCTGCAACACTTGCTCTATCTGGTCAAGTCTCAGTG  838

seq1  TTTCAGTTGTGTTTCACTAAACAATCACAATGAACAAGTTCACAGTAGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTGTGTTTCACTAAACAATCACAATGAACAAGTTCACAGTAGGA  888

seq1  TCATAACCTTGCTGGTAAATATGTAAGTTTATATAGAGGACTTTAGAAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACCTTGCTGGTAAATATGTAAGTTTATATAGAGGACTTTAGAAGT  938

seq1  ACTATTAGAAGAATTTCTACTTATTAGCAAAATCCAATTAGAGAAATAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAGAAGAATTTCTACTTATTAGCAAAATCCAATTAGAGAAATAAT  988

seq1  TTGTATTGAAGCTGAAGTAACTAACTATAGAAAAAAGCAATGTTATTTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTGAAGCTGAAGTAACTAACTATAGAAAAAAGCAATGTTATTTAT  1038

seq1  TCAACTCAACTTATCGAAGACACTGGTTTATTTTATTTCCTCAATCAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCAACTTATCGAAGACACTGGTTTATTTTATTTCCTCAATCAAAT  1088

seq1  TTGCTAATAAACTGAATTTGTTGGACTCTGTACACACCAAACTGATTTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATAAACTGAATTTGTTGGACTCTGTACACACCAAACTGATTTTA  1138

seq1  TTTAGAGACATAGATGAAAGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGACATAGATGAAAGAATTC  1163


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |